genome.fa.s279.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold279
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1516008

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  4  of  10  ( 1159 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
561665--561861	91	2.2	91	99	0	385	30	14	16	38	1.89
565096--565121	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
566242--566283	21	2.0	21	81	9	50	30	26	16	26	1.97
566327--566356	13	2.3	13	94	0	51	33	16	13	36	1.88
566372--566435	20	3.2	20	91	4	94	25	17	17	40	1.90
568778--568925	51	2.9	50	80	6	172	30	23	10	35	1.89
568908--568978	28	2.6	27	86	13	92	22	26	21	29	1.99
568860--569056	106	1.8	106	83	5	263	27	25	13	32	1.94
568937--569104	78	2.1	79	83	5	207	27	26	14	31	1.95
573415--573450	16	2.4	16	90	9	58	27	5	0	66	1.13
574523--574561	15	2.7	15	88	4	53	0	20	0	79	0.73
574525--574567	19	2.3	19	84	8	52	0	23	0	76	0.78
575061--575246	95	2.0	95	81	2	221	51	10	8	29	1.65
575156--575495	166	2.0	165	87	3	495	53	8	10	28	1.63
576917--577025	44	2.5	43	82	8	114	32	8	32	27	1.86
576824--577171	132	2.6	130	77	5	333	38	13	26	21	1.91
576917--577158	131	1.8	132	81	0	306	35	13	27	23	1.92
577245--577343	44	2.2	44	82	3	110	38	16	23	22	1.93
577606--577915	89	3.4	91	78	9	244	25	12	32	29	1.92
577753--577916	89	1.8	90	89	1	258	25	13	30	30	1.94
577742--577967	89	2.5	89	81	1	218	25	19	26	29	1.98
580791--581094	167	1.8	168	83	7	404	34	11	4	49	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
581158--581229	22	3.2	22	65	27	60	37	2	6	52	1.43
581137--581241	46	2.3	46	100	0	210	39	1	5	53	1.36
581229--581556	165	2.0	166	87	1	480	29	11	10	48	1.72
581496--581643	71	2.1	72	94	1	262	34	10	9	45	1.70
581331--581793	239	1.9	236	87	4	664	31	11	9	47	1.73
596050--596122	20	3.7	20	84	0	101	32	13	13	39	1.84
596007--596175	91	1.9	90	89	1	266	28	17	11	42	1.84
606559--606595	14	2.5	16	83	16	53	13	35	0	51	1.41
611138--611194	26	2.2	26	80	0	60	38	26	7	28	1.82
611368--611440	26	2.8	26	72	15	69	36	15	13	34	1.86
611448--612090	28	22.6	28	82	5	641	29	29	17	23	1.97
611445--612090	113	5.7	112	84	6	766	29	30	17	23	1.97
612171--612299	49	2.8	46	79	6	134	21	27	19	31	1.97
613017--613141	20	5.8	20	70	20	72	32	15	12	40	1.83
613067--613141	20	3.8	19	75	7	78	33	12	13	41	1.81
613025--613191	91	1.8	90	92	1	280	30	16	11	41	1.83
614049--614090	22	2.0	22	85	4	59	21	19	11	47	1.81
618237--618267	15	2.1	15	93	0	53	83	12	0	3	0.75
619620--619677	24	2.4	24	100	0	116	27	10	17	44	1.81
619654--619784	44	3.1	44	68	16	112	23	15	12	48	1.78
620473--620543	36	2.0	35	88	2	106	22	28	14	35	1.93
620567--620769	48	4.2	47	80	11	216	19	19	19	41	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
620567--620884	96	3.3	95	74	10	265	19	21	17	40	1.91
620752--620958	47	4.4	47	76	7	161	21	22	17	38	1.93
621303--621437	43	3.2	44	78	4	116	22	23	14	40	1.90
621541--621816	42	6.5	43	74	7	208	15	23	18	41	1.89
621541--621809	85	3.2	86	78	7	271	16	23	18	41	1.90
622338--622587	42	5.9	42	74	11	170	21	26	15	36	1.93
622340--622656	85	3.7	86	79	5	270	21	25	15	37	1.93
622350--622587	43	5.6	42	71	14	148	21	26	14	37	1.92
622935--623210	43	6.5	43	76	7	240	19	26	16	37	1.93
622340--623511	554	2.1	550	84	3	1530	19	26	15	38	1.92
622993--623210	85	2.6	85	85	2	267	18	27	16	37	1.92
623405--623514	44	2.6	42	74	5	112	16	26	15	41	1.88
623364--623803	85	5.2	84	76	6	323	18	26	15	40	1.90
622455--623640	554	2.1	553	82	3	1395	19	26	15	38	1.91
623575--623726	42	3.6	42	75	11	123	18	26	14	40	1.89
623535--623749	43	5.1	43	72	14	149	20	27	14	37	1.92
623490--623846	169	2.1	170	81	3	407	19	26	15	38	1.91
623364--623853	85	5.8	85	75	7	275	18	26	15	39	1.90
625826--626096	148	1.8	150	87	3	404	31	12	10	45	1.76
625949--626318	167	2.2	167	85	2	510	31	11	11	45	1.76
633595--634040	79	5.7	79	77	3	371	28	25	13	33	1.93
633605--634040	158	2.8	157	81	4	502	28	25	13	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
640787--640853	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
640807--640831	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
640894--640918	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
640907--641046	52	2.7	53	86	2	169	34	18	17	30	1.94
646645--646825	52	3.5	52	97	0	335	29	18	16	35	1.93
646903--646964	33	1.9	33	90	3	99	37	22	8	32	1.83
648719--648758	21	1.9	21	85	10	55	37	0	7	55	1.29
650145--650268	52	2.4	51	90	4	187	30	17	16	34	1.93
650256--650322	20	3.7	20	72	25	76	41	14	16	26	1.87
650145--650288	52	2.8	52	84	5	159	32	17	16	33	1.92
650274--650334	13	5.2	13	74	22	71	39	16	16	27	1.90
650256--650334	33	2.4	33	97	0	149	40	15	16	27	1.88
650375--650441	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
650397--650421	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
651236--651471	49	4.7	52	78	10	199	32	16	24	25	1.96
651287--651471	49	3.8	49	77	11	211	31	17	24	25	1.97
651283--651476	95	2.1	94	89	4	293	32	17	25	24	1.96
651471--651540	33	2.1	35	91	5	117	20	15	37	27	1.93
651545--651867	34	9.9	31	88	6	281	31	13	32	21	1.93
651616--651864	93	2.6	94	82	7	261	30	14	32	22	1.94
653338--653410	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
653356--653431	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
653338--653431	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
653470--653495	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
657558--657588	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
659602--659680	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
659667--659705	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
662174--662246	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
662192--662267	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
662174--662267	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
662306--662331	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
663455--663886	61	7.1	61	97	0	801	31	12	36	19	1.89
663387--663886	122	4.0	122	94	2	856	31	12	36	19	1.89
663284--663886	183	3.2	184	91	5	908	31	12	36	19	1.89
663828--663998	34	5.3	31	82	9	139	33	15	30	21	1.94
663760--663980	95	2.3	96	80	7	238	32	14	32	20	1.92
672188--672368	52	3.5	52	98	0	344	28	17	18	36	1.93
676304--676369	20	3.7	20	73	26	83	37	12	15	34	1.84
676305--676404	33	3.0	33	94	0	164	36	12	14	38	1.83
676325--676382	13	3.9	13	73	26	53	37	13	15	32	1.87
676445--676469	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
676458--676606	52	2.9	52	89	2	228	32	18	18	30	1.94
683595--683619	9	2.8	9	100	0	50	92	0	8	0	0.40
684639--685100	27	14.8	31	71	20	206	22	35	13	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
684641--685151	34	16.3	32	73	16	296	22	35	13	28	1.92
684701--685070	27	12.3	27	72	19	211	22	35	13	27	1.92
684701--685151	61	7.3	61	75	15	349	23	35	13	28	1.92
684932--685099	89	1.9	89	82	4	214	22	35	14	27	1.93
685038--685131	33	2.8	34	75	15	95	21	31	13	32	1.92
685117--685237	33	3.7	33	86	10	176	28	33	17	19	1.95
685242--686307	49	22.5	49	85	7	1420	25	26	17	30	1.97
685242--686307	92	11.3	94	88	7	1293	25	26	17	30	1.97
685916--685983	21	3.2	21	64	32	54	25	26	17	30	1.97
685232--686307	520	2.1	520	96	0	2008	25	26	17	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10