genome.fa.s279.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold279
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1516008

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  2  of  10  ( 1159 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165684--165875	60	3.2	60	85	5	228	38	12	17	31	1.87
166688--167175	28	17.2	28	85	5	599	21	17	31	29	1.96
166687--167175	85	5.8	85	86	4	614	22	17	31	29	1.96
166688--167175	57	8.6	55	85	5	566	21	17	31	29	1.96
168008--168185	89	2.0	89	98	0	347	43	23	16	16	1.87
169871--169922	25	2.1	25	88	0	77	19	17	7	55	1.65
171030--171061	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
171555--171597	6	7.5	6	82	10	54	51	34	2	11	1.51
171557--171589	16	2.1	16	94	0	57	51	39	3	6	1.42
173942--174402	243	1.9	243	83	4	608	38	14	13	33	1.86
179544--179597	28	1.9	28	100	0	108	44	11	14	29	1.80
183797--183825	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
190851--190902	25	2.1	25	88	0	77	17	15	9	57	1.64
195635--195722	30	2.9	31	78	10	92	57	2	0	39	1.11
195635--195738	10	9.8	11	70	20	55	56	1	0	41	1.10
199261--199343	41	2.0	41	100	0	166	19	21	0	59	1.38
199617--199654	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
208895--209007	57	1.9	60	85	7	160	11	22	2	63	1.39
213517--213586	20	3.5	20	79	13	72	28	11	18	41	1.85
213577--213730	72	2.1	72	83	4	186	37	13	14	34	1.86
213694--213734	21	2.0	21	95	0	73	41	17	12	29	1.85
216250--216275	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216983--217025	21	2.0	21	82	8	52	25	30	4	39	1.76
218830--218868	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
218854--218932	20	3.7	20	76	15	77	44	13	13	27	1.83
220897--220927	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
222730--222774	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
224983--225008	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
228746--228928	79	2.3	79	82	1	233	38	13	19	27	1.90
228944--229282	79	4.3	79	76	5	310	33	13	25	26	1.93
228943--229311	159	2.3	158	79	4	404	34	13	24	27	1.92
230915--230940	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
230897--230960	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
233686--233733	20	2.4	20	89	6	71	27	14	14	43	1.84
234807--234832	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
234871--234946	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
234892--234964	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
234871--234964	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
237394--237431	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
239511--239541	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
243603--243628	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
243667--243742	21	3.7	21	83	3	109	28	15	11	43	1.83
243688--243760	20	3.6	20	83	3	101	31	17	13	36	1.89
243667--243760	41	2.3	41	96	0	170	29	17	12	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246448--246793	169	2.0	169	98	0	665	41	8	17	33	1.79
246780--246998	96	2.3	96	77	7	223	35	11	24	28	1.90
248197--248309	43	2.7	42	79	5	111	38	11	24	25	1.89
248340--248657	61	5.2	61	78	7	290	29	17	25	27	1.98
248327--248662	122	2.8	121	79	7	349	29	17	25	27	1.97
249111--249162	19	2.7	20	84	6	70	40	17	13	28	1.87
251332--251381	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
253179--253209	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
255414--255459	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
258638--258972	61	5.4	61	84	6	442	27	17	28	26	1.98
258638--258946	127	2.5	126	88	5	443	27	17	28	26	1.98
259907--259946	16	2.5	15	88	11	62	0	12	0	87	0.54
270271--270309	4	9.8	4	94	0	69	74	0	2	23	0.94
271458--271550	33	2.7	34	80	12	109	33	22	12	31	1.92
272021--272045	10	2.5	10	100	0	50	44	8	28	20	1.79
272082--272106	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
273538--273788	77	3.2	77	80	8	276	34	16	22	27	1.95
273535--273756	79	2.9	77	85	4	277	35	15	22	27	1.94
273629--273882	131	1.9	131	87	1	375	35	14	21	28	1.93
273759--273916	79	2.0	79	88	0	235	35	12	22	29	1.91
273648--273951	131	2.3	131	82	5	339	35	13	22	29	1.92
276752--276818	19	3.9	18	77	22	81	35	11	14	37	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276753--276815	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
276772--276796	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
276855--276881	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
276838--276902	33	2.0	31	88	5	94	26	13	15	44	1.84
277259--277832	55	10.1	55	81	9	609	28	27	19	25	1.98
277222--277824	175	3.5	170	82	8	715	28	27	19	25	1.99
277257--277824	230	2.5	229	91	4	898	28	27	19	24	1.99
277660--277750	29	3.2	29	64	14	82	27	30	18	23	1.98
278611--278678	19	3.9	18	81	18	90	35	11	14	38	1.83
278630--278656	14	1.9	14	100	0	54	33	14	14	37	1.88
278609--278675	33	2.0	33	97	0	125	35	11	14	37	1.84
278714--278740	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
278698--278761	33	2.0	30	85	8	83	28	14	14	43	1.83
281216--281284	27	2.5	27	85	2	84	24	30	21	23	1.99
281325--281396	28	2.6	28	88	0	99	22	34	19	23	1.96
281162--281475	107	2.9	108	85	5	388	26	27	15	29	1.96
281350--281553	78	2.6	78	81	2	230	24	29	17	28	1.97
284732--284794	25	2.4	25	94	5	108	23	9	11	55	1.64
286826--286897	20	3.5	20	83	9	92	29	13	16	40	1.87
287003--287044	21	2.0	21	90	0	66	47	19	4	28	1.69
288100--288152	19	2.7	20	85	8	72	28	13	15	43	1.84
290756--290808	19	2.7	20	79	8	63	32	13	11	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294165--294208	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
298093--298123	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
302193--302218	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
307670--307723	20	2.6	21	91	2	83	33	18	14	33	1.92
308790--308854	28	2.3	28	77	15	71	27	18	30	23	1.97
309982--310007	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
312528--312566	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
312552--312630	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
314646--314676	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
316479--316523	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
318742--318767	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
319625--319678	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
319706--319763	19	3.1	18	85	11	80	32	15	15	36	1.89
319728--319790	32	1.9	33	90	3	101	39	12	15	31	1.85
328491--328544	20	2.7	20	91	5	83	37	18	12	31	1.89
328919--329616	79	8.8	78	75	6	559	35	13	23	27	1.93
328919--329616	158	4.4	157	79	5	629	35	13	23	27	1.93
328919--329616	237	2.9	235	79	6	669	35	13	23	27	1.93
330519--330567	22	2.2	23	78	10	57	46	10	8	34	1.67
332720--332769	21	2.4	22	87	9	70	44	2	20	34	1.63
332877--332903	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
338934--339002	33	2.1	32	84	10	86	39	20	11	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
339031--339085	20	2.8	20	86	2	67	40	14	12	32	1.84
341534--341832	78	3.8	78	75	5	271	32	16	24	26	1.96
341526--341832	79	3.9	78	76	5	269	32	16	25	25	1.96
344522--344547	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
346184--346228	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
348032--348062	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
350078--350157	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
350143--350181	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
353214--353239	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
355967--356527	60	9.3	60	84	4	495	28	17	26	27	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10