genome.fa.s279.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold279
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1516008

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  5  of  10  ( 1159 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
686287--686329	22	2.0	22	100	0	86	30	23	23	23	1.99
686314--686469	61	2.8	55	75	13	147	25	24	13	36	1.92
687189--687255	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
687209--687233	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
687296--687320	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
687329--687457	52	2.5	52	92	0	204	34	17	17	30	1.93
690711--690735	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
690691--690757	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
690798--690822	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
690831--691059	52	4.4	52	98	0	431	36	18	17	27	1.93
697322--697355	13	2.7	13	90	4	52	85	0	14	0	0.60
698328--698534	61	3.4	62	88	4	298	25	28	18	28	1.98
698523--698644	41	2.9	42	89	4	176	22	24	12	40	1.89
698523--698684	42	3.9	42	84	8	170	22	25	11	41	1.86
705301--705458	79	2.0	79	88	2	237	33	11	24	30	1.91
705419--705491	28	2.6	27	85	6	101	27	19	30	23	1.98
705449--705729	79	3.6	78	89	3	422	31	16	27	25	1.96
705739--705974	51	4.6	51	83	3	296	34	10	24	30	1.89
708945--709274	61	5.6	60	85	6	369	27	20	27	24	1.99
709292--709480	55	3.3	56	85	7	249	23	21	26	28	1.99
709127--709425	156	2.0	150	88	6	440	26	19	28	25	1.99
709081--709585	211	2.4	210	93	2	847	25	19	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710556--710640	1	85.0	1	73	0	71	1	2	9	87	0.70
710556--710627	28	2.5	28	90	2	108	1	2	9	86	0.74
710556--710639	29	3.0	27	85	7	105	1	2	9	86	0.70
711303--711360	20	3.0	20	84	2	73	29	10	13	46	1.77
711399--711426	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
711412--711562	52	2.9	51	89	3	230	32	18	16	32	1.93
723269--723331	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
723262--723346	32	2.7	32	96	0	161	37	16	12	32	1.87
723288--723344	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
730098--730265	79	2.1	79	89	0	255	32	12	25	29	1.92
730222--730296	28	2.7	29	89	4	109	28	18	29	24	1.98
730252--730534	79	3.6	78	88	2	406	31	14	26	26	1.95
730549--730777	51	4.5	50	85	5	289	34	11	24	30	1.90
730544--730777	102	2.3	102	89	2	346	34	11	24	30	1.90
733106--733135	13	2.3	13	94	0	51	40	16	16	26	1.90
733458--733483	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
733530--733557	13	2.2	13	100	0	56	32	17	14	35	1.90
733513--733581	33	2.1	33	86	0	93	31	13	17	37	1.88
736351--736550	78	2.6	77	85	4	240	26	24	15	34	1.95
736332--736786	79	5.8	78	74	6	285	28	26	12	32	1.92
736524--736817	158	1.9	158	80	4	351	28	29	10	31	1.90
738181--738231	19	2.6	19	82	17	61	0	9	5	84	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741685--742452	376	2.0	375	89	2	1189	38	19	17	24	1.93
743186--743642	167	2.8	166	78	4	494	32	11	8	47	1.70
743186--743651	166	2.8	165	78	8	498	32	11	8	47	1.70
745678--746161	155	3.1	153	80	7	455	23	15	20	39	1.91
747063--747133	29	2.4	30	81	9	92	19	32	16	30	1.95
747106--747274	33	5.3	32	74	10	159	22	25	11	40	1.88
747142--747255	60	1.9	60	92	1	194	23	25	13	37	1.91
747140--747231	27	3.2	27	70	13	69	22	26	11	39	1.89
747272--747502	31	7.4	31	78	7	218	31	30	17	21	1.96
747272--747502	122	1.9	126	85	5	328	31	30	17	21	1.96
747553--748371	52	15.0	52	74	13	350	24	23	13	37	1.92
747649--748038	113	3.5	113	83	2	423	24	24	13	37	1.91
747831--748513	61	12.0	61	74	12	447	24	24	13	37	1.92
747809--748419	174	3.6	174	79	9	586	24	24	14	37	1.92
747996--748513	113	4.6	113	77	10	472	23	25	14	36	1.93
749211--749261	20	2.5	20	93	0	84	33	17	15	33	1.92
754274--754302	14	2.1	14	100	0	58	62	0	20	17	1.33
755644--755685	22	2.0	22	85	4	59	40	21	4	33	1.74
755691--755744	23	2.4	23	90	6	85	31	18	7	42	1.78
757088--757132	20	2.1	22	84	8	58	13	28	37	20	1.90
763365--763433	32	2.2	32	83	0	84	26	30	30	13	1.93
766528--766587	19	3.1	19	75	13	59	30	13	15	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
767217--768656	49	30.8	51	71	16	632	30	18	25	25	1.98
767217--767699	149	3.2	150	82	4	472	31	16	26	25	1.97
767675--768224	39	12.6	39	69	20	132	28	19	25	26	1.98
767800--768656	48	18.9	47	73	16	686	30	18	25	25	1.98
767625--768505	87	9.9	87	85	5	801	29	19	25	25	1.98
767901--768198	136	2.2	136	91	1	481	30	18	24	26	1.98
768163--768237	39	1.9	39	91	0	123	26	21	22	29	1.99
768112--768417	138	2.2	135	87	1	432	29	19	25	25	1.98
767800--768653	225	3.8	223	90	1	1201	30	18	25	25	1.98
767622--768505	312	2.8	310	82	8	1155	29	19	25	25	1.98
768518--768662	43	3.2	43	77	11	173	31	19	26	23	1.98
768468--768662	92	2.1	93	89	3	295	31	18	26	23	1.97
768653--769000	34	10.8	32	77	13	284	35	12	32	19	1.90
768755--768814	27	2.2	26	88	8	93	30	11	35	23	1.90
768646--768974	128	2.6	123	80	9	308	35	12	32	20	1.89
768867--769092	30	7.1	32	87	5	230	34	14	30	19	1.92
768867--769092	62	3.5	65	85	5	250	34	14	30	19	1.92
768658--769060	129	3.2	128	74	12	339	34	13	31	20	1.91
770315--770368	11	5.1	10	78	17	56	0	1	14	83	0.73
770304--770370	16	4.0	16	83	12	73	0	1	16	82	0.75
770304--770370	18	3.9	17	83	11	75	0	1	16	82	0.75
770324--770370	24	2.0	24	87	8	69	0	2	14	82	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
770325--770377	24	2.2	24	83	6	63	1	3	13	81	0.92
770297--770377	34	2.3	35	77	8	85	2	3	14	79	0.98
778072--778126	20	2.8	20	97	0	101	41	10	10	36	1.75
779938--779963	10	2.6	10	100	0	52	42	26	0	30	1.56
783431--783482	20	2.5	20	81	3	68	36	9	19	34	1.84
787144--787209	13	5.5	13	79	20	90	31	13	16	37	1.88
787128--787209	20	3.7	23	79	19	86	30	12	18	39	1.87
793328--793364	13	2.8	13	91	0	65	37	13	8	40	1.74
795191--795253	33	1.9	33	90	0	99	30	7	17	44	1.77
795966--796019	13	4.6	13	74	25	66	31	12	16	38	1.87
795950--796019	33	2.1	33	92	5	115	30	12	18	38	1.88
797652--797697	15	3.2	15	81	12	60	0	26	0	73	0.83
797662--797700	17	2.2	18	86	4	53	0	28	0	71	0.86
798344--798621	151	1.8	151	88	3	425	53	7	8	30	1.59
803296--803353	13	4.0	13	74	23	53	32	17	15	34	1.91
803310--803394	19	4.7	19	75	20	92	34	18	11	35	1.88
803297--803374	32	2.4	32	97	0	147	33	17	14	34	1.90
804142--804999	48	18.6	48	71	15	517	31	18	25	24	1.98
804223--804555	92	3.6	92	86	4	427	33	18	24	24	1.97
804563--805047	87	5.5	87	88	1	673	30	19	25	25	1.98
804699--805032	39	7.8	39	70	17	220	29	20	25	25	1.99
804563--805042	175	2.7	175	90	0	712	29	19	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806316--806359	15	3.1	15	81	18	58	0	0	15	84	0.63
806325--806372	12	4.2	11	86	7	69	0	0	14	85	0.60
806316--806372	23	2.4	23	85	8	71	0	0	15	84	0.63
806328--806375	21	2.4	20	86	10	71	0	0	14	85	0.60
806316--806375	16	3.7	15	79	16	59	0	0	16	83	0.65
806316--806375	25	2.3	26	86	8	79	0	0	16	83	0.65
806316--806370	12	4.7	11	82	10	56	0	0	16	83	0.64
815926--815959	16	2.1	16	100	0	68	29	11	38	20	1.88
820307--820362	20	2.8	19	83	5	67	37	16	16	30	1.90
820421--820446	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10