genome.fa.s279.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold279
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1516008

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  6  of  10  ( 1159 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820403--820465	32	2.0	32	87	6	92	39	15	15	28	1.89
822673--822717	21	2.1	21	84	8	56	53	6	20	20	1.67
824521--824551	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
826634--826659	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
826780--826826	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
826782--826824	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
829091--829146	20	2.8	19	83	5	67	37	16	16	30	1.90
829205--829230	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
834700--834724	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
838844--838903	22	2.7	22	94	0	102	35	28	0	36	1.58
838912--839019	46	2.4	47	89	7	163	30	23	0	45	1.59
846700--846724	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
852344--852418	20	3.8	20	92	0	123	41	18	12	28	1.86
852383--852500	52	2.3	52	100	0	236	40	20	15	23	1.90
852383--852520	52	2.6	51	93	4	197	42	18	13	24	1.87
852487--852541	21	2.7	21	83	8	69	49	10	10	29	1.72
854318--854383	33	2.0	33	93	0	114	25	10	16	46	1.79
858527--858572	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
859804--859881	37	2.1	37	87	0	111	65	6	7	20	1.41
859817--860148	163	2.0	168	86	2	476	53	11	10	25	1.69
861516--861582	36	1.9	35	85	11	93	32	25	8	32	1.87
862041--862066	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
862020--862084	32	2.0	34	90	6	107	27	12	15	44	1.82
864200--864246	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
866814--866880	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
867319--867383	32	2.0	32	87	6	94	27	10	15	46	1.79
867340--867365	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
869058--869100	11	4.0	11	90	6	70	0	6	2	90	0.52
869058--869100	20	2.1	21	91	4	70	0	6	2	90	0.52
869058--869100	16	2.6	17	85	10	63	0	6	2	90	0.52
869059--869100	18	2.3	18	87	4	57	0	7	2	90	0.53
869058--869091	1	34.0	1	87	0	50	0	5	0	94	0.32
870921--871162	113	2.1	113	78	8	251	33	15	13	36	1.87
874542--874713	77	2.2	78	84	4	222	31	14	23	29	1.94
874692--874811	51	2.4	51	84	2	152	29	16	28	25	1.97
877209--877273	33	2.0	33	87	0	94	41	12	15	30	1.84
877245--877294	20	2.5	20	90	0	73	46	16	12	26	1.81
878000--878185	41	4.4	42	78	10	171	45	11	24	19	1.83
877939--878185	41	5.8	42	74	14	170	41	12	24	21	1.88
878164--878235	37	1.9	37	85	0	99	43	15	30	11	1.81
878214--878567	61	6.0	62	86	4	382	28	18	25	27	1.98
879593--879660	11	6.1	11	81	13	77	0	0	11	88	0.52
879582--879660	1	79.0	1	74	0	68	0	1	11	87	0.61
879582--879660	19	4.2	19	85	6	99	0	1	11	87	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879584--879660	27	2.9	27	88	9	113	0	1	11	87	0.62
879584--879660	8	8.9	8	81	17	84	0	1	11	87	0.62
891256--891332	21	3.7	21	89	3	111	35	12	16	35	1.88
891368--891435	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
891389--891413	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
891370--891432	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
892032--892060	12	2.3	13	94	5	51	86	13	0	0	0.58
893974--894049	27	2.8	28	90	6	111	23	32	21	22	1.98
894032--894254	52	4.3	52	82	7	213	30	25	12	32	1.92
893868--894364	264	1.9	261	86	4	712	29	25	13	31	1.94
896257--896477	79	2.8	78	81	6	225	34	14	23	27	1.94
896331--896605	130	2.1	130	83	4	349	32	13	25	28	1.94
896411--896527	51	2.3	51	87	0	162	31	14	26	27	1.95
898865--898958	47	2.0	47	100	0	188	36	14	4	44	1.65
900407--900449	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
902973--903003	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
904805--904849	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
907387--907607	79	2.8	79	79	8	218	34	14	22	28	1.93
907548--907657	51	2.2	51	84	0	139	33	15	23	27	1.95
907461--907735	130	2.1	129	81	4	329	33	13	25	28	1.93
911208--911262	20	2.8	20	97	0	101	45	10	12	30	1.77
911207--911381	69	2.5	70	88	0	253	42	14	15	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
911281--911330	20	2.5	20	96	0	91	46	16	12	26	1.81
912824--912858	16	2.2	16	89	0	52	60	11	14	14	1.60
917138--917214	28	2.8	28	83	0	91	24	19	32	23	1.97
917249--917418	52	3.3	53	83	3	186	31	12	26	28	1.93
917197--917587	51	7.5	52	70	14	223	31	11	27	30	1.92
917401--917476	27	2.8	28	87	2	100	21	19	35	23	1.96
917087--917587	263	1.9	263	89	3	776	30	12	27	28	1.93
919922--919987	33	2.0	33	84	0	87	40	16	16	25	1.89
921469--922076	55	10.9	55	87	6	668	23	19	28	28	1.98
921469--922015	157	3.3	161	85	9	642	22	20	29	28	1.98
921704--922114	59	7.0	59	88	3	509	26	19	27	26	1.99
923071--923123	1	53.0	1	76	0	52	0	3	7	88	0.61
923080--923113	14	2.5	14	95	4	61	0	0	11	88	0.52
923079--923114	13	2.5	15	86	13	58	0	0	11	88	0.50
923071--923123	24	2.2	24	86	6	72	0	3	7	88	0.61
923071--923124	18	3.0	17	84	12	72	0	3	9	87	0.67
935677--935753	28	2.8	28	83	0	91	24	19	32	23	1.97
935736--935957	51	4.3	51	78	6	205	31	11	26	30	1.92
935940--936015	27	2.8	28	87	2	100	21	19	35	23	1.96
935626--936126	263	1.9	263	89	3	776	30	12	27	28	1.93
938473--938498	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
938453--938518	33	2.0	33	87	0	96	42	16	15	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
939244--939298	19	2.8	20	84	13	78	36	16	14	32	1.89
939284--939310	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
941786--941825	13	3.1	13	96	0	71	40	12	15	32	1.84
947982--948046	33	2.0	32	88	11	96	33	18	12	35	1.88
948002--948028	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
948076--948131	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
948116--948142	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
950002--950033	3	10.7	3	93	0	55	28	34	0	37	1.57
951601--951675	33	2.3	33	97	0	141	32	17	12	38	1.86
951658--951695	20	1.9	20	94	0	67	36	18	15	28	1.92
954759--954887	52	2.5	52	97	0	249	27	18	18	34	1.95
954896--954920	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
954964--955047	13	5.5	13	71	28	60	35	17	13	33	1.89
954972--955034	19	3.7	18	76	24	73	36	17	12	33	1.88
954964--955049	32	2.7	32	96	0	163	37	17	12	32	1.88
955821--956017	49	4.0	49	84	0	232	36	14	23	25	1.93
956034--956157	28	4.3	29	86	5	155	17	16	30	34	1.93
956036--956157	58	2.1	57	83	7	149	18	17	30	34	1.93
956131--956244	34	3.4	34	80	6	115	39	14	28	17	1.89
956151--956239	35	2.6	34	85	5	115	41	11	30	16	1.84
956278--956367	32	2.8	33	77	13	96	32	15	33	18	1.93
956348--956435	28	3.1	28	81	12	115	17	15	35	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
957851--957936	1	86.0	1	69	0	55	0	5	9	84	0.76
957839--957936	12	8.3	12	75	12	71	0	5	11	83	0.79
957839--957923	33	2.6	31	83	7	107	0	3	12	83	0.77
957851--957937	37	2.3	38	88	5	124	0	5	10	83	0.79
957851--957936	41	2.1	40	87	8	129	0	5	9	84	0.76
971780--971908	52	2.5	52	90	0	213	28	16	17	37	1.92
971986--972037	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
971994--972058	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
971986--972056	32	2.2	32	97	0	133	36	18	12	32	1.88
973725--974166	167	2.7	167	86	3	570	28	13	10	47	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10