genome.fa.s279.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold279
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1516008

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  9  of  10  ( 1159 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1329687--1330113	101	4.3	99	76	9	290	31	16	25	26	1.96
1329991--1330239	39	5.9	39	71	16	183	26	19	26	27	1.99
1329945--1330373	87	4.9	88	88	0	610	28	19	25	26	1.98
1330390--1330498	27	3.8	30	78	16	108	22	18	26	33	1.97
1330390--1330498	29	3.9	28	80	11	100	22	18	26	33	1.97
1331243--1331583	49	7.3	49	73	14	281	30	19	25	25	1.98
1331207--1331403	101	2.0	100	83	6	254	34	17	23	23	1.96
1331383--1331799	39	9.7	39	68	18	213	27	19	26	26	1.99
1331334--1332027	88	7.9	88	86	2	943	28	19	25	26	1.99
1331861--1332017	49	3.5	48	69	20	129	31	19	22	26	1.98
1332940--1333923	49	21.9	49	67	18	518	28	19	25	26	1.98
1332940--1333123	101	1.8	101	86	2	271	32	18	25	23	1.97
1333040--1333913	88	10.0	88	87	1	1243	28	19	25	26	1.99
1333943--1334032	28	3.1	28	75	9	76	20	16	26	36	1.93
1334668--1335008	101	3.3	100	78	6	283	33	15	25	25	1.95
1334823--1334997	49	3.5	49	82	4	215	32	18	25	24	1.97
1334924--1335445	88	6.0	87	83	1	650	27	20	26	25	1.99
1335061--1335205	39	3.5	39	73	15	128	24	20	28	26	1.99
1334924--1335445	175	3.0	175	84	1	661	27	20	26	25	1.99
1335295--1335488	49	4.2	49	81	12	246	28	20	25	25	1.99
1335524--1335597	28	2.6	29	81	12	82	21	16	28	33	1.95
1336404--1336578	49	3.5	49	83	7	208	32	17	25	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1336249--1336588	101	3.3	100	76	7	245	33	15	24	25	1.95
1336505--1337026	88	6.0	87	85	0	693	28	19	25	26	1.98
1336654--1336790	39	3.3	38	71	20	103	26	18	27	27	1.98
1336505--1337024	175	3.0	173	86	2	673	28	19	25	26	1.98
1337075--1337145	29	2.5	28	79	6	72	18	18	26	36	1.94
1337933--1338110	49	3.6	49	79	4	185	33	18	24	23	1.97
1338128--1338554	39	9.7	47	67	18	240	29	19	25	25	1.99
1338037--1338554	87	6.0	88	89	2	724	28	19	25	25	1.99
1338569--1338681	29	3.8	30	81	11	144	20	20	29	30	1.97
1338569--1338680	57	1.9	58	85	7	156	19	20	29	30	1.97
1339348--1339642	52	5.8	51	73	9	192	33	16	24	25	1.96
1339468--1339642	49	3.5	49	78	9	165	32	18	24	25	1.97
1339706--1339865	39	3.9	39	71	14	115	26	20	26	26	1.99
1339745--1339903	48	3.5	46	69	16	136	28	20	25	25	1.99
1339569--1340089	88	6.0	88	85	0	661	28	19	25	27	1.98
1340104--1340185	29	2.9	29	81	7	96	19	20	29	30	1.97
1340921--1341157	49	4.7	51	77	7	200	31	17	25	25	1.97
1340872--1341150	52	5.5	49	76	9	220	31	17	25	25	1.97
1340915--1341157	101	2.4	100	80	4	281	32	17	25	25	1.97
1341122--1341580	39	10.7	39	71	17	272	28	20	25	25	1.99
1341161--1341635	88	5.4	88	89	2	668	29	19	25	25	1.99
1341650--1341731	29	2.9	29	81	7	96	19	20	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1342363--1343151	49	16.9	49	69	16	354	31	17	24	26	1.97
1342418--1342696	52	5.5	51	76	6	217	32	17	24	25	1.97
1342466--1342702	101	2.3	100	79	4	262	32	17	24	25	1.97
1342619--1343141	175	3.0	176	89	1	798	29	19	25	26	1.98
1342619--1343141	263	2.0	264	90	1	816	29	19	25	26	1.98
1342619--1343141	88	6.0	88	90	0	780	29	19	25	26	1.98
1343168--1343268	29	3.5	29	75	10	100	18	17	30	32	1.95
1344120--1344175	19	2.9	19	89	2	76	35	16	16	32	1.90
1344141--1344203	32	1.9	33	87	9	94	41	12	17	28	1.86
1346626--1346653	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
1349678--1350228	289	1.9	289	98	0	1066	34	15	16	34	1.90
1352800--1352830	13	2.4	13	94	0	53	35	6	16	41	1.74
1352875--1352930	19	2.9	19	91	2	85	35	17	16	30	1.92
1352915--1352941	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1353861--1354163	52	5.9	52	76	9	142	33	16	25	24	1.96
1353890--1354204	101	3.1	101	81	5	321	33	16	26	24	1.96
1353896--1354433	49	11.4	49	75	12	269	31	18	25	24	1.97
1354166--1354366	39	4.9	39	77	11	195	26	20	26	26	1.99
1354117--1354327	88	2.4	88	86	0	314	28	19	26	25	1.99
1354166--1354415	127	2.0	127	87	1	367	28	20	25	26	1.99
1354442--1354542	29	3.5	30	77	13	113	18	16	32	31	1.94
1355202--1355512	52	6.1	50	77	5	284	32	17	25	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1355169--1355503	154	2.2	152	82	7	383	32	17	25	24	1.97
1355202--1355499	101	2.9	102	81	4	307	32	17	25	24	1.97
1355568--1355814	39	5.9	39	69	15	152	28	20	26	25	1.99
1355607--1355765	48	3.5	48	75	15	192	28	19	25	25	1.99
1355431--1355956	88	6.0	87	86	2	655	29	19	24	26	1.98
1355430--1355951	175	3.0	173	87	2	702	29	19	24	26	1.99
1355966--1356080	29	3.9	30	82	11	139	20	19	29	30	1.97
1356866--1357039	49	3.5	49	83	6	233	31	18	26	24	1.98
1356818--1357039	101	2.2	101	84	4	297	31	16	26	25	1.96
1356966--1357795	87	9.5	87	86	3	1087	28	19	26	26	1.98
1357229--1357646	48	9.5	48	66	20	221	27	19	26	26	1.99
1357712--1357789	39	2.0	39	94	0	138	25	20	25	28	1.99
1357866--1357936	29	2.4	29	100	0	142	18	19	33	28	1.95
1357812--1357936	57	2.2	58	79	4	128	19	18	31	31	1.96
1358575--1358900	52	6.4	51	76	7	261	32	15	26	26	1.95
1358671--1358900	101	2.3	101	84	3	293	32	14	26	26	1.95
1358829--1359351	88	6.0	88	89	1	773	28	18	26	26	1.98
1359180--1359356	49	3.8	49	71	14	167	29	18	25	25	1.98
1358829--1359351	263	2.0	264	88	2	784	28	18	26	26	1.98
1359378--1359477	29	3.5	29	76	10	107	18	18	31	33	1.94
1360313--1360377	33	2.0	33	87	0	94	24	18	16	40	1.91
1363026--1363074	19	2.5	20	90	3	73	28	16	14	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1364110--1364375	58	4.6	59	79	1	241	27	25	13	33	1.93
1364110--1364349	116	2.1	117	81	2	277	27	25	12	34	1.92
1368908--1368960	28	2.0	26	88	7	79	24	16	33	24	1.96
1368857--1369195	78	4.3	78	76	9	285	35	12	26	25	1.92
1368857--1369242	80	4.9	78	77	7	289	36	12	25	26	1.91
1372413--1373041	165	3.8	165	79	7	568	33	10	8	47	1.69
1372413--1373041	330	1.9	329	80	7	738	33	10	8	47	1.69
1373337--1373382	21	2.2	21	84	7	58	71	0	21	6	1.08
1374116--1374141	10	2.6	10	100	0	52	26	0	0	73	0.84
1375327--1375371	19	2.3	19	84	3	54	37	15	15	31	1.89
1378056--1378095	20	2.0	21	95	5	73	30	15	15	40	1.87
1384832--1385209	158	2.4	155	78	5	409	24	15	19	40	1.90
1386390--1386443	21	2.6	21	82	5	65	37	14	12	35	1.85
1386478--1386526	20	2.4	21	90	10	75	34	16	14	34	1.89
1390942--1390980	21	1.9	20	89	5	60	41	15	5	38	1.69
1391260--1391290	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
1397205--1397429	92	2.4	93	75	6	224	20	19	13	46	1.83
1397441--1397681	91	2.6	92	84	5	299	19	18	14	47	1.83
1397586--1397664	32	2.5	31	78	13	81	17	18	15	48	1.82
1397215--1397808	93	6.4	92	75	6	443	20	18	14	46	1.83
1397205--1397808	184	3.3	182	77	6	527	20	18	14	47	1.83
1404925--1405096	79	2.2	80	82	5	206	34	11	24	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1406901--1407009	50	2.2	50	91	0	173	42	15	17	24	1.88
1410179--1410232	26	2.2	24	83	6	63	29	0	3	66	1.09
1410178--1410233	20	2.7	21	84	13	71	30	0	3	66	1.09
1410279--1410319	17	2.4	17	87	0	64	29	2	2	65	1.18
1410367--1410412	4	10.8	4	82	13	56	21	0	2	76	0.90
1410358--1410412	13	4.2	13	86	4	58	21	0	3	74	0.97
1410357--1410424	9	7.4	9	74	22	54	22	1	2	73	1.05
1410367--1410413	17	2.7	17	81	15	60	21	0	2	76	0.89
1412265--1412336	35	2.1	35	89	0	108	29	15	15	40	1.88
1413520--1413607	35	2.5	36	80	9	101	27	2	4	65	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10