genome.fa.s282.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold282
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1446459

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  1  of  10  ( 1099 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1685--1710	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
4268--4323	21	2.6	22	75	13	64	55	7	14	23	1.63
8205--8291	20	4.6	20	75	21	89	26	14	12	45	1.81
8224--8291	13	6.0	13	66	30	57	27	14	13	44	1.83
8205--8275	33	2.2	33	100	0	142	23	14	12	49	1.77
10852--10877	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
10833--10897	32	2.0	33	87	3	96	41	16	13	27	1.87
12504--12542	13	3.0	13	96	0	69	33	15	20	30	1.94
14429--14469	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
14509--14599	20	4.6	19	83	5	101	39	16	13	30	1.87
14569--14693	53	2.3	54	91	4	216	36	18	17	27	1.93
16280--16333	20	2.7	20	100	0	108	46	18	11	24	1.81
16386--16436	20	2.6	20	90	3	77	43	17	13	25	1.86
17280--17426	42	3.7	39	78	14	151	42	10	25	21	1.85
17280--17451	42	4.3	42	79	11	139	39	11	25	23	1.88
17442--17734	61	4.8	60	82	5	322	27	18	27	26	1.98
17450--17759	120	2.6	120	83	5	358	27	18	27	26	1.98
18735--18776	18	2.3	18	87	0	57	0	4	9	85	0.72
28301--28351	12	4.3	11	83	16	66	84	13	0	1	0.71
28301--28352	19	2.8	18	77	13	61	84	13	0	1	0.70
28301--28357	25	2.3	25	84	9	80	82	15	0	1	0.75
28307--28355	13	3.8	13	81	5	64	85	12	0	2	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28307--28355	19	2.6	19	83	6	64	85	12	0	2	0.68
28301--28363	13	4.9	13	75	21	53	80	14	1	3	0.90
28299--28367	35	2.0	35	85	0	93	79	15	1	2	0.92
29516--29980	31	15.1	30	79	11	455	22	29	15	32	1.95
29516--29980	61	7.6	61	80	8	464	22	29	15	32	1.95
29958--32518	34	80.7	34	76	14	2438	20	32	11	36	1.88
29980--32510	61	40.0	62	79	10	1719	20	31	11	36	1.88
29927--32517	95	27.2	95	81	8	2235	20	32	11	36	1.89
32425--32477	27	2.0	27	92	0	88	24	33	13	28	1.93
32491--32586	30	3.3	29	78	7	88	34	30	16	18	1.93
32603--33077	49	9.9	49	79	4	412	25	24	16	33	1.96
32665--32931	137	1.9	137	83	0	345	26	25	15	32	1.95
32613--32978	186	2.0	186	90	1	581	26	25	15	32	1.96
33987--34041	20	2.7	21	88	5	78	32	14	12	40	1.84
35483--35521	21	1.9	20	85	15	53	53	2	2	41	1.28
55987--56027	18	2.2	19	86	8	57	80	14	2	2	0.92
55987--56029	19	2.3	18	80	4	59	76	13	4	4	1.10
57776--58327	79	7.0	79	84	4	684	34	13	24	27	1.93
57776--58327	237	2.3	235	89	2	829	34	13	24	27	1.93
58284--58354	27	2.6	27	80	6	72	23	18	28	29	1.98
58342--58468	51	2.5	51	84	5	159	33	12	25	29	1.92
60820--60845	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60884--60959	32	2.4	32	93	0	125	34	18	14	32	1.91
60916--60940	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
61678--61994	30	10.1	31	71	16	174	23	30	13	32	1.93
61609--61923	158	2.0	158	90	2	499	23	31	13	31	1.93
61837--62011	64	2.8	63	79	6	185	24	31	12	32	1.92
62174--62345	43	3.8	43	72	13	146	25	22	18	33	1.97
62204--62492	51	5.8	51	74	10	222	25	23	16	34	1.96
62170--62619	95	4.7	95	74	9	287	26	23	16	32	1.96
62318--62492	53	3.4	50	79	6	174	25	24	16	33	1.96
62454--62531	39	2.0	39	84	0	102	32	25	17	24	1.97
62419--62668	92	2.8	90	83	6	299	28	25	17	29	1.97
70901--70977	20	3.8	20	74	6	75	40	12	15	31	1.85
71514--72566	57	18.4	57	86	3	1323	23	17	30	29	1.97
73814--73844	8	3.9	8	100	0	62	0	0	9	90	0.46
84650--84675	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
89170--89200	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
93244--93269	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
93308--93360	20	2.6	21	87	3	72	30	20	13	35	1.91
98091--98141	20	2.6	20	87	3	68	27	13	19	39	1.90
100533--100573	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
100707--100740	13	2.6	13	90	0	50	38	17	11	32	1.86
105289--105319	9	3.4	9	95	0	53	25	35	0	38	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106909--106959	20	2.6	20	87	3	68	27	13	19	39	1.90
107031--107055	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
107598--107675	20	3.9	20	80	6	95	41	11	14	33	1.81
111790--111814	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
111772--111834	33	1.9	33	86	0	90	28	15	15	39	1.89
115460--115766	30	9.8	31	73	12	211	22	29	16	31	1.96
115385--115708	158	2.0	158	91	1	515	21	29	15	32	1.95
115615--115773	64	2.6	62	85	6	200	20	28	15	34	1.94
115385--115793	158	2.6	154	83	7	419	21	30	15	32	1.94
115739--115947	33	6.3	34	71	16	129	22	33	10	34	1.88
115972--116159	43	4.1	43	76	12	169	25	25	17	31	1.97
115977--116209	95	2.5	93	85	3	286	26	25	17	30	1.97
116112--116257	51	2.8	52	84	5	197	24	28	16	30	1.96
116166--116474	92	3.4	91	78	5	365	26	26	17	28	1.98
116166--116527	92	4.0	90	77	7	324	27	26	17	28	1.98
116488--116630	53	2.7	53	80	7	159	23	27	14	33	1.94
116676--116812	61	2.2	61	83	2	168	21	24	12	41	1.87
119088--119118	16	2.0	15	93	6	53	38	32	9	19	1.84
121941--121994	12	4.7	11	80	15	56	3	22	0	74	0.98
121941--121997	22	2.4	24	80	11	64	5	22	0	71	1.05
121958--121991	13	2.7	13	90	4	52	0	23	0	76	0.79
122455--122878	167	2.6	165	80	6	434	52	9	10	27	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124765--124806	19	2.2	19	91	0	66	35	16	19	28	1.93
124627--124961	173	1.9	173	82	3	422	35	18	19	26	1.95
128859--128913	28	2.0	27	86	10	76	32	20	29	18	1.96
128945--129015	28	2.5	28	84	13	101	29	18	30	21	1.97
128796--129067	107	2.5	107	80	2	339	34	14	23	27	1.94
129005--129154	51	2.9	51	80	0	165	36	9	22	32	1.86
129025--129173	51	2.9	51	81	2	174	35	10	24	29	1.89
131506--131535	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
132153--132418	41	6.5	40	72	19	122	41	13	26	18	1.87
132242--132423	42	4.2	42	73	16	158	43	13	25	17	1.86
132414--132776	61	6.1	61	81	8	340	29	19	26	24	1.98
132632--132795	57	2.9	55	81	8	204	28	21	25	24	1.99
132816--133061	55	4.4	55	86	3	276	24	21	25	28	1.99
133363--133419	13	3.9	13	72	24	51	36	12	17	33	1.87
133365--133445	32	2.5	32	92	4	128	35	13	16	34	1.88
147433--147505	33	2.2	33	87	2	103	87	8	4	0	0.65
147439--147506	20	3.3	20	80	15	77	85	8	5	0	0.75
147433--147505	11	6.7	11	80	7	78	87	8	4	0	0.65
147433--147496	1	64.0	1	77	0	65	89	6	4	0	0.61
148912--149239	29	11.5	29	84	6	411	31	29	16	22	1.96
148916--149239	57	5.7	57	85	3	418	31	29	16	21	1.96
148911--149239	86	3.8	85	89	2	462	31	29	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150363--150465	13	7.0	13	75	23	89	34	14	16	33	1.89
150363--150465	45	2.3	45	96	0	188	34	14	16	33	1.89
150483--150508	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
153704--153867	55	2.9	56	87	5	222	24	21	27	26	2.00
153827--153905	38	2.1	38	90	0	122	24	21	26	27	1.99
153752--154132	93	4.0	94	71	17	257	25	19	28	26	1.99
153990--154070	42	1.9	42	92	0	135	24	16	30	28	1.96
154052--154242	55	3.5	55	89	0	276	26	21	24	27	1.99
155310--155356	7	6.6	7	83	13	51	0	10	4	85	0.74
155324--155358	13	2.6	13	95	4	61	0	2	5	91	0.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10