genome.fa.s282.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold282
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1446459

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  2  of  10  ( 1099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168788--168839	19	2.6	20	93	6	88	26	11	15	46	1.80
169485--169552	29	2.3	29	100	0	136	27	35	5	30	1.81
171392--171429	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
173509--173539	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
175314--175358	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
177239--177298	32	1.9	30	83	12	77	58	10	10	21	1.60
177559--177621	32	1.9	33	93	6	110	30	12	12	44	1.80
178172--178196	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
178236--178289	20	2.7	20	91	0	90	33	11	20	35	1.88
180356--180414	21	2.8	21	86	0	73	61	0	22	16	1.35
183119--183310	96	2.0	96	98	0	375	42	6	18	33	1.75
183821--183949	52	2.5	52	97	0	240	29	17	17	34	1.94
183821--183969	52	2.9	51	90	4	228	30	17	18	33	1.94
183958--183982	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
184025--184172	19	8.7	19	74	25	152	35	18	12	33	1.88
184044--184068	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
184023--184087	32	2.0	32	96	0	121	36	16	12	33	1.87
184025--184138	51	2.2	51	98	0	219	35	18	12	33	1.88
184076--184171	32	3.0	32	98	1	183	34	18	12	34	1.89
184095--184151	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
185238--185311	28	2.6	29	83	12	100	25	21	31	21	1.98
185294--185464	51	3.4	51	77	3	175	32	14	23	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187753--187906	69	2.2	69	84	0	200	41	13	16	27	1.87
188235--188925	65	10.7	65	75	3	462	45	12	20	20	1.84
188235--188912	130	5.2	129	77	4	533	45	12	20	20	1.84
188688--188953	130	2.0	130	79	7	281	44	10	21	23	1.83
189411--189740	76	4.4	75	75	6	256	46	11	17	24	1.81
189411--189739	152	2.2	151	80	5	362	46	11	17	24	1.81
190298--190413	38	3.1	37	82	6	144	17	12	13	56	1.66
190310--190413	38	2.8	38	85	7	149	15	11	13	59	1.61
197933--198061	52	2.5	52	88	0	204	28	18	17	35	1.93
198137--198234	19	5.8	18	69	28	81	37	18	11	32	1.86
198132--198232	32	3.1	32	92	1	166	36	18	10	33	1.86
198886--199042	43	3.1	52	74	16	170	35	15	24	24	1.95
199102--199398	49	6.1	52	77	14	246	34	16	23	25	1.96
198779--199258	218	2.2	218	94	0	836	34	15	25	24	1.95
199124--199451	43	7.0	46	79	13	343	32	17	24	25	1.97
199115--199451	92	3.6	92	90	3	500	32	17	24	25	1.97
199447--199649	29	6.9	28	83	7	102	22	17	29	31	1.96
199486--200144	59	11.2	58	91	2	917	24	16	30	28	1.97
199486--200144	29	22.4	29	88	3	917	24	16	30	28	1.97
201583--201661	1	79.0	1	71	0	50	1	2	11	84	0.77
201583--201660	22	3.4	22	78	19	79	1	2	11	84	0.78
201585--201663	29	2.7	28	84	9	104	1	2	12	83	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201583--201641	26	2.3	26	82	8	75	0	3	10	86	0.68
212413--212603	35	5.4	35	88	7	280	20	36	10	32	1.88
212414--212603	105	1.8	105	93	2	328	20	35	11	32	1.88
212585--212691	33	3.2	33	95	1	196	27	36	16	19	1.93
212691--213326	49	12.8	49	85	2	840	25	26	16	30	1.97
212691--213264	98	5.8	98	96	0	995	25	26	17	30	1.97
212691--213486	49	15.5	55	82	7	308	25	26	16	32	1.96
213174--213572	171	2.3	171	94	1	690	24	24	14	36	1.92
214371--214440	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
214391--214415	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
214480--214504	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
214513--214641	52	2.5	52	92	0	213	37	17	15	30	1.90
221863--221899	1	37.0	1	94	0	65	97	0	2	0	0.18
222874--223128	35	7.3	35	84	7	315	21	34	11	32	1.90
223110--223216	33	3.2	33	95	1	196	27	36	16	19	1.93
223216--223851	49	12.8	49	85	2	840	25	26	16	30	1.97
223216--223789	98	5.8	98	96	0	995	25	26	17	30	1.97
223216--224011	49	15.5	55	82	7	308	25	26	16	32	1.96
223699--224097	171	2.3	171	94	1	690	24	24	14	36	1.92
224896--224965	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
224916--224940	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
225005--225029	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225038--225166	52	2.5	52	92	0	213	37	17	15	30	1.90
232378--232414	1	37.0	1	94	0	65	97	0	2	0	0.18
233389--233643	35	7.3	35	84	7	315	21	34	11	32	1.90
233625--233731	33	3.2	33	95	1	196	27	36	16	19	1.93
233731--234366	49	12.8	49	85	2	840	25	26	16	30	1.97
233731--234304	98	5.8	98	96	0	995	25	26	17	30	1.97
233731--234526	49	15.5	55	82	7	308	25	26	16	32	1.96
234214--234612	171	2.3	171	94	1	690	24	24	14	36	1.92
235411--235480	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
235431--235455	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
235520--235544	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
235553--235681	52	2.5	52	92	0	213	37	17	15	30	1.90
241772--241830	13	5.0	13	73	23	67	38	15	16	28	1.89
241872--241937	19	3.8	19	77	22	90	36	18	12	33	1.88
241893--241917	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
241874--241936	32	2.0	32	100	0	126	34	19	12	33	1.89
247810--248168	155	2.3	155	80	3	409	26	15	18	39	1.90
252277--252596	159	2.0	160	85	3	439	40	14	10	35	1.80
253331--253400	10	6.7	10	76	15	70	7	18	0	74	1.04
254402--254448	19	2.4	19	85	3	58	31	17	14	36	1.90
254501--254525	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
255631--255656	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259709--259747	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
261755--261832	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
261819--261857	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
264391--264416	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
270585--270624	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
272350--272391	20	2.0	21	95	4	77	33	4	26	35	1.77
272950--273012	32	1.9	33	87	3	92	30	15	14	39	1.87
273043--273139	20	5.6	20	61	30	60	31	19	18	29	1.96
273044--273166	33	3.7	33	96	0	228	32	18	18	30	1.95
275770--275973	44	4.6	44	81	5	227	44	15	19	21	1.87
276006--276189	44	4.2	44	77	5	167	47	14	19	19	1.83
277417--277465	14	3.3	15	83	8	57	8	4	6	81	0.97
277429--277466	15	2.5	16	83	12	53	2	2	7	86	0.74
278885--278935	20	2.6	20	90	3	77	33	13	11	41	1.81
292059--292385	162	2.0	162	87	4	471	40	13	10	36	1.78
293091--293133	13	3.4	13	80	3	52	0	20	2	76	0.89
295081--295147	33	2.0	32	86	11	91	34	17	11	35	1.87
295217--295243	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
295198--295262	32	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
297851--297891	20	2.0	20	90	9	66	53	19	0	26	1.45
303874--303939	20	3.7	20	73	26	83	30	18	12	39	1.87
303894--303957	13	5.4	13	76	17	68	32	15	14	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303874--303973	33	3.0	33	94	5	168	32	18	13	37	1.88
304002--304058	19	2.9	19	84	5	69	33	17	15	33	1.92
304043--304069	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
304025--304088	33	2.0	32	90	3	101	39	17	17	26	1.91
305001--305760	166	4.5	166	79	6	793	51	8	10	29	1.66
304996--305760	337	2.3	330	79	6	853	51	8	10	29	1.66
312971--313371	160	2.4	165	81	5	485	28	11	7	51	1.66
314204--314244	11	3.5	11	86	6	55	80	0	19	0	0.71
314188--314255	13	5.2	13	90	0	109	80	0	19	0	0.70
314188--314277	26	3.7	24	80	11	85	78	0	17	3	0.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10