genome.fa.s282.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold282
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1446459

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  5  of  10  ( 1099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
622608--622745	52	2.6	55	82	5	167	24	24	15	34	1.95
623359--623383	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
623339--623407	32	2.1	33	94	2	122	34	11	17	36	1.86
623445--623472	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
623478--623606	52	2.5	52	97	0	240	34	18	19	27	1.95
634491--634580	31	2.9	31	85	5	119	32	30	18	18	1.96
634648--635115	52	8.9	51	76	10	379	23	25	17	34	1.96
634648--635115	104	4.4	103	76	9	431	23	25	17	34	1.96
634642--635114	155	3.0	154	82	7	520	23	24	17	34	1.95
634900--635203	61	5.3	60	76	11	241	24	25	14	35	1.93
634855--635072	113	1.9	112	85	4	296	23	26	15	34	1.94
634872--635181	165	1.9	165	89	1	487	23	25	15	34	1.94
641803--642533	75	9.8	74	72	9	389	27	21	11	39	1.88
641989--642185	70	2.7	73	83	7	231	24	21	11	41	1.87
643295--643337	20	2.2	20	86	0	59	51	11	6	30	1.65
655033--655057	13	1.9	13	100	0	50	32	16	24	28	1.96
656906--656952	21	2.2	22	88	3	69	53	2	21	23	1.57
657640--657691	19	2.7	19	90	3	77	32	19	11	36	1.87
657742--657769	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
657724--657786	33	1.9	33	87	6	92	34	11	19	34	1.87
658714--658939	79	2.8	80	75	7	208	34	10	23	30	1.89
658773--659030	79	3.2	78	78	5	261	39	10	19	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
658664--659046	159	2.4	158	81	6	436	37	11	23	28	1.89
658986--659082	50	1.9	51	89	2	151	42	10	17	29	1.82
658984--659097	51	2.3	50	83	4	140	42	10	17	28	1.82
659033--659445	79	5.3	79	73	3	332	38	12	21	28	1.89
658903--659176	129	2.1	131	84	4	358	41	11	18	28	1.85
659034--659474	157	2.8	154	83	5	542	39	11	20	28	1.88
659276--659474	79	2.5	79	78	4	222	37	12	22	27	1.90
664022--664553	176	3.0	179	81	8	610	43	19	12	25	1.85
664374--664770	204	1.9	206	83	3	505	41	20	11	25	1.86
667370--667408	20	2.0	19	85	5	51	38	15	2	43	1.60
671195--671238	18	2.6	17	85	7	54	65	6	25	2	1.28
671858--671886	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
672521--672554	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
677723--677761	2	20.0	2	84	5	53	46	2	0	51	1.14
679131--679159	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
679514--679541	5	5.6	5	100	0	56	39	0	42	17	1.50
681738--681805	21	3.1	23	83	10	81	39	1	0	58	1.07
686203--686236	16	2.1	16	88	0	50	55	0	0	44	0.99
687028--687067	20	2.0	21	90	5	64	60	0	0	40	0.97
687135--687189	22	2.6	21	77	11	67	36	0	1	61	1.06
688049--688148	42	2.4	43	86	8	152	40	5	9	46	1.57
690327--690364	20	1.9	20	88	0	58	52	5	2	39	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
692623--692678	19	2.9	19	86	2	67	35	14	16	33	1.88
692644--692708	32	2.0	33	87	3	96	41	12	15	30	1.84
693282--693323	22	1.9	22	90	0	66	21	33	4	40	1.74
695223--695264	13	3.1	14	86	6	52	52	14	7	26	1.67
699017--699056	20	2.0	20	85	14	55	30	12	5	52	1.60
701282--701335	20	2.7	20	91	5	83	35	18	12	33	1.89
702555--702661	52	2.1	51	84	5	135	32	16	15	34	1.91
702626--702663	20	1.9	20	94	0	67	36	13	13	36	1.83
702709--702759	19	2.6	20	87	3	77	41	15	15	27	1.88
703794--703833	17	2.2	17	86	8	53	25	2	10	62	1.39
704196--704243	20	2.4	20	85	0	69	33	12	14	39	1.84
704208--704344	51	2.7	51	91	0	220	29	18	12	40	1.87
708034--708243	59	3.6	60	77	7	191	27	13	12	46	1.80
708082--708173	29	3.1	28	66	25	64	23	17	14	44	1.85
711990--712164	93	1.9	92	85	1	242	33	14	13	38	1.85
712555--712694	52	2.7	52	85	5	176	30	13	13	42	1.83
714997--715201	97	2.1	97	88	1	304	31	21	9	37	1.86
717557--717609	20	2.6	21	87	3	72	35	16	16	30	1.92
720070--720294	98	2.3	97	80	2	272	27	21	12	38	1.90
722199--722402	81	2.5	81	79	4	207	37	9	23	28	1.87
722291--722533	133	1.8	131	83	1	315	34	10	25	29	1.89
722392--722560	79	2.1	79	81	3	196	33	9	25	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
722518--722577	28	2.1	28	90	0	93	26	13	33	26	1.93
722526--722588	28	2.2	28	82	0	72	30	17	28	23	1.97
723833--723892	25	2.4	25	97	0	111	51	6	21	20	1.70
726096--726345	134	1.8	135	85	6	351	42	13	19	24	1.88
725790--726345	72	8.0	67	73	10	316	38	14	20	26	1.92
731105--731156	20	2.5	20	90	3	77	40	11	15	32	1.83
739840--740262	42	10.3	42	71	13	200	19	21	14	44	1.86
740123--740193	36	2.0	36	86	2	99	15	21	19	43	1.87
740304--740729	149	2.9	148	84	5	522	30	23	22	24	1.99
740648--740762	31	3.8	30	82	2	122	28	28	25	17	1.97
750025--750050	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
750089--750164	20	3.8	20	79	8	73	28	15	14	40	1.87
752708--752761	20	2.7	20	85	0	63	37	16	9	37	1.81
752812--752874	32	1.9	32	87	9	92	39	15	14	30	1.87
757218--757244	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
757646--757827	88	2.1	88	82	4	215	41	17	21	20	1.91
758214--758238	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
761378--762548	88	13.4	88	79	4	1018	40	16	22	19	1.91
761450--762548	44	25.2	44	70	12	575	40	16	22	20	1.91
762415--762596	88	2.1	88	79	8	192	41	17	21	19	1.91
762594--762724	48	2.7	48	80	0	154	40	19	19	20	1.92
762759--762846	30	2.9	31	72	11	83	44	10	18	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763532--763713	88	2.1	88	80	8	201	46	14	18	20	1.84
765567--766154	154	3.8	152	79	8	532	36	21	19	22	1.95
772755--772795	12	3.5	12	93	3	66	39	0	0	60	0.96
773312--773618	166	1.8	166	79	4	359	43	7	15	33	1.76
774950--775138	72	2.7	75	76	12	184	57	13	0	28	1.41
775096--775157	25	2.4	27	76	17	69	62	9	0	27	1.26
775248--775288	18	2.3	18	87	8	57	63	0	2	34	1.08
775507--775558	21	2.6	20	82	8	61	44	0	3	51	1.19
775713--775756	14	3.1	14	80	9	54	47	0	6	45	1.29
775764--775800	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
775938--775979	21	2.0	20	86	4	57	45	0	0	54	0.99
776557--776603	16	2.9	17	78	12	62	10	14	23	51	1.74
776605--776629	12	2.1	12	100	0	50	24	16	24	36	1.94
776617--776652	17	2.1	17	94	0	63	22	11	25	41	1.86
777719--777762	22	2.0	22	90	0	70	38	2	6	52	1.41
779515--779649	20	6.8	20	73	0	108	32	28	9	29	1.89
779527--779632	40	2.7	40	93	0	176	33	28	10	28	1.90
779574--779647	10	7.4	10	77	6	69	35	25	9	29	1.88
779519--779649	40	3.3	40	88	2	174	33	28	9	28	1.89
783262--783367	40	2.7	40	87	0	149	33	26	9	30	1.88
783349--783381	10	3.3	10	91	0	57	39	21	9	30	1.84
783303--783384	40	2.0	40	83	4	103	37	23	7	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786445--786475	9	3.4	9	95	0	53	25	3	22	48	1.66
791079--791131	20	2.7	19	85	8	70	37	11	16	33	1.85
791084--791130	20	2.3	21	85	10	71	40	10	14	34	1.81
791116--791141	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
794812--794837	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
794910--794975	33	2.0	33	90	0	105	36	16	16	30	1.91
795565--795642	31	2.5	31	100	0	156	21	37	2	38	1.68
797275--797315	22	2.0	20	86	13	57	43	4	19	31	1.72
797285--797325	22	1.9	22	85	5	57	48	4	17	29	1.67
797437--797475	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10