genome.fa.s282.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold282
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1446459

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  9  of  10  ( 1099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1233951--1234261	52	5.9	52	66	16	142	31	12	26	28	1.93
1233817--1234264	211	2.1	211	92	1	754	30	13	27	28	1.94
1233927--1234271	104	3.3	104	73	7	354	31	12	26	29	1.93
1236558--1236583	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1236537--1236603	34	2.0	33	91	2	107	44	13	16	25	1.84
1236627--1236678	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
1236635--1236720	19	4.7	19	72	20	76	37	16	12	33	1.87
1236627--1236699	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
1237790--1237856	33	2.0	33	85	0	89	43	17	13	25	1.86
1237876--1237943	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1237898--1237922	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1237879--1237941	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1238665--1239216	55	9.6	59	85	5	534	25	21	27	25	1.99
1238665--1239216	234	2.4	229	89	4	801	25	21	27	25	1.99
1243297--1243322	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1244020--1244063	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
1247951--1247981	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1249785--1249829	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1252046--1252071	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1254609--1254657	22	2.3	22	85	3	64	83	8	8	0	0.81
1255605--1255960	30	11.7	30	80	10	370	24	28	16	29	1.97
1255605--1255973	61	6.1	61	83	5	426	24	29	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1255589--1255954	122	3.0	122	88	1	538	25	29	16	28	1.97
1255958--1256068	37	3.1	35	86	13	156	17	34	10	37	1.84
1255927--1256094	37	5.0	33	81	9	155	19	32	11	36	1.88
1256007--1256156	34	4.5	34	79	10	123	19	30	12	37	1.89
1256222--1256665	52	8.9	49	83	7	515	22	25	18	33	1.97
1256313--1256706	52	7.7	52	86	5	541	22	25	18	34	1.96
1256222--1256714	101	4.9	101	86	5	637	23	25	18	32	1.97
1256222--1256706	154	3.2	152	83	6	614	23	25	18	32	1.97
1256222--1256733	206	2.5	203	84	8	681	23	25	17	33	1.97
1256699--1256824	51	2.4	52	93	1	209	30	25	11	32	1.92
1257574--1257630	21	2.8	20	84	10	71	31	17	14	36	1.89
1257595--1257745	52	2.9	52	88	2	223	37	17	15	29	1.91
1261522--1261983	159	2.9	158	71	10	404	32	17	14	36	1.89
1262560--1264127	605	2.6	600	83	4	1913	32	17	13	36	1.88
1263776--1264241	159	2.9	157	69	11	367	33	16	12	37	1.86
1263778--1264444	317	2.1	319	85	3	900	32	17	12	37	1.87
1264025--1264454	158	2.7	156	70	11	345	30	17	13	37	1.89
1263778--1264567	317	2.5	317	81	3	732	32	17	13	37	1.88
1265107--1266613	611	2.5	607	86	2	2095	33	17	13	36	1.89
1267025--1274057	612	11.6	608	77	7	6054	32	16	13	37	1.88
1273097--1273589	157	3.1	155	66	12	360	31	16	14	37	1.89
1273739--1274377	320	2.0	319	84	2	834	33	18	13	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1274699--1274743	22	2.0	22	95	0	81	17	2	26	53	1.56
1274924--1274964	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
1275044--1275176	53	2.5	53	93	1	221	35	19	18	26	1.95
1275213--1275244	10	3.2	10	95	0	55	28	28	3	40	1.71
1275232--1275288	21	2.6	22	88	5	98	29	24	8	36	1.86
1275223--1275323	21	4.5	23	78	17	74	28	24	8	37	1.86
1275313--1275396	32	2.5	33	88	11	120	30	19	14	35	1.91
1276479--1276504	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1276489--1276545	19	2.9	19	86	2	78	31	17	17	33	1.93
1276575--1276627	20	2.7	20	88	5	72	33	13	18	33	1.90
1284115--1284167	13	4.5	13	71	26	55	35	13	15	35	1.86
1284099--1284167	33	2.1	33	91	5	113	33	13	17	36	1.88
1284126--1284165	20	2.0	20	95	0	71	37	12	15	35	1.85
1285058--1286484	159	9.0	159	66	11	724	32	17	13	37	1.88
1284902--1286484	318	5.0	317	85	3	1985	32	17	13	37	1.88
1289981--1291210	633	1.9	635	92	0	2043	31	18	16	33	1.93
1290889--1297497	318	20.8	316	84	3	8020	32	17	13	37	1.88
1290889--1297497	635	10.4	635	84	2	8199	32	17	13	37	1.88
1301311--1305115	318	12.0	317	84	3	4578	32	16	13	37	1.88
1301309--1305115	159	24.1	156	67	13	1427	32	16	13	37	1.88
1301311--1305115	316	12.0	318	83	3	4564	32	16	13	37	1.88
1308405--1308444	21	1.9	21	90	10	64	32	12	22	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1308970--1313375	159	27.8	159	67	9	1936	32	16	13	36	1.89
1308970--1313437	318	14.1	318	86	2	5629	32	16	13	37	1.89
1308970--1313437	635	7.0	634	87	2	5608	32	16	13	37	1.89
1313849--1314939	159	6.9	157	68	12	537	32	17	12	37	1.88
1313795--1314936	318	3.6	318	86	1	1556	32	17	12	37	1.88
1315728--1315834	30	3.5	30	71	13	101	26	15	15	42	1.87
1318148--1318260	51	2.3	50	84	3	147	29	26	11	32	1.91
1318245--1318318	28	2.6	28	83	10	98	28	33	14	22	1.94
1318275--1318603	79	4.2	79	82	7	379	27	28	14	29	1.95
1319645--1320675	159	6.5	156	67	13	428	33	17	12	36	1.88
1319569--1320679	316	3.5	316	84	2	1383	33	17	12	35	1.88
1320049--1320588	157	3.4	154	70	14	386	35	18	11	34	1.87
1321057--1321081	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1325300--1325758	236	1.9	236	96	0	846	27	18	20	34	1.96
1335017--1335160	21	7.3	19	84	11	166	87	12	0	0	0.54
1335010--1335160	41	3.6	41	86	10	200	86	13	0	0	0.56
1335015--1335147	51	2.6	51	88	10	209	88	11	0	0	0.51
1335010--1335160	52	2.9	53	86	9	215	86	13	0	0	0.56
1335016--1335147	10	12.9	10	86	10	187	88	11	0	0	0.51
1335015--1335148	1	134.0	1	77	0	133	88	11	0	0	0.51
1336582--1336945	29	12.6	28	83	6	417	31	30	17	20	1.95
1336578--1336946	144	2.6	145	84	6	482	31	30	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1336998--1337079	42	2.0	42	87	0	119	26	28	17	28	1.97
1337040--1337175	49	2.7	49	79	3	155	23	25	17	33	1.96
1337920--1337969	19	2.6	19	96	0	91	32	10	20	38	1.85
1337939--1338009	32	2.2	32	92	0	115	33	12	18	35	1.89
1338054--1338078	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1338229--1338278	21	2.4	21	96	0	91	36	28	10	26	1.88
1341265--1349205	318	25.0	316	84	3	8975	32	17	13	36	1.89
1341403--1349193	159	49.1	157	66	11	2040	32	17	13	36	1.89
1352786--1353936	159	7.2	158	71	12	734	32	17	13	36	1.89
1352786--1356404	318	11.3	318	76	10	1817	32	17	14	36	1.90
1353756--1354139	198	1.9	197	87	3	567	33	18	12	35	1.89
1353104--1354778	833	2.0	833	92	1	2757	32	17	14	35	1.90
1355055--1355340	141	2.0	140	94	0	500	29	16	16	37	1.91
1356185--1356644	250	1.8	249	86	3	665	30	16	16	37	1.90
1356405--1357358	158	6.1	157	69	15	575	31	17	15	35	1.91
1355871--1356962	567	1.9	567	84	1	1447	31	17	14	36	1.90
1356405--1357175	317	2.4	317	87	1	974	31	17	15	35	1.91
1357031--1357316	141	2.0	139	89	2	430	28	17	17	36	1.93
1357178--1357665	250	2.0	250	85	3	678	30	17	15	36	1.91
1357428--1375660	317	57.4	317	82	5	19285	32	17	14	36	1.90
1370861--1372152	318	4.1	318	85	4	1592	31	17	14	35	1.91
1373446--1375609	159	13.7	157	67	10	940	32	17	14	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1377226--1377335	42	2.6	42	91	0	175	42	1	45	10	1.48
1377292--1377341	18	2.8	18	81	6	57	44	2	46	8	1.44
1382314--1385237	317	9.3	317	83	3	3617	31	17	14	36	1.89
1382313--1385237	635	4.6	633	86	3	3727	31	17	14	36	1.89
1384961--1385509	272	2.0	272	88	2	825	32	17	13	36	1.89
1387657--1387682	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1387635--1387702	33	2.1	32	91	2	109	32	13	19	35	1.90
1387734--1387788	20	2.7	21	80	2	67	27	14	14	43	1.84
1388281--1392151	159	24.4	158	68	12	1774	32	17	14	36	1.90
1388109--1390017	318	6.0	317	86	1	2567	32	17	14	35	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10