genome.fa.s282.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold282
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1446459

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  6  of  10  ( 1099 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803640--803677	20	1.9	20	100	0	76	26	10	15	47	1.78
803642--803703	32	1.9	33	87	9	92	29	14	14	41	1.85
803758--803823	33	2.0	33	90	0	105	36	16	16	30	1.91
804901--804953	19	2.7	20	79	2	63	41	13	13	32	1.82
812739--812763	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
812818--812867	19	2.6	19	100	0	100	36	20	12	32	1.89
813657--814289	49	13.2	49	74	13	476	31	16	25	25	1.97
813657--814289	87	6.6	100	80	12	316	31	16	25	25	1.97
813872--814036	39	4.0	39	76	13	159	25	20	26	27	1.99
813824--814287	87	5.0	87	83	10	446	30	17	25	26	1.97
813997--814300	105	3.1	100	84	10	392	33	17	24	25	1.96
814296--814369	30	2.6	28	79	12	71	21	20	27	31	1.98
814346--814490	35	4.2	35	83	1	168	40	11	30	18	1.85
814529--814618	32	2.8	32	86	1	117	35	14	30	20	1.92
814593--814690	29	3.4	29	81	2	117	25	18	28	27	1.98
816047--816110	18	3.6	18	84	16	96	0	1	14	84	0.70
816038--816110	32	2.3	31	88	9	112	0	1	15	83	0.71
820127--820193	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
820672--820697	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
820787--820841	21	2.6	21	97	2	101	38	9	25	27	1.86
820829--820859	10	3.1	10	95	0	53	41	3	29	25	1.71
822649--822673	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824152--824313	84	1.9	84	81	5	193	25	20	2	51	1.60
825837--825903	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
826382--826407	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
826497--826551	21	2.6	21	97	2	101	38	9	25	27	1.86
826539--826569	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
838163--838190	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
838235--838318	13	5.5	13	71	28	60	34	19	13	33	1.90
838243--838337	19	5.6	19	71	27	97	34	17	12	34	1.88
838235--838337	32	3.2	32	98	0	197	34	18	12	33	1.89
839050--839333	52	5.7	49	78	8	236	32	16	25	25	1.96
839080--839333	101	2.5	100	82	6	284	32	16	25	25	1.96
839295--839372	39	2.0	39	85	5	104	25	20	25	28	1.99
844622--844670	19	2.5	20	93	3	82	36	14	18	30	1.90
845214--845696	164	2.9	164	82	5	528	27	9	9	53	1.64
846018--846081	16	3.9	16	75	18	60	53	0	0	46	1.00
846023--846074	18	3.0	18	80	5	63	48	0	0	51	1.00
850083--850135	2	27.0	2	90	3	81	45	0	0	54	0.99
851574--851616	21	2.0	21	82	13	52	2	39	9	48	1.48
855037--855089	20	2.6	21	81	3	63	37	15	20	26	1.92
855131--855182	18	2.7	20	82	11	81	42	9	17	30	1.81
857835--857886	19	2.7	19	81	3	59	36	11	19	32	1.87
858542--858605	32	2.0	32	90	0	101	28	25	6	40	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860507--860552	13	4.0	13	69	30	50	32	15	15	36	1.88
866857--866971	51	2.2	52	92	3	196	26	17	18	37	1.93
869938--869967	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
870012--870064	19	2.7	20	85	2	72	39	15	15	30	1.87
870053--870077	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
870034--870098	33	2.0	32	88	8	96	38	15	15	30	1.88
870947--871235	100	2.9	95	74	8	256	28	19	12	40	1.88
873509--873857	164	2.1	165	79	4	373	29	12	8	49	1.69
873619--874090	166	2.8	164	81	6	481	28	11	9	51	1.68
874715--874791	23	3.2	24	78	15	81	76	0	18	5	0.96
874744--874790	12	4.2	12	92	7	73	80	0	12	6	0.88
874745--874783	21	1.9	19	90	10	60	82	0	12	5	0.83
876160--876195	15	2.4	15	90	0	54	44	8	0	47	1.33
877485--877536	23	2.3	23	86	0	77	5	13	19	61	1.52
877526--877577	24	2.1	25	85	7	70	19	17	7	55	1.65
877522--877584	24	2.4	27	76	17	69	17	19	6	57	1.61
877633--877740	57	1.9	57	90	3	173	14	15	11	58	1.63
877625--877749	57	2.2	56	83	9	166	15	15	12	57	1.65
877682--877824	72	2.0	71	84	4	189	16	18	9	55	1.68
877558--877811	129	2.0	123	87	4	355	16	17	10	55	1.68
877831--877942	57	2.0	55	81	6	127	24	16	14	45	1.84
878044--878093	13	3.8	13	84	10	66	12	4	0	84	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878040--878093	26	2.0	27	89	10	85	11	5	0	83	0.80
878595--879332	42	17.6	41	72	8	423	43	18	23	13	1.86
878595--879328	126	5.9	127	77	4	607	43	18	23	13	1.86
878595--879332	84	8.8	84	77	3	569	43	18	23	13	1.86
879446--880021	42	13.8	42	71	8	217	44	14	24	16	1.85
879547--879854	84	3.7	83	77	8	259	45	14	23	16	1.84
879919--880111	42	4.6	42	75	1	145	45	17	21	15	1.85
879917--880110	84	2.3	84	80	1	201	44	17	22	15	1.86
882511--886339	29	133.0	29	77	6	3272	28	31	16	24	1.97
883171--883247	39	2.0	39	82	5	93	32	33	12	20	1.91
885704--885754	25	2.0	25	81	7	59	25	29	17	27	1.98
885756--885866	45	2.5	45	85	2	134	21	33	19	25	1.97
885828--885860	16	2.1	16	100	0	66	6	39	24	30	1.79
885756--885879	45	2.7	43	79	9	122	21	31	20	25	1.98
885854--886339	28	17.1	28	79	4	454	26	30	18	24	1.97
886402--886530	58	2.2	58	84	2	161	25	27	20	25	1.99
886402--886530	29	4.4	29	82	0	132	25	27	20	25	1.99
886541--887038	29	16.9	29	78	6	289	31	31	16	21	1.95
886615--887038	86	4.7	86	76	9	248	31	31	16	20	1.95
886545--887038	57	8.4	57	76	11	260	31	31	15	21	1.95
886835--887083	31	8.0	31	83	5	279	31	34	16	17	1.93
886736--887076	62	5.6	62	81	9	289	31	34	16	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
887199--887284	43	2.0	43	86	4	120	26	25	15	32	1.95
887727--887763	10	3.5	11	86	13	51	89	0	0	10	0.49
896648--896704	20	2.8	21	87	10	75	38	14	15	31	1.87
896668--896763	49	1.9	50	87	6	142	40	12	18	28	1.87
896620--896753	69	1.9	71	93	3	236	40	11	18	29	1.86
896715--896753	19	2.0	21	90	10	64	41	10	20	28	1.85
900799--900863	14	4.9	14	83	3	64	41	10	13	33	1.80
900902--901304	28	14.4	28	76	9	277	30	27	17	24	1.97
900902--901304	56	7.2	56	78	8	331	30	27	17	24	1.97
901293--901474	31	5.9	31	80	2	213	29	30	23	15	1.96
901293--901474	62	2.9	62	82	1	240	29	30	23	15	1.96
910253--910320	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
910274--910298	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
910255--910317	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
910360--910385	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
910340--910406	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
912861--912933	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
912916--913086	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
913069--913150	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
912752--913179	212	2.0	211	82	4	524	28	27	12	31	1.93
922973--923045	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
922991--923066	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922973--923066	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
923105--923130	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
929237--929315	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
929302--929340	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
931116--931154	17	2.3	17	95	0	69	43	0	17	38	1.50
931794--931866	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
931794--931888	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87
931927--931952	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
935570--935633	16	4.0	16	76	8	58	82	4	12	0	0.81
936599--937386	55	14.3	55	92	4	1213	28	30	20	20	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10