genome.fa.s295.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold295
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1524207

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  1  of  10  ( 1174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1243--1276	13	2.5	13	95	4	59	85	11	2	0	0.71
2260--3172	55	16.3	55	84	9	1077	29	30	20	19	1.97
2388--2476	29	3.2	29	67	20	89	28	33	19	19	1.96
3768--3792	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
3797--3853	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
3909--3976	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
3930--3954	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
3911--3973	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
4016--4041	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
3996--4062	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
6517--6589	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
6572--6742	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
6725--6806	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
12526--12561	17	2.1	17	94	0	63	50	2	8	38	1.47
13012--13085	14	5.1	15	73	17	59	60	0	2	36	1.11
16724--16816	32	3.1	29	73	24	86	45	0	1	53	1.07
16776--16829	18	3.1	18	73	26	62	46	0	0	53	1.00
16714--16840	20	6.6	20	66	23	67	43	0	3	53	1.16
16766--16849	34	2.4	34	82	9	107	41	0	2	55	1.12
16822--16892	29	2.5	28	77	8	72	29	1	4	64	1.20
16842--16899	16	3.9	15	73	15	57	27	1	1	68	1.08
16837--16901	29	2.3	30	84	10	91	29	1	1	67	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17256--17311	17	3.3	16	72	18	51	32	5	5	57	1.44
17408--17441	17	1.9	17	88	5	50	20	0	5	73	1.04
24381--24406	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
24445--24520	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
24466--24538	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
24445--24538	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
26979--27017	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
27003--27081	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
29096--29126	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
33191--33216	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
33255--33330	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
33276--33348	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
33255--33348	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
36613--36691	20	3.9	19	74	12	68	36	12	17	32	1.88
37458--37592	61	2.2	61	80	2	146	37	14	22	25	1.93
37579--37815	52	4.6	52	73	4	199	35	15	24	25	1.94
37883--38047	32	5.2	33	77	10	155	21	18	29	30	1.97
37904--38072	64	2.7	64	83	0	223	23	15	29	30	1.96
38056--38173	35	3.5	35	76	16	113	38	10	28	22	1.86
38195--38344	34	4.6	34	79	10	136	32	13	34	20	1.91
38072--38321	121	2.0	122	86	6	346	34	12	31	22	1.91
38267--38395	27	4.6	26	76	11	105	29	14	32	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38242--38895	60	10.8	59	72	15	319	34	12	29	23	1.92
38263--38442	87	2.1	87	84	7	233	32	12	31	22	1.92
38376--38768	34	12.6	34	74	15	218	34	11	30	23	1.91
38376--38508	67	2.0	68	90	1	214	36	9	30	23	1.87
38476--38549	26	2.8	27	87	2	105	33	14	28	22	1.94
38563--39480	61	14.9	62	73	14	399	36	11	29	22	1.90
38529--40182	34	52.9	32	68	15	272	36	11	29	23	1.89
38072--39236	154	7.7	149	73	16	487	35	11	29	23	1.90
38904--39005	27	3.8	26	76	2	96	34	11	28	25	1.91
38904--39004	53	1.9	53	89	4	159	34	11	27	25	1.91
38904--38994	27	3.4	26	80	3	110	36	13	26	24	1.92
38983--40128	34	36.2	33	68	19	279	36	10	29	23	1.88
38998--39686	68	10.8	67	71	16	453	37	10	28	23	1.88
39098--39170	27	2.7	27	93	0	128	32	12	30	24	1.92
39018--39238	121	1.8	121	87	3	329	37	10	30	22	1.87
38748--39712	189	5.2	189	73	14	718	37	11	27	23	1.89
39173--39688	127	4.1	127	74	13	391	37	10	28	23	1.88
39346--39540	95	2.1	94	80	4	223	37	10	28	23	1.88
39357--39591	94	2.5	94	78	6	226	37	10	27	24	1.88
39661--39712	27	1.9	27	92	0	86	34	15	26	23	1.94
39428--40151	155	4.6	158	75	10	618	36	10	29	23	1.89
39810--39872	27	2.3	26	84	7	81	33	12	30	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39767--40085	121	2.6	120	82	5	365	36	10	30	23	1.88
39945--40004	27	2.2	27	84	0	84	31	11	31	25	1.91
39957--40016	27	2.2	28	87	3	86	36	10	30	23	1.87
40131--40195	33	2.1	31	82	8	78	32	16	33	16	1.92
40158--40217	30	2.0	31	83	3	77	30	13	33	23	1.93
41208--41267	21	2.8	20	73	11	57	8	10	8	73	1.26
48823--48910	28	3.2	27	79	10	97	17	17	4	61	1.51
52038--52078	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
52115--52171	21	2.8	20	81	5	69	40	15	14	29	1.87
52159--52295	53	2.6	53	94	1	229	37	18	16	26	1.92
52410--52446	13	2.8	13	91	0	65	32	16	16	35	1.91
57383--57726	68	5.1	68	75	6	198	37	19	15	27	1.92
57504--57767	68	3.9	67	77	6	210	37	18	15	28	1.91
60708--60932	108	2.0	110	91	5	366	33	17	5	43	1.71
61280--61317	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
62603--62651	21	2.3	21	100	0	98	46	4	8	40	1.52
68173--68354	50	3.6	51	79	6	154	44	14	10	30	1.79
68182--68354	52	3.4	51	77	5	188	45	13	10	30	1.78
71915--71965	26	2.0	26	88	0	75	31	19	7	41	1.80
73988--74047	29	2.1	29	84	6	77	45	3	1	50	1.28
74475--74523	22	2.2	23	88	3	73	20	8	6	65	1.41
74584--74623	20	2.0	20	85	4	55	60	10	7	22	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74817--74883	29	2.2	30	82	12	84	47	2	4	44	1.38
76208--76289	30	2.9	30	77	14	84	60	0	0	39	0.96
79433--79684	124	2.0	125	94	0	443	43	17	15	23	1.87
81450--81503	20	2.7	20	91	2	81	40	9	18	31	1.82
92928--92963	17	2.2	16	90	5	54	27	5	0	66	1.13
93021--93086	20	3.6	20	69	23	72	45	1	0	53	1.09
93028--93090	16	3.8	16	72	15	56	44	1	0	53	1.10
93037--93098	27	2.3	26	80	5	70	41	1	0	56	1.09
93383--93476	28	3.6	28	78	18	123	29	8	5	56	1.51
93368--93472	50	2.1	50	94	1	185	29	8	4	57	1.49
93554--93618	6	10.2	6	77	12	58	32	13	1	52	1.50
93676--93793	30	4.0	29	70	16	93	26	1	4	67	1.18
93761--93817	18	2.8	20	74	17	55	28	0	1	70	0.98
94145--94205	20	3.0	21	84	13	74	32	8	3	55	1.45
94135--94224	28	3.5	28	76	23	115	31	7	4	56	1.47
94164--94205	22	2.0	21	95	4	75	35	4	4	54	1.42
94127--94229	50	2.1	50	94	3	181	32	7	3	56	1.46
94270--94309	17	2.4	17	86	0	53	35	7	2	55	1.42
94270--94331	3	20.3	3	75	9	54	30	4	3	61	1.33
98588--98625	20	1.9	19	94	5	67	42	15	5	36	1.70
98660--98713	20	2.7	20	80	5	65	33	18	12	35	1.89
98742--98794	19	2.7	19	91	2	79	35	18	15	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98742--98799	20	3.0	20	87	5	82	34	17	15	32	1.91
104859--104884	13	2.0	13	100	0	52	23	23	7	46	1.78
107598--107649	20	2.6	20	90	0	86	42	11	15	30	1.82
110306--110337	15	2.2	15	94	5	57	84	6	9	0	0.78
110377--110407	14	2.3	14	94	5	55	83	6	9	0	0.79
110293--110531	70	3.5	70	93	3	405	48	14	10	26	1.75
110447--110476	13	2.4	13	94	5	53	83	6	10	0	0.81
113656--113864	111	1.9	111	94	2	375	29	11	23	35	1.89
117322--117520	68	2.9	68	76	3	168	38	18	15	27	1.91
117432--117588	68	2.3	68	83	4	183	35	17	17	29	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10