genome.fa.s295.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold295
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1524207

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  5  of  10  ( 1174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
580562--580598	19	1.9	19	88	0	56	40	13	13	32	1.84
583293--583347	20	2.8	20	83	5	67	27	18	14	40	1.89
583230--583426	82	2.4	82	91	0	331	26	18	15	39	1.91
583330--583359	13	2.3	13	94	0	51	30	20	13	36	1.90
583375--583448	20	3.7	19	80	8	85	31	16	12	40	1.85
585744--585910	79	2.2	76	84	3	217	28	23	14	32	1.94
585871--585929	28	2.1	28	93	0	100	18	22	27	32	1.97
586875--587078	79	2.6	81	82	7	256	30	16	27	25	1.96
587034--587105	27	2.6	28	84	8	94	25	20	30	23	1.99
586955--587153	107	1.9	108	80	9	237	30	14	28	27	1.95
587088--587274	51	3.6	50	83	5	230	34	11	24	29	1.90
589610--589658	20	2.4	21	82	3	64	36	10	18	34	1.85
589709--589770	21	3.0	21	86	6	74	38	12	12	35	1.82
590591--590689	42	2.3	42	79	8	103	37	15	24	23	1.93
590676--590866	55	3.3	56	84	8	235	22	20	28	28	1.99
590736--591107	155	2.4	155	88	3	542	26	18	29	26	1.98
591500--591925	212	2.0	213	93	1	730	30	22	8	38	1.85
595997--596253	50	5.0	51	70	14	195	32	14	26	26	1.94
596082--596152	28	2.5	28	84	11	92	26	19	29	23	1.98
595955--596282	157	2.1	157	89	2	498	31	14	27	27	1.95
596188--596804	79	7.8	79	82	3	713	33	13	24	28	1.93
596221--596804	158	3.7	158	90	0	898	33	13	23	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
596793--596913	51	2.4	51	88	2	181	31	10	26	31	1.90
599463--599498	12	3.0	12	91	0	63	80	0	8	11	0.90
599507--599563	21	2.7	21	83	5	71	38	15	14	31	1.87
599599--599666	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
599620--599644	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
599601--599663	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
599706--599731	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
599686--599752	33	2.0	33	85	0	89	25	13	16	44	1.84
602197--602269	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
602252--602422	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
602405--602486	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
604042--604097	20	2.8	20	94	0	103	41	10	16	32	1.82
604165--604190	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
605114--605715	61	10.2	61	80	9	601	27	21	25	25	1.99
605108--605725	122	5.2	119	85	5	694	27	21	25	25	1.99
605414--605691	55	5.0	55	83	6	353	24	21	26	26	2.00
605108--605690	170	3.3	171	81	7	613	27	21	25	25	2.00
610044--610110	33	2.0	33	85	0	89	34	11	13	40	1.81
610151--610175	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
610164--610314	52	2.9	52	86	2	214	33	18	15	31	1.93
620499--620525	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
622665--622941	51	5.4	51	73	13	233	30	13	27	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
622768--622840	28	2.6	30	83	16	102	24	16	32	26	1.96
622637--622972	157	2.1	159	90	1	525	30	14	27	27	1.95
622874--623492	79	7.8	80	82	3	745	33	13	25	28	1.93
622881--623492	158	3.9	157	87	3	879	33	13	24	28	1.93
623429--623606	51	3.5	50	81	8	180	33	12	25	28	1.92
626003--626044	21	2.0	21	95	0	75	28	16	9	45	1.79
626069--626139	19	3.6	19	77	7	88	39	15	11	33	1.83
626087--626160	21	3.6	21	80	7	98	37	14	12	35	1.84
626069--626161	40	2.3	40	98	0	177	38	15	11	34	1.84
626868--627651	55	14.1	55	83	9	871	25	20	27	26	1.99
627050--627683	327	1.9	327	94	0	1106	25	20	26	27	1.99
628656--628688	17	1.9	17	88	11	50	0	6	9	84	0.76
640248--640364	50	2.3	51	82	7	148	29	14	26	29	1.95
640349--640423	28	2.7	28	89	0	105	25	20	32	22	1.98
640302--640609	107	2.9	107	93	0	499	31	15	26	26	1.96
640398--640578	51	3.5	51	66	20	138	33	15	25	25	1.95
640449--640530	28	2.9	28	88	0	119	28	19	31	20	1.97
640484--640734	79	3.2	78	85	4	326	32	13	25	27	1.94
640668--640891	51	4.4	51	81	3	227	32	12	27	28	1.92
643273--643315	21	2.0	21	100	0	86	27	18	9	44	1.80
649098--649161	13	5.4	13	75	21	77	35	17	15	31	1.91
649112--649177	20	3.7	20	73	26	83	33	21	15	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
649099--649177	33	2.4	33	100	0	158	34	20	15	30	1.93
649206--649252	20	2.4	19	89	3	67	38	14	17	29	1.89
649206--649256	19	2.6	20	90	3	77	39	13	17	29	1.88
651493--651536	22	2.0	22	82	4	54	56	15	9	18	1.65
657979--658008	13	2.3	13	100	0	60	36	6	23	33	1.81
657958--658024	33	2.0	33	85	5	91	34	16	16	32	1.91
663299--663365	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
663831--663873	13	3.3	13	90	0	68	34	9	18	37	1.83
668775--669027	33	7.6	33	75	8	163	22	27	11	37	1.89
668774--669021	99	2.5	101	82	4	290	22	27	11	38	1.88
668775--669033	34	7.8	33	76	7	211	22	27	11	38	1.88
669030--669155	62	2.0	65	84	6	168	26	23	17	33	1.96
669128--669227	31	3.2	31	84	5	128	29	30	17	24	1.97
669126--669244	33	3.6	33	84	5	143	31	29	15	24	1.95
669259--669522	43	6.4	42	69	14	126	21	24	12	40	1.89
669368--669529	43	3.8	43	81	1	182	21	23	11	43	1.85
669368--669536	86	2.0	86	86	2	241	20	23	11	44	1.84
669259--669496	120	2.0	118	79	6	257	21	24	12	41	1.88
670329--670381	20	2.6	20	81	3	61	35	15	20	28	1.93
672891--672921	15	2.1	15	93	0	53	41	12	3	41	1.59
677824--677878	20	2.8	20	88	5	76	36	16	12	34	1.87
678299--678342	18	2.4	19	88	3	63	2	11	2	84	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
680540--680564	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
680520--680584	33	2.0	33	90	0	103	29	13	16	40	1.88
680637--680691	20	2.8	20	86	5	67	30	12	14	41	1.83
682731--682781	24	2.1	22	82	13	57	76	9	11	1	1.10
684067--684325	34	7.8	32	74	13	204	23	29	10	36	1.89
684066--684321	100	2.6	100	81	5	306	23	29	10	35	1.89
684319--684446	66	2.0	63	84	4	166	25	24	17	32	1.97
684425--684545	33	3.8	32	86	4	172	29	31	19	19	1.96
684421--684545	64	2.0	63	87	4	180	28	32	18	20	1.96
684625--684690	34	1.9	34	90	0	105	22	24	16	36	1.94
684659--684821	43	3.8	43	77	4	166	23	20	13	42	1.87
684915--685005	44	2.1	44	93	0	155	21	27	9	40	1.85
685637--685690	20	2.7	20	79	2	63	38	11	16	33	1.84
688171--688201	15	2.1	15	93	0	53	41	12	3	41	1.59
693108--693204	20	4.7	21	79	5	83	35	13	17	34	1.89
693130--693204	20	3.8	20	80	7	98	37	14	14	33	1.87
696877--696941	25	2.6	24	75	15	62	73	10	12	3	1.20
696877--696943	24	2.7	24	73	17	66	71	10	13	4	1.27
698224--698483	33	7.8	34	76	10	232	22	30	10	37	1.87
698223--698479	100	2.6	99	84	4	313	22	30	10	36	1.88
698224--698455	67	3.5	66	78	9	249	22	31	10	36	1.88
698227--698483	34	7.7	35	75	10	189	21	30	9	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
698579--698674	33	3.0	33	89	6	151	27	32	20	19	1.97
698579--698675	31	3.1	31	92	3	149	26	32	20	19	1.97
698711--698778	34	2.0	34	91	0	109	22	26	14	36	1.93
698747--698908	43	3.8	43	80	0	180	22	20	11	45	1.84
698747--698915	86	2.0	86	86	0	239	21	21	11	46	1.82
698909--699012	43	2.4	43	82	3	120	18	29	10	41	1.84
699682--699758	20	3.8	20	86	3	93	28	19	12	38	1.89
702047--702215	51	3.3	51	78	1	160	27	24	13	33	1.93
702278--702351	28	2.7	26	83	8	85	25	29	18	25	1.98
702204--702431	107	2.1	107	83	5	282	27	28	15	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10