genome.fa.s295.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold295
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1524207

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  6  of  10  ( 1174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702306--702473	79	2.1	79	89	0	255	30	26	13	29	1.93
702353--702609	130	2.0	131	87	2	374	29	26	12	31	1.93
708013--708570	55	9.9	55	83	7	613	27	26	20	25	1.99
708013--708570	171	3.3	170	84	5	702	27	26	20	25	1.99
708610--708838	60	3.9	60	86	8	285	26	24	19	29	1.98
708734--708837	54	1.9	54	90	0	163	27	23	21	27	1.99
708328--709052	270	2.7	264	84	7	905	27	25	19	27	1.99
708764--708937	94	1.9	94	87	4	262	25	27	20	27	1.99
708859--709052	61	3.4	56	80	12	232	27	25	20	26	1.99
708672--709266	211	2.8	208	83	9	687	26	26	19	27	1.99
708909--709198	154	1.9	156	84	5	399	26	27	18	27	1.98
709093--709325	61	3.9	61	80	6	253	26	26	19	27	1.99
709097--709319	121	1.8	121	86	3	324	26	27	19	26	1.99
709309--709432	42	2.9	42	79	3	113	18	26	12	42	1.85
710256--710281	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
710320--710427	20	5.8	19	74	18	93	28	17	13	39	1.88
710357--710387	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
710337--710402	33	2.0	33	96	0	123	27	19	15	37	1.92
717692--717749	23	2.5	23	91	0	98	50	6	8	34	1.60
719152--719177	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
721212--721385	84	2.1	84	81	8	203	53	3	18	24	1.60
724430--724455	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724412--724475	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
725985--726015	15	2.1	15	93	0	53	0	16	0	83	0.64
725992--726032	21	2.0	21	90	0	64	4	17	0	78	0.93
727229--727276	21	2.3	21	96	0	87	25	22	14	37	1.92
727415--727468	21	2.6	21	88	2	74	37	12	16	33	1.87
727506--727557	20	2.6	20	100	0	104	32	17	11	38	1.85
730022--730309	97	3.0	96	79	4	299	28	22	11	36	1.89
732084--732128	2	22.5	2	95	0	81	0	46	0	53	1.00
735270--735316	24	2.0	23	83	4	58	42	8	17	31	1.79
736059--736164	54	2.0	54	85	7	144	47	5	3	43	1.45
736090--736136	20	2.2	22	85	7	71	48	0	4	46	1.21
737916--737965	12	4.2	12	80	10	66	72	0	12	16	1.13
753632--753686	25	2.1	27	83	6	69	38	10	5	45	1.63
755563--755750	81	2.3	81	92	3	308	31	13	7	47	1.70
756437--756486	20	2.5	21	80	9	59	44	0	2	54	1.11
756560--756603	12	3.7	12	84	6	54	59	0	0	40	0.98
756570--756603	6	5.7	6	89	0	50	58	0	0	41	0.98
757029--757074	21	2.1	22	84	11	60	52	0	0	47	1.00
757231--757256	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
758934--758974	20	2.0	20	90	0	64	56	0	0	43	0.99
759072--759141	30	2.4	30	82	2	88	47	1	17	34	1.56
763757--763808	20	2.5	21	84	3	70	40	15	17	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
763860--763885	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
763840--763907	33	2.1	32	91	2	109	36	16	13	33	1.87
769837--769862	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
773210--773234	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
773277--773406	19	7.8	18	70	29	101	36	17	11	34	1.86
773296--773384	13	5.9	13	70	27	61	33	17	12	35	1.88
773275--773404	32	4.0	32	93	1	224	35	17	11	35	1.86
774151--774195	20	2.1	22	84	8	58	20	46	26	6	1.75
776186--776235	21	2.4	21	83	3	66	42	16	16	26	1.88
776287--776314	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
778273--778391	51	2.4	51	82	12	147	30	19	10	40	1.84
781558--781596	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
781645--781719	21	3.5	22	92	3	127	38	10	22	28	1.87
781762--781898	53	2.6	53	94	1	238	26	17	18	37	1.93
781886--781940	21	2.7	20	80	5	65	30	14	16	38	1.89
781979--782019	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
784579--785287	166	4.3	166	81	10	666	29	11	10	48	1.73
784826--785287	165	2.8	165	86	5	662	28	12	12	46	1.77
784831--785343	166	3.1	163	81	8	606	29	12	11	46	1.77
785835--785869	18	1.9	18	88	0	52	74	2	22	0	0.95
787453--787975	153	3.5	148	76	11	408	24	18	19	38	1.93
792309--792486	52	3.4	52	96	0	320	27	17	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792309--792506	52	3.8	51	92	2	299	28	17	18	34	1.94
792495--792519	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
792564--792614	20	2.6	20	90	3	86	41	17	9	31	1.82
795182--795234	20	2.6	21	84	3	72	28	13	11	47	1.77
796031--796073	21	2.2	19	87	8	59	16	0	16	67	1.24
796690--797320	157	4.0	157	80	2	651	26	9	18	45	1.80
797948--798363	158	2.6	156	81	5	471	27	14	17	40	1.89
801964--802007	17	2.6	17	79	13	54	54	6	2	36	1.40
804161--804232	31	2.3	31	83	4	83	29	9	8	52	1.63
804359--804430	31	2.3	31	83	4	83	30	8	8	52	1.61
804115--804498	198	1.9	197	97	0	732	35	9	7	46	1.66
804490--804554	28	2.3	26	82	15	69	24	3	9	63	1.39
805012--805198	79	2.4	79	83	4	218	31	13	13	41	1.83
805026--805243	78	2.8	78	81	8	239	30	13	15	40	1.85
807038--807089	20	2.5	20	81	6	59	34	19	9	36	1.84
807258--807290	14	2.4	14	94	0	57	42	18	0	39	1.50
808588--808658	15	4.7	15	67	8	54	29	8	7	54	1.57
808588--808658	30	2.4	30	88	4	99	29	8	7	54	1.57
809320--809488	77	2.2	78	82	6	200	28	14	14	42	1.85
809320--809523	78	2.6	79	82	6	220	26	13	15	44	1.84
812593--812640	24	2.0	24	100	0	96	29	4	37	29	1.76
813272--813338	32	2.1	32	97	0	125	43	5	26	23	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
816265--816324	28	2.2	27	84	3	75	30	1	8	60	1.36
820003--820565	277	2.0	282	89	3	868	31	13	24	30	1.94
820788--820842	20	2.7	21	82	2	67	41	14	16	27	1.87
834452--834487	17	2.1	17	89	0	54	41	0	0	58	0.98
835290--835342	21	2.3	24	75	15	58	35	5	0	58	1.22
835290--835348	22	2.6	23	73	13	59	35	6	0	57	1.25
836241--836299	20	3.1	19	79	16	68	61	0	0	38	0.96
836242--836311	20	3.4	20	72	20	63	61	0	0	38	0.96
836275--836321	18	2.6	19	77	12	55	65	0	0	34	0.93
836242--836318	17	3.7	21	69	22	63	62	0	0	37	0.96
836491--836546	25	2.1	28	84	15	75	32	0	1	66	1.03
838717--838744	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
838768--838805	20	1.9	20	100	0	76	50	10	5	34	1.59
838773--838836	33	1.9	33	83	0	83	40	14	6	39	1.71
838857--838907	20	2.5	20	90	0	84	37	11	7	43	1.71
843305--843348	23	1.9	23	85	0	61	18	4	15	61	1.50
843356--843426	21	3.5	20	72	12	72	43	2	1	52	1.24
843352--843432	11	7.7	11	69	20	57	43	2	1	53	1.22
843356--843438	22	4.0	22	75	9	84	43	3	2	50	1.32
843366--843456	42	2.2	42	85	0	119	45	4	2	48	1.34
843884--843937	20	2.7	19	83	8	63	40	16	14	27	1.88
843903--843978	20	3.8	20	81	10	75	42	15	15	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
850940--850973	8	4.2	8	96	0	59	14	0	20	64	1.28
851176--851213	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
851345--851385	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
853683--853707	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
853695--853747	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
853797--853822	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
853777--853843	33	2.1	32	88	8	100	35	17	11	34	1.87
858554--858600	2	23.5	2	100	0	94	51	0	0	48	1.00
858786--858828	20	2.1	21	86	4	61	27	0	9	62	1.25
859125--859185	32	1.9	32	86	3	88	39	3	4	52	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10