genome.fa.s295.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold295
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1524207

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  2  of  10  ( 1174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119309--119346	19	2.0	20	89	5	60	42	18	10	28	1.83
120056--120133	21	3.7	21	87	3	113	37	12	15	34	1.86
120169--120236	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
120171--120233	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
120190--120214	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
120276--120301	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
120256--120322	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
122668--123045	51	7.4	51	71	11	265	30	25	11	32	1.92
122778--122813	17	2.1	17	94	0	63	22	38	25	13	1.91
123029--123104	27	2.8	27	88	6	100	23	31	21	23	1.98
123058--123259	78	2.6	79	79	3	219	24	27	16	31	1.97
135618--135700	21	3.9	21	76	19	82	83	6	9	1	0.87
135616--135684	25	2.6	27	86	13	90	85	7	7	0	0.74
135616--135700	25	3.5	23	78	10	80	83	5	9	1	0.85
135616--135685	1	70.0	1	72	0	50	85	7	7	0	0.73
136719--136804	27	3.1	27	62	15	68	27	30	18	23	1.98
136669--137181	55	9.3	55	89	5	754	28	29	20	21	1.98
138052--138106	20	2.8	20	82	0	74	23	14	16	45	1.84
140454--140831	51	7.4	51	73	11	283	30	25	12	32	1.92
140564--140599	17	2.1	17	94	0	63	22	38	25	13	1.91
140612--140835	103	2.2	105	83	4	294	30	25	11	33	1.91
140815--140890	27	2.8	28	89	2	109	23	34	21	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140844--141047	78	2.6	79	81	3	241	24	29	17	29	1.97
142681--142903	108	2.0	112	92	5	375	34	17	5	42	1.74
143248--143286	2	19.5	2	89	10	62	48	0	2	48	1.15
145607--145653	17	2.8	17	81	12	53	29	0	10	59	1.31
150261--150337	22	3.5	22	70	22	81	25	20	9	44	1.81
150235--150358	43	2.9	43	92	2	196	27	19	8	45	1.78
150240--150313	21	3.5	21	68	23	64	24	21	9	44	1.82
150346--150459	5	22.8	5	88	0	138	21	21	7	50	1.71
150366--150471	15	7.2	15	90	2	135	20	20	7	50	1.72
153384--153409	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
160384--160425	22	1.9	22	90	9	68	61	0	0	38	0.96
160762--160807	14	3.2	14	81	6	65	47	0	0	52	1.00
161866--161903	16	2.2	18	81	13	53	60	0	0	39	0.97
161877--161954	24	3.7	21	75	16	65	58	2	2	35	1.25
164546--164599	24	2.2	24	87	6	74	74	0	3	22	0.98
164544--164603	17	3.5	17	80	13	70	73	0	3	23	0.98
164545--164598	8	6.6	8	78	19	58	75	0	3	20	0.95
168296--168337	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
168290--168337	12	4.0	12	94	0	69	50	6	0	43	1.27
169559--169584	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
170489--170523	17	2.1	17	88	0	52	28	0	0	71	0.86
170489--170556	11	6.1	11	71	21	52	35	0	1	63	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170875--170909	6	5.8	6	89	0	52	65	20	2	11	1.37
171276--171391	48	2.4	48	97	0	214	25	3	22	49	1.65
171939--171996	23	2.5	24	77	8	57	44	0	0	55	0.99
172328--172380	27	2.0	26	85	10	72	20	0	3	75	0.96
172301--172380	26	3.0	26	72	13	65	22	0	6	71	1.08
172344--172390	15	3.3	15	85	5	53	23	0	0	76	0.78
172298--172381	14	6.2	13	70	17	57	23	0	5	70	1.09
172482--172517	15	2.4	15	90	9	56	61	0	0	38	0.96
172476--172540	24	2.8	24	79	6	62	58	3	0	38	1.14
175719--175782	8	7.6	8	78	15	58	1	18	1	78	0.92
175720--175787	20	3.2	20	78	17	68	1	17	1	79	0.88
175720--175807	42	2.1	41	81	12	99	2	20	1	76	0.97
176133--176172	22	1.9	21	90	10	64	2	7	20	70	1.24
176350--176387	10	3.8	10	80	13	51	5	13	0	81	0.85
187151--187225	28	2.7	28	89	0	105	25	20	30	24	1.98
187209--187389	51	3.5	51	86	3	220	33	10	25	30	1.89
187209--187438	51	4.5	50	78	8	182	33	10	26	28	1.90
187209--187438	102	2.3	102	79	3	232	33	10	26	28	1.90
189810--189851	21	2.0	21	100	0	84	28	14	9	47	1.75
198480--198553	28	2.6	28	86	0	94	27	20	29	22	1.98
198500--198554	28	2.0	28	96	0	101	32	18	27	21	1.96
198538--198718	51	3.5	51	86	3	220	33	10	25	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198538--198767	51	4.5	50	78	8	182	33	10	26	28	1.90
198538--198767	102	2.3	102	79	3	232	33	10	26	28	1.90
204478--204610	34	3.9	34	81	3	144	21	31	11	36	1.88
204474--204609	35	4.1	33	77	7	148	20	30	11	38	1.87
204593--204712	49	2.4	49	83	0	159	24	26	15	34	1.94
206184--206237	10	5.6	10	76	6	58	35	0	0	64	0.94
206193--206235	20	2.0	22	91	8	72	39	0	0	60	0.97
206233--206266	12	2.6	13	90	9	52	64	0	0	35	0.94
206315--206373	21	2.7	22	84	7	68	54	0	1	44	1.10
206300--206368	31	2.2	32	81	5	86	55	0	1	43	1.08
206315--206370	16	3.6	15	76	7	58	51	0	1	46	1.11
206565--206651	43	2.0	43	90	0	138	35	13	3	47	1.60
216325--216381	28	2.0	30	86	6	82	14	21	5	59	1.54
216935--216988	23	2.3	24	87	9	85	50	0	0	50	1.00
218083--218121	11	3.2	12	85	10	53	71	0	0	28	0.86
218727--218752	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
218709--218772	32	2.0	33	87	3	94	39	17	14	29	1.88
223822--223847	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
223886--223938	20	2.6	21	87	3	72	30	16	13	39	1.87
226391--226416	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
228499--228529	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
230253--230297	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232515--232540	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
236606--236706	39	2.6	39	71	4	89	37	4	20	36	1.75
237335--237360	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
237317--237380	32	2.0	33	87	3	94	39	17	14	29	1.88
238791--238844	27	2.0	28	88	3	83	53	1	3	40	1.29
239251--239290	11	3.6	11	83	10	55	65	0	2	32	1.06
239223--239280	28	2.1	28	84	12	75	60	0	3	36	1.14
239292--239337	21	2.2	21	88	3	67	39	0	0	60	0.97
240180--240217	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
240506--240531	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
248235--248277	19	2.3	19	87	0	59	65	0	0	34	0.93
248484--248534	16	3.3	15	74	17	50	43	0	0	56	0.99
248484--248540	14	3.7	14	74	19	51	43	0	0	56	0.99
248492--248584	18	5.2	18	67	15	59	43	2	0	54	1.12
248788--248818	16	1.9	16	93	0	53	35	3	9	51	1.51
248914--248946	16	2.0	17	88	5	50	63	0	0	36	0.95
249936--249986	20	2.5	20	93	0	84	64	3	3	27	1.28
249948--249997	20	2.6	19	90	6	75	68	4	2	26	1.18
249936--249996	20	3.0	20	88	4	70	65	3	3	27	1.24
254785--254851	24	2.7	24	73	13	64	17	2	7	71	1.22
256527--256567	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
258226--258295	27	2.6	27	84	6	79	60	2	1	35	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
259639--259702	27	2.3	27	91	2	101	35	4	15	43	1.68
259907--259931	13	1.9	13	100	0	50	48	4	8	40	1.51
260228--260260	15	2.3	15	94	5	59	45	6	0	48	1.27
263452--263495	20	2.2	20	84	11	56	31	0	6	61	1.22
268429--268455	13	2.1	13	100	0	54	62	0	0	37	0.95
268612--268678	24	2.9	23	73	16	66	49	0	0	50	1.00
268622--268679	15	3.7	16	78	17	68	46	0	0	53	1.00
268611--268681	9	8.7	9	67	25	50	47	0	0	52	1.00
273556--273756	111	1.8	111	90	0	321	36	10	6	46	1.65
273964--274276	154	2.0	154	88	4	472	31	8	9	50	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10