genome.fa.s295.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold295
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1524207

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  7  of  10  ( 1174 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866510--866557	23	2.0	24	84	4	62	35	0	4	60	1.16
866586--866621	19	2.0	17	89	10	54	52	5	0	41	1.24
867462--867508	2	23.0	2	91	4	76	46	0	2	51	1.13
868043--868117	38	2.0	38	81	5	89	38	4	2	54	1.33
868056--868130	39	1.9	39	86	5	107	41	2	2	53	1.29
869129--869162	15	2.3	15	94	0	59	17	2	17	61	1.46
870982--871007	12	2.2	12	100	0	52	38	15	7	38	1.76
876026--876556	153	3.5	155	77	6	483	38	19	18	24	1.93
877893--877929	10	3.9	9	86	13	56	8	16	0	75	1.02
878487--878787	167	1.8	165	84	4	417	44	10	12	32	1.76
878742--879190	166	2.7	162	81	7	506	52	5	12	29	1.61
881412--881436	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
881391--881453	33	1.9	32	87	3	90	33	20	15	30	1.94
881508--881571	33	2.0	32	90	9	103	39	17	12	31	1.87
883013--883191	91	2.0	90	90	3	279	31	18	9	39	1.83
889525--889579	20	2.7	20	82	2	65	34	12	14	38	1.84
889911--890146	68	3.5	67	80	5	224	41	24	9	24	1.85
890488--890549	19	3.6	19	73	24	73	35	11	16	37	1.84
890488--890554	32	2.1	32	94	0	116	35	10	16	37	1.83
890602--890626	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
893001--893030	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
893069--893131	20	3.5	20	70	28	68	25	19	15	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
893057--893131	33	2.3	33	95	0	132	26	17	16	40	1.90
893089--893114	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
893123--893251	52	2.5	52	97	0	240	35	17	18	27	1.94
896782--896839	30	1.9	30	85	0	80	50	10	12	27	1.72
897800--897839	20	2.0	20	85	5	53	37	25	10	27	1.88
898361--898389	13	2.3	13	94	5	51	65	0	0	34	0.93
900224--900274	20	2.5	20	87	3	66	37	17	17	27	1.93
904891--904928	13	2.9	13	88	0	58	31	13	18	36	1.89
905061--905101	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
905362--905423	20	3.0	20	92	2	97	19	46	29	4	1.70
909635--909704	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
909660--909684	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
910516--910775	48	5.2	52	79	10	192	32	16	25	25	1.96
910296--910670	169	2.2	170	81	7	427	37	14	25	22	1.93
910624--910761	43	3.1	43	87	10	204	28	18	26	25	1.98
910580--910782	48	4.2	49	83	10	276	30	18	26	25	1.98
910571--910761	91	2.0	94	88	5	280	31	17	25	25	1.97
912475--912595	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
912475--912615	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
912604--912628	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
912693--912717	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
912672--912737	32	2.0	33	88	2	98	39	13	12	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
913178--913615	49	9.2	49	82	10	552	32	17	24	25	1.97
913180--913620	92	4.7	92	89	5	666	32	17	25	24	1.97
913422--913615	101	1.9	101	91	0	316	31	17	26	24	1.97
913615--914050	33	13.2	33	89	5	634	18	17	35	28	1.94
913615--914050	67	6.6	66	88	5	634	18	17	35	28	1.94
913615--914041	165	2.6	165	95	1	768	17	17	35	29	1.94
914052--914532	34	14.4	34	80	13	468	32	13	35	18	1.90
914032--914532	71	7.4	69	80	11	521	31	13	35	19	1.90
914154--914208	27	2.0	27	92	0	92	27	18	36	18	1.94
914120--914434	61	4.9	61	79	12	298	30	13	36	19	1.90
914088--914282	95	2.0	99	90	4	308	29	13	37	18	1.89
914119--914516	95	4.1	94	80	13	366	31	13	35	19	1.90
914057--914532	129	3.6	128	84	9	573	31	13	35	18	1.90
914310--914532	37	6.4	37	83	10	290	32	13	35	18	1.89
914544--914715	62	2.8	63	84	7	203	28	18	29	23	1.97
914577--914715	31	4.5	31	84	11	178	25	19	30	23	1.98
915675--915712	17	2.4	17	86	8	53	0	7	7	84	0.79
915961--916025	16	3.9	17	80	15	73	4	4	15	75	1.13
922589--922708	51	2.3	52	97	1	224	29	18	18	34	1.95
922717--922741	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
922781--922850	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
922806--922830	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
923559--923603	22	2.0	22	87	8	65	35	2	28	33	1.70
924109--924147	20	2.0	20	89	0	60	38	17	12	30	1.88
924257--924308	20	2.7	20	90	3	79	40	15	11	32	1.83
925076--925142	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
925621--925646	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
925736--925791	21	2.6	21	91	5	85	39	8	23	28	1.85
925779--925809	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
925833--925969	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
926049--926089	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
930077--930105	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
933351--933445	51	1.9	50	82	6	122	33	8	20	37	1.82
934572--934827	57	4.4	57	77	7	203	48	13	10	28	1.75
934662--934895	59	4.0	58	77	11	194	47	16	11	24	1.80
935659--935696	16	2.2	17	86	9	51	5	13	2	78	1.02
937119--937236	51	2.3	51	85	4	157	30	11	26	32	1.91
936993--937267	130	2.1	130	79	5	286	33	13	24	28	1.93
937330--937400	28	2.5	28	90	0	106	22	19	35	22	1.96
937569--937745	51	3.5	50	83	6	214	34	11	25	27	1.91
937356--937739	181	2.1	180	78	8	411	32	12	27	27	1.92
940073--940103	13	2.4	13	100	0	62	38	16	16	29	1.90
940054--940123	33	2.1	33	97	0	131	38	14	20	27	1.91
940034--940192	53	3.1	51	76	13	155	39	14	18	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
940034--940210	20	8.8	20	73	20	129	40	14	18	26	1.89
940874--941039	42	3.8	43	79	10	185	40	13	27	18	1.88
940874--941039	87	1.9	85	83	8	210	40	13	27	18	1.88
941029--941151	61	2.0	62	88	1	185	29	18	27	24	1.98
942038--942092	19	2.8	20	80	8	67	36	14	14	34	1.87
942078--942104	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
942059--942123	33	2.0	32	87	3	94	40	15	16	27	1.89
944865--945066	79	2.6	79	82	3	219	29	16	30	23	1.97
945021--945092	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
945081--945417	52	6.4	51	70	16	197	32	12	25	29	1.92
945082--945417	104	3.2	102	72	13	279	32	12	25	30	1.92
945014--945419	212	1.9	212	89	4	631	31	13	26	28	1.94
947710--947764	20	2.8	20	100	0	110	40	10	14	34	1.81
947802--947827	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
947781--947847	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
947867--947934	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
947889--947913	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
947870--947932	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
955115--955145	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
955190--955246	19	2.9	19	89	5	78	35	17	15	31	1.92
955231--955257	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
955212--955276	32	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
957115--957264	71	2.1	71	90	1	230	34	6	6	52	1.54
957356--957390	17	2.1	17	88	0	52	31	11	0	57	1.34
957654--957691	18	2.1	19	90	9	62	10	0	18	71	1.14
958000--958047	24	2.0	24	100	0	96	41	20	4	33	1.72
962037--962109	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
962055--962130	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
962037--962130	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
962170--962194	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
964230--965046	79	10.3	79	78	8	791	33	13	24	28	1.93
964240--965046	159	5.1	157	80	6	842	33	13	24	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10