genome.fa.s323.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold323
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1512004

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1592--1632	20	2.0	21	86	9	59	73	7	2	17	1.17
6153--6209	19	3.0	19	76	19	57	49	5	0	45	1.24
6705--6738	12	2.9	11	91	8	50	58	2	0	38	1.13
6811--6857	20	2.2	23	81	11	55	68	6	2	23	1.24
7253--7520	50	5.4	50	78	9	244	34	18	18	28	1.95
7253--7515	100	2.6	99	83	3	305	34	17	18	29	1.94
11876--12013	50	2.8	50	84	0	168	36	17	12	33	1.87
12060--12103	22	2.0	23	90	4	72	31	2	0	65	1.05
12060--12137	22	3.7	21	73	14	65	34	1	0	64	1.02
12070--12154	40	2.3	38	78	17	97	37	2	0	60	1.10
14568--14605	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
16048--16119	15	4.8	15	74	5	65	36	1	1	61	1.14
16048--16122	30	2.5	30	84	4	89	37	1	1	60	1.14
18319--18352	7	5.0	7	89	7	52	82	2	14	0	0.79
20082--20121	18	2.3	18	86	4	55	47	0	0	52	1.00
21956--22173	79	2.7	78	85	6	269	39	10	20	29	1.86
22107--22224	51	2.3	51	89	2	175	38	7	22	31	1.83
22025--22274	130	1.9	129	83	5	326	39	9	20	30	1.84
24003--24028	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
37979--38049	1	71.0	1	77	0	70	88	7	4	0	0.62
37980--38049	27	2.5	28	86	2	88	88	7	4	0	0.62
37979--38049	36	2.0	36	88	5	108	88	7	4	0	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39340--39416	28	2.8	28	84	7	95	22	31	20	25	1.98
40465--40494	13	2.3	13	94	0	51	33	13	20	33	1.91
40443--40510	32	2.1	32	84	13	86	35	19	14	30	1.92
40538--40599	19	3.2	19	88	11	90	33	17	14	33	1.90
40560--40624	33	2.0	32	87	3	94	41	15	13	29	1.86
47560--47584	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
47684--47709	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
47666--47729	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
53820--53872	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
53860--53884	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
56175--56215	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
56337--56375	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
60917--60947	9	3.4	9	95	0	53	25	35	0	38	1.56
62555--62579	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
62532--62599	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
62631--62683	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
62671--62695	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
63912--63936	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
64320--64373	20	2.7	20	88	5	74	42	16	14	25	1.87
64445--64470	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
64427--64491	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
70663--70697	13	2.7	13	90	0	52	34	22	14	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70592--70697	46	2.3	46	83	6	126	30	17	15	36	1.91
70819--70865	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70
72321--72360	20	1.9	22	90	10	66	12	10	17	60	1.59
74374--74418	20	2.1	22	88	8	67	17	48	28	4	1.66
76394--76418	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
76502--76563	33	1.9	32	90	3	97	41	20	11	25	1.86
77945--77974	13	2.3	13	94	0	51	33	13	20	33	1.91
77923--77990	33	2.1	32	83	8	84	35	19	11	33	1.88
78018--78054	19	1.9	19	94	0	65	35	13	16	35	1.88
81710--81735	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
81795--81867	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
81774--81867	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
81774--81849	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
84312--84350	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
84336--84414	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
90474--90499	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
90559--90631	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
90538--90631	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
90538--90613	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
91749--91873	20	5.7	20	71	18	97	40	10	16	32	1.83
92737--93759	32	33.5	32	78	9	620	21	18	29	29	1.97
92736--93075	28	11.7	28	83	5	374	22	18	31	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93063--93088	13	2.0	13	100	0	52	7	23	46	23	1.78
93036--93116	41	2.0	41	97	0	153	14	18	40	25	1.89
93078--93147	28	2.5	27	95	0	104	15	18	37	28	1.92
93007--93144	69	2.0	69	89	0	213	16	19	36	26	1.93
92956--93202	127	1.9	127	89	3	381	20	18	34	27	1.96
93804--94180	27	13.7	27	83	4	443	29	15	30	23	1.96
93804--94174	28	13.5	28	80	4	355	29	15	30	23	1.95
93804--94196	55	7.1	55	82	6	456	30	15	30	23	1.96
103090--103120	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
103070--103136	33	2.0	33	86	11	93	34	16	13	35	1.88
103165--103220	19	2.8	21	81	10	71	33	16	14	35	1.88
111934--111989	19	2.8	21	78	10	71	33	14	14	37	1.86
112506--112620	20	5.8	20	79	8	135	41	12	13	32	1.82
112509--112620	40	2.8	40	97	0	206	41	12	14	32	1.83
116816--116869	20	2.7	20	86	8	74	42	12	18	25	1.86
116920--116970	20	2.5	21	90	3	77	31	17	9	41	1.82
117262--117291	12	2.4	13	94	5	53	30	0	3	66	1.07
118049--118082	14	2.4	14	90	9	52	35	0	0	64	0.94
118349--118414	27	2.5	27	87	7	91	59	21	18	1	1.46
118726--118819	40	2.3	40	100	0	188	51	18	22	8	1.73
118901--118943	22	2.0	22	86	9	61	74	4	13	6	1.19
122626--122693	34	2.0	34	100	0	136	38	17	5	38	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128189--128233	22	2.1	21	84	8	56	22	15	6	55	1.63
128178--128233	21	2.7	21	75	13	62	23	14	7	55	1.63
128248--128295	18	2.6	18	80	6	51	16	12	6	64	1.46
128816--128849	12	2.8	12	90	0	50	23	35	0	41	1.55
130440--130464	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
130416--130484	32	2.1	34	89	5	106	31	14	17	36	1.90
131459--131512	20	2.7	20	97	0	99	25	16	14	42	1.87
131409--131561	69	2.2	70	92	3	256	26	16	16	41	1.89
134045--134114	28	2.5	28	88	4	97	28	32	12	25	1.93
134066--134403	79	4.3	78	79	8	337	28	26	13	31	1.94
134066--134403	157	2.1	158	80	8	388	28	26	13	31	1.94
136685--136722	20	2.0	20	89	5	60	18	36	26	18	1.94
139318--139371	20	2.7	19	86	8	72	40	22	11	25	1.87
139361--139385	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
139373--139425	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
139466--139533	33	2.1	33	86	2	93	35	19	11	33	1.88
146106--146157	20	2.4	21	84	9	61	19	48	26	5	1.71
149565--149619	21	2.6	21	85	0	65	18	21	0	60	1.37
149580--149622	21	2.0	21	90	0	68	20	16	0	62	1.32
149856--150945	363	3.0	363	98	0	2108	21	20	16	41	1.91
149878--150975	364	3.0	361	96	0	1944	21	20	16	40	1.91
152466--152514	17	3.1	17	77	8	50	44	6	20	28	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152815--152868	22	2.5	22	78	6	56	18	3	12	64	1.41
152827--152869	22	2.0	22	86	4	61	13	2	13	69	1.28
152922--152965	23	1.9	23	86	9	63	18	2	0	79	0.83
152937--152978	18	2.3	18	87	4	57	28	0	0	71	0.86
152959--153010	23	2.2	23	82	6	59	36	5	0	57	1.23
154255--154299	22	2.0	22	100	0	90	40	4	13	42	1.64
154592--154651	25	2.4	24	83	10	68	43	6	1	48	1.39
154592--154654	26	2.4	27	79	12	78	44	6	1	47	1.38
155700--155740	2	20.5	2	90	9	66	48	0	2	48	1.14
156111--156141	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9