genome.fa.s323.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold323
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1512004

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  9  of  9  ( 1052 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1391166--1391271	45	2.2	48	81	6	119	31	20	30	17	1.96
1391350--1391920	28	20.0	28	81	5	576	22	17	30	29	1.96
1393176--1393227	1	52.0	1	80	0	50	1	0	9	88	0.59
1393177--1393221	23	1.9	24	90	4	74	2	0	11	86	0.65
1404031--1404055	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1404044--1404095	20	2.6	20	100	0	104	42	15	15	26	1.87
1410469--1410508	21	1.9	21	85	10	55	25	15	7	52	1.68
1412710--1412758	13	4.2	13	73	24	54	38	18	10	32	1.84
1412710--1412780	33	2.1	34	87	7	101	35	19	11	33	1.88
1413981--1414009	10	2.7	11	94	5	51	51	0	13	34	1.42
1415687--1415724	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
1417047--1417113	33	2.1	33	88	2	100	32	13	19	34	1.91
1417194--1417218	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1419697--1419722	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1419919--1419949	8	3.8	8	95	4	53	61	25	0	12	1.32
1424939--1424986	24	2.0	24	95	0	87	45	18	20	14	1.85
1425800--1425852	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
1425840--1425864	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1427846--1427897	20	2.4	21	84	12	70	3	26	50	19	1.65
1429279--1429345	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1429901--1429954	22	2.5	22	93	0	90	42	11	20	25	1.85
1430000--1430024	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1435801--1435825	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1435778--1435845	33	2.1	32	86	2	91	33	14	16	35	1.89
1435877--1435929	20	2.6	21	87	3	72	28	15	15	41	1.87
1435916--1435941	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1436973--1437024	20	2.7	20	90	3	79	28	11	21	38	1.88
1437106--1437130	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1442151--1442530	28	13.1	29	84	5	398	29	29	15	25	1.96
1443464--1443534	20	3.5	20	80	0	88	33	15	12	38	1.85
1453903--1453981	39	2.0	39	100	0	158	54	7	20	17	1.67
1454347--1454386	20	2.0	20	95	0	71	45	15	17	22	1.85
1454375--1454426	22	2.5	22	90	6	81	28	15	11	44	1.81
1455182--1455229	22	2.2	22	88	3	71	8	12	10	68	1.39
1456012--1456133	50	2.4	50	86	2	145	32	23	10	32	1.89
1457735--1457915	65	2.8	64	80	6	186	49	14	17	18	1.79
1457600--1457853	134	1.9	134	80	9	295	49	11	18	20	1.79
1457798--1457886	31	2.7	35	68	21	82	50	15	15	17	1.78
1457898--1457959	32	1.9	33	83	3	81	38	12	25	22	1.90
1457900--1458034	33	4.1	33	66	16	91	42	13	24	20	1.87
1457923--1459105	67	18.0	67	73	10	568	45	13	21	19	1.84
1458101--1458583	199	2.4	198	81	6	501	47	12	20	20	1.81
1458264--1458518	132	1.9	134	82	4	320	47	11	20	20	1.81
1458235--1458672	199	2.2	199	81	4	492	46	11	21	20	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1458301--1458649	132	2.6	132	78	7	332	46	12	21	19	1.82
1458955--1459123	67	2.5	66	75	9	171	47	15	18	17	1.82
1459910--1459963	13	4.5	13	76	21	64	35	16	12	35	1.87
1459910--1459979	33	2.1	33	86	7	97	35	17	12	34	1.88
1460008--1460062	19	2.8	20	80	5	67	34	16	14	34	1.89
1460048--1460074	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1462209--1462233	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1462189--1462255	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1462296--1462320	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1462309--1462457	52	2.9	52	88	6	221	32	17	17	32	1.93
1469312--1469379	1	68.0	1	76	0	64	88	11	0	0	0.52
1469312--1469379	18	3.8	18	85	12	95	88	11	0	0	0.52
1469313--1469378	21	2.8	24	82	11	75	87	12	0	0	0.53
1470589--1470800	31	6.9	30	83	5	210	24	32	15	28	1.95
1470590--1470800	61	3.4	61	79	8	223	24	31	15	28	1.96
1470771--1470974	37	5.5	37	95	0	372	20	33	10	36	1.86
1471062--1471129	21	3.2	21	65	19	59	25	27	17	29	1.97
1470993--1471832	43	18.1	43	79	14	843	25	25	17	31	1.97
1470993--1471832	92	9.0	92	91	4	1023	25	25	17	31	1.97
1471052--1471120	22	3.2	22	65	19	63	27	24	18	28	1.98
1471453--1471936	52	9.8	51	77	13	435	25	24	17	33	1.96
1471501--1471885	95	4.1	95	92	2	607	25	24	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1472605--1472642	13	2.9	13	100	0	76	36	15	15	31	1.90
1472705--1472729	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1472718--1472866	52	2.9	52	86	6	212	32	16	17	32	1.93
1479221--1479273	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
1481729--1481798	27	2.6	27	100	0	140	15	20	41	22	1.90
1483988--1484085	19	5.8	19	73	26	112	35	18	11	34	1.86
1483990--1484084	32	3.0	32	96	0	181	34	18	11	34	1.87
1484989--1485054	21	3.1	21	66	12	62	28	18	25	27	1.98
1485170--1485267	28	3.4	28	87	2	133	17	16	29	36	1.92
1485132--1485267	58	2.3	57	81	8	150	18	18	28	34	1.94
1485260--1485332	35	2.1	35	85	7	96	35	10	35	17	1.85
1485317--1485480	29	5.7	29	78	5	163	22	15	30	31	1.95
1485308--1485480	56	3.0	57	75	7	161	24	14	30	30	1.95
1485317--1485486	85	2.0	86	86	3	236	22	14	31	31	1.94
1486939--1487050	1	112.0	1	70	0	71	1	2	10	84	0.79
1486926--1487051	17	7.4	17	79	12	134	1	2	12	83	0.82
1486927--1487051	6	21.0	6	78	15	111	1	2	12	83	0.82
1501286--1501383	28	3.4	28	92	2	151	16	17	30	35	1.92
1501374--1501448	35	2.2	35	90	2	116	32	10	36	21	1.88
1501424--1501596	29	6.0	29	75	6	136	24	13	31	29	1.94
1501443--1501595	56	2.7	57	77	6	148	23	13	30	32	1.93
1501433--1501602	85	2.0	86	83	3	218	23	14	31	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1503049--1503144	28	3.4	27	82	12	88	2	3	10	84	0.82
1503042--1503141	34	3.0	35	77	16	104	2	3	11	84	0.83
1503042--1503141	41	2.5	41	82	9	118	2	3	11	84	0.83
1503042--1503144	1	103.0	1	68	0	62	1	2	10	84	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9

The End!