genome.fa.s323.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold323
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1512004

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  8  of  9  ( 1052 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1227305--1227567	96	2.8	96	87	1	341	21	27	16	34	1.95
1228577--1228607	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
1228561--1228627	33	2.0	33	88	5	100	34	14	16	34	1.90
1236597--1236638	22	1.9	22	95	0	75	28	2	38	30	1.70
1236883--1236911	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
1236866--1236930	32	2.0	33	90	3	105	29	16	15	38	1.90
1236895--1236951	19	2.9	19	89	2	87	31	17	17	33	1.93
1236996--1237026	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
1236980--1237046	33	2.0	33	94	0	116	34	14	16	34	1.90
1239837--1239909	31	2.4	31	97	0	137	41	10	21	26	1.86
1239897--1239973	20	3.8	20	83	6	93	40	12	15	31	1.85
1239917--1240127	71	3.0	71	85	1	305	43	10	14	30	1.80
1239990--1240041	20	2.6	20	75	0	59	44	11	9	34	1.73
1239872--1240037	91	1.8	91	85	2	235	40	12	16	30	1.85
1240062--1240113	20	2.6	20	87	0	77	42	9	11	36	1.74
1240913--1240967	19	2.8	20	83	5	67	38	12	14	34	1.84
1244539--1245019	167	2.9	166	82	5	594	30	9	7	52	1.61
1245597--1245630	11	3.0	11	91	4	50	82	0	17	0	0.67
1245601--1245631	13	2.3	13	94	5	53	87	0	12	0	0.55
1245598--1245638	22	1.9	21	85	5	55	82	0	17	0	0.66
1255516--1255966	224	2.0	224	91	1	726	36	16	22	24	1.94
1257066--1257115	20	2.5	20	83	0	55	36	18	12	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1257208--1257233	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1258389--1258414	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1258503--1258528	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1258483--1258546	33	2.0	32	87	3	92	39	17	10	32	1.84
1261390--1261639	122	2.0	122	99	0	491	35	15	19	30	1.92
1262793--1262847	19	2.8	19	78	8	65	29	14	14	41	1.85
1263617--1264452	49	17.8	49	71	13	364	31	16	25	26	1.96
1263661--1264452	87	8.4	94	81	6	547	31	16	25	26	1.96
1264007--1264244	39	5.6	39	70	16	152	27	21	25	26	1.99
1264046--1264450	48	8.9	46	73	15	295	30	18	24	26	1.98
1264270--1264448	92	1.9	94	89	2	281	31	15	24	29	1.95
1264449--1265869	33	44.9	33	73	15	731	36	12	30	20	1.90
1264627--1264719	27	3.2	27	69	19	78	33	12	29	24	1.93
1264680--1265890	27	38.8	27	69	21	191	36	12	30	20	1.90
1264640--1265915	95	13.5	91	77	12	383	36	12	29	20	1.90
1264548--1265869	155	8.4	155	73	16	678	36	12	30	20	1.90
1264735--1264862	60	2.1	61	84	5	170	39	11	29	18	1.86
1264795--1265915	34	35.5	33	72	16	410	36	12	30	20	1.90
1264855--1265833	61	15.6	60	72	16	308	36	12	29	20	1.90
1265099--1265399	160	1.9	161	86	3	428	37	12	29	19	1.89
1265211--1265915	95	7.5	93	86	3	862	36	12	30	20	1.90
1265339--1265835	61	8.0	60	73	16	372	35	11	31	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1265211--1265882	281	2.4	282	90	2	1010	36	12	30	20	1.90
1264442--1265915	94	15.6	94	79	10	993	36	12	30	20	1.90
1265905--1266111	61	3.4	61	86	4	274	31	16	28	23	1.96
1265905--1266117	30	7.0	30	82	5	230	32	15	28	22	1.95
1267383--1267412	14	2.2	13	94	5	51	0	0	16	83	0.65
1267383--1267412	12	2.4	12	94	5	51	0	0	16	83	0.65
1276699--1276790	32	2.9	31	82	6	114	28	16	27	28	1.97
1276712--1276835	28	4.2	30	82	8	139	23	16	28	31	1.96
1276835--1277151	28	11.3	28	86	2	429	24	17	28	29	1.97
1276709--1277095	127	2.9	131	80	13	352	24	17	27	30	1.97
1278928--1279001	11	6.7	11	78	10	62	0	1	16	82	0.74
1278936--1278999	31	2.1	31	94	2	112	0	1	17	81	0.77
1278942--1279003	11	5.9	11	80	16	69	0	0	19	80	0.71
1278943--1279005	21	3.1	19	84	11	81	0	0	19	80	0.70
1278951--1279020	21	3.3	21	80	9	63	1	1	21	75	0.96
1287324--1287364	20	2.0	20	85	4	55	7	29	43	19	1.78
1287808--1287833	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1288035--1288060	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
1294002--1294027	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1293979--1294045	33	2.1	32	91	2	107	26	14	19	38	1.91
1297465--1298426	43	22.6	43	74	8	608	18	29	17	34	1.94
1297456--1298420	85	11.3	85	75	10	520	18	30	17	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1297465--1298174	213	3.3	213	79	5	704	18	29	17	34	1.93
1297502--1298469	128	7.6	128	77	10	427	18	29	17	34	1.94
1303726--1303834	50	2.1	51	83	3	130	46	11	13	27	1.78
1306881--1306979	20	5.7	20	69	30	100	35	12	18	34	1.88
1306902--1306992	13	5.9	13	69	30	56	36	13	17	32	1.88
1306882--1306993	33	3.4	33	100	0	224	35	12	17	33	1.88
1307055--1307079	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1307088--1307216	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	29	1.94
1311226--1311370	52	2.8	52	87	2	193	36	19	15	28	1.92
1311255--1311380	52	2.4	52	90	0	198	38	18	17	26	1.92
1314811--1315464	155	4.2	152	80	7	509	38	21	16	24	1.93
1314898--1315476	155	3.7	156	79	6	568	37	21	15	24	1.93
1318117--1318154	19	2.0	19	94	0	67	28	15	15	39	1.89
1320003--1320043	3	13.7	3	94	0	73	34	0	34	31	1.58
1327042--1327066	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1327097--1327150	20	2.7	19	83	11	65	29	14	20	35	1.93
1327952--1328708	167	4.6	166	83	7	872	50	7	11	30	1.67
1327905--1328748	167	5.1	163	81	8	853	49	8	11	30	1.69
1330362--1330386	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1330361--1330444	28	2.9	28	84	8	98	33	14	16	35	1.89
1330505--1330529	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1334851--1334877	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1334832--1334896	32	2.0	32	87	3	94	27	16	15	40	1.89
1334862--1334918	19	2.9	19	84	5	69	31	17	15	35	1.92
1334948--1335000	20	2.7	19	88	11	72	37	13	18	30	1.89
1341180--1341208	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
1342323--1342382	19	3.2	19	67	9	59	31	5	31	31	1.79
1342921--1342985	32	2.0	33	87	3	96	26	15	18	40	1.90
1343036--1343102	33	2.0	32	86	11	91	34	13	17	34	1.89
1345598--1345637	13	3.1	13	88	0	62	32	12	15	40	1.84
1347110--1347176	33	2.0	33	88	5	100	25	28	16	29	1.97
1348146--1348199	20	2.7	20	85	8	74	35	14	18	31	1.91
1352795--1352848	20	2.7	20	91	8	83	38	12	18	29	1.88
1356586--1356707	66	1.9	66	81	8	153	33	20	9	36	1.86
1357401--1357597	98	2.0	98	100	0	394	30	19	16	33	1.94
1358951--1359049	40	2.4	41	77	8	101	26	16	16	41	1.88
1358972--1359048	40	1.9	41	89	2	120	29	18	12	38	1.88
1364617--1364642	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1364595--1364662	33	2.1	32	88	2	100	33	13	19	33	1.90
1364743--1364767	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1367068--1367106	18	2.2	18	100	0	78	38	5	5	51	1.46
1367127--1367407	149	1.9	154	90	6	466	33	2	12	51	1.54
1368626--1368650	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1368606--1368672	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1368713--1368740	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1368746--1368870	52	2.4	52	89	0	178	38	18	16	27	1.91
1371301--1371339	18	2.2	18	100	0	78	38	5	5	51	1.46
1371360--1371641	149	1.8	153	90	6	457	34	2	12	51	1.53
1372861--1372885	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1372841--1372907	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1372948--1372975	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1372981--1373105	52	2.4	52	87	0	169	38	17	16	28	1.91
1377008--1377037	14	2.2	14	94	5	53	30	13	23	33	1.93
1390359--1390416	20	2.9	20	77	7	64	39	10	15	34	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9