genome.fa.s323.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold323
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1512004

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156516--156562	15	3.1	15	80	17	53	38	0	0	61	0.96
157215--157287	20	3.7	19	78	8	76	32	15	15	36	1.88
157218--157267	19	2.5	20	83	3	66	34	16	14	36	1.88
161620--161674	20	2.8	20	88	5	76	40	14	14	30	1.86
161742--161767	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
165833--165863	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
167944--167982	13	3.0	13	88	0	60	30	15	15	38	1.88
170517--170579	19	3.6	19	76	24	84	36	19	15	28	1.92
170535--170592	13	4.0	13	76	23	62	37	17	15	29	1.90
170517--170593	32	2.4	32	100	0	154	36	19	15	28	1.92
173398--173429	13	2.5	13	94	0	55	31	15	12	40	1.85
173413--173470	19	3.1	18	88	11	89	34	15	17	32	1.91
173414--173469	20	2.8	20	92	7	89	32	16	17	33	1.92
173585--173622	20	1.9	19	89	5	58	36	7	15	39	1.77
174606--174657	19	2.6	21	87	6	72	42	11	15	30	1.82
174710--174735	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
177105--177266	51	3.2	51	82	5	168	28	24	13	33	1.93
177257--177634	76	5.0	75	84	5	413	26	24	14	34	1.94
190146--190175	10	2.9	10	95	5	51	90	6	3	0	0.56
190144--190189	24	1.9	23	86	8	65	89	4	6	0	0.60
190144--190178	16	2.3	15	90	5	52	91	5	2	0	0.50
190144--190192	12	4.1	12	82	10	55	87	4	8	0	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191286--191897	61	9.8	58	73	18	412	24	27	18	28	1.98
191402--191897	135	3.8	133	84	9	596	24	27	18	29	1.98
192644--192686	21	2.0	22	95	4	79	32	16	13	37	1.88
192724--192775	19	2.6	21	90	6	81	42	13	15	28	1.85
192828--192853	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
195216--195383	51	3.3	51	80	5	180	28	26	12	32	1.93
195319--195746	76	5.6	76	84	4	459	26	25	14	34	1.94
199771--199810	13	3.1	13	81	0	53	30	10	17	42	1.82
200156--200191	18	2.1	18	90	10	58	25	5	13	55	1.60
200944--200983	12	3.8	11	84	15	50	32	0	0	67	0.91
201211--201269	30	2.0	30	90	6	93	49	1	0	49	1.11
203753--203795	8	5.4	8	85	0	59	37	0	13	48	1.43
204589--204620	16	2.0	16	93	0	55	34	0	0	65	0.93
204838--204962	16	7.8	16	76	7	110	40	3	1	55	1.26
204848--204942	48	1.9	50	85	8	133	41	1	1	56	1.13
204865--204952	31	2.8	32	86	5	117	42	1	0	56	1.06
206926--206974	25	2.0	25	87	0	71	26	2	2	69	1.10
206932--206968	19	1.9	19	88	0	56	27	2	2	67	1.17
214249--214301	13	4.5	13	71	26	55	35	16	13	33	1.88
214249--214317	33	2.1	33	89	5	104	36	18	13	31	1.89
214347--214419	20	3.7	19	85	3	74	36	17	15	30	1.91
223072--223140	33	2.1	33	86	5	95	36	18	11	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224577--225011	28	15.4	28	84	3	509	29	29	16	24	1.97
226140--226190	20	2.5	20	87	0	66	37	13	9	39	1.78
226076--226241	51	3.3	51	72	10	133	31	15	10	42	1.81
229754--230100	60	5.8	60	81	9	388	26	29	19	25	1.98
229682--230033	60	6.1	55	75	14	261	26	29	19	24	1.98
229702--230097	115	3.4	115	86	4	483	26	29	18	25	1.98
229754--230100	175	1.9	179	86	5	488	26	29	19	25	1.98
230024--230206	100	1.8	100	83	2	242	26	30	16	26	1.97
229958--230267	161	1.9	161	86	2	435	25	29	17	27	1.98
230120--230579	60	7.6	60	84	4	521	24	27	20	28	1.99
230120--230579	122	3.8	119	83	4	535	24	27	20	28	1.99
230117--230579	184	2.5	181	85	4	599	24	27	19	28	1.99
230585--230905	41	7.5	43	73	11	157	20	24	13	41	1.88
230585--230846	41	6.1	43	77	14	208	19	23	12	44	1.85
230597--230800	88	2.3	86	81	5	223	21	23	12	42	1.87
232050--232106	23	2.4	23	79	2	60	40	31	5	22	1.76
233911--234030	51	2.4	51	90	2	179	26	24	15	33	1.95
233832--234108	130	2.1	129	81	5	310	27	23	14	34	1.94
233963--234176	78	2.7	79	87	2	315	28	23	14	34	1.93
236857--236882	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
236943--237015	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
236921--237015	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239470--239534	13	5.0	13	94	0	112	35	15	18	30	1.92
239470--239533	26	2.5	26	100	0	128	34	15	18	31	1.93
239520--239598	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
241613--241643	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
245694--245719	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
245780--245852	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
245758--245852	41	2.3	42	96	1	174	29	17	12	40	1.87
248571--248614	19	2.2	20	88	4	63	40	13	15	29	1.86
248716--248763	23	2.2	22	85	7	62	35	6	8	50	1.58
248727--248771	23	1.9	23	81	4	54	37	8	8	44	1.67
252478--252514	18	2.1	18	100	0	74	40	16	10	32	1.83
255191--255216	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
257432--257476	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
259278--259308	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
261381--261406	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
263951--263976	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
266641--266706	35	1.9	34	93	3	114	30	19	13	36	1.91
267126--267163	20	1.9	20	88	0	58	42	10	7	39	1.69
267432--267476	23	1.9	23	86	4	63	40	11	8	40	1.72
273432--273636	79	2.6	80	84	7	258	38	12	20	29	1.88
273569--273668	51	2.0	51	88	7	150	35	11	23	31	1.89
273675--273743	28	2.5	28	83	6	88	27	18	26	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273549--273872	158	2.1	158	82	6	390	33	13	24	28	1.93
273729--273828	51	2.0	51	88	5	150	34	9	27	30	1.87
273731--273845	51	2.3	51	83	6	144	32	11	26	29	1.91
276057--276189	50	2.7	50	86	2	178	42	12	16	28	1.85
278900--279226	77	4.1	80	79	7	321	31	10	28	30	1.90
279187--279254	28	2.5	28	92	2	111	23	14	35	26	1.94
279135--279332	105	1.9	104	89	5	308	29	11	31	27	1.92
279137--279308	50	3.3	50	66	16	143	29	13	31	26	1.94
279214--279357	78	1.8	78	86	2	209	29	11	30	29	1.91
281011--281087	20	3.8	20	84	0	109	31	12	12	42	1.81
296326--296859	28	18.3	28	81	7	566	30	32	16	20	1.95
296326--296859	58	9.2	56	82	6	566	30	32	16	20	1.95
297773--297869	20	4.8	20	87	5	135	30	16	12	40	1.85
298612--298651	17	2.4	17	95	0	71	27	15	0	57	1.38
301544--301740	62	3.1	62	79	8	200	17	22	18	41	1.91
301531--302577	64	16.4	64	72	4	513	21	23	15	40	1.91
303354--303404	23	2.3	22	83	10	59	35	3	1	58	1.28
304745--304783	20	1.9	20	89	5	60	38	5	23	33	1.77
306889--306914	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
308490--308962	80	6.0	80	73	14	259	28	26	9	34	1.89
308552--308698	72	2.0	72	83	9	181	26	23	13	36	1.92
308712--308964	80	3.2	78	76	9	260	31	29	8	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
311279--311316	20	1.9	20	94	0	67	52	0	0	47	1.00
317635--317672	20	1.9	19	94	5	67	44	0	0	55	0.99
318791--319015	97	2.3	96	77	7	249	42	13	16	27	1.86
321356--321410	20	2.7	20	82	2	65	32	12	9	45	1.74
321990--322041	21	2.5	21	100	0	104	36	5	13	44	1.68
322194--322218	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
322206--322258	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
322319--322344	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
322299--322366	33	2.1	33	88	2	102	35	19	13	32	1.90
328193--328218	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9