genome.fa.s323.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold323
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1512004

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
720926--720979	21	2.7	19	82	5	63	33	14	18	33	1.92
726514--726540	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
726495--726559	32	2.0	32	87	3	94	27	16	16	38	1.91
726605--726635	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
726589--726655	33	2.0	33	100	0	134	32	14	17	34	1.91
726590--726656	20	3.7	20	74	25	85	32	14	19	32	1.92
729952--730019	21	3.1	23	72	21	65	72	1	13	13	1.20
732743--732767	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
733237--733283	12	3.6	14	80	13	64	78	0	21	0	0.75
735150--735201	27	2.0	27	84	3	70	26	19	13	40	1.88
735105--735474	197	1.9	197	82	5	462	31	17	11	40	1.85
735397--735661	105	2.5	107	79	7	290	35	20	6	38	1.78
738923--739084	66	2.5	67	90	3	258	31	23	10	34	1.89
738923--739085	31	4.9	34	80	14	191	31	23	10	34	1.88
739611--739675	33	2.0	33	87	3	96	43	10	12	33	1.77
740259--740343	41	2.1	41	90	0	134	30	23	7	38	1.81
748004--748042	18	2.2	18	100	0	78	20	10	15	53	1.70
750173--750197	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
750150--750217	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
753239--753488	98	2.6	97	87	1	356	30	12	27	28	1.93
755368--755493	49	2.6	49	85	1	173	30	18	30	19	1.96
755604--756063	86	5.4	85	85	4	527	21	17	30	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755604--756045	28	15.5	28	83	6	530	20	17	30	30	1.96
757317--757370	4	14.2	4	78	18	53	1	0	14	83	0.73
757327--757391	1	65.0	1	75	0	58	3	0	9	87	0.64
757311--757389	7	10.9	7	81	11	88	2	1	11	84	0.77
757319--757392	16	4.8	16	83	8	91	2	0	12	85	0.71
763573--763599	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
763583--763639	19	2.9	19	89	2	87	31	17	17	33	1.93
766786--766811	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
768975--769019	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
770819--770849	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
772928--772966	13	3.0	13	96	0	69	33	15	15	35	1.89
775509--775534	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
780095--780310	97	2.2	97	87	2	310	30	13	28	27	1.94
780133--780330	97	2.1	96	86	4	274	31	12	26	28	1.93
782520--782596	20	3.8	20	83	6	102	40	11	16	31	1.85
782523--782667	40	3.8	40	72	18	148	40	12	15	31	1.85
782491--782667	91	1.9	91	88	2	266	41	11	16	30	1.84
782613--782667	20	2.8	20	88	0	83	41	14	10	32	1.81
786347--786576	96	2.4	97	85	1	300	36	11	23	28	1.90
790074--790099	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
790052--790119	33	2.1	32	88	2	100	33	14	16	35	1.89
790151--790203	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790205--790255	20	2.5	20	83	0	57	33	13	17	35	1.89
792506--792546	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
798869--798894	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
798847--798914	33	2.1	33	86	2	93	33	13	16	36	1.87
799338--799406	27	2.6	27	92	0	111	21	18	31	27	1.97
802429--802583	70	2.2	69	81	5	170	34	14	24	26	1.94
805051--805104	20	2.7	20	88	2	72	35	20	7	37	1.81
806505--806617	52	2.2	52	77	6	122	37	18	23	21	1.94
806684--807041	52	6.8	53	79	8	297	35	15	24	24	1.94
806688--806920	106	2.2	104	82	4	272	33	16	24	24	1.95
807109--807636	32	16.5	32	80	7	490	21	16	28	32	1.95
807676--807778	32	3.2	32	83	2	91	36	12	30	20	1.90
807704--807783	32	2.5	32	89	4	117	41	11	28	18	1.85
807791--807856	34	1.9	34	84	0	87	45	10	21	22	1.82
807839--807990	27	5.6	27	80	12	161	30	13	33	23	1.92
807840--807990	80	1.9	82	86	5	218	30	13	33	23	1.93
807839--807973	55	2.5	52	83	7	164	28	14	35	22	1.93
807839--807992	55	2.9	54	77	12	163	30	12	33	22	1.92
807982--808053	34	2.1	34	89	2	110	43	8	25	23	1.81
808047--808113	29	2.3	30	92	2	109	22	14	34	28	1.94
812447--812500	9	6.0	9	78	8	56	0	27	0	72	0.85
812450--812492	17	2.6	17	89	7	63	0	27	0	72	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812452--812495	23	1.9	23	85	0	61	0	29	0	70	0.88
813431--813752	28	11.4	28	84	4	351	26	15	26	31	1.96
813925--814771	28	30.0	28	80	5	720	25	17	26	31	1.97
813922--814771	198	4.3	196	79	8	766	25	17	26	31	1.97
813925--814771	170	5.0	170	84	6	990	25	17	26	31	1.97
813925--814769	142	6.0	139	80	7	875	25	17	26	31	1.97
816971--817027	13	3.9	13	76	24	60	36	14	15	33	1.88
816986--817046	19	3.5	19	72	25	71	37	13	13	36	1.83
816973--817054	32	2.6	32	98	0	155	36	13	14	35	1.86
817074--817111	20	1.9	20	100	0	76	39	13	15	31	1.86
817098--817123	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
819317--819366	26	2.0	26	84	7	68	24	44	16	16	1.86
832964--833011	3	16.0	3	82	8	62	0	33	0	66	0.92
832966--833011	20	2.4	20	92	7	78	0	34	0	65	0.93
834252--834506	61	4.5	55	79	10	255	27	28	19	24	1.99
834279--834889	61	9.8	59	71	18	350	25	26	18	29	1.98
834533--834648	60	1.9	61	87	8	175	27	25	20	26	1.99
834393--834782	134	2.9	136	88	4	524	24	26	18	30	1.98
834910--835014	42	2.5	42	82	4	122	18	24	12	44	1.84
835777--835826	21	2.5	21	90	6	77	42	12	16	30	1.84
839513--839548	18	2.0	18	88	0	54	33	11	13	41	1.80
842358--842913	72	7.7	72	74	6	302	31	26	12	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843601--843829	114	2.0	114	80	1	253	31	13	19	34	1.91
844288--844335	13	3.7	13	77	8	53	77	4	18	0	0.93
845053--845088	17	2.1	18	89	5	56	41	11	2	44	1.54
847347--847376	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
847421--847471	20	2.6	20	87	3	68	41	13	17	27	1.87
850539--850595	13	3.9	13	76	24	60	33	15	17	33	1.92
850552--850614	19	3.6	19	76	24	84	30	15	19	34	1.93
850516--850615	32	3.1	32	92	7	159	32	15	19	34	1.92
853122--853159	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
856979--857009	9	3.4	9	95	0	53	25	35	0	38	1.56
858590--858614	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
858567--858634	33	2.1	32	86	13	95	32	14	19	33	1.92
859319--859352	13	2.6	13	95	0	59	41	17	11	29	1.85
860656--860690	4	8.8	4	100	0	70	22	0	0	77	0.78
866095--866186	20	4.7	19	77	11	96	38	16	13	32	1.87
866093--866186	39	2.4	39	80	8	102	38	17	12	31	1.87
866095--866206	59	1.9	57	82	14	138	35	16	15	33	1.90
866916--866955	21	1.9	21	85	10	55	35	17	15	32	1.91
867610--867826	20	9.8	20	67	20	110	41	11	15	31	1.83
867611--867826	40	4.8	40	68	22	126	41	12	15	31	1.83
867643--867858	71	3.0	71	95	2	380	42	12	15	29	1.83
867560--867756	91	2.2	91	83	5	238	40	11	15	32	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878680--878802	49	2.5	49	94	1	221	31	19	30	18	1.96
878879--879289	28	14.4	28	83	5	511	23	17	29	29	1.97
880521--880564	9	4.7	9	80	8	52	0	2	15	81	0.78
880506--880609	8	13.1	8	74	9	54	4	4	9	80	0.99
880521--880582	28	2.2	28	88	8	90	0	4	12	82	0.82
880508--880583	10	7.4	10	73	10	64	1	5	11	81	0.91
880520--880593	19	3.8	18	78	19	78	1	5	10	82	0.89
880570--880609	17	2.4	17	87	4	55	10	2	2	85	0.80
888111--888180	33	2.1	34	86	7	99	34	11	18	35	1.87
892587--892659	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9