genome.fa.s324.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold324
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2336777

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

This is table  15  of  16  ( 1878 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2122900--2122938	15	2.7	14	80	7	51	58	0	0	41	0.98
2123129--2123176	19	2.4	21	83	13	57	62	0	0	37	0.95
2124430--2124476	20	2.4	20	92	3	78	29	21	12	36	1.91
2125191--2125310	61	2.0	61	96	0	222	37	7	13	41	1.72
2125578--2125639	28	2.3	27	83	10	81	27	4	4	62	1.36
2125706--2125730	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2129930--2129975	24	1.9	24	90	0	74	43	28	6	21	1.77
2129972--2130033	28	2.2	28	88	5	90	53	22	8	16	1.69
2129980--2130034	28	2.0	28	96	0	101	49	23	10	16	1.77
2134502--2134588	28	3.4	25	78	12	86	48	22	6	21	1.74
2134518--2134594	28	2.8	28	86	7	97	49	23	5	22	1.70
2135262--2135295	10	3.4	10	92	8	52	47	0	2	50	1.16
2135244--2135305	18	3.4	19	77	20	69	50	0	3	46	1.17
2136364--2136412	19	2.4	21	74	19	50	46	10	2	40	1.49
2136333--2136525	97	2.0	97	86	4	273	45	9	10	34	1.73
2137509--2137557	20	2.5	20	70	3	55	34	2	2	61	1.19
2138494--2138519	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2138834--2138877	13	3.4	13	81	6	54	65	0	2	31	1.05
2139254--2139324	27	2.7	26	78	8	72	45	5	4	45	1.46
2140809--2140847	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
2141212--2141260	21	2.4	21	83	13	66	46	0	0	53	1.00
2141235--2141267	17	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2141386--2141443	24	2.3	26	91	5	93	36	25	12	25	1.91
2141433--2141499	27	2.5	27	85	4	82	23	8	17	49	1.75
2141460--2141520	27	2.4	27	86	8	83	24	8	18	49	1.74
2144074--2144119	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
2145983--2146040	24	2.3	26	88	5	84	34	25	13	25	1.93
2146030--2146096	27	2.5	27	85	4	82	23	8	17	49	1.75
2146057--2146117	27	2.4	27	86	8	83	24	8	18	49	1.74
2146169--2146207	20	2.0	20	90	5	62	15	53	5	25	1.62
2147283--2147425	65	2.2	65	93	1	250	48	3	7	40	1.49
2148367--2148426	11	5.5	11	76	7	52	66	1	0	31	1.01
2148366--2148426	32	1.9	32	86	0	86	65	1	0	32	1.02
2148791--2148839	25	1.9	25	83	4	62	26	4	4	65	1.29
2149141--2149187	25	1.9	24	82	4	58	48	0	14	36	1.44
2150443--2150477	15	2.3	15	95	0	61	34	8	14	42	1.76
2153537--2153574	11	3.5	11	88	0	58	21	0	2	76	0.91
2153543--2153578	16	2.1	18	90	10	58	25	0	2	72	0.98
2153537--2153580	22	2.0	22	86	0	61	27	0	2	70	0.99
2154150--2154176	7	3.9	7	100	0	54	14	14	14	55	1.70
2154785--2154822	19	2.0	20	84	5	51	60	5	5	28	1.40
2155008--2155041	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
2155766--2155840	20	3.8	20	80	0	87	33	12	12	42	1.79
2157841--2157884	21	2.1	21	91	0	70	50	22	6	20	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2160297--2160345	18	2.6	17	79	17	53	32	0	0	67	0.91
2160303--2160342	21	1.9	20	85	10	53	30	0	0	70	0.88
2160343--2160396	14	3.8	14	80	9	65	57	0	1	40	1.09
2165005--2165032	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2166475--2166505	15	2.1	15	94	5	55	22	12	12	51	1.74
2168277--2168322	20	2.3	20	84	0	56	32	4	52	10	1.56
2168404--2168469	27	2.4	28	89	2	98	50	21	6	22	1.71
2172849--2172894	20	2.3	20	84	0	56	32	4	52	10	1.56
2172976--2173041	27	2.4	27	90	7	98	46	22	7	22	1.77
2175632--2175686	25	2.2	25	93	0	92	41	12	7	38	1.71
2177894--2177933	20	2.0	20	85	0	53	30	12	7	50	1.68
2182764--2182819	19	2.9	19	84	7	60	57	1	3	37	1.27
2183062--2183107	14	3.4	14	78	3	58	54	0	4	41	1.20
2183186--2183246	23	2.8	21	76	20	54	42	1	0	55	1.09
2185739--2185780	16	2.6	16	88	7	59	73	0	23	2	0.94
2187542--2187590	15	3.1	16	83	11	66	65	0	0	34	0.93
2188576--2188759	34	5.4	34	86	0	253	26	7	26	40	1.82
2189064--2189126	19	3.3	19	90	0	90	28	17	19	34	1.94
2193192--2193376	34	5.5	34	88	0	264	25	7	26	40	1.82
2198052--2198094	16	2.9	16	80	13	56	51	0	0	48	1.00
2198033--2198094	29	2.1	30	88	8	92	51	0	0	48	1.00
2198273--2198328	19	2.9	19	84	7	60	57	1	3	37	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2198413--2198454	20	2.2	19	83	12	50	38	2	2	57	1.25
2198438--2198529	44	2.2	40	85	12	116	43	1	5	50	1.32
2198669--2198708	21	1.9	21	84	0	53	55	0	0	45	0.99
2198697--2198730	17	2.0	17	88	0	50	41	2	0	55	1.15
2198965--2199030	29	2.3	30	84	5	91	51	3	0	45	1.16
2198984--2199041	30	2.0	29	82	3	71	50	5	1	43	1.35
2199895--2199924	16	1.9	15	93	6	51	53	3	16	26	1.59
2200385--2200434	22	2.3	23	86	10	70	34	0	6	60	1.21
2200573--2200617	18	2.6	18	82	6	58	51	2	0	46	1.13
2200833--2200875	16	2.7	16	88	0	59	39	37	16	6	1.75
2202024--2202069	20	2.3	20	84	0	56	36	4	47	10	1.58
2202111--2202161	25	2.0	25	81	7	59	47	17	7	27	1.75
2202146--2202216	27	2.6	27	86	2	88	45	23	7	23	1.78
2204100--2204145	21	2.1	22	84	4	58	19	30	19	30	1.97
2206597--2206642	20	2.3	20	92	0	74	41	4	47	6	1.49
2206707--2206789	28	3.0	26	71	13	69	46	16	6	30	1.71
2206719--2206789	28	2.6	27	84	2	88	46	18	5	29	1.72
2209332--2209387	26	2.1	27	90	3	87	26	7	23	42	1.79
2215442--2215498	16	3.6	16	78	0	60	54	8	7	29	1.58
2216475--2216543	22	2.9	24	69	20	56	49	0	0	50	1.00
2216503--2216553	26	2.0	25	88	11	77	49	0	0	50	1.00
2221126--2221156	5	6.2	5	92	0	53	41	0	35	22	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2221290--2221342	21	2.5	21	81	6	63	35	24	3	35	1.74
2223568--2223609	19	2.4	17	81	18	50	52	0	0	47	1.00
2224141--2224200	18	3.1	19	79	15	61	53	0	3	43	1.17
2225853--2225883	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2235455--2235498	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
2238258--2238291	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2238330--2238362	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2240417--2240661	58	4.3	58	73	6	149	30	7	12	49	1.69
2240865--2241011	78	1.9	78	82	2	188	35	12	17	34	1.87
2240866--2241164	76	3.9	76	74	12	195	35	14	16	34	1.88
2240947--2241211	76	3.5	76	74	10	222	35	15	15	33	1.90
2243521--2243718	58	3.5	57	82	2	220	32	13	11	42	1.80
2243508--2243716	114	1.8	115	81	6	262	33	15	10	40	1.81
2245619--2245668	20	2.5	20	83	6	57	52	4	0	44	1.20
2245681--2245784	34	3.0	34	76	6	111	47	25	0	26	1.59
2252072--2252271	102	2.0	102	100	0	400	35	10	30	24	1.89
2255106--2255203	47	2.1	47	98	0	187	32	27	14	25	1.94
2255556--2255590	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
2259235--2259282	19	2.6	19	83	3	53	25	4	2	68	1.18
2259250--2259303	20	2.7	21	86	13	71	29	1	0	68	1.00
2259876--2259924	16	3.1	16	82	8	57	53	0	4	42	1.20
2261387--2261436	14	3.1	17	78	21	63	60	2	0	38	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2261623--2261647	5	5.0	5	100	0	50	40	0	20	40	1.52
2261794--2261854	14	4.2	14	77	6	50	36	1	1	60	1.16
2261794--2261839	14	3.2	14	81	6	56	36	0	0	63	0.95
2261797--2261830	15	2.3	15	89	0	50	29	0	0	70	0.87
2261820--2261905	38	2.4	37	79	12	99	41	2	1	54	1.20
2262075--2262114	19	2.1	19	86	9	55	40	0	0	60	0.97
2264092--2264151	30	1.9	32	83	10	79	50	3	5	41	1.41
2264190--2264332	10	15.4	9	68	19	55	67	4	0	27	1.14
2264183--2264332	18	8.1	19	66	14	66	66	4	0	28	1.14
2264185--2264281	29	3.4	28	74	17	92	64	3	1	30	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16