genome.fa.s324.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold324
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2336777

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
650595--650685	31	2.8	31	82	9	94	31	17	14	36	1.90
651155--651207	20	2.7	20	85	5	72	39	16	9	33	1.81
651245--651354	20	5.6	20	76	10	102	40	15	11	32	1.84
651244--651354	39	2.8	39	83	5	127	39	16	11	32	1.84
651990--652025	17	2.1	17	100	0	72	47	19	5	27	1.72
654895--654940	20	2.3	20	84	0	56	32	4	52	10	1.56
659560--659630	27	2.6	27	86	6	90	46	23	5	23	1.74
660330--660369	18	2.2	19	86	4	55	42	0	0	57	0.98
660718--660757	2	19.5	2	94	5	71	47	0	2	50	1.14
661078--661123	19	2.4	21	82	13	55	71	0	4	23	1.03
661083--661134	27	1.9	27	88	7	79	71	0	1	26	0.97
661585--661626	13	3.1	13	83	10	57	64	0	0	35	0.94
661580--661622	24	1.9	22	86	13	61	65	0	0	34	0.93
667552--667584	16	2.1	16	88	11	50	51	9	0	39	1.34
668361--668392	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
670234--670290	21	2.7	21	78	8	62	40	1	1	56	1.20
670233--670316	44	1.9	43	80	9	98	46	1	2	50	1.22
670500--670537	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
677338--677391	21	2.6	21	87	0	72	55	0	0	44	0.99
677385--677440	17	3.3	17	80	9	53	35	7	1	55	1.38
682248--682280	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
683605--683640	2	18.5	2	94	5	65	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
684080--684144	32	2.0	32	87	3	94	38	18	7	35	1.80
687517--687563	24	2.0	24	87	8	69	31	0	6	61	1.21
688730--688760	16	2.0	16	93	6	55	80	0	6	12	0.89
693273--693337	33	2.0	33	82	11	80	55	0	3	41	1.15
694271--694333	13	5.1	13	71	22	55	58	0	3	38	1.14
694282--694362	19	4.1	19	76	9	56	54	0	2	43	1.13
694284--694363	33	2.5	33	82	12	94	55	0	2	42	1.13
694577--694614	16	2.4	16	86	8	51	60	0	0	39	0.97
695172--695209	19	2.0	20	89	5	60	57	2	0	39	1.12
695755--695855	34	2.9	35	81	13	118	32	1	2	62	1.21
695865--695912	25	2.0	24	87	4	69	27	4	6	62	1.38
695905--695948	22	2.0	22	82	8	54	34	0	2	63	1.07
696349--696426	27	3.0	26	71	15	72	42	0	2	55	1.13
696350--696430	26	3.1	25	68	16	58	40	0	2	56	1.12
696399--696460	21	2.9	21	78	9	54	32	0	1	66	1.02
696422--696466	12	3.9	12	80	11	58	26	0	0	73	0.84
696423--696473	22	2.3	23	83	13	70	29	0	0	70	0.87
696959--696992	17	1.9	18	94	5	61	35	17	8	38	1.81
703252--703294	19	2.3	19	80	15	54	51	2	0	46	1.13
713540--713568	13	2.1	14	93	6	51	55	0	0	44	0.99
720769--720801	2	16.5	2	100	0	66	0	0	48	51	1.00
721556--721588	15	2.2	15	100	0	66	39	27	15	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721777--721815	15	2.6	15	100	0	78	30	10	15	43	1.80
726276--726347	35	2.0	36	84	7	94	41	0	0	58	0.98
726284--726346	17	3.7	17	74	14	58	38	0	0	61	0.96
732642--732685	23	1.9	23	85	0	61	43	2	0	54	1.12
734417--734460	5	9.4	5	83	14	58	63	0	0	36	0.95
734714--734755	18	2.3	19	79	4	50	57	2	0	40	1.12
736988--737038	15	3.4	15	84	10	68	50	0	0	49	1.00
737927--737973	23	2.0	23	95	0	85	21	19	14	44	1.86
739563--739587	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
739587--739627	2	20.5	2	94	0	73	48	0	51	0	1.00
740750--740806	18	3.1	18	82	7	78	42	0	0	57	0.98
744360--744404	19	2.4	18	85	7	54	46	0	0	53	1.00
744335--744393	27	2.1	28	81	9	68	49	1	0	49	1.11
745311--745372	24	2.5	24	80	12	65	24	3	9	62	1.40
746009--746037	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
748422--748446	12	2.1	12	100	0	50	24	32	0	44	1.54
750324--750352	6	5.0	6	91	8	51	86	0	13	0	0.58
751190--751228	15	2.6	15	87	0	51	61	0	0	38	0.96
751201--751229	15	1.9	15	100	0	58	55	0	0	44	0.99
751194--751238	23	2.0	22	86	4	63	53	0	0	46	1.00
751197--751262	21	3.2	22	74	17	63	54	0	0	45	0.99
751793--751823	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
754437--754476	20	2.0	20	100	0	80	45	10	15	30	1.78
759212--759290	28	2.7	29	86	3	106	48	1	0	50	1.08
759239--759286	14	3.4	14	73	21	55	50	2	0	47	1.12
759259--759316	22	2.5	24	78	8	68	50	1	3	44	1.29
759714--759743	15	2.1	14	93	6	51	56	6	0	36	1.26
759822--759860	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
763188--763232	19	2.4	18	85	7	54	46	0	0	53	1.00
765411--765478	35	2.0	33	83	11	84	47	2	0	50	1.16
765755--765784	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
769340--769368	6	5.0	6	91	8	51	86	0	13	0	0.58
770185--770227	17	2.5	17	84	0	50	55	2	4	37	1.33
770808--770850	4	10.8	4	100	0	86	51	23	0	25	1.49
773856--773892	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
776131--776253	53	2.3	53	83	8	169	19	19	22	38	1.94
776389--776432	17	2.5	18	81	3	54	54	0	4	40	1.21
780393--780455	9	6.7	9	77	12	56	63	1	0	34	1.04
780391--780455	29	2.2	30	83	10	89	63	1	0	35	1.04
783463--783510	22	2.2	22	81	3	62	39	0	0	60	0.97
783473--783505	15	2.2	15	89	10	50	36	0	0	63	0.95
794531--794557	13	2.1	13	100	0	54	0	7	0	92	0.38
797440--797467	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
797535--797590	16	3.3	16	68	22	51	67	5	17	8	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797518--797590	35	2.1	36	97	2	139	67	5	19	8	1.37
797518--797575	19	3.2	19	68	22	52	67	5	20	6	1.34
799342--799437	35	2.6	37	77	19	103	55	1	3	40	1.23
799485--799602	15	7.7	15	68	20	59	55	2	0	40	1.19
799469--799581	46	2.5	45	81	16	128	55	1	0	41	1.16
799764--799804	22	2.0	22	85	9	59	58	0	2	39	1.11
800004--800045	22	2.0	21	86	9	59	42	0	7	50	1.30
800670--800743	19	4.2	18	68	25	50	58	1	0	40	1.07
800682--800737	9	5.6	10	76	16	62	60	1	0	37	1.07
803271--803321	20	2.7	20	77	22	56	52	0	0	47	1.00
803672--803799	20	6.7	20	65	22	69	45	0	0	53	1.05
803680--803792	36	3.2	36	78	17	89	46	0	0	53	1.06
803664--803772	27	4.1	28	73	16	88	44	0	0	54	1.06
803765--803834	25	2.7	27	78	10	74	41	0	0	58	0.98
803691--803850	58	2.6	62	77	17	158	43	0	0	55	1.04
803765--803830	26	2.6	24	81	11	69	40	0	0	59	0.98
804913--804959	19	2.5	19	86	6	60	38	14	2	44	1.58
805601--805663	17	3.8	16	78	17	67	49	1	0	49	1.10
806300--806333	17	2.0	17	88	11	52	44	2	0	52	1.16
806780--806812	15	2.1	16	88	5	50	57	0	3	39	1.14
810679--810743	26	2.6	25	82	15	82	56	1	1	40	1.18
813489--813534	23	2.0	24	87	12	69	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813525--813564	16	2.3	18	87	8	57	47	5	0	47	1.24
815339--815365	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
815389--815446	11	5.4	11	78	13	50	55	0	3	41	1.17
816348--816374	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
817250--817295	22	2.1	21	84	11	58	41	4	2	52	1.33
822004--822032	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
822143--822174	14	2.4	14	90	10	50	43	0	0	56	0.99
822115--822197	43	1.9	43	83	9	107	51	0	0	48	1.00
822642--822718	36	2.1	36	87	0	109	27	15	32	24	1.95
824623--824666	18	2.4	18	81	7	54	34	4	0	61	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16