genome.fa.s326.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold326
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1352760

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177449--177477	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
180356--180580	79	2.8	78	82	5	263	31	15	27	25	1.96
180533--180604	28	2.6	28	84	4	92	23	20	34	20	1.96
180626--180977	52	6.7	52	69	9	223	32	10	27	28	1.90
180592--180812	51	4.3	50	80	7	237	32	10	26	31	1.90
180795--180865	28	2.5	28	86	0	88	22	18	36	22	1.95
180484--180972	262	1.9	262	91	0	809	31	12	27	28	1.92
181267--181484	107	2.0	107	99	0	427	34	16	21	27	1.94
183447--183472	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
183525--183610	19	4.7	19	67	20	58	37	18	10	33	1.85
183519--183589	32	2.2	32	97	0	133	36	19	8	35	1.82
184399--184486	26	3.3	26	64	14	70	22	20	30	26	1.98
184353--185355	55	17.3	56	83	9	1016	26	19	27	27	1.99
184721--184802	26	2.9	29	70	23	93	19	21	29	29	1.98
184350--185355	171	5.8	170	85	8	1261	26	19	27	27	1.99
186322--186379	14	4.2	13	78	12	62	0	6	8	84	0.78
186325--186379	18	3.2	18	80	15	55	0	5	9	85	0.74
195063--195266	79	2.6	78	86	3	266	30	17	27	24	1.97
195278--195497	51	4.3	51	81	6	230	33	11	25	29	1.91
195170--195671	261	1.9	262	90	1	810	33	13	25	27	1.93
195540--195672	52	2.6	51	84	3	176	32	10	25	31	1.90
198028--198053	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198040--198081	21	2.0	21	95	0	75	28	19	11	40	1.87
198106--198193	19	4.6	19	95	0	158	39	18	11	30	1.86
198624--198680	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
198600--198699	19	5.9	17	71	28	72	36	12	16	36	1.85
198603--198701	32	3.0	32	94	2	162	36	12	16	35	1.85
198755--198903	52	2.9	50	87	6	199	34	17	17	30	1.93
206962--207039	41	1.9	41	91	0	129	38	11	21	28	1.88
211730--211783	19	2.7	21	82	5	76	40	12	14	31	1.84
218695--218823	52	2.5	52	96	0	231	30	17	17	34	1.93
218874--218942	32	2.1	33	94	2	122	36	17	11	34	1.86
218898--218922	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
225854--225893	18	2.2	18	86	8	55	32	5	2	60	1.32
227387--227420	17	2.0	17	100	0	68	35	0	29	35	1.58
232934--233049	58	2.0	58	93	3	198	25	10	13	50	1.74
233129--233160	2	16.0	2	93	0	55	0	0	53	46	1.00
233168--233194	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
234170--234194	11	2.3	11	100	0	50	28	52	0	20	1.47
234020--234355	172	2.0	172	100	0	672	25	23	13	38	1.91
240323--240360	8	4.8	8	96	0	67	0	15	0	84	0.63
240331--240366	16	2.2	16	90	0	54	2	16	0	80	0.83
243412--243489	40	2.0	40	94	0	138	41	19	3	35	1.70
245608--245650	22	2.0	21	82	13	52	62	2	0	34	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250691--250715	6	4.2	6	100	0	50	48	0	36	16	1.46
251083--251109	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
251483--251520	14	2.6	16	88	12	55	31	0	0	68	0.90
251513--251586	32	2.3	33	84	9	91	44	0	0	55	0.99
251564--251626	27	2.4	26	89	10	94	38	0	0	61	0.96
251890--252078	27	7.1	27	71	14	101	36	0	1	61	1.10
251954--252050	34	2.8	33	77	17	106	36	1	1	61	1.10
251953--252078	12	10.6	12	69	20	79	34	0	1	63	1.10
251956--252063	15	7.7	15	68	27	51	35	0	0	62	1.08
252691--252738	17	2.8	17	81	12	53	47	0	0	52	1.00
252708--252772	29	2.2	30	80	2	69	52	0	0	47	1.00
252786--252838	13	4.1	13	78	21	58	66	1	0	32	1.03
252959--252984	11	2.4	11	100	0	52	34	7	19	38	1.80
254157--254214	21	2.8	20	85	12	73	65	0	0	34	0.93
254151--254233	26	3.2	25	74	17	71	59	1	0	39	1.05
254277--254329	18	3.0	18	78	13	65	62	0	0	37	0.96
254168--254320	16	9.8	16	63	23	51	58	1	0	39	1.11
254259--254338	27	3.0	28	85	8	98	58	0	0	41	0.98
255387--255435	18	2.7	18	78	12	55	51	2	0	46	1.12
255620--255644	9	2.8	9	100	0	50	8	0	0	92	0.40
269241--269309	33	2.1	33	86	5	95	37	18	11	31	1.87
269338--269393	19	2.9	19	89	2	76	35	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
269378--269404	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
281304--281357	19	2.8	18	83	13	63	35	12	16	35	1.87
282605--282695	43	2.1	44	97	2	175	32	18	13	35	1.90
285214--285341	66	1.9	66	85	3	177	39	33	4	21	1.74
286497--286601	55	1.9	55	82	5	131	35	20	13	31	1.91
286603--286696	28	3.4	28	79	5	109	38	29	14	17	1.89
286798--286872	28	2.7	28	81	4	80	42	24	10	22	1.85
289953--290093	52	2.7	52	91	0	228	30	17	18	34	1.94
290082--290106	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
290171--290195	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
291075--292287	52	23.8	52	87	4	1739	32	16	26	23	1.96
291117--292287	101	11.5	101	94	2	1949	32	16	26	23	1.96
291075--292287	153	7.9	153	91	3	1901	32	16	26	23	1.96
292292--292384	33	2.8	33	93	6	163	15	19	36	29	1.92
292391--292770	70	5.4	70	83	8	486	33	12	33	20	1.90
292358--292770	141	2.9	140	84	6	566	32	12	34	20	1.91
293724--293754	16	1.9	16	93	0	53	0	6	6	87	0.68
300943--301083	52	2.7	52	91	0	228	30	17	18	34	1.94
301072--301096	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
301161--301185	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
301139--301205	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
301511--301592	28	2.9	28	78	5	94	36	28	14	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
324964--324988	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
325904--325939	13	2.9	13	88	12	58	55	0	13	30	1.39
326592--326638	15	3.1	15	75	22	53	40	0	0	59	0.97
326720--326817	50	1.9	52	82	10	123	50	0	2	47	1.12
327732--327800	29	2.5	27	77	15	70	47	2	0	49	1.16
329249--329294	24	2.0	22	87	12	65	45	0	0	54	0.99
330070--330107	19	2.0	20	89	5	60	42	2	0	55	1.14
330440--330488	17	2.6	19	78	21	59	53	0	0	46	1.00
330429--330497	23	3.0	22	78	6	66	52	0	0	47	1.00
330440--330495	20	2.9	19	75	20	55	51	0	0	48	1.00
331490--331550	21	3.2	19	78	15	63	63	0	0	36	0.94
331505--331548	21	2.2	20	91	4	70	68	0	0	31	0.90
335384--335426	21	2.0	21	100	0	86	44	0	18	37	1.50
338049--338189	33	4.6	32	73	17	109	34	12	17	35	1.87
338234--338294	32	1.9	32	82	0	77	34	9	16	39	1.82
342341--342397	19	3.0	20	79	7	73	35	17	14	33	1.90
342447--342471	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
342427--342491	33	2.0	33	81	6	78	36	13	15	33	1.87
347209--347240	16	2.0	16	93	0	55	50	0	9	40	1.35
348469--348507	20	2.0	20	85	10	53	28	2	10	58	1.44
349974--350068	41	2.3	41	90	5	156	54	5	17	22	1.63
350094--350137	18	2.4	18	84	0	61	31	0	25	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
350664--350717	19	2.8	19	80	2	63	33	16	12	37	1.87
350749--350802	20	2.7	20	85	5	65	31	11	18	38	1.86
364791--364824	10	3.1	11	87	12	52	50	0	0	50	1.00
365134--365543	158	2.6	158	84	4	497	29	24	12	33	1.92
365134--365543	79	5.2	79	82	8	442	29	24	12	33	1.92
365134--365597	158	2.9	152	76	11	445	28	23	12	35	1.91
365750--365798	23	2.2	22	81	3	53	14	4	16	65	1.42
368082--368106	9	2.8	9	100	0	50	48	0	8	44	1.32
372304--372346	22	2.0	21	90	4	68	34	13	6	44	1.72
379753--379845	36	2.6	36	98	0	177	39	29	11	19	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8