genome.fa.s326.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold326
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1352760

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765864--765888	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
765845--765915	32	2.2	32	97	0	133	32	12	18	36	1.88
765960--765984	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
765993--766118	52	2.4	52	91	0	207	37	17	18	26	1.93
773032--773065	13	2.5	13	90	4	50	82	14	0	2	0.79
773380--773430	27	1.9	27	92	4	86	84	11	3	0	0.75
774368--774615	31	8.0	30	79	8	232	22	29	15	33	1.94
774368--774577	92	2.3	91	81	9	248	23	28	16	31	1.96
774368--774585	61	3.6	59	81	6	231	22	29	15	32	1.95
774414--774616	92	2.2	90	79	8	210	21	29	15	33	1.94
774556--774646	33	2.7	33	81	5	101	23	34	14	28	1.93
774683--775544	49	17.9	49	75	11	755	24	24	18	32	1.97
774752--774819	21	3.2	21	65	19	50	26	26	16	30	1.96
774683--775546	92	9.0	92	91	2	1089	24	24	18	33	1.97
775143--775546	53	7.8	53	82	6	526	22	24	18	34	1.96
776151--776276	52	2.4	52	91	0	216	35	18	18	27	1.94
780320--780371	26	2.1	25	83	16	65	53	0	1	44	1.11
780978--781035	13	4.0	13	74	23	53	34	15	15	34	1.89
780936--781021	19	4.7	19	71	19	67	37	12	15	34	1.85
780957--781034	32	2.4	32	93	0	129	35	14	15	34	1.87
781073--781098	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
783495--783859	79	4.6	79	90	0	568	26	27	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784303--784341	21	1.9	20	94	5	69	35	15	12	35	1.86
784378--784434	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
784391--784453	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
784377--784461	32	2.7	32	98	0	161	32	12	17	36	1.88
784506--784530	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
788391--788443	27	2.0	27	92	0	88	39	11	16	32	1.85
793011--793062	20	2.7	20	90	3	79	26	13	21	38	1.90
793104--793156	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
793144--793168	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
794190--794234	20	2.1	21	84	8	56	6	26	48	17	1.72
794504--794544	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
794676--794720	13	3.5	13	90	0	72	35	17	13	33	1.89
794929--794954	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
807452--807514	13	5.0	13	79	9	69	84	14	1	0	0.71
807452--807514	12	5.1	13	79	7	69	84	14	1	0	0.71
808955--809118	28	5.8	28	81	7	204	32	31	17	17	1.94
808949--809119	57	3.0	58	92	0	281	31	32	16	19	1.94
809099--809227	35	3.8	33	85	5	161	20	32	14	32	1.93
809099--809227	34	3.8	33	85	7	161	20	32	14	32	1.93
809099--809227	69	1.9	66	85	4	177	20	32	14	32	1.93
809284--809626	87	3.9	87	94	0	596	26	25	18	28	1.98
809423--809585	48	3.6	48	70	14	155	25	24	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809560--809694	68	2.0	68	98	0	261	27	28	20	23	1.99
809473--809781	155	2.0	155	97	0	582	26	26	20	26	1.99
809628--809918	87	3.3	87	94	1	501	26	26	19	26	1.99
809386--809868	242	2.0	242	95	0	867	26	26	19	27	1.99
809828--810063	52	4.7	50	79	7	230	25	25	17	32	1.97
809828--810063	101	2.4	99	84	4	296	25	25	17	32	1.97
810821--810877	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
810834--810896	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
810820--810903	32	2.6	32	98	0	159	33	13	16	36	1.87
810982--811214	52	4.5	52	93	0	403	36	17	18	28	1.93
815965--815997	16	2.1	16	88	11	50	54	15	6	24	1.63
816437--816537	49	2.0	50	92	1	168	47	11	7	32	1.69
820049--820074	12	2.2	12	100	0	52	38	7	26	26	1.83
823368--823526	83	1.9	83	93	0	273	29	18	15	37	1.91
824931--824955	11	2.3	11	100	0	50	24	0	0	76	0.80
837734--837758	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
841967--842069	52	2.0	52	96	0	188	30	17	16	35	1.92
842134--842200	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
842156--842180	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
843130--843510	49	7.7	49	87	1	521	30	17	25	25	1.97
843130--843515	98	3.9	98	89	2	594	31	17	26	24	1.97
843121--843510	146	2.6	147	86	3	541	31	17	26	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
843130--843510	195	1.9	197	91	1	631	30	17	25	25	1.97
843503--843672	33	5.2	33	89	6	260	18	17	35	28	1.94
843503--843673	67	2.6	66	91	4	269	18	17	35	28	1.94
843683--844347	34	20.8	33	75	17	513	32	12	34	20	1.90
843688--844320	61	10.0	59	76	17	330	32	12	34	20	1.90
843683--843904	95	2.3	96	95	1	394	31	12	35	19	1.90
843872--844407	94	5.6	93	78	13	513	31	12	34	21	1.91
844158--844372	96	2.3	94	89	4	315	31	12	34	21	1.91
844349--844441	32	2.9	32	88	6	136	26	16	33	23	1.95
844356--844450	31	3.0	31	92	4	147	26	15	32	25	1.96
845385--845416	16	2.0	16	93	0	55	0	6	9	84	0.78
849117--849142	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
850149--850203	20	2.6	22	75	13	62	32	12	16	38	1.86
850358--850469	16	7.0	16	73	15	88	12	16	32	38	1.87
851780--851822	21	2.1	20	91	4	68	20	4	6	67	1.33
852569--852629	19	3.5	19	71	28	64	34	13	14	37	1.85
852554--852610	13	3.9	13	72	24	51	36	14	14	35	1.86
852534--852634	32	3.1	32	88	7	159	35	11	15	36	1.85
852672--852696	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
852705--852833	52	2.5	52	93	5	233	35	17	18	27	1.94
861070--861451	31	12.0	31	77	9	297	21	31	15	31	1.94
861066--861383	93	3.3	92	80	10	329	22	31	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861359--861562	100	2.1	97	90	3	320	21	34	13	30	1.91
861072--861547	31	14.8	32	76	13	270	21	32	14	30	1.94
861102--861519	65	6.5	64	78	11	232	21	32	14	31	1.94
861452--861547	28	3.2	28	79	13	111	20	36	13	29	1.91
861452--861596	63	2.4	61	85	3	193	21	35	12	31	1.90
861612--861868	33	7.9	33	88	2	360	29	30	18	21	1.97
861873--862196	43	7.1	43	77	11	342	26	24	16	32	1.96
861873--862249	92	4.1	92	89	1	574	26	24	16	33	1.96
862150--862271	52	2.3	55	82	4	160	27	24	12	36	1.91
862253--862474	120	1.9	120	85	5	315	25	24	12	37	1.91
863077--863145	32	2.1	33	91	2	113	34	10	17	37	1.83
863183--863207	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
863196--863344	52	2.9	50	88	6	208	33	17	17	31	1.93
870576--870671	32	3.0	33	80	11	101	17	13	27	41	1.87
870577--870668	48	1.9	48	82	4	114	17	13	26	43	1.85
870662--870765	32	3.2	30	80	11	109	14	12	28	44	1.82
870581--870765	16	11.5	16	69	14	78	15	12	28	43	1.83
870609--870774	16	10.2	16	70	15	83	15	13	28	43	1.84
875502--875555	20	2.6	21	91	2	83	38	9	18	33	1.83
875519--875575	20	2.8	20	83	2	60	38	10	17	33	1.84
878949--878976	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
879341--879845	159	3.2	155	78	6	471	29	21	9	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879341--879903	79	7.2	77	79	6	418	29	21	9	38	1.86
879605--879903	155	1.9	155	85	2	413	29	21	11	37	1.88
879812--880033	51	4.3	50	70	16	166	28	24	9	37	1.86
879862--879928	28	2.4	28	97	2	127	26	28	17	26	1.98
879550--880095	79	7.0	79	73	11	388	28	22	10	38	1.87
882442--882482	20	2.0	20	90	0	64	36	4	14	43	1.67
883147--883195	25	2.0	23	81	14	55	51	12	2	34	1.51
893644--893671	12	2.3	12	100	0	56	42	17	14	25	1.87
897044--897074	3	10.3	3	100	0	62	32	0	35	32	1.58
897380--897427	17	2.8	18	78	9	64	70	2	2	25	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8