genome.fa.s331.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold331
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1394875

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
850342--850367	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
850322--850385	33	2.0	33	90	3	103	35	20	12	31	1.90
852427--852459	16	2.1	16	88	5	50	54	0	9	36	1.32
854062--854086	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
854074--854126	20	2.6	20	81	3	61	39	13	16	30	1.87
854177--854202	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
854159--854222	33	2.0	32	87	3	92	39	17	14	29	1.88
855812--855857	3	15.3	3	95	0	83	34	0	34	30	1.58
860406--860449	13	3.4	13	93	0	70	31	13	18	36	1.90
860877--860928	20	2.4	21	87	9	70	19	50	26	3	1.65
862867--862919	20	2.6	20	81	3	61	41	15	15	28	1.87
866251--866276	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
866479--866542	13	4.9	13	94	0	110	31	15	18	34	1.93
866479--866542	26	2.5	26	100	0	128	31	15	18	34	1.93
868365--868409	22	2.0	22	83	8	56	37	6	26	28	1.82
868955--868979	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
868967--869017	20	2.5	21	87	3	68	39	13	17	29	1.88
869060--869127	33	2.1	33	88	2	102	33	19	14	32	1.92
869665--869731	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
870187--870212	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
873017--873181	84	2.0	84	82	7	201	24	20	3	51	1.63
874707--874773	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
875231--875256	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
876181--876233	19	2.7	20	88	2	72	28	16	15	39	1.89
876162--876233	20	3.7	19	81	7	74	27	16	15	40	1.89
876279--876311	13	2.5	13	95	0	57	33	15	12	39	1.84
878226--878276	13	3.6	14	73	19	52	52	1	1	43	1.23
878219--878280	26	2.4	26	80	17	67	53	1	1	43	1.20
878219--878280	27	2.4	26	82	12	74	53	1	1	43	1.20
878241--878327	28	3.1	27	72	9	68	48	6	3	41	1.47
881855--881935	24	3.0	27	71	17	78	48	0	1	50	1.08
882759--882798	14	2.8	15	85	7	57	52	0	2	45	1.14
885360--885413	20	2.8	20	88	2	74	31	16	14	37	1.89
887030--887060	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
891237--891273	13	2.8	13	95	0	65	32	13	16	37	1.87
893134--893191	30	2.0	30	90	6	93	39	10	22	27	1.86
893721--893853	52	2.6	51	79	6	137	30	16	17	35	1.92
893818--893874	20	3.0	20	82	7	73	33	15	17	33	1.92
893922--893989	20	3.8	19	72	25	67	38	11	14	35	1.83
893944--893968	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
893924--893988	33	2.0	33	93	0	112	38	12	15	33	1.85
897204--897387	85	2.2	85	82	6	232	33	11	22	32	1.90
897235--897416	84	2.2	83	83	8	226	33	12	21	32	1.91
900590--900757	73	2.3	74	83	2	205	27	10	29	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
900927--901045	63	1.9	63	82	3	150	21	16	28	32	1.96
901132--901254	65	1.9	64	83	5	158	25	15	25	34	1.95
901192--901531	73	4.7	72	79	6	328	29	13	27	29	1.94
905840--905882	22	2.0	22	85	0	59	25	18	16	39	1.91
907916--908076	84	1.9	84	82	5	200	53	3	18	25	1.59
910614--910638	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
911520--911574	20	2.8	19	88	5	74	41	16	12	29	1.85
911645--911670	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
911627--911690	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
916504--916639	52	2.6	52	82	3	159	43	8	14	33	1.77
916695--916748	20	2.7	20	85	8	65	31	18	11	38	1.86
923214--923261	20	2.3	20	82	3	60	31	14	8	45	1.74
924518--924588	20	3.5	19	81	14	72	35	16	16	30	1.92
924532--924570	13	3.3	13	73	26	50	35	17	12	33	1.88
925235--925278	15	2.9	15	93	0	70	45	0	25	29	1.54
930285--930351	37	1.9	35	88	11	102	32	25	8	32	1.87
930820--930844	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
930833--930950	22	5.1	22	72	18	87	38	10	22	28	1.86
930937--930968	10	3.2	10	90	0	55	40	6	31	21	1.78
931068--931108	21	2.0	21	85	9	57	36	9	14	39	1.79
932454--932478	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
934235--934310	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
934217--934310	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
934197--934289	20	4.6	20	81	5	107	36	15	18	30	1.91
934349--934374	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
938436--938466	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
940481--940559	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
940546--940584	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
943026--943098	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
943044--943119	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
943026--943119	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
943158--943183	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
945684--945750	36	1.9	35	85	11	93	31	25	10	32	1.89
946221--946245	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
946303--946359	22	2.6	22	88	0	87	36	10	24	28	1.88
946345--946377	10	3.3	10	91	0	57	39	6	30	24	1.79
946510--946550	21	2.0	21	85	9	57	36	12	14	36	1.84
953107--953145	20	1.9	20	84	5	51	43	12	23	20	1.86
954095--954146	21	2.5	21	87	0	77	40	25	9	25	1.85
954205--954254	20	2.4	21	86	3	66	30	18	14	38	1.89
955264--955293	15	2.0	15	100	0	60	40	0	33	26	1.57
957863--957953	36	2.7	34	79	14	109	29	24	14	31	1.94
961615--961658	21	2.1	21	86	0	61	20	20	0	59	1.39
963155--963249	36	2.9	32	79	13	97	28	24	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
963741--963771	10	3.1	10	95	0	53	41	3	29	25	1.71
966084--966162	12	6.2	13	69	21	51	41	2	44	11	1.54
966078--966162	24	3.8	24	69	20	76	42	2	44	10	1.51
966078--966177	41	2.4	42	89	3	166	42	2	45	11	1.51
968823--969044	110	2.0	110	98	0	426	27	12	28	32	1.92
974626--974687	31	2.0	31	100	0	124	38	9	16	35	1.81
975403--975428	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
975385--975448	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
977647--977696	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
981605--981630	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
981751--981796	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
984186--984211	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
984168--984231	32	2.0	33	90	3	103	37	20	14	28	1.91
985065--985290	83	2.7	82	72	10	208	34	11	23	31	1.89
985307--985346	19	2.1	19	86	9	55	32	2	10	55	1.47
994721--994774	28	1.9	28	100	0	108	16	7	9	66	1.42
994854--994896	21	2.1	20	82	4	50	34	2	4	58	1.32
997329--997395	17	4.1	17	80	1	66	43	14	10	31	1.80
997354--997414	32	1.9	32	82	0	77	49	19	9	21	1.77
999974--1000045	31	2.3	31	92	0	117	37	22	5	34	1.77
1000709--1000778	36	1.9	36	97	0	131	44	5	21	28	1.75
1002829--1002857	14	2.1	14	93	6	51	55	6	6	31	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1003466--1003491	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1003629--1003666	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
1006687--1006763	27	2.8	28	86	7	88	36	6	6	50	1.54
1006699--1006763	28	2.4	28	85	10	82	36	6	4	52	1.47
1006689--1006774	27	3.2	27	81	6	77	38	5	8	47	1.57
1007264--1007322	19	3.0	19	80	5	73	81	1	15	1	0.86
1007259--1007320	21	3.1	20	76	19	67	77	1	19	1	0.94
1007360--1007398	15	2.8	13	81	11	51	12	20	0	66	1.24
1010377--1010401	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1010464--1010488	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8