genome.fa.s331.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold331
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1394875

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
676849--676936	13	6.6	14	69	10	67	37	15	11	35	1.84
676849--676921	26	2.8	27	81	6	87	38	13	12	35	1.83
677998--678114	32	3.7	31	88	5	155	23	20	27	29	1.99
678083--678904	28	28.6	28	73	8	370	23	17	30	29	1.97
678456--678558	32	3.4	32	72	13	108	18	17	34	29	1.94
678257--678901	56	11.2	57	79	6	516	23	17	30	29	1.97
678257--678906	85	7.5	84	76	7	444	23	16	30	29	1.96
678911--678983	26	2.8	26	76	15	87	35	13	15	35	1.87
678911--678998	14	6.6	13	71	18	74	36	13	13	36	1.85
680338--683122	475	5.9	473	82	2	3112	36	14	18	31	1.90
683460--683497	20	1.9	20	94	0	67	36	10	21	31	1.87
688618--688655	20	1.9	20	94	0	67	28	23	0	47	1.52
689850--689886	16	2.4	16	95	4	67	24	0	29	45	1.53
690422--690459	20	1.9	20	88	0	58	39	10	15	34	1.82
692468--692524	20	2.9	20	84	2	71	36	14	15	33	1.88
696893--696956	33	1.9	33	87	0	92	39	17	10	32	1.84
697026--697050	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
697598--697667	21	3.3	22	72	8	72	28	24	2	44	1.68
705736--705850	51	2.3	51	100	0	230	32	12	17	38	1.87
705838--705901	33	1.9	33	90	6	103	34	14	14	37	1.86
705974--705998	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
711519--711585	20	3.4	19	81	4	62	32	16	14	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
711533--711585	19	2.7	20	88	2	72	33	15	15	35	1.88
712391--723879	476	24.2	475	82	4	11972	36	13	17	31	1.90
723531--724213	317	2.2	317	86	2	942	36	15	18	29	1.92
724656--725183	269	2.0	268	84	2	702	36	12	18	32	1.88
724911--726071	475	2.5	472	83	4	1484	35	14	18	32	1.90
725674--726466	395	2.0	395	87	3	1143	34	16	16	32	1.91
727592--727663	20	3.7	19	77	7	65	33	18	13	34	1.90
727693--727762	33	2.1	34	86	7	99	32	14	18	34	1.91
736294--736366	20	3.7	19	75	3	65	31	19	16	32	1.94
738808--739011	103	2.0	102	85	0	273	37	14	18	29	1.90
737983--739878	970	2.0	966	83	4	2431	36	14	18	30	1.90
739367--740148	392	2.0	392	85	3	1065	36	15	16	30	1.90
740226--745226	474	10.5	476	74	9	3426	36	13	18	31	1.90
749106--749629	270	1.9	271	80	5	612	35	12	19	33	1.89
749376--750547	476	2.5	473	82	4	1358	36	13	18	31	1.89
750927--752527	476	3.4	473	81	4	1794	36	13	17	32	1.89
752717--753242	270	1.9	271	82	5	645	35	13	18	32	1.90
752974--754407	476	3.0	475	83	3	1814	36	14	18	31	1.90
753499--756007	476	5.3	453	79	8	1973	36	14	17	31	1.90
756690--758164	476	3.1	470	86	3	1946	37	13	17	31	1.88
758898--758947	20	2.5	20	90	6	75	32	16	14	38	1.88
758978--759034	19	2.9	20	89	5	89	35	15	12	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
758979--759040	20	3.2	19	90	4	88	35	16	12	35	1.87
767819--767845	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
771180--771247	10	6.6	10	73	11	57	80	2	10	5	0.98
771181--771247	22	3.3	19	72	24	57	80	2	10	5	0.99
771171--771235	29	2.2	29	84	15	80	78	6	7	7	1.09
772791--772893	33	3.0	34	87	4	109	27	32	15	25	1.96
772807--773027	32	6.8	32	78	4	194	30	28	17	24	1.97
772807--773021	33	6.6	33	75	8	131	31	28	15	24	1.96
773031--773196	59	2.8	58	81	4	174	26	26	13	33	1.94
777071--777199	52	2.5	52	98	0	249	27	18	18	34	1.95
777275--777339	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
777270--777337	32	2.1	32	97	0	127	36	17	11	33	1.86
777294--777318	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
777919--778016	49	2.0	49	87	0	142	30	21	26	21	1.98
778031--778849	43	17.6	52	82	11	405	31	18	24	25	1.98
778138--778867	92	8.1	86	88	6	902	30	18	25	25	1.98
778274--778341	21	3.2	21	62	25	52	27	19	27	25	1.98
778295--778362	22	3.1	22	62	26	54	30	20	25	23	1.98
778138--778867	135	5.4	135	90	5	1000	30	18	25	25	1.98
778094--778867	227	3.4	223	93	2	1237	30	18	25	25	1.98
778430--778497	22	3.1	22	62	26	54	30	20	25	23	1.98
778855--779129	32	8.5	31	84	6	309	16	17	37	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
778855--779129	98	2.8	96	89	4	410	16	17	37	28	1.92
778867--779119	130	1.9	130	89	4	393	15	18	36	29	1.92
779131--779220	33	2.6	36	84	8	125	41	12	28	17	1.86
779131--779450	34	9.8	34	72	16	140	35	13	31	19	1.91
779165--779355	61	3.0	63	82	7	226	35	13	32	19	1.90
779294--779609	34	9.9	34	71	18	146	32	15	31	20	1.94
779133--779602	161	3.0	158	80	6	496	33	14	31	20	1.93
779431--779476	23	2.0	23	91	0	74	17	21	30	30	1.96
779478--779607	33	3.9	34	77	16	137	36	16	28	18	1.93
780570--780607	10	3.7	10	89	6	58	0	2	7	89	0.57
780553--780604	20	2.5	20	77	20	54	0	9	5	84	0.77
787831--787959	52	2.5	52	96	0	231	28	18	18	34	1.95
787831--787979	52	2.9	52	86	6	203	30	17	18	33	1.94
787968--787992	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
788035--788099	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
788030--788097	32	2.1	32	97	0	127	36	17	11	33	1.86
788054--788078	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
792610--793303	154	4.5	156	84	3	783	39	19	16	24	1.92
793142--793421	148	1.9	145	83	3	355	39	19	16	24	1.91
793939--793963	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
793949--794003	19	2.8	21	72	13	62	32	14	14	38	1.87
797933--798349	166	2.5	164	82	9	481	52	7	9	29	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
799265--799347	43	1.9	43	92	0	139	43	16	24	15	1.87
799949--799974	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
800786--801028	44	5.5	44	73	11	201	39	13	24	22	1.91
800778--801053	88	3.1	86	81	5	302	39	13	25	22	1.90
801392--801651	90	2.9	89	85	5	342	29	15	27	28	1.96
806660--806986	156	2.1	150	85	7	426	39	18	17	24	1.91
807771--807796	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
807750--807814	34	2.0	32	87	6	94	27	15	15	41	1.87
810371--810409	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
814950--814983	12	2.8	12	90	0	50	23	35	0	41	1.55
818439--818484	9	4.8	10	83	5	51	2	17	0	80	0.81
818439--818486	19	2.5	20	80	10	64	2	16	0	81	0.79
821354--821710	155	2.3	154	83	4	425	24	16	19	40	1.91
824014--824071	29	2.0	29	93	0	98	29	18	5	46	1.71
824264--824481	73	3.0	71	85	4	276	29	22	11	36	1.90
824443--824537	45	2.1	45	82	3	111	28	23	12	35	1.91
826140--826202	32	1.9	34	87	12	96	31	15	14	38	1.88
826244--826296	20	2.6	21	76	8	56	28	15	16	39	1.89
826841--826884	22	2.0	22	91	4	72	38	31	0	29	1.58
833272--833302	3	10.3	3	92	0	53	29	35	0	35	1.58
834971--835022	21	2.5	21	84	3	70	28	15	15	40	1.88
835941--836348	155	2.6	155	75	7	339	40	20	14	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837967--838025	11	5.6	11	72	11	52	0	22	0	77	0.76
837965--838013	15	3.3	15	85	0	71	0	18	0	81	0.69
838991--839042	19	2.6	21	87	6	72	25	13	17	44	1.85
841568--841606	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
847732--847757	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
847711--847775	32	2.0	34	87	6	98	26	13	16	43	1.86
847829--847882	20	2.7	20	88	5	74	25	14	18	40	1.89
849367--849408	21	2.0	21	90	0	66	35	2	26	35	1.70
850217--850241	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
850229--850281	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8