genome.fa.s331.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold331
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1394875

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--18436	474	38.7	474	90	5	27636	30	19	15	34	1.93
18450--23178	476	10.0	476	87	2	6680	30	18	14	35	1.91
19398--20979	159	10.0	158	65	11	407	31	18	14	35	1.91
18444--23178	946	5.0	945	87	3	6594	30	18	14	35	1.91
24802--24877	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
24792--24910	42	2.8	42	89	0	184	42	2	47	7	1.45
30738--30856	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
30771--30846	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
30762--30847	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
30753--30823	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
36202--129344	476	197.0	475	89	1	132895	30	18	14	36	1.91
49194--62211	159	82.4	159	64	12	800	30	18	15	36	1.91
65781--68365	159	16.4	157	65	11	659	30	17	15	36	1.91
119679--120842	159	7.4	159	67	10	466	30	17	15	36	1.91
125799--127438	159	10.4	159	66	10	465	30	17	15	36	1.91
129635--129712	32	2.4	32	93	0	129	34	14	17	33	1.90
129637--129699	19	3.6	19	70	24	66	33	12	19	34	1.89
132947--136010	475	6.4	476	88	1	4573	31	18	14	34	1.91
135885--136183	165	1.8	165	90	1	483	34	18	14	33	1.90
136737--136772	16	2.2	16	100	0	72	33	8	16	41	1.78
136814--139479	476	5.6	476	86	2	3602	30	18	14	36	1.91
136814--139474	942	2.8	945	88	2	3717	30	18	14	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142000--146558	476	9.6	476	87	1	5985	30	18	14	35	1.92
149603--149726	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
149603--149746	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
149735--149759	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
149800--149866	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
149822--149846	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
150743--151747	49	20.7	49	83	6	1235	30	17	26	25	1.97
150743--151747	98	10.4	98	89	5	1415	30	17	26	25	1.97
150743--151747	388	2.6	389	92	2	1652	30	17	26	25	1.97
151747--152171	34	13.0	34	89	6	607	17	17	35	30	1.93
151747--152171	97	4.4	99	93	3	670	17	17	35	30	1.93
151751--152171	164	2.6	164	95	1	742	17	17	35	30	1.93
151747--152310	97	5.9	97	88	6	612	19	17	32	30	1.95
152351--152523	29	5.9	29	81	6	170	25	18	29	26	1.98
152236--152518	121	2.4	116	79	5	300	26	17	29	26	1.97
152126--152523	57	6.7	58	73	13	256	25	16	29	28	1.97
152159--152527	30	12.5	30	75	10	285	26	16	28	28	1.97
154677--156322	159	10.4	160	68	9	535	30	18	15	35	1.91
153895--159629	476	12.0	476	86	2	7542	31	18	14	35	1.91
157551--157600	23	2.2	23	100	0	100	36	22	8	34	1.83
165308--165378	18	3.6	18	71	20	52	9	42	2	45	1.52
165293--165411	42	2.8	42	89	0	184	8	45	2	43	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165311--165402	24	4.2	23	72	18	79	9	44	2	43	1.49
167023--183073	475	33.8	475	87	2	21153	30	18	14	35	1.91
182697--183442	372	2.0	373	93	1	1273	30	19	15	35	1.92
183535--195775	475	25.8	475	90	1	18297	30	19	14	35	1.92
186182--195400	159	58.2	157	64	11	853	30	19	14	35	1.92
195399--196144	372	2.0	373	92	1	1255	30	19	15	35	1.92
195772--199922	950	4.4	949	92	1	6762	30	19	15	35	1.92
196237--199925	475	7.8	475	93	0	6145	30	19	14	35	1.92
198882--199533	159	4.1	157	65	10	358	30	19	15	34	1.93
199549--200294	372	2.0	373	93	1	1273	30	19	15	35	1.92
200387--202883	475	5.3	475	92	1	4198	29	19	15	35	1.92
199922--202883	950	3.1	949	94	1	5070	29	19	15	35	1.92
209540--230743	475	44.7	474	91	1	32907	30	19	15	34	1.92
231647--231717	27	2.6	27	100	0	142	12	19	45	22	1.84
233859--233987	52	2.5	52	93	0	213	31	17	17	34	1.93
233859--234007	52	2.9	51	87	4	201	32	17	17	32	1.93
233996--234020	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
234175--239896	475	12.1	475	87	2	7949	30	19	14	35	1.92
234175--239900	951	6.0	951	89	1	8450	30	19	14	35	1.92
240346--240959	308	2.0	306	83	5	783	37	14	18	30	1.90
240652--245916	475	11.0	475	81	6	5432	36	14	18	30	1.91
246301--246326	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246283--246346	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
246315--246366	20	2.6	20	100	0	104	46	15	11	26	1.80
250412--250442	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
252466--252491	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
252614--252656	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
255790--259886	476	8.7	475	83	4	4775	36	13	18	31	1.90
259627--260136	257	2.0	258	87	1	729	39	12	18	29	1.88
259282--260614	731	1.8	721	88	3	1888	36	13	18	31	1.90
259890--262611	476	5.7	474	85	3	3441	36	13	18	31	1.89
263151--263210	20	3.0	20	80	2	75	30	15	15	40	1.87
263120--263255	71	1.9	70	89	1	209	28	14	12	44	1.82
271732--271841	42	2.6	42	91	0	175	42	2	45	9	1.50
276617--276865	123	2.0	123	97	0	471	16	22	13	48	1.80
285172--285253	14	6.3	12	75	18	67	34	12	19	34	1.89
285268--285671	28	14.2	28	81	6	422	31	27	17	23	1.97
285743--285850	49	2.3	47	80	6	121	23	28	15	32	1.95
286325--286470	50	2.9	51	87	4	206	30	19	8	41	1.82
289566--290688	473	2.4	473	84	5	1476	36	13	17	32	1.88
290514--290898	211	1.8	211	85	4	544	34	13	18	33	1.90
290725--297842	474	15.1	475	83	3	8416	36	13	17	32	1.89
291263--293320	158	13.0	154	65	10	502	36	13	18	31	1.90
290725--297842	947	7.5	945	83	4	8329	36	13	17	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297866--310544	476	26.4	477	77	8	6454	37	13	18	30	1.90
300443--300540	49	2.0	49	93	0	169	41	17	14	26	1.87
301320--301668	189	1.8	190	87	3	524	40	11	17	29	1.85
301834--302176	160	2.2	159	82	2	402	35	13	17	32	1.89
300806--302743	666	3.0	653	79	7	1862	37	13	18	31	1.89
304153--304246	49	1.9	49	93	0	161	42	20	11	25	1.86
303677--304704	525	2.0	525	84	3	1374	37	14	17	30	1.89
305039--305380	188	1.8	189	91	1	571	41	11	17	29	1.84
307385--309523	159	13.5	158	64	13	398	36	13	18	32	1.89
313618--313740	51	2.4	51	91	5	196	29	17	17	34	1.94
313618--313760	51	2.8	49	83	14	166	30	17	18	33	1.94
313749--313773	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
313814--313880	33	2.0	33	85	0	89	40	11	11	35	1.79
313836--313860	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
314735--315484	49	15.7	49	84	7	936	31	18	25	24	1.97
314726--315489	92	8.1	92	86	8	964	31	17	25	24	1.97
314820--315489	141	4.7	141	92	2	1088	31	17	25	24	1.97
315477--315555	33	2.5	31	88	11	124	18	16	37	26	1.92
315570--315987	34	12.5	35	86	8	468	31	12	34	20	1.90
315570--316005	102	4.4	99	85	7	537	32	13	34	20	1.91
315981--316067	30	2.8	30	87	3	120	32	18	25	24	1.97
316185--317573	476	2.9	471	84	3	1734	35	14	17	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
317861--317974	50	2.3	50	90	0	192	23	16	18	41	1.90
317861--317993	50	2.7	50	86	2	187	26	17	15	40	1.89
320291--320458	51	3.3	51	96	0	309	33	29	8	27	1.86
320395--320575	79	2.3	79	84	3	231	28	25	13	32	1.93
321511--329093	475	16.0	476	82	3	8490	37	13	17	31	1.89
328929--329333	159	2.6	157	89	1	605	37	13	18	30	1.89
329397--330159	388	2.0	388	84	3	991	33	15	18	32	1.92
329770--331468	470	3.6	472	82	3	2109	37	14	17	30	1.90
331210--331731	263	2.0	262	85	3	719	37	14	17	30	1.90
334816--334866	20	2.6	20	90	3	77	25	13	17	43	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8