genome.fa.s331.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold331
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1394875

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1188272--1188655	100	4.0	97	81	7	401	33	12	33	20	1.90
1188564--1188655	27	3.2	27	81	9	85	35	13	30	20	1.91
1188662--1188709	23	2.1	23	88	7	71	18	16	35	29	1.93
1188685--1188966	28	9.8	28	78	7	136	25	18	28	28	1.98
1188743--1188975	28	8.3	28	79	3	218	25	18	27	28	1.98
1188685--1188966	57	4.9	57	81	4	257	25	18	28	28	1.98
1188743--1188975	112	2.1	113	85	4	310	25	18	27	28	1.98
1190405--1190472	6	11.5	6	73	14	52	0	4	11	83	0.78
1190405--1190472	16	4.1	16	83	11	75	0	4	11	83	0.78
1190436--1190489	24	2.3	24	87	3	74	1	7	7	83	0.88
1200333--1200387	20	2.8	19	88	5	74	41	16	12	29	1.85
1200458--1200483	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1200440--1200504	34	2.0	34	87	6	98	43	16	13	26	1.86
1205997--1206021	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1205977--1206042	32	2.0	33	88	2	98	34	12	13	39	1.82
1206085--1206109	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1206118--1206238	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
1210287--1210312	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1210755--1210797	20	2.1	20	82	4	50	16	41	30	11	1.83
1212704--1212758	20	2.8	19	88	5	74	41	14	14	29	1.85
1212897--1212940	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
1218086--1218147	31	1.9	33	83	6	83	27	4	12	54	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1218970--1219008	20	2.0	20	90	5	62	10	7	2	79	1.02
1220250--1220323	21	3.6	20	85	3	76	39	13	17	29	1.88
1220351--1220401	20	2.5	21	81	9	61	31	13	9	45	1.76
1235204--1235368	20	7.7	20	80	14	177	30	14	10	43	1.80
1235200--1235368	91	1.9	91	92	0	284	30	15	11	42	1.82
1239466--1239520	19	2.8	20	80	2	67	30	16	12	40	1.86
1239470--1239519	20	2.6	19	80	3	55	32	18	10	40	1.83
1239549--1239598	20	2.5	20	87	6	66	34	10	22	34	1.87
1245572--1245720	52	2.9	52	88	2	219	32	16	18	32	1.93
1245799--1245823	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1249346--1249401	21	2.7	21	85	0	85	32	14	12	41	1.83
1249510--1249581	20	3.5	20	78	10	92	33	18	15	33	1.92
1249501--1249580	41	2.0	41	94	0	142	32	21	15	31	1.94
1249524--1249580	21	2.8	20	86	5	78	33	19	14	33	1.91
1251528--1251564	19	1.9	19	94	0	65	86	10	0	2	0.67
1252884--1253072	32	5.9	32	89	5	267	29	29	19	21	1.98
1252890--1253072	96	1.9	96	90	2	296	30	28	20	20	1.98
1253121--1253478	52	7.0	50	75	9	287	24	24	17	34	1.96
1253121--1253280	49	3.2	48	85	6	203	23	25	17	34	1.96
1253098--1253299	49	4.2	49	79	9	202	23	24	18	33	1.97
1256328--1256365	13	3.2	12	88	7	51	84	10	0	5	0.77
1257699--1257881	32	5.7	32	85	4	219	31	30	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1257699--1257881	64	2.8	64	84	8	246	31	30	16	22	1.96
1257705--1257881	96	1.8	96	85	2	248	32	29	16	21	1.96
1257936--1258193	52	5.0	50	76	8	232	23	24	17	34	1.96
1257937--1258193	101	2.5	100	78	6	248	23	24	17	34	1.96
1258162--1258297	61	2.2	61	80	5	150	22	24	13	39	1.90
1262458--1262575	60	2.0	60	86	4	170	40	15	11	32	1.83
1262630--1262704	27	2.7	27	82	10	89	14	17	8	60	1.58
1264133--1264340	53	3.9	53	82	6	224	35	7	23	34	1.82
1264132--1264340	106	2.0	106	83	1	267	35	7	23	33	1.82
1264346--1264572	119	1.9	119	89	3	350	30	16	25	27	1.97
1266281--1266318	20	1.9	20	88	0	58	28	18	2	50	1.61
1276544--1276576	17	1.9	17	100	0	66	18	0	36	45	1.49
1276584--1276736	53	2.9	51	80	8	146	37	7	20	34	1.81
1285468--1285528	19	3.6	18	75	25	69	37	18	11	32	1.86
1285458--1285543	32	2.7	32	94	0	154	38	17	11	32	1.86
1286123--1286194	20	3.6	20	78	14	85	34	15	12	37	1.85
1286123--1286214	40	2.3	40	96	0	166	32	15	13	39	1.85
1286142--1286215	20	3.7	20	79	13	98	29	14	13	41	1.85
1286201--1286227	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1286212--1286267	19	2.9	19	86	2	76	30	16	14	39	1.88
1286292--1286345	20	2.7	19	83	8	72	38	11	22	27	1.88
1289742--1289857	51	2.3	51	79	8	121	33	12	23	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1289575--1289935	122	2.9	124	79	8	381	34	13	24	28	1.93
1289919--1289993	28	2.7	28	85	2	98	24	22	33	20	1.97
1289919--1290178	134	1.9	135	90	2	416	31	18	25	24	1.97
1289843--1290101	106	2.4	106	79	8	294	31	17	25	24	1.97
1290025--1290128	28	3.7	28	77	2	93	30	21	27	20	1.98
1291770--1291843	20	3.7	19	87	7	103	41	13	16	28	1.86
1297169--1297224	29	2.0	28	96	3	103	39	3	23	33	1.72
1297901--1297951	20	2.6	19	81	6	66	31	15	15	37	1.89
1300820--1300872	20	2.7	20	100	0	106	33	11	15	39	1.83
1302064--1302390	127	2.5	128	80	6	349	23	16	15	44	1.86
1302536--1302953	209	2.0	209	95	0	755	40	13	12	33	1.82
1305734--1305777	13	3.4	12	87	12	61	77	0	0	22	0.77
1305737--1305777	18	2.2	19	87	12	59	78	0	0	21	0.76
1309088--1309150	33	1.9	33	86	0	90	34	14	14	36	1.86
1312099--1312335	98	2.4	97	84	7	302	29	25	12	32	1.93
1312724--1312798	20	3.8	20	80	0	96	33	13	12	41	1.81
1322894--1322948	9	5.8	9	79	12	65	29	1	7	61	1.33
1323129--1323153	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1323109--1323175	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1323249--1323429	52	3.5	52	96	0	326	34	17	17	29	1.93
1330232--1330304	10	6.6	10	80	14	74	84	9	2	2	0.81
1330232--1330304	23	3.1	23	73	13	69	84	9	2	2	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1330232--1330282	1	51.0	1	80	0	57	90	7	0	1	0.53
1331519--1332437	57	15.9	57	88	3	1258	28	32	16	22	1.95
1331517--1332438	86	10.7	86	90	2	1282	28	33	16	22	1.95
1333005--1333076	20	3.6	20	78	0	90	34	13	9	41	1.78
1335421--1335470	24	2.0	24	81	11	57	18	10	14	58	1.63
1343008--1343059	26	2.0	26	85	7	70	53	0	1	44	1.11
1346371--1346402	14	2.3	14	100	0	64	53	6	0	40	1.26
1347363--1347392	16	1.9	15	93	6	51	70	0	0	30	0.88
1348014--1348071	28	2.0	28	83	10	71	55	0	0	44	0.99
1348022--1348075	23	2.3	23	75	9	56	59	0	0	40	0.98
1348343--1348398	7	8.1	7	78	4	51	21	25	10	42	1.85
1348492--1348547	18	3.2	18	90	7	80	30	0	0	69	0.89
1348639--1348723	33	2.6	34	80	16	99	48	0	3	48	1.18
1348722--1348759	12	3.2	12	81	7	51	26	0	2	71	1.00
1349245--1349299	24	2.4	22	84	6	65	45	0	0	54	0.99
1349804--1349845	21	2.0	20	86	4	57	57	0	0	42	0.99
1349834--1349872	14	2.8	14	85	11	53	41	0	0	58	0.98
1350192--1350217	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1351164--1351207	14	3.2	13	81	9	52	45	2	0	52	1.13
1351337--1351378	16	2.4	18	84	11	61	19	47	0	33	1.49
1352032--1352065	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
1353165--1353219	20	2.8	20	94	0	92	32	12	9	45	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1353185--1353317	51	2.6	51	92	0	230	27	16	11	44	1.82
1353165--1353272	20	4.8	20	73	22	81	28	16	10	44	1.80
1353631--1354254	321	1.9	322	86	2	898	33	28	7	30	1.85
1367444--1367509	10	6.5	10	77	8	62	84	9	3	3	0.82
1367444--1367526	11	7.4	11	80	10	62	83	10	2	3	0.87
1367454--1367512	21	2.9	22	78	14	72	81	11	3	3	0.94
1367445--1367526	29	2.9	28	80	12	94	82	10	2	3	0.88
1368698--1368736	14	2.9	13	85	7	51	33	15	15	35	1.89
1368745--1369349	28	21.0	28	82	6	640	28	30	17	23	1.97
1368745--1369349	85	7.0	85	85	4	741	28	30	17	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8