genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold46
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2524624

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--34	1	34.0	1	100	0	68	0	0	0	100	0.00
4639--4723	8	10.9	8	76	9	77	82	10	2	4	0.91
4649--4723	25	3.2	25	79	11	95	82	10	2	4	0.90
5909--6290	28	13.3	28	83	4	440	28	30	17	23	1.97
5909--6290	57	6.6	56	83	4	449	28	30	17	23	1.97
5909--6290	85	4.4	85	83	3	487	28	30	17	23	1.97
7219--7293	20	3.8	19	80	7	87	34	16	10	38	1.83
7313--7352	21	1.9	21	84	0	53	35	12	7	45	1.70
15325--15439	51	2.2	51	86	4	151	27	14	15	41	1.87
16978--17003	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
19010--19052	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
19495--19533	13	3.0	13	92	0	60	35	12	17	33	1.88
25691--25715	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
25668--25735	33	2.1	33	86	8	95	32	13	16	38	1.87
27681--27905	97	2.3	97	85	2	290	30	24	11	34	1.90
39886--39917	2	16.0	2	93	0	55	53	0	46	0	1.00
40890--40940	16	3.3	15	83	8	57	50	0	3	45	1.20
43423--43471	19	2.6	19	77	3	55	44	0	0	55	0.99
45283--45329	14	3.0	15	76	17	51	44	0	4	51	1.21
45699--45740	11	4.0	10	80	20	50	66	2	0	30	1.04
46876--46917	21	2.0	20	86	4	57	40	11	9	38	1.75
47579--47638	11	5.6	11	72	7	52	78	3	15	3	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52132--52260	52	2.5	52	92	0	222	27	19	18	34	1.95
52269--52293	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
52800--52972	70	2.5	70	92	3	287	34	13	17	34	1.89
52940--52991	19	2.6	21	90	6	81	38	13	15	32	1.86
53044--53069	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
55434--55599	51	3.3	51	84	3	183	30	25	10	32	1.90
55535--55809	79	3.5	77	82	6	324	28	25	14	32	1.94
55790--55935	51	2.9	51	91	0	229	32	23	8	34	1.86
55919--55973	28	2.0	28	88	0	83	27	25	14	32	1.95
55979--56096	51	2.3	51	86	5	175	28	27	12	31	1.93
55947--56232	130	2.2	130	80	6	303	27	26	12	32	1.93
58322--58360	13	3.0	13	88	0	60	35	20	15	28	1.93
58451--58587	53	2.6	53	95	3	240	27	18	18	36	1.94
58557--58627	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
58667--58707	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
60529--60597	32	2.2	32	100	0	138	44	17	17	20	1.86
65861--65912	20	2.6	20	100	0	104	30	19	11	38	1.87
67009--67608	28	21.1	27	79	9	549	22	18	30	29	1.97
66985--67608	57	10.9	54	79	10	524	21	18	30	29	1.97
66985--67610	85	7.3	82	79	9	571	22	18	30	29	1.97
67028--67610	142	4.1	140	79	7	606	21	17	31	29	1.96
67625--67706	14	6.2	13	69	18	62	36	17	10	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68950--69001	18	2.9	18	77	5	61	5	1	11	80	0.96
68941--68977	15	2.4	16	86	13	51	0	0	16	83	0.64
74962--75005	15	2.9	15	82	0	61	18	0	38	43	1.50
79986--80036	1	51.0	1	80	0	57	90	0	0	9	0.46
79986--80036	21	2.5	20	84	9	75	90	0	0	9	0.46
79986--80037	8	7.0	8	83	14	67	88	0	0	11	0.52
80052--80128	21	3.7	21	96	0	136	32	11	19	36	1.88
80158--80219	19	3.2	19	71	15	54	40	14	16	29	1.88
80207--80231	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
80186--80257	32	2.2	32	95	0	126	33	12	16	37	1.86
80188--80250	19	3.7	18	74	24	64	31	12	17	38	1.87
80282--80362	34	2.4	34	93	0	135	37	12	18	32	1.88
82719--83115	51	7.6	50	70	11	251	29	25	12	33	1.92
82841--82910	28	2.5	28	86	4	88	22	34	18	24	1.96
82730--83222	262	1.9	263	92	1	837	27	26	13	32	1.94
87896--87924	7	4.1	7	100	0	58	86	13	0	0	0.58
89263--89861	62	10.0	61	88	4	726	25	28	19	25	1.99
89607--89861	55	4.4	55	84	8	280	27	30	21	21	1.98
89895--90042	43	3.4	42	79	17	142	16	25	12	45	1.83
89908--90049	46	3.2	44	79	12	155	16	26	13	43	1.85
90715--90769	6	9.7	6	88	11	89	87	0	0	12	0.55
90714--90769	11	5.0	11	91	8	87	87	0	0	12	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90715--90769	16	3.2	18	87	12	89	87	0	0	12	0.55
90785--90903	21	5.7	21	93	0	202	32	10	19	36	1.87
90933--90994	19	3.2	19	73	13	63	41	14	16	27	1.87
93551--93622	28	2.6	28	86	0	90	22	36	19	22	1.95
93605--93825	51	4.3	51	78	8	196	29	25	11	33	1.91
93605--93825	104	2.1	104	82	3	268	29	25	11	33	1.91
93808--93882	28	2.7	29	83	4	82	24	33	18	24	1.97
93440--93933	262	1.9	263	92	0	837	28	27	12	30	1.93
101520--101550	16	1.9	16	100	0	62	25	12	19	41	1.87
103647--103689	21	2.0	21	90	0	68	13	0	27	58	1.37
103865--103927	32	2.0	32	87	0	90	41	14	12	31	1.83
112979--113003	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
112992--113043	20	2.7	20	87	3	70	32	15	17	34	1.91
113088--113118	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
119021--119064	20	2.3	18	88	7	61	27	2	22	47	1.63
119161--119187	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
121067--121143	22	3.6	21	85	7	93	40	2	31	25	1.69
125319--125348	14	2.1	14	93	0	51	26	10	6	56	1.57
125880--126402	166	3.1	161	81	7	600	33	10	13	42	1.79
126944--127008	19	3.8	18	75	24	77	32	12	16	38	1.86
126965--126989	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
126946--127013	32	2.1	32	97	0	127	33	11	17	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127061--127085	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
131892--131943	19	2.7	19	81	3	59	28	19	13	38	1.89
138951--139473	28	17.9	28	84	7	587	23	17	30	27	1.97
138965--139473	58	8.7	56	84	7	613	23	17	31	27	1.97
138966--139473	86	5.8	85	88	7	673	23	17	31	27	1.97
139322--139395	36	2.1	36	97	0	139	28	13	32	25	1.94
139264--139447	92	2.0	94	93	2	318	25	16	30	27	1.97
140687--140740	10	5.2	10	82	8	72	3	1	9	85	0.80
154731--154804	20	3.7	20	83	7	96	41	12	14	31	1.83
158844--159527	49	14.4	49	74	12	466	31	18	26	24	1.97
158876--159527	87	6.9	94	82	8	583	30	18	25	24	1.98
159173--159420	39	5.9	39	74	15	208	27	19	26	26	1.99
159212--159528	48	7.0	47	75	13	306	29	18	26	25	1.98
159627--159917	34	9.0	34	77	13	228	37	11	29	20	1.89
159742--159939	27	6.7	27	74	17	162	32	13	30	23	1.93
159664--160034	155	2.4	153	84	6	455	35	12	29	22	1.92
159772--160034	122	2.1	121	83	4	312	33	13	29	23	1.93
159790--160045	33	8.3	31	79	11	188	35	12	28	22	1.91
159776--160045	63	4.4	63	74	11	238	34	12	29	23	1.92
161320--161364	23	2.0	23	90	0	72	0	0	15	84	0.62
161317--161363	16	2.9	16	87	9	60	0	0	14	85	0.61
161317--161366	13	3.9	12	85	12	64	0	0	14	86	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
169218--169829	49	12.8	50	73	12	401	31	18	25	24	1.97
169218--169829	101	6.4	101	79	8	506	31	18	25	24	1.97
169517--169680	39	4.0	39	74	13	157	27	20	25	27	1.99
169555--169830	48	5.9	47	75	12	201	31	18	24	25	1.98
169463--169726	87	3.0	87	87	2	366	29	20	24	25	1.99
169641--169825	99	1.9	99	82	2	237	30	18	25	24	1.98
169849--169973	57	2.2	59	85	7	175	18	17	32	32	1.94
169839--169973	29	4.6	30	83	8	152	19	19	30	31	1.96
169964--170078	60	1.9	60	85	3	160	35	13	30	20	1.91
172241--172294	20	2.7	20	97	2	99	33	18	3	44	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15