genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold46
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2524624

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  2  of  15  ( 1780 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174663--174728	20	3.7	20	73	26	83	25	15	16	42	1.87
174715--174768	19	2.8	20	82	2	74	25	18	16	38	1.92
174792--174829	20	1.9	20	100	0	76	39	10	18	31	1.85
178500--178533	11	3.2	11	87	4	52	47	0	2	50	1.16
182979--183016	20	1.9	20	94	0	67	28	18	13	39	1.88
184104--184178	28	2.7	27	83	8	80	24	18	32	25	1.97
184167--184335	52	3.3	52	82	2	153	32	10	24	32	1.89
184200--184335	51	2.6	52	84	1	175	33	11	24	30	1.90
184318--184390	27	2.7	27	86	2	92	24	21	30	23	1.99
184377--184507	51	2.5	51	80	9	156	32	10	24	32	1.90
184107--184499	211	1.9	211	86	2	574	31	12	25	30	1.93
186843--186906	33	1.9	33	87	0	92	43	17	15	23	1.87
186926--186993	19	3.9	18	73	23	74	38	13	13	35	1.83
186929--186991	32	2.0	32	93	0	108	36	14	14	34	1.86
187029--187105	21	3.7	21	89	3	111	35	16	12	35	1.88
188939--189154	78	2.8	76	80	8	231	34	18	12	33	1.89
188939--189305	78	4.7	78	76	5	226	33	17	13	34	1.90
189022--189304	156	1.8	156	80	1	343	32	17	14	34	1.90
189336--189427	29	3.2	29	67	16	82	48	11	9	29	1.72
189337--189896	58	9.8	57	76	6	307	46	13	12	26	1.80
189378--189674	115	2.6	116	80	3	269	46	14	11	27	1.78
189478--189561	28	2.9	28	71	13	80	46	14	11	27	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189480--189698	115	1.9	115	82	0	276	47	15	10	26	1.78
189743--189938	57	3.4	57	77	4	196	46	11	15	26	1.80
190564--190616	10	6.0	9	77	18	58	0	15	0	84	0.61
190567--190618	17	3.2	16	82	12	63	0	13	0	86	0.57
190574--190634	24	2.5	24	86	2	77	1	13	3	81	0.88
191417--191592	88	2.0	89	93	1	300	23	16	31	28	1.96
191728--191783	21	2.7	21	97	0	103	35	10	16	37	1.83
191862--191886	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
191841--191913	32	2.3	32	92	0	119	34	12	16	36	1.86
191843--191906	19	3.7	18	74	23	66	34	12	15	37	1.85
191937--191962	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
194320--194441	51	2.3	52	87	5	167	33	22	10	33	1.88
194320--194441	53	2.4	51	87	5	165	33	22	10	33	1.88
194429--194499	27	2.6	27	88	6	99	28	33	15	22	1.95
194456--194626	79	2.2	79	86	4	229	29	26	11	32	1.92
194564--194729	52	3.2	50	81	6	190	27	26	12	33	1.92
194564--194729	51	3.2	50	81	8	183	27	26	12	33	1.92
194787--194890	27	3.8	27	88	1	136	26	35	16	21	1.94
194874--195094	51	4.3	51	81	6	230	29	23	12	33	1.92
197242--197271	15	2.0	15	100	0	60	60	6	0	33	1.23
197749--197777	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
200036--200076	21	1.9	22	90	5	66	34	17	9	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200232--200273	22	1.9	22	90	9	68	54	14	4	26	1.59
201624--201673	22	2.4	21	83	12	59	34	0	0	66	0.92
201643--201686	22	2.0	21	83	12	54	27	0	0	72	0.85
204401--204446	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
205902--205944	2	21.5	2	100	0	86	48	0	51	0	1.00
206210--206263	15	3.7	15	72	16	51	59	0	0	40	0.98
207128--207180	28	2.0	26	92	7	88	54	9	1	33	1.43
208042--208127	16	5.4	16	74	0	73	43	3	6	46	1.47
209079--209157	38	2.1	38	97	0	149	22	13	20	43	1.87
210419--210458	21	1.9	21	85	10	55	60	5	5	30	1.40
210493--210543	26	2.0	26	88	7	77	43	3	0	52	1.19
210189--210601	228	1.8	226	87	6	620	43	5	5	46	1.48
216801--216840	15	2.7	15	88	0	53	55	10	0	35	1.34
217159--217213	20	2.8	19	78	5	65	30	14	14	40	1.86
217273--217327	20	2.8	20	91	0	74	40	10	16	32	1.83
218778--218823	9	5.1	9	78	17	51	45	0	2	52	1.13
218786--218823	18	2.2	17	90	4	58	47	0	2	50	1.15
219494--219541	16	3.1	15	85	8	62	45	25	6	22	1.75
222446--223029	156	3.7	156	80	5	495	37	19	17	25	1.94
226002--226059	19	3.0	20	85	7	84	34	15	17	32	1.91
226043--226067	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
226024--226088	33	2.0	32	88	8	96	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226192--226248	21	2.7	21	84	10	71	43	8	5	42	1.58
226646--226696	22	2.4	22	90	3	77	39	21	1	37	1.65
228467--228505	18	2.1	18	85	4	51	25	0	33	41	1.56
228564--228603	13	3.1	13	92	0	62	40	15	15	30	1.87
233381--233506	20	5.8	20	77	17	119	24	17	16	41	1.90
235505--236293	406	1.9	406	94	0	1373	28	23	16	31	1.96
236273--236437	51	3.2	51	84	0	213	32	25	10	32	1.89
236370--236600	79	2.9	79	79	3	250	28	28	14	29	1.95
236454--236780	130	2.5	130	88	2	478	27	28	14	30	1.95
236533--236647	51	2.3	51	85	0	149	29	29	13	27	1.94
236343--236729	209	1.9	209	82	4	503	27	27	13	30	1.95
236660--236929	51	5.3	50	79	6	249	30	26	11	32	1.91
236663--236881	101	2.2	102	83	5	284	28	28	11	31	1.92
236749--236939	101	1.9	99	79	6	215	30	25	9	35	1.87
250358--250471	39	2.9	39	92	5	178	21	37	14	25	1.92
250469--251196	61	12.0	61	88	3	954	24	31	20	23	1.98
250471--251204	121	6.0	121	88	2	951	24	31	20	23	1.98
250471--251204	182	4.0	181	86	4	908	24	31	20	23	1.98
251201--251337	47	3.0	45	76	15	136	20	25	10	43	1.84
251195--251402	42	4.7	43	74	13	156	18	24	12	44	1.85
251410--251512	41	2.5	40	81	10	120	16	29	10	43	1.81
252165--252229	20	3.6	20	73	26	81	29	21	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252184--252208	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
252165--252241	33	2.3	33	97	0	145	29	20	12	36	1.90
252216--252241	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
254573--254736	51	3.2	49	82	5	186	30	26	10	32	1.91
254726--254800	28	2.6	29	83	6	91	20	30	24	25	1.98
254754--254927	77	2.2	79	84	4	226	24	31	17	27	1.97
254860--254978	51	2.3	51	85	0	157	27	29	15	26	1.96
254909--255055	79	1.9	79	88	0	222	26	30	16	26	1.97
254782--255106	130	2.5	129	89	2	494	26	28	15	29	1.96
254991--255256	51	5.2	51	86	4	315	28	28	12	30	1.92
254988--255256	101	2.6	101	86	2	360	28	28	12	30	1.93
254991--255256	102	2.6	100	86	2	352	28	28	12	30	1.92
255213--255415	79	2.6	78	82	4	255	28	23	13	34	1.93
258081--258133	19	2.7	20	91	2	81	35	16	16	30	1.92
258693--258730	11	3.5	11	85	0	58	0	21	0	78	0.74
261112--261402	84	3.5	82	73	6	237	36	20	26	16	1.94
261065--261331	126	2.1	127	80	6	310	35	20	26	17	1.94
261065--261472	42	9.7	42	74	9	186	35	19	27	17	1.95
261335--261876	43	12.7	43	80	4	461	36	16	29	17	1.92
261361--261876	129	4.0	129	79	5	524	36	16	29	17	1.92
261946--262133	42	4.5	42	76	0	160	36	16	27	19	1.93
261941--262095	84	1.8	84	80	2	186	34	16	29	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
262230--262417	89	2.1	89	80	7	213	42	13	22	21	1.88
262404--262513	48	2.3	48	93	0	184	37	19	26	17	1.93
262485--262559	36	2.1	36	87	0	105	45	13	26	14	1.82
264255--264288	16	2.1	16	88	0	50	8	17	0	73	1.08
264609--264637	15	1.9	15	100	0	58	6	6	3	82	0.93
268027--268675	156	4.2	156	77	6	485	38	20	16	23	1.92
268057--268967	158	5.9	155	75	7	682	38	21	16	23	1.93
270671--270717	15	3.2	15	81	3	51	2	25	0	72	0.96
274638--274764	67	1.9	67	90	3	202	35	14	14	35	1.87
276998--277023	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15