genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold46
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2524624

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  13  of  15  ( 1780 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2071142--2071198	22	2.6	21	77	5	60	40	5	3	50	1.42
2071885--2071923	16	2.4	16	100	0	78	38	0	0	61	0.96
2073450--2073493	11	4.0	11	77	11	54	59	0	6	34	1.24
2073450--2073528	28	2.6	32	80	13	94	59	2	6	31	1.36
2079695--2079758	24	2.5	25	80	14	60	31	4	4	59	1.38
2080008--2080044	18	2.1	18	94	0	65	51	0	0	48	1.00
2086460--2086611	76	2.0	76	100	0	304	28	14	19	36	1.91
2087493--2087532	17	2.4	17	91	0	62	47	5	10	37	1.59
2087502--2087537	17	2.1	17	100	0	72	50	0	11	38	1.38
2088600--2088643	14	3.1	15	83	9	56	59	0	0	40	0.98
2088607--2088653	22	2.1	22	84	7	60	63	0	0	36	0.94
2088620--2088658	8	5.1	8	84	12	55	64	0	0	35	0.94
2088605--2088658	14	3.6	14	82	7	54	61	0	0	38	0.96
2089037--2089076	21	2.0	20	85	5	53	55	0	0	45	0.99
2089433--2089474	14	3.1	14	86	6	59	52	0	0	47	1.00
2089867--2089915	25	2.0	25	83	0	62	51	0	2	46	1.12
2089903--2089940	19	2.0	20	94	5	69	60	0	0	39	0.97
2089977--2090015	20	2.0	20	94	0	69	46	5	0	48	1.24
2090367--2090413	18	2.5	19	76	13	53	48	0	0	51	1.00
2091229--2091304	22	3.4	22	73	21	68	60	6	1	31	1.30
2091947--2091994	22	2.2	21	88	3	69	37	2	0	60	1.09
2091947--2092006	21	2.8	22	82	5	70	38	1	0	60	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2093371--2093404	17	1.9	18	88	5	52	76	0	8	14	1.01
2095041--2095163	52	2.4	53	84	2	160	33	11	24	30	1.91
2098785--2098883	52	1.9	52	87	4	146	32	15	19	33	1.92
2098941--2098992	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
2098949--2099013	19	3.7	19	73	23	70	38	15	13	32	1.87
2098941--2099011	32	2.2	32	94	0	124	36	16	14	32	1.89
2099832--2099857	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2099844--2099885	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
2099909--2100086	19	10.6	19	73	26	188	34	19	12	33	1.89
2099896--2100067	32	5.4	32	99	0	335	34	18	12	33	1.89
2100193--2100223	12	2.5	12	94	5	53	16	0	0	83	0.64
2102014--2102171	76	2.0	76	82	6	190	35	13	8	41	1.76
2102116--2102390	69	4.0	67	80	6	275	30	14	9	45	1.76
2102157--2102390	69	3.4	69	83	5	285	31	14	8	45	1.76
2102320--2103213	93	9.9	92	83	5	981	34	15	7	42	1.76
2102323--2103213	176	5.0	177	83	5	1006	34	15	7	42	1.76
2103157--2103271	57	2.0	58	91	1	187	31	19	11	38	1.87
2103214--2103422	97	2.2	95	83	8	259	35	16	7	40	1.76
2103659--2103749	38	2.4	39	75	1	94	41	6	2	49	1.41
2104120--2104266	31	4.2	33	67	23	88	55	1	2	41	1.20
2104041--2104212	90	1.9	92	84	9	237	57	2	2	37	1.24
2104127--2104317	106	1.8	105	94	3	339	54	1	2	41	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2104665--2104735	22	3.1	24	78	9	60	39	0	1	59	1.06
2104746--2104806	26	2.4	23	77	17	59	37	1	0	60	1.07
2104729--2104808	28	3.0	25	76	15	63	43	2	0	53	1.14
2104688--2104818	31	4.3	30	70	19	85	41	1	0	57	1.08
2105006--2105044	13	2.9	13	85	14	53	56	0	0	43	0.99
2106088--2106125	16	2.4	16	95	0	67	39	5	7	47	1.55
2111325--2111399	20	3.8	20	100	0	150	38	10	14	36	1.81
2111438--2111490	21	2.7	20	82	8	72	32	15	13	39	1.85
2112970--2113013	22	2.0	22	82	8	54	36	4	13	45	1.64
2125622--2125706	16	5.7	14	70	20	57	56	0	1	42	1.07
2125633--2125718	27	3.3	25	73	23	70	55	0	0	44	0.99
2125648--2125718	27	2.6	28	79	18	87	54	0	0	45	0.99
2138164--2138580	27	15.1	27	84	7	441	24	30	14	30	1.95
2138164--2138592	55	7.8	55	84	6	494	25	30	14	29	1.95
2138194--2138580	82	4.7	83	84	4	475	24	31	14	29	1.95
2138194--2138592	109	3.6	108	85	5	489	25	31	14	28	1.95
2138180--2138630	27	16.1	29	84	9	196	25	30	15	29	1.96
2138908--2139261	27	13.0	27	88	2	483	24	31	14	29	1.94
2138878--2139321	82	5.4	82	84	3	518	24	30	14	30	1.95
2138908--2139293	109	3.5	108	85	3	497	24	31	14	30	1.94
2138877--2139383	136	3.7	136	84	5	590	25	30	15	29	1.96
2138894--2140217	28	46.9	28	84	4	1017	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2139092--2140274	28	41.5	28	83	5	1019	29	27	16	26	1.97
2145550--2145587	20	1.9	20	100	0	76	39	10	15	34	1.82
2145573--2145603	13	2.5	13	94	5	55	29	16	12	41	1.85
2145553--2145619	33	2.0	33	91	0	107	32	13	13	40	1.83
2145583--2145620	20	1.9	20	100	0	76	28	15	10	44	1.80
2145634--2145688	20	2.8	20	83	5	76	36	14	12	36	1.84
2150600--2150625	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2150580--2150643	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
2151010--2151052	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
2151493--2151530	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
2157690--2157715	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2157670--2157733	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
2160644--2160770	26	5.0	25	97	2	227	51	7	28	11	1.66
2161096--2161231	43	3.2	42	88	4	182	28	38	25	8	1.84
2161123--2161231	43	2.5	43	96	0	200	30	38	22	8	1.84
2162382--2162878	51	9.5	50	74	9	325	28	26	11	32	1.92
2162390--2162878	104	4.7	102	72	10	360	29	26	12	32	1.92
2162182--2162800	262	2.4	257	90	3	967	28	26	12	31	1.93
2162395--2162775	211	1.8	211	81	6	477	28	26	12	32	1.93
2162383--2162988	314	1.9	314	89	2	950	28	26	12	32	1.93
2162866--2162937	28	2.6	28	84	4	83	23	34	18	23	1.96
2162889--2163125	79	3.0	78	77	6	253	27	27	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2172713--2172779	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2172733--2172757	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2172820--2172844	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2172853--2172980	52	2.5	52	93	3	215	33	17	18	29	1.95
2178375--2178429	20	2.7	21	91	5	94	32	10	20	36	1.87
2178486--2178548	19	3.7	18	76	24	64	31	11	17	39	1.85
2178507--2178531	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2178488--2178548	32	1.9	32	93	0	104	32	11	18	37	1.86
2178593--2178618	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2178573--2178639	33	2.0	33	88	0	98	26	14	14	43	1.85
2180983--2181368	51	7.4	53	72	11	206	30	25	12	31	1.92
2181092--2181163	27	2.6	28	88	2	101	23	31	20	23	1.98
2180978--2181368	52	7.5	53	72	11	243	29	26	12	31	1.92
2181351--2181426	28	2.7	27	85	4	89	23	32	18	25	1.97
2180978--2181475	264	1.9	262	90	3	804	29	26	12	31	1.93
2185601--2185626	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2188347--2188818	79	6.0	79	93	1	795	33	15	24	26	1.95
2188551--2188605	28	1.9	29	92	3	94	30	21	29	18	1.97
2188342--2188818	157	3.0	159	92	2	816	33	15	24	26	1.95
2188347--2188818	236	2.0	237	95	1	849	33	15	24	26	1.95
2188746--2188871	53	2.4	51	81	13	150	30	14	26	28	1.95
2189799--2189873	18	4.1	18	70	10	53	8	18	37	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2189939--2189997	27	2.1	26	84	12	73	3	27	5	64	1.30
2190443--2190601	50	3.2	49	90	0	255	15	27	14	42	1.85
2191412--2192630	62	19.9	61	84	5	1441	25	19	29	25	1.98
2191412--2192632	122	9.9	121	86	4	1524	25	19	29	25	1.98
2191412--2192632	184	6.6	184	90	2	1654	25	19	29	25	1.98
2200761--2200833	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2200779--2200854	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2200761--2200854	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2200893--2200918	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2204980--2205016	15	2.4	16	82	17	51	51	18	16	13	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15