genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold46
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2524624

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
671406--671470	28	2.3	28	86	5	96	0	0	13	86	0.58
671406--671469	10	6.6	10	77	12	71	0	0	14	85	0.59
678414--678438	13	1.9	13	100	0	50	40	12	16	32	1.84
679558--679591	18	1.9	17	88	5	50	2	2	5	88	0.70
685351--685376	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
687950--687985	13	2.8	13	95	0	63	33	16	16	33	1.92
690069--690099	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
694247--694301	20	2.7	21	85	2	76	30	18	12	38	1.88
697872--697921	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
699720--699750	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
701831--701855	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
703475--703517	23	2.0	21	81	9	50	13	9	16	60	1.58
704436--704461	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
704418--704481	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
714164--714219	3	18.7	3	100	0	112	33	0	0	66	0.92
717446--717638	62	3.1	62	91	0	307	26	25	16	31	1.96
717642--718135	62	8.0	61	87	3	661	25	25	18	30	1.98
717642--718135	123	4.0	123	86	4	674	25	25	18	30	1.98
717642--718134	185	2.7	184	89	2	731	25	25	18	30	1.98
721133--721204	31	2.4	30	86	6	94	25	29	19	26	1.99
721239--721314	28	2.7	28	93	0	125	23	31	17	27	1.97
721119--721393	107	2.6	106	86	8	346	26	27	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
721267--721447	79	2.3	78	82	7	224	28	27	14	29	1.95
721267--721421	78	2.0	78	85	8	208	29	27	12	30	1.93
724861--724892	12	2.7	12	95	0	55	81	15	3	0	0.82
725910--726559	61	10.6	61	84	3	822	25	24	19	30	1.98
725910--726559	123	5.3	122	84	4	817	25	24	19	30	1.98
729537--729608	31	2.4	30	88	6	103	29	33	13	23	1.93
729642--729716	28	2.7	29	87	4	100	26	29	17	26	1.97
729522--729797	107	2.6	107	86	4	378	30	27	11	30	1.92
729670--729822	79	1.9	79	89	0	234	31	25	11	31	1.92
731511--731806	154	1.9	154	83	5	384	41	19	12	26	1.87
732423--732489	33	2.0	33	91	0	107	32	17	13	35	1.89
732534--732590	22	2.7	21	83	8	71	42	12	14	31	1.82
733758--733782	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
737314--737338	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
737471--737524	21	2.6	21	96	0	99	40	12	9	37	1.76
737808--737905	34	2.9	34	89	7	153	33	12	26	27	1.92
742346--742384	20	1.9	21	89	5	62	30	5	23	41	1.76
743829--744475	79	8.2	78	82	2	542	33	14	25	27	1.94
743866--744490	158	3.9	158	85	1	784	32	13	25	27	1.94
743866--744490	237	2.6	238	84	2	763	32	13	25	27	1.94
746909--747002	30	3.5	30	66	27	91	39	13	17	29	1.88
746836--747007	50	3.4	50	90	4	247	40	12	17	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
748501--748791	79	3.7	79	83	2	336	33	11	26	28	1.91
748507--748829	79	4.1	79	79	6	212	35	11	25	27	1.90
748501--748829	158	2.1	158	80	7	366	34	11	25	28	1.90
750401--750457	21	2.6	22	89	8	82	42	15	14	28	1.86
750401--750470	21	3.4	19	79	15	68	41	14	14	30	1.85
750401--750480	41	1.9	42	82	14	103	41	15	13	30	1.85
753357--753675	154	2.1	153	83	6	389	52	10	6	29	1.61
757740--757930	57	3.3	58	75	5	199	31	12	10	44	1.77
758139--758330	78	2.5	77	77	1	204	30	12	21	35	1.90
759430--759456	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
759575--759647	32	2.3	32	87	0	101	35	10	19	34	1.87
759664--759705	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
759692--759717	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
762085--762204	53	2.4	50	84	9	156	33	23	11	31	1.91
762188--762263	27	2.8	28	90	6	111	23	32	21	22	1.98
762215--762498	79	3.6	79	88	5	416	26	27	15	31	1.96
762215--762499	157	1.8	158	90	5	461	26	27	15	31	1.96
762455--762527	28	2.6	28	91	0	119	24	32	19	23	1.97
762377--762577	107	1.9	107	84	5	273	26	28	15	28	1.96
762510--762629	51	2.4	51	87	5	179	29	27	14	29	1.95
762561--762710	79	1.9	79	81	8	164	27	26	14	32	1.95
765207--765341	51	2.6	51	82	6	159	31	18	11	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
767599--767987	158	2.5	159	84	3	491	26	26	13	32	1.94
767599--767997	79	5.1	79	82	2	421	26	26	13	33	1.93
771189--771243	20	2.8	20	88	5	76	38	12	16	32	1.86
771273--771437	19	8.7	19	76	14	162	33	16	12	37	1.86
771260--771418	40	4.4	34	86	10	155	33	16	13	37	1.87
771324--771437	21	5.6	21	81	8	155	32	15	13	38	1.86
771304--771437	40	3.3	40	97	0	250	32	15	12	38	1.85
771957--772321	79	4.6	79	77	6	321	27	26	13	32	1.94
772564--772800	118	2.0	117	93	0	402	21	10	15	52	1.71
774443--774481	17	2.3	17	86	0	51	10	0	5	84	0.76
785757--786460	61	11.4	61	77	5	659	27	25	17	30	1.97
785850--786452	308	2.0	308	85	3	820	27	24	17	31	1.97
785757--786472	247	2.9	241	79	8	751	26	25	16	31	1.97
786958--786984	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
786937--787003	34	2.0	34	87	0	98	35	14	16	32	1.90
789413--789804	79	5.0	79	81	3	331	28	27	11	32	1.92
796608--796707	31	3.1	31	71	19	80	45	6	3	46	1.43
797052--797089	20	1.9	20	88	0	58	47	2	0	50	1.15
797341--797374	15	2.3	15	89	0	50	50	14	2	32	1.58
800846--800902	6	9.5	6	80	0	51	1	19	35	43	1.61
801644--801674	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
806390--806435	23	2.0	24	87	12	69	45	2	0	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806784--806829	24	2.0	22	83	8	56	45	0	0	54	0.99
807015--807108	40	2.3	40	96	1	170	50	5	4	40	1.45
807092--807221	18	7.1	18	69	24	76	64	0	2	33	1.06
807083--807194	38	2.9	39	77	10	108	65	1	2	30	1.17
807131--807254	44	2.8	45	77	7	121	62	0	1	36	1.05
807092--807252	38	4.1	39	71	20	99	63	0	1	34	1.05
807176--807266	33	2.7	33	78	20	100	59	0	0	40	0.97
807128--807268	55	2.6	53	76	14	123	61	0	1	36	1.05
807851--807897	12	4.0	11	81	13	58	61	2	0	36	1.08
807859--807929	14	5.5	13	80	14	76	60	1	0	38	1.06
807876--807922	16	3.2	15	75	25	55	68	2	0	29	1.02
807853--807926	28	2.8	26	88	8	98	64	2	0	32	1.07
809138--809197	20	3.1	18	80	11	57	33	1	0	65	1.03
809156--809239	32	2.7	31	82	8	93	35	3	0	60	1.14
809175--809239	29	2.1	32	83	8	82	38	4	0	56	1.20
811043--811107	27	2.3	29	86	7	98	30	12	21	35	1.90
811060--811108	14	3.6	14	72	25	50	26	10	24	38	1.87
811138--811179	14	2.9	14	86	6	57	28	11	19	40	1.87
811133--811308	15	12.2	15	69	17	63	30	11	17	40	1.85
811123--811290	57	2.9	56	70	15	146	32	10	17	38	1.85
811158--811221	14	4.5	14	78	2	56	35	7	12	43	1.71
811133--811305	29	6.0	30	75	8	96	30	11	17	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
813817--814147	67	5.0	66	70	11	201	25	20	16	37	1.93
814268--814393	67	1.9	66	80	8	148	28	23	11	36	1.90
814716--814763	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
816255--816303	20	2.5	20	86	6	64	38	12	18	30	1.87
822245--822278	16	2.1	17	88	5	52	17	0	17	64	1.29
822572--822616	21	2.1	21	84	8	56	33	20	0	46	1.51
824353--824397	23	2.0	23	95	0	81	48	0	22	28	1.50
825947--826003	22	2.6	21	84	13	71	40	0	0	59	0.97
826244--826279	17	2.0	17	89	10	54	44	0	0	55	0.99
826252--826276	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15