genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold46
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2524624

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

This is table  15  of  15  ( 1780 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2402944--2403006	32	2.0	32	93	0	108	33	12	19	34	1.89
2411885--2412048	27	6.1	27	92	2	242	23	29	14	32	1.94
2411885--2412053	80	2.1	81	86	4	243	24	28	14	31	1.95
2411885--2412045	53	3.0	54	88	2	243	24	29	14	31	1.95
2412001--2413032	57	17.6	56	83	7	938	28	30	17	22	1.97
2411984--2413047	85	12.1	85	83	7	973	28	30	18	22	1.97
2412028--2413046	28	34.6	29	82	8	878	28	30	18	22	1.97
2413612--2413686	20	3.8	20	80	0	87	33	12	12	42	1.79
2418405--2418431	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2418416--2418467	19	2.7	20	90	3	79	30	13	17	38	1.88
2418412--2418472	20	3.1	19	81	6	77	32	11	18	37	1.86
2418500--2418554	21	2.7	21	94	2	94	32	12	21	32	1.91
2420135--2420168	3	11.3	3	100	0	68	32	0	35	32	1.58
2424012--2424046	11	3.2	11	84	15	54	54	0	8	37	1.31
2427026--2427069	19	2.3	19	88	4	61	6	13	0	79	0.92
2428003--2428045	20	2.1	20	86	4	59	69	0	0	30	0.88
2428291--2428353	32	2.0	32	84	6	83	28	25	22	23	1.99
2428306--2428366	32	1.9	32	86	0	86	26	24	26	22	2.00
2430342--2430438	24	4.0	24	89	0	140	32	4	1	61	1.21
2430342--2430438	48	2.0	48	95	0	176	32	4	1	61	1.21
2430682--2430745	8	7.9	8	73	13	51	32	15	26	25	1.95
2430682--2430740	25	2.4	25	83	11	68	33	15	25	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2431961--2432025	24	2.9	23	74	21	66	52	0	0	47	1.00
2434057--2434096	18	2.3	17	83	8	53	65	7	5	22	1.38
2434871--2434927	13	4.4	13	76	10	55	10	7	0	82	0.84
2434860--2434904	23	2.0	23	86	8	65	2	11	0	86	0.65
2434856--2434905	18	2.6	19	79	20	68	2	14	0	84	0.72
2434872--2434930	18	2.9	22	78	16	65	11	8	0	79	0.93
2436131--2436208	32	2.4	32	85	4	104	25	21	26	25	2.00
2438162--2438250	24	3.5	26	83	8	121	29	3	2	65	1.21
2439850--2439885	18	1.9	18	88	5	54	83	5	2	8	0.89
2440133--2440271	69	2.0	70	97	1	262	48	7	24	18	1.74
2440449--2440486	20	1.9	20	94	0	67	39	7	15	36	1.77
2440473--2440498	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2446907--2446971	27	2.4	27	87	10	105	43	16	13	26	1.86
2447283--2447358	1	76.0	1	73	0	53	85	9	5	0	0.73
2447276--2447358	20	4.1	20	77	10	87	84	8	6	1	0.83
2447272--2447358	26	3.5	23	78	17	84	83	8	6	1	0.85
2447284--2447356	6	11.8	6	75	16	60	84	9	5	0	0.75
2447921--2447977	31	1.9	28	83	16	71	40	21	3	35	1.70
2448679--2448755	28	2.6	28	81	6	82	22	31	14	32	1.93
2448700--2448801	28	3.5	28	74	16	89	26	32	11	29	1.92
2448724--2448789	34	1.9	34	87	0	96	22	30	10	36	1.88
2448700--2448835	62	2.2	62	81	4	157	26	31	11	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2448882--2451938	49	61.9	49	81	6	3484	24	25	17	33	1.96
2448882--2452035	101	31.9	100	87	3	3529	24	25	17	33	1.96
2449855--2449923	21	3.2	21	63	25	54	24	28	17	28	1.97
2451851--2452083	53	4.5	52	76	7	143	24	26	16	32	1.96
2452569--2452593	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2452582--2452631	19	2.6	19	96	0	91	32	12	18	38	1.87
2452681--2452707	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2463964--2464358	28	14.1	28	87	3	487	25	30	14	29	1.95
2463995--2464358	138	2.6	137	87	5	525	25	31	14	28	1.95
2464364--2465259	32	29.1	32	77	10	671	30	27	18	23	1.97
2464377--2465250	124	7.1	122	76	10	540	30	28	18	23	1.97
2464376--2465250	92	9.5	93	78	9	621	30	28	18	23	1.97
2464438--2465275	429	1.9	431	86	3	1170	30	27	17	24	1.97
2467086--2467128	22	2.0	20	86	8	59	34	2	9	53	1.46
2467086--2467129	23	2.0	20	83	12	52	36	2	9	52	1.46
2470829--2470956	20	5.8	20	68	18	76	30	15	11	42	1.83
2470829--2471004	91	1.9	91	86	2	246	30	15	10	42	1.82
2472808--2472874	19	3.8	19	77	22	92	34	11	17	35	1.87
2472828--2472852	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2472809--2472871	32	2.0	32	100	0	126	33	12	19	34	1.89
2478554--2478698	20	6.8	20	71	14	101	41	12	15	31	1.84
2478512--2478685	70	2.5	69	82	6	210	44	12	15	28	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2478554--2478698	40	3.4	40	73	17	155	41	12	15	31	1.84
2484724--2484748	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2484704--2484770	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
2484811--2484835	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2484844--2484972	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	30	1.94
2496837--2496970	1	134.0	1	72	0	97	85	9	1	2	0.76
2496836--2496970	27	4.9	26	79	10	144	85	10	1	2	0.78
2496837--2496970	37	3.7	35	80	14	155	85	9	1	2	0.76
2496836--2496970	64	2.1	64	85	8	186	85	10	1	2	0.78
2498464--2498516	27	2.0	27	88	0	79	35	33	15	15	1.88
2498406--2498702	29	9.9	30	74	11	184	27	29	16	25	1.97
2498400--2498559	86	1.9	86	82	2	205	30	28	16	25	1.97
2498591--2498701	30	3.9	28	81	9	118	27	33	18	19	1.96
2498591--2498700	57	1.9	56	88	1	166	28	33	19	19	1.96
2498692--2498903	52	4.2	52	76	13	208	24	25	16	33	1.96
2498707--2498796	43	2.1	43	93	0	153	26	24	17	31	1.97
2499751--2499775	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2499766--2499912	52	2.8	52	85	6	208	32	18	16	32	1.93
2513736--2513868	1	133.0	1	72	0	95	85	9	1	3	0.76
2513735--2513866	26	5.0	26	78	14	137	84	10	1	3	0.79
2513736--2513868	37	3.7	35	81	8	160	85	9	1	3	0.76
2513737--2513868	63	2.1	63	87	5	187	85	9	1	3	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2515362--2515414	27	2.0	27	88	0	79	35	33	15	15	1.88
2515304--2515660	30	11.9	30	76	10	254	28	29	16	25	1.97
2515298--2515647	86	3.9	86	74	13	251	29	30	15	24	1.96
2515650--2515861	52	4.2	52	76	13	208	24	25	16	33	1.96
2515665--2515754	43	2.1	43	93	0	153	26	24	17	31	1.97
2516602--2516668	33	2.0	33	85	0	89	32	10	14	41	1.80
2516709--2516746	13	2.9	13	100	0	76	31	15	15	36	1.90
2516755--2516883	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	30	1.94
2520951--2521154	104	2.0	103	94	0	354	36	14	18	31	1.90
2521150--2521233	7	11.0	7	71	14	51	21	2	2	73	1.06
2521151--2521199	22	2.2	23	92	3	82	18	0	2	79	0.83
2522875--2522915	17	2.5	17	84	11	50	48	0	0	51	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15

The End!