genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold46
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2524624

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2207026--2207104	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
2207091--2207129	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2208917--2208986	34	2.1	34	100	0	140	31	2	25	40	1.70
2209606--2209678	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2209624--2209699	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2209606--2209699	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2209738--2209763	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2210518--2210647	49	2.6	50	92	4	219	48	13	23	13	1.79
2210992--2211078	44	2.0	44	88	0	129	35	37	19	6	1.79
2211999--2212117	50	2.4	50	79	8	136	31	28	9	30	1.88
2211999--2212095	51	1.9	50	85	2	131	31	26	8	32	1.86
2212131--2212400	50	5.4	51	81	7	270	28	24	14	32	1.94
2212334--2212707	78	4.9	78	88	5	534	28	25	14	32	1.95
2212334--2212707	154	2.4	156	86	6	541	28	25	14	32	1.95
2218201--2218855	1	655.0	1	71	0	176	2	2	14	80	0.92
2218212--2218414	62	3.3	61	79	12	202	2	0	13	83	0.77
2218347--2218647	116	2.6	112	79	13	299	1	2	14	80	0.90
2218330--2218578	132	1.9	131	82	12	318	2	2	15	79	0.95
2218361--2218745	97	3.8	97	76	15	297	2	3	14	78	0.99
2218474--2218853	205	1.9	206	81	8	481	2	2	14	81	0.90
2218208--2218855	110	5.7	107	69	20	225	2	2	14	80	0.92
2224106--2224133	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2226009--2226044	16	2.3	15	95	4	63	0	0	11	88	0.50
2226011--2226044	15	2.3	15	94	0	59	0	0	8	91	0.43
2229630--2229677	22	2.2	22	85	7	62	43	41	0	14	1.45
2230050--2230085	17	2.0	19	89	10	58	0	44	0	55	0.99
2230045--2230126	24	3.6	24	77	8	91	0	43	1	54	1.07
2230065--2230113	22	2.2	23	81	3	55	0	34	2	63	1.06
2306143--2306263	52	2.4	51	85	4	154	33	15	23	26	1.95
2306128--2306263	51	2.6	50	81	6	157	35	14	22	27	1.93
2306195--2306579	79	4.9	79	93	0	637	32	14	25	27	1.95
2306511--2306785	51	5.4	51	84	3	284	32	13	25	28	1.94
2306796--2306929	51	2.6	51	79	5	155	31	11	27	29	1.91
2307828--2307897	18	3.8	18	73	16	63	8	22	37	31	1.85
2307852--2307947	43	2.2	43	86	0	138	7	19	37	35	1.80
2307902--2308024	55	2.2	55	77	0	129	8	21	37	33	1.83
2308294--2308418	50	2.5	50	97	0	232	14	24	15	46	1.82
2308315--2308392	24	3.2	24	62	31	56	16	24	11	47	1.80
2308332--2308409	24	3.2	24	63	13	59	15	24	15	44	1.85
2309171--2309196	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2309854--2309969	61	1.9	61	98	0	223	21	31	6	39	1.80
2311564--2311610	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
2311731--2311769	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2311755--2311790	17	2.1	18	94	5	65	47	11	16	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2313846--2313876	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2315680--2315724	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2318338--2318470	50	2.7	50	96	0	248	17	24	13	44	1.85
2318460--2318550	26	3.5	26	93	0	155	12	31	7	48	1.69
2324231--2324283	20	2.6	21	82	8	65	28	15	16	39	1.89
2324271--2324295	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2324305--2324343	20	2.0	19	90	5	60	33	10	20	35	1.86
2327277--2327325	13	4.2	13	75	24	63	36	18	12	32	1.88
2327277--2327346	33	2.1	34	89	7	108	34	20	12	32	1.90
2327396--2327422	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2334476--2334502	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
2336164--2336189	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2336180--2336220	20	2.0	20	86	9	57	29	14	19	36	1.92
2340854--2340919	12	5.7	11	76	20	64	84	10	3	1	0.79
2342165--2342604	28	15.1	28	80	10	440	31	31	15	21	1.94
2342165--2342604	60	7.5	58	81	10	463	31	31	15	21	1.94
2342164--2342586	88	4.8	87	82	9	479	31	32	15	21	1.94
2343552--2343624	20	3.7	20	83	1	103	30	19	12	38	1.88
2344776--2345028	128	2.0	128	90	0	398	27	15	17	39	1.90
2357563--2357617	8	6.9	8	83	8	67	81	16	1	0	0.77
2357550--2357617	12	5.8	11	77	14	57	82	16	1	0	0.75
2357560--2357616	23	2.5	23	82	5	71	82	15	1	0	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2357552--2357617	32	2.2	29	86	10	89	81	16	1	0	0.76
2357567--2357613	4	11.8	4	77	8	51	78	19	2	0	0.85
2358866--2359327	28	15.9	28	80	8	462	29	30	17	22	1.96
2358866--2359326	87	5.3	88	83	6	505	29	30	17	22	1.96
2358866--2359331	143	3.2	141	82	7	544	28	30	16	23	1.97
2359396--2359528	49	2.9	45	80	6	140	21	25	20	32	1.98
2360222--2360295	20	3.8	20	77	10	71	32	14	14	37	1.87
2361428--2361678	128	2.0	128	92	1	423	29	15	16	39	1.89
2364889--2364926	19	1.9	19	89	5	58	60	18	0	21	1.36
2365063--2365107	19	2.4	19	96	3	83	44	0	8	46	1.34
2365509--2365548	20	2.0	20	100	0	80	60	0	10	30	1.30
2367123--2367152	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
2367152--2367181	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
2368182--2368404	79	2.8	79	79	6	211	30	16	26	26	1.96
2368418--2368792	51	7.3	51	81	6	391	32	10	26	30	1.90
2368418--2368792	154	2.4	153	91	1	597	32	10	26	30	1.90
2368775--2368846	28	2.6	27	89	8	101	25	19	33	22	1.97
2368857--2368957	52	1.9	53	86	6	143	37	9	21	30	1.86
2371330--2371368	21	1.9	20	94	5	69	30	17	10	41	1.83
2371405--2371458	21	2.7	20	77	8	65	38	14	12	33	1.85
2374287--2374378	20	4.6	20	70	24	61	52	1	0	46	1.07
2374345--2374409	13	5.2	12	72	20	53	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2374285--2374399	28	3.9	30	70	20	75	53	0	0	45	1.06
2374344--2374409	22	3.0	22	78	14	66	59	0	0	40	0.98
2374366--2374437	24	2.9	24	78	12	65	58	0	0	41	0.98
2374488--2374531	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
2374713--2374773	29	2.1	29	81	6	70	60	1	3	34	1.23
2374762--2374830	27	2.4	31	79	16	85	59	0	0	40	0.97
2374720--2374858	8	15.6	8	71	20	55	58	0	2	38	1.13
2375214--2375298	44	2.0	42	95	4	152	64	0	17	17	1.29
2375225--2375292	21	3.1	21	75	21	68	66	0	17	16	1.26
2376982--2377015	18	1.9	18	88	5	52	47	2	2	47	1.32
2377529--2377571	14	3.3	13	84	15	54	27	0	6	65	1.18
2377529--2377571	13	3.3	13	84	9	52	27	0	6	65	1.18
2377985--2378011	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
2379214--2379248	17	2.1	17	88	0	52	45	11	0	42	1.40
2383617--2383731	57	2.0	57	100	0	230	28	3	17	50	1.62
2389621--2389693	15	4.7	15	72	21	53	42	0	0	57	0.98
2389950--2390059	7	13.6	8	67	22	61	42	0	0	57	0.98
2389950--2390065	6	17.9	7	71	23	78	43	0	0	56	0.99
2389939--2390065	36	3.4	34	74	24	107	41	0	0	57	1.04
2389938--2390062	33	4.0	31	72	21	93	40	0	0	58	1.04
2389980--2390075	32	2.7	37	78	16	87	42	2	0	55	1.11
2393667--2393806	65	2.1	66	90	2	219	24	12	40	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2394016--2394040	6	4.2	6	100	0	50	16	0	16	68	1.22
2394226--2395125	495	1.8	494	84	7	1241	36	8	9	45	1.68
2394857--2394901	20	2.2	20	92	7	74	24	2	13	60	1.45
2395413--2395458	19	2.2	22	85	11	62	54	2	2	41	1.25
2395933--2396398	232	2.0	232	93	0	790	41	8	7	42	1.63
2397870--2397915	17	2.8	17	83	3	58	32	15	26	26	1.95
2397868--2397931	8	7.9	8	77	13	60	32	15	25	26	1.95
2399132--2399177	25	1.9	23	86	8	65	45	0	0	54	0.99
2399910--2399984	20	3.8	20	80	0	96	33	13	12	41	1.81
2402942--2403009	19	3.9	18	73	23	74	33	11	17	36	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15