genome.fa.s46.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold46
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2524624

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1376260--1376284	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1378689--1378714	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1378834--1378879	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1385596--1385629	12	2.8	12	90	0	50	64	0	14	20	1.28
1385593--1385631	16	2.4	16	91	8	62	58	0	17	23	1.38
1385572--1385629	24	2.4	24	82	0	62	58	0	17	24	1.38
1385572--1385631	20	3.0	20	74	13	52	56	0	18	25	1.41
1389514--1389572	30	2.0	30	83	9	77	45	15	15	23	1.84
1392163--1392204	22	2.0	21	86	9	59	78	7	11	2	1.04
1394969--1395005	18	2.1	18	100	0	74	35	21	16	27	1.94
1400673--1402544	27	68.6	27	92	2	2978	23	34	14	27	1.93
1400673--1402544	82	22.9	81	92	2	2978	23	34	14	27	1.93
1400673--1402544	109	17.1	108	92	2	2978	23	34	14	27	1.93
1402617--1403241	32	20.2	32	88	3	790	30	31	17	19	1.96
1402617--1403229	94	6.6	94	86	5	790	30	31	18	19	1.96
1403272--1403394	49	2.6	46	80	7	131	18	28	21	30	1.97
1404460--1404516	17	3.3	17	72	2	51	77	0	21	1	0.86
1407969--1408017	23	2.1	23	96	0	71	38	12	8	40	1.72
1410724--1411022	150	2.0	149	81	5	352	46	5	8	40	1.55
1411044--1411088	5	9.0	5	90	0	72	55	0	2	42	1.12
1412130--1412186	21	2.7	20	76	13	51	49	3	5	42	1.42
1419948--1419980	11	2.7	13	81	18	52	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1424708--1424844	14	9.6	14	70	12	55	53	5	0	40	1.28
1424754--1424844	29	3.2	28	82	3	101	56	3	0	40	1.16
1424805--1424842	19	2.1	19	90	5	60	63	0	0	36	0.95
1424754--1424844	43	2.1	43	85	4	121	56	3	0	40	1.16
1425111--1425140	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
1425550--1425576	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
1425915--1425985	15	4.9	14	75	6	61	46	1	9	42	1.46
1425920--1425983	29	2.2	30	86	11	96	48	1	9	40	1.45
1425935--1425994	29	2.1	29	87	6	86	48	5	8	38	1.55
1435598--1435681	41	2.0	41	95	0	150	33	11	23	30	1.91
1436610--1436652	2	21.5	2	90	0	68	55	0	0	44	0.99
1438001--1438031	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
1437979--1438047	33	2.1	33	86	5	95	37	18	11	31	1.87
1438077--1438130	19	2.8	20	88	5	83	37	16	14	31	1.89
1438100--1438161	33	1.9	32	87	9	90	43	16	12	27	1.84
1438685--1438733	22	2.3	22	89	3	73	26	26	4	42	1.73
1440649--1440686	13	2.9	13	96	0	67	34	15	13	36	1.87
1440677--1440739	20	3.5	20	72	28	77	39	12	17	30	1.87
1440660--1440740	33	2.5	33	93	0	144	38	12	16	33	1.85
1440695--1440720	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1442832--1442902	28	2.6	28	86	8	101	23	19	35	21	1.96
1442775--1443168	106	3.7	107	72	13	317	31	14	26	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1442891--1443228	52	6.4	52	67	16	185	31	12	24	30	1.93
1445592--1445617	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1445571--1445637	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1445657--1445724	19	3.9	18	75	23	74	39	14	10	35	1.80
1445679--1445703	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1445660--1445722	32	2.0	32	93	0	108	38	15	11	34	1.83
1446298--1447528	55	21.6	55	83	9	1394	23	19	29	27	1.98
1446630--1446714	27	3.1	27	61	15	66	23	18	29	28	1.98
1446298--1447489	231	5.2	227	85	8	1429	23	19	29	27	1.98
1450725--1450749	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1450795--1450892	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
1450814--1450870	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
1450793--1450890	32	3.0	32	96	1	178	35	17	12	34	1.87
1451710--1451867	49	3.2	49	84	5	235	34	17	24	22	1.96
1451779--1452264	92	4.8	111	84	10	288	33	16	25	24	1.96
1451992--1452397	43	8.9	44	79	12	453	31	18	25	24	1.97
1451940--1452397	92	4.9	92	94	1	754	31	17	25	24	1.97
1452404--1452537	32	4.1	33	89	3	209	20	17	33	28	1.95
1452543--1453235	34	21.8	33	72	14	426	31	13	34	20	1.91
1452577--1453235	61	10.4	65	75	15	372	30	13	35	20	1.91
1452745--1453054	61	5.0	62	87	5	432	30	13	36	19	1.91
1452745--1453054	123	2.5	123	93	2	516	30	13	36	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1453124--1453176	27	2.0	27	92	0	88	26	15	33	24	1.95
1453056--1453272	31	7.1	30	76	11	163	30	14	32	22	1.94
1453372--1453409	16	2.3	17	86	4	51	26	5	23	44	1.74
1454293--1454327	15	2.2	16	90	5	54	0	8	5	85	0.73
1461571--1461700	19	7.8	18	67	29	92	36	16	11	35	1.85
1461590--1461646	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
1461569--1461698	32	4.0	32	94	1	224	35	16	11	36	1.85
1467197--1467250	13	4.6	13	72	25	57	37	16	12	33	1.87
1467197--1467266	33	2.1	33	89	5	106	37	18	12	31	1.89
1467296--1467348	19	2.8	20	80	8	65	35	15	18	30	1.92
1467334--1467360	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1468821--1468868	22	2.2	22	84	0	60	68	0	18	12	1.20
1470401--1470453	25	2.1	25	82	6	63	43	1	5	49	1.37
1470449--1470498	26	1.9	26	84	8	66	44	10	0	46	1.37
1474620--1474676	20	2.8	20	89	0	78	36	12	12	38	1.80
1474883--1475197	62	5.1	61	83	6	366	25	23	18	32	1.97
1474890--1475197	123	2.5	125	85	5	399	25	22	18	33	1.97
1478252--1478481	78	2.9	79	78	8	234	29	22	11	36	1.89
1478488--1478557	28	2.5	29	81	4	72	27	21	17	34	1.95
1483922--1483996	24	3.3	24	65	12	59	46	2	5	45	1.40
1484647--1484805	83	1.9	83	92	0	264	38	12	10	37	1.78
1486957--1487262	153	2.0	153	96	0	558	35	14	18	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1490411--1490460	23	2.2	23	85	0	64	66	12	4	18	1.39
1490968--1491068	20	4.6	20	71	21	67	27	13	14	43	1.84
1491018--1491068	20	2.5	20	90	0	75	33	9	15	41	1.80
1490968--1491122	71	2.2	71	87	5	217	28	14	12	43	1.83
1494703--1495276	80	7.2	80	80	7	553	31	11	27	28	1.92
1494723--1495316	240	2.5	236	79	5	631	33	11	26	28	1.91
1494703--1495316	159	3.8	158	81	7	643	33	11	26	28	1.91
1497725--1497801	20	3.8	20	77	6	84	37	11	16	33	1.85
1497786--1497950	50	3.3	50	70	16	158	40	12	15	31	1.84
1498254--1498278	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1498237--1498300	33	1.9	33	87	0	92	34	12	14	39	1.83
1506231--1506274	20	2.1	21	87	4	63	25	15	0	59	1.37
1508340--1508404	20	3.7	18	73	26	59	29	15	13	41	1.86
1508337--1508410	33	2.2	33	90	0	121	32	14	13	39	1.86
1509238--1509265	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1516818--1516855	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
1517303--1517334	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1517846--1517904	28	2.1	27	84	9	75	47	3	0	49	1.18
1518489--1518519	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
1524430--1524486	19	2.9	20	81	5	71	31	15	12	40	1.85
1524473--1524497	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1524454--1524518	33	2.0	32	88	8	96	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1524605--1524783	89	2.0	89	95	1	324	40	12	9	37	1.75
1525509--1525569	28	2.2	28	81	0	68	26	19	27	26	1.99
1527048--1527117	13	5.8	13	74	19	80	38	14	15	31	1.88
1527075--1527159	20	4.6	20	76	19	103	42	15	14	28	1.85
1527058--1527140	33	2.5	33	98	0	157	42	14	14	28	1.85
1533365--1533439	20	3.8	20	78	7	73	37	16	13	33	1.87
1533706--1533977	49	5.4	51	79	8	263	34	16	24	24	1.95
1533736--1533908	48	3.5	50	81	6	217	35	17	23	22	1.95
1533736--1533915	97	1.9	95	88	6	272	36	17	23	22	1.95
1533986--1534109	31	3.9	32	84	3	153	21	17	29	30	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15