genome.fa.s475.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold475
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1773841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1614272--1614296	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1614305--1614433	52	2.5	52	97	0	240	34	17	17	29	1.94
1621314--1621353	7	5.7	7	85	11	55	82	17	0	0	0.67
1621314--1621353	15	2.8	15	88	7	57	82	17	0	0	0.67
1621615--1621657	21	2.0	21	86	9	59	81	6	11	0	0.87
1621603--1621663	29	2.2	29	88	5	90	81	6	11	0	0.85
1621603--1621663	27	2.3	27	83	11	81	81	6	11	0	0.85
1622621--1622871	34	7.8	31	86	8	202	22	33	14	29	1.94
1622652--1623603	34	28.8	33	79	11	875	20	33	13	33	1.91
1622652--1623603	99	9.6	98	83	7	1002	20	33	13	33	1.91
1622714--1623623	67	13.7	66	78	11	878	20	33	12	33	1.90
1623605--1623864	33	8.2	33	87	6	355	28	33	18	19	1.95
1623604--1623871	124	2.1	125	91	2	423	29	33	17	19	1.94
1623869--1624143	43	5.9	43	77	14	271	26	24	16	32	1.96
1623950--1624187	52	4.8	51	80	9	253	25	24	16	32	1.96
1624002--1624187	92	2.0	94	91	3	304	26	25	17	31	1.97
1623859--1624190	144	2.3	144	90	0	520	26	25	16	31	1.96
1624532--1624598	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1624552--1624576	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1624639--1624663	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1624672--1624791	52	2.3	52	94	4	208	33	18	18	30	1.95
1632042--1632067	13	2.0	13	100	0	52	92	7	0	0	0.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1632045--1632075	12	2.6	12	94	0	53	93	3	0	3	0.41
1633021--1633103	31	2.7	31	98	0	157	27	31	19	21	1.97
1633081--1633661	34	16.8	35	87	7	692	20	32	12	34	1.89
1633083--1633661	106	5.6	105	89	5	765	20	32	12	34	1.89
1633083--1633681	140	4.3	138	84	7	659	20	33	11	34	1.89
1633735--1634831	49	21.9	49	77	11	955	24	25	16	33	1.96
1633735--1634986	49	24.5	53	76	12	708	24	25	16	33	1.96
1634005--1634830	98	8.5	98	93	3	1280	24	25	17	32	1.96
1634494--1634764	92	2.9	92	94	1	470	25	24	18	32	1.97
1634678--1635072	171	2.3	171	94	1	691	24	24	14	36	1.93
1635139--1635461	169	1.9	170	90	1	524	21	27	14	36	1.92
1636040--1636106	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
1636060--1636084	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1636147--1636171	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1636180--1636299	52	2.3	52	92	4	199	33	17	18	30	1.94
1639413--1639529	49	2.4	49	97	0	216	23	26	16	34	1.95
1640259--1640315	13	3.9	13	72	24	51	33	14	19	33	1.91
1640239--1640336	32	3.0	32	92	1	160	34	12	17	35	1.87
1640236--1640334	19	5.9	17	69	27	70	34	12	17	36	1.87
1640377--1640401	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1640410--1640538	52	2.5	52	96	0	231	34	17	17	30	1.93
1644020--1644062	1	43.0	1	80	0	50	0	2	6	90	0.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1644027--1644062	13	2.8	13	91	0	63	0	0	8	91	0.41
1644010--1644062	20	2.5	21	85	11	65	1	3	7	86	0.75
1644020--1644063	12	3.6	12	90	6	70	0	2	9	88	0.59
1648831--1648880	21	2.4	21	96	0	91	26	36	10	28	1.88
1658032--1658201	20	8.9	20	66	18	85	41	14	12	31	1.83
1658004--1658214	92	2.3	92	93	2	363	42	13	15	29	1.84
1658124--1658201	40	2.0	39	87	2	111	39	14	12	33	1.84
1661281--1661347	15	4.3	16	83	9	86	35	0	0	64	0.94
1661283--1661347	31	2.1	30	91	2	103	35	0	0	64	0.94
1661395--1661469	15	5.4	15	71	15	54	41	2	2	53	1.29
1662953--1662989	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
1663769--1663812	9	4.7	9	81	10	52	29	0	0	70	0.88
1663767--1663809	18	2.4	19	88	7	63	30	0	0	69	0.88
1663770--1663812	20	2.2	20	92	8	72	27	0	0	72	0.85
1663799--1663838	21	1.9	21	84	0	53	27	5	0	67	1.11
1664004--1664047	9	4.7	9	81	10	52	29	0	0	70	0.88
1664002--1664044	18	2.4	19	88	7	63	30	0	0	69	0.88
1664005--1664047	20	2.2	20	92	8	72	27	0	0	72	0.85
1663738--1664194	235	1.9	235	96	0	851	41	5	7	45	1.56
1666917--1666956	20	2.0	20	85	0	53	42	0	0	57	0.98
1669154--1669233	30	2.6	31	76	11	85	60	5	2	32	1.32
1670047--1670088	19	2.1	20	86	8	59	57	0	2	40	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1673698--1673782	13	7.3	11	74	12	64	63	0	1	35	1.02
1673718--1673759	7	5.9	7	78	15	50	71	0	0	28	0.86
1673717--1673764	19	2.5	20	80	12	57	68	0	0	31	0.90
1674488--1674582	32	3.1	32	76	16	96	54	1	1	43	1.14
1674530--1674582	13	3.2	17	70	26	51	54	0	0	45	0.99
1675019--1675052	4	8.5	4	93	0	59	26	2	0	70	1.01
1675784--1675835	17	3.1	16	82	17	61	32	0	1	65	1.04
1676234--1676272	20	1.9	21	89	5	62	12	25	25	35	1.92
1676417--1676467	18	2.8	18	79	8	59	37	1	0	60	1.08
1676459--1676510	17	3.2	16	75	10	52	42	3	0	53	1.19
1676453--1676540	25	3.1	30	75	20	98	42	2	0	55	1.12
1676417--1676610	32	6.1	32	69	25	110	40	2	0	56	1.13
1676500--1676617	35	3.5	34	73	19	104	41	1	0	56	1.09
1676446--1676574	55	2.3	59	80	12	155	41	2	0	56	1.12
1677079--1677121	12	3.5	12	75	6	50	46	0	2	51	1.13
1677070--1677128	25	2.4	25	88	11	102	44	0	5	50	1.24
1677205--1677260	28	2.0	27	86	3	76	39	7	7	46	1.59
1677078--1677394	128	2.5	128	85	4	428	45	8	4	41	1.56
1677313--1677374	28	2.2	28	88	2	90	43	8	1	46	1.42
1678005--1678048	14	3.3	14	90	6	65	15	22	0	61	1.34
1678506--1678546	11	3.9	11	84	9	59	21	7	0	70	1.11
1678506--1678546	20	2.0	20	86	9	57	21	7	0	70	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1681760--1681857	29	3.4	28	69	17	83	29	13	10	46	1.75
1681741--1681899	57	2.8	58	79	16	188	32	11	9	45	1.73
1681765--1681899	57	2.4	58	86	10	190	31	13	8	46	1.74
1690164--1690202	20	2.0	20	90	10	62	33	17	20	28	1.96
1693444--1693638	54	3.6	55	81	4	218	28	10	25	35	1.89
1700539--1700582	15	3.1	15	80	12	56	52	0	0	47	1.00
1701505--1701555	22	2.4	21	83	6	75	49	5	1	43	1.38
1701545--1701649	32	3.2	32	89	5	149	56	4	0	39	1.21
1701545--1701637	32	3.0	31	93	3	152	58	5	0	36	1.21
1701545--1701634	16	5.8	16	85	3	121	57	5	0	36	1.22
1702400--1702437	7	5.3	7	90	6	58	34	0	0	65	0.93
1703028--1703094	31	2.1	32	81	8	75	61	0	4	34	1.16
1703976--1704052	16	4.9	16	83	3	93	38	1	2	57	1.21
1703976--1704054	32	2.5	31	87	2	104	39	1	2	56	1.21
1704326--1704378	21	2.7	20	82	5	54	75	0	13	11	1.05
1706319--1706356	15	2.5	15	95	0	67	26	44	2	26	1.67
1706863--1706906	15	2.9	15	96	0	79	27	13	34	25	1.93
1707889--1707922	3	11.3	3	93	0	59	70	29	0	0	0.87
1707956--1707981	6	4.3	6	100	0	52	50	0	34	15	1.45
1714495--1714527	13	2.6	13	90	4	50	90	0	9	0	0.44
1721173--1721240	33	2.1	33	86	8	95	35	8	10	45	1.69
1722625--1722650	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1722705--1722748	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
1726705--1726744	15	2.7	15	88	0	53	47	15	20	17	1.83
1728817--1728842	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1728963--1729008	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1731478--1731521	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
1732213--1732266	21	2.6	21	88	5	74	35	14	14	35	1.88
1734303--1734328	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1734283--1734349	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1736822--1737023	78	2.6	78	84	3	237	24	27	17	30	1.97
1743129--1744179	55	18.3	55	83	8	1099	27	28	20	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12