genome.fa.s475.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold475
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1773841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  6  of  12  ( 1353 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851598--851627	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
854410--854484	28	2.7	28	85	4	98	21	29	20	29	1.98
854442--854667	78	2.9	77	80	7	249	28	26	12	31	1.93
854364--854562	107	1.9	106	81	3	247	28	26	13	32	1.93
867070--867121	15	3.4	15	80	17	54	86	5	1	5	0.76
867070--867135	16	4.1	16	80	9	57	84	4	6	4	0.85
867069--867135	21	3.2	20	76	14	64	83	4	5	5	0.90
868210--868970	61	12.5	62	86	2	994	26	26	19	28	1.99
869678--869707	13	2.3	13	94	0	51	30	16	10	43	1.81
872134--872215	28	2.9	28	79	13	71	25	25	15	32	1.96
872048--872288	106	2.3	106	82	8	285	27	27	12	32	1.93
872166--872392	78	2.9	78	86	6	316	29	26	12	32	1.92
879939--880813	42	20.8	42	71	8	427	19	26	17	35	1.94
879936--880525	169	3.5	168	84	3	722	19	26	17	36	1.94
879936--880524	84	7.0	84	83	3	664	19	26	17	36	1.94
881348--881392	3	16.3	3	78	17	53	68	0	0	31	0.89
881341--881392	8	6.5	8	85	10	63	71	0	0	28	0.87
881341--881392	11	4.8	11	79	11	63	71	0	0	28	0.87
881341--881392	14	3.9	14	73	16	56	71	0	0	28	0.87
881346--881423	14	5.5	14	71	10	52	64	1	1	33	1.10
881352--881404	25	2.2	25	86	6	74	62	0	1	35	1.06
881619--881782	14	12.1	14	75	16	114	25	21	8	44	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
881662--881757	27	3.7	26	77	13	101	26	20	8	44	1.79
882180--882266	33	2.6	33	82	8	104	48	14	18	18	1.82
888871--888898	8	3.5	8	100	0	56	89	10	0	0	0.49
888867--888905	13	3.0	13	85	7	53	87	12	0	0	0.55
888863--888905	21	2.1	21	91	4	70	86	13	0	0	0.58
889884--890502	34	19.9	31	72	17	211	21	34	14	29	1.93
889984--890109	67	1.9	67	93	0	216	21	36	13	28	1.91
889890--890104	31	6.7	31	74	11	168	22	34	15	26	1.95
890044--890507	34	15.2	28	72	19	256	21	35	13	29	1.92
890016--890327	34	9.6	33	76	15	269	21	34	13	30	1.92
890164--890573	34	12.9	34	75	11	179	21	34	14	30	1.93
889985--890588	61	9.6	61	75	16	329	21	34	13	29	1.92
889985--890568	120	4.7	115	74	19	353	21	34	14	29	1.93
890373--890536	89	1.8	89	84	5	224	21	35	15	27	1.94
890475--890558	35	2.5	33	82	3	105	21	33	11	33	1.90
890475--890568	33	2.8	33	80	6	100	20	31	15	31	1.94
890554--890674	33	3.7	33	93	4	210	27	34	19	19	1.95
890679--891281	49	12.6	49	85	7	796	25	25	17	31	1.97
891191--891344	52	2.9	53	81	4	193	24	24	15	35	1.94
891294--891420	67	1.9	68	85	1	175	24	25	11	38	1.89
892211--892268	20	3.0	20	84	2	73	31	10	12	46	1.74
892308--892332	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
892341--892461	52	2.3	52	92	2	208	33	18	17	30	1.94
896267--896323	26	2.2	25	82	14	71	33	1	1	63	1.15
897685--897714	11	2.7	11	89	0	51	50	0	0	50	1.00
897862--897891	16	1.9	15	93	6	51	60	3	0	36	1.14
897858--897895	20	1.9	19	89	5	58	60	2	0	36	1.11
897987--898018	13	2.4	14	90	10	50	62	0	0	37	0.95
898004--898239	53	4.6	51	78	15	263	52	3	2	41	1.31
898030--898124	45	2.1	45	92	3	156	52	3	2	42	1.29
898782--898828	22	2.1	22	84	0	58	48	2	6	42	1.40
899000--899050	21	2.5	20	87	3	75	50	15	3	29	1.62
899191--899390	52	3.9	50	83	9	217	42	0	4	54	1.19
899191--899390	104	1.9	104	82	8	246	42	0	4	54	1.19
899799--899856	26	2.2	26	87	6	82	39	1	1	56	1.19
906235--906259	1	25.0	1	100	0	50	0	100	0	0	0.00
909173--909205	15	2.1	16	88	5	50	42	0	0	57	0.98
910483--910516	16	2.1	17	88	5	52	50	0	2	47	1.16
912383--912476	30	3.5	28	71	27	87	26	18	15	39	1.91
912374--912495	50	2.4	50	88	0	181	29	17	13	39	1.88
921731--921756	13	2.0	13	100	0	52	30	30	7	30	1.85
923313--923344	16	2.0	16	100	0	64	81	0	6	12	0.87
923350--923406	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
923462--923529	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
923464--923526	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
923483--923507	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
923569--923594	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
923549--923615	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
926245--926326	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
938725--938784	10	5.9	10	80	9	52	85	5	10	0	0.75
938722--938785	15	4.3	15	78	7	67	85	4	9	0	0.72
938722--938769	1	48.0	1	78	0	51	89	6	4	0	0.58
939751--940773	55	18.5	54	90	4	1458	28	30	19	21	1.98
941490--941527	18	2.1	18	100	0	76	78	0	5	15	0.91
941529--941585	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
941641--941708	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
941643--941705	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
941662--941686	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
941748--941773	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
941728--941794	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
944244--944316	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
944299--944469	51	3.3	50	77	7	180	29	26	11	32	1.92
944452--944533	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
951418--951461	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
957569--957594	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
957551--957614	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
959231--959289	11	5.2	11	73	15	57	44	0	0	55	0.99
961216--961240	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
961305--961332	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
961338--961462	52	2.4	52	93	0	214	36	17	17	28	1.93
968175--968292	51	2.3	51	86	0	164	27	27	14	29	1.95
968227--968449	79	2.9	77	82	6	261	28	28	12	30	1.93
968387--968494	51	2.1	51	89	3	164	28	26	12	32	1.92
968304--968579	130	2.1	130	84	2	358	27	25	13	33	1.93
969547--969583	7	5.3	7	93	0	65	13	10	0	75	1.04
970474--970655	79	2.3	79	84	3	233	32	14	26	25	1.95
973027--973052	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
973109--973156	21	2.4	21	89	6	73	33	16	12	37	1.86
973958--975110	55	21.0	55	76	10	859	24	20	28	26	1.99
973958--975110	434	2.6	434	95	1	2040	24	20	28	26	1.99
974006--975112	379	2.9	373	87	5	1482	24	20	29	25	1.99
974994--975083	26	3.3	26	67	19	76	21	20	32	26	1.97
976115--976164	15	3.6	14	78	15	59	0	2	10	88	0.61
976114--976165	1	52.0	1	76	0	50	0	1	9	88	0.59
976125--976165	10	4.0	10	87	12	57	0	0	9	90	0.46
976114--976165	27	2.0	27	92	3	88	0	1	9	88	0.59
986479--986505	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
988566--988781	79	2.7	80	83	7	273	31	15	27	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
991207--991279	21	3.6	21	94	3	123	32	15	13	38	1.86
992804--992929	62	2.0	63	82	7	152	23	26	12	37	1.91
992807--992927	28	4.2	28	70	14	93	23	28	13	34	1.92
992812--992957	31	4.9	31	73	14	110	23	28	14	32	1.94
992804--992953	62	2.5	62	78	7	150	23	28	14	34	1.93
992947--993563	33	19.1	33	76	5	494	30	29	16	24	1.97
992959--993557	64	9.3	66	78	4	247	30	28	16	24	1.96
992947--993558	97	6.3	97	75	6	510	30	29	16	24	1.96
992956--993558	194	3.1	196	78	3	562	30	29	16	24	1.96
992959--993562	161	3.8	157	74	7	518	30	28	16	24	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12