genome.fa.s475.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold475
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1773841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
746741--746802	31	2.0	31	87	9	92	29	22	16	32	1.95
753082--753138	21	2.7	21	94	0	96	33	12	19	35	1.89
753194--753292	19	5.9	18	73	26	92	31	12	17	39	1.86
753215--753278	13	4.4	14	77	22	69	32	12	17	37	1.87
753196--753290	32	3.0	32	96	0	172	31	12	17	37	1.88
753333--753358	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
753313--753379	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
755822--755894	27	2.7	27	86	2	92	23	32	21	21	1.98
755877--756047	52	3.3	51	73	11	159	29	26	12	31	1.92
755711--756045	104	3.2	103	71	15	301	30	25	12	31	1.93
755709--756102	213	1.9	211	88	6	600	29	26	13	30	1.94
768400--768464	9	7.6	8	85	11	60	84	13	1	0	0.69
768399--768455	10	5.7	10	82	10	64	84	15	0	0	0.63
768398--768454	13	4.5	13	85	8	73	84	15	0	0	0.63
768398--768458	28	2.2	27	86	11	88	85	14	0	0	0.60
768398--768464	13	5.2	13	79	15	68	85	13	1	0	0.68
768397--768456	9	6.0	10	86	9	70	83	16	0	0	0.65
769432--770128	55	12.3	55	83	10	800	27	28	21	23	1.99
769454--770129	171	3.9	171	83	8	876	26	27	21	24	1.99
771762--772104	52	6.5	51	70	20	206	30	26	12	31	1.92
771880--771948	27	2.5	27	88	2	93	24	31	21	21	1.98
772093--772165	29	2.6	28	84	6	85	23	32	19	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
773761--774070	142	2.2	141	84	4	392	41	10	13	35	1.78
773753--774140	142	2.7	140	80	8	376	43	10	12	33	1.77
775057--775091	18	1.9	18	94	0	61	2	14	0	82	0.77
775583--776135	165	3.4	161	81	9	599	50	11	9	28	1.70
781665--781742	31	2.5	32	89	2	113	41	12	16	29	1.86
781819--781872	20	2.7	20	80	8	56	31	14	11	42	1.81
781840--781992	70	2.2	70	100	0	306	31	14	10	43	1.79
782452--782769	61	5.5	61	72	10	181	39	14	21	24	1.91
782551--782715	52	3.2	52	79	3	197	40	12	21	26	1.89
782803--782880	32	2.5	31	79	6	93	28	14	29	28	1.95
782822--783160	31	10.7	31	78	8	326	21	17	30	29	1.97
782822--783167	64	5.4	63	79	9	328	22	17	30	29	1.97
782822--783160	95	3.6	94	82	6	373	21	17	30	29	1.97
783175--783534	29	12.5	29	76	6	256	28	13	31	27	1.94
783156--783539	57	6.7	58	74	12	215	29	13	30	27	1.93
783220--783600	57	6.6	57	79	6	372	29	13	30	25	1.94
783220--783539	29	11.2	28	80	4	334	29	13	30	25	1.94
783163--783683	29	17.9	30	75	10	201	28	13	31	26	1.94
783216--783653	57	7.5	59	78	10	244	29	13	30	26	1.94
783551--783683	60	2.2	60	81	6	162	28	15	30	25	1.96
784745--784796	25	2.1	24	92	3	86	76	5	1	15	1.05
784754--784825	17	4.3	15	76	15	54	75	4	2	18	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786309--786534	79	2.9	78	83	6	269	26	27	14	30	1.95
792299--792379	32	2.6	32	84	5	103	40	12	19	27	1.87
792460--792513	20	2.7	20	80	8	65	35	16	7	40	1.77
793945--793992	20	2.3	20	80	13	62	2	27	0	70	0.98
794102--794146	20	2.2	20	88	0	63	17	13	4	64	1.44
799383--800264	32	29.1	29	82	7	690	20	18	29	31	1.96
799413--799612	56	3.5	56	88	2	285	24	17	29	29	1.97
799386--800780	84	15.9	85	81	8	495	24	17	29	28	1.97
799543--800206	64	10.7	63	83	7	781	19	18	29	32	1.96
799382--800237	92	9.4	93	83	8	819	20	18	29	31	1.96
800199--800795	27	21.6	28	83	3	633	31	15	28	24	1.95
800204--800784	109	5.3	109	83	5	670	31	14	29	24	1.95
800204--800810	248	2.4	246	82	5	740	31	15	28	24	1.95
804244--804310	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
804264--804288	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
804354--804378	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
804387--804507	52	2.3	52	94	0	215	33	19	18	28	1.95
811676--811706	16	1.9	16	93	0	53	87	6	6	0	0.68
812647--812672	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
812670--812784	30	3.7	30	84	7	151	26	27	18	27	1.98
812670--812819	62	2.4	60	88	5	210	24	27	16	31	1.97
812706--813426	34	21.7	32	76	14	483	20	32	13	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812761--813426	70	9.4	70	81	12	674	20	32	12	33	1.90
813096--813384	158	1.8	157	93	0	497	20	34	12	32	1.90
813433--813524	32	2.8	32	92	7	159	29	35	19	15	1.92
813258--813476	105	2.1	102	83	8	264	21	35	12	30	1.91
813433--813525	33	2.9	32	93	6	161	29	36	19	15	1.92
813537--814581	49	21.5	49	84	6	1355	24	26	17	32	1.97
813537--814647	98	11.4	98	93	4	1642	24	25	17	32	1.97
813928--814581	92	6.9	92	94	3	1056	24	25	17	32	1.97
813537--814647	383	2.8	383	94	3	1855	24	25	17	32	1.97
815458--815524	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
815478--815502	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
815568--815592	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
815601--815721	52	2.3	52	94	0	215	33	19	18	28	1.95
824138--824214	20	3.8	20	79	6	93	42	12	14	29	1.83
828625--829033	30	13.7	30	80	3	387	27	34	11	25	1.91
828627--829033	90	4.5	89	80	6	455	28	34	11	25	1.91
829051--829291	32	7.8	32	72	9	167	28	28	19	24	1.98
829045--829335	93	3.2	92	80	4	306	29	29	17	22	1.97
829236--829313	32	2.6	30	86	8	97	26	26	21	24	1.99
829399--829775	52	7.2	52	77	7	354	27	25	13	33	1.93
829381--829809	104	4.1	103	80	5	454	27	25	13	32	1.94
829399--829809	156	2.6	155	82	3	484	27	25	13	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829381--829809	52	8.3	50	75	9	308	27	25	13	32	1.94
835694--835755	19	3.3	19	76	0	61	43	14	11	30	1.80
837921--837986	32	2.0	33	88	2	98	37	10	13	37	1.80
838027--838051	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
845039--845090	17	3.1	17	83	2	52	75	17	3	3	1.11
845065--845100	16	2.3	16	90	4	56	83	13	2	0	0.76
845430--845470	10	4.1	10	87	0	64	87	7	0	4	0.65
845432--845469	20	1.9	20	100	0	76	89	5	0	5	0.59
846497--846551	27	2.0	27	89	0	83	23	32	14	29	1.94
846525--847879	34	41.8	34	73	15	830	20	33	13	33	1.91
846660--846746	30	2.8	30	83	10	95	25	29	18	26	1.98
846432--847407	257	3.8	255	84	8	1158	20	32	13	32	1.92
846917--847022	31	3.4	31	87	7	119	26	29	15	29	1.96
847038--847093	28	2.0	28	89	3	87	23	41	14	21	1.89
846978--847923	193	4.9	186	91	4	1186	19	34	12	32	1.90
846521--847924	66	21.7	66	74	13	955	20	33	13	33	1.91
847266--847326	27	2.3	27	88	0	86	21	36	11	31	1.89
847103--847923	193	4.2	193	95	0	1480	19	34	12	33	1.90
847459--847519	27	2.3	27	88	0	86	21	36	11	31	1.89
847103--847923	387	2.1	386	95	0	1480	19	34	12	33	1.90
847846--847899	27	2.0	27	88	0	81	22	31	14	31	1.94
847915--848205	33	8.9	33	88	4	439	29	36	17	16	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847912--848201	98	3.0	98	92	4	489	29	36	17	15	1.91
847915--848202	65	4.4	65	89	2	409	29	36	17	15	1.92
848200--848771	43	12.1	43	78	13	388	23	25	18	32	1.97
848200--848771	92	6.0	92	87	5	739	23	25	18	32	1.97
848570--848771	52	3.9	52	96	0	359	21	25	18	34	1.96
849703--849768	32	2.0	33	91	2	107	36	13	15	34	1.87
849809--849833	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
850077--850167	20	4.6	19	76	13	78	35	14	18	31	1.91
850076--850167	39	2.3	40	83	9	109	34	15	18	31	1.92
851561--851614	20	2.7	20	91	0	90	29	16	12	40	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12