genome.fa.s475.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold475
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1773841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
596115--596164	21	2.5	20	75	9	57	36	16	12	36	1.85
596511--596556	21	2.2	21	88	3	67	36	17	6	39	1.76
598430--598645	79	2.7	77	83	5	245	33	12	25	29	1.92
598584--598698	51	2.3	50	86	4	158	31	10	26	31	1.90
598495--598933	234	1.9	233	82	5	553	34	13	23	27	1.93
601559--601609	19	2.7	19	96	0	93	31	11	17	39	1.86
601640--601789	52	2.9	50	83	9	185	32	18	18	31	1.94
608241--608373	32	4.1	32	92	0	194	33	13	17	36	1.89
608274--608369	19	5.7	18	73	26	86	32	13	16	37	1.88
608293--608349	13	3.9	13	76	24	60	33	15	15	35	1.90
608411--608435	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
608444--608624	52	3.5	52	98	0	344	34	18	18	28	1.95
617720--617986	49	5.3	49	86	4	354	22	24	17	35	1.95
617735--618016	101	2.8	99	86	2	386	23	24	17	34	1.96
618729--618779	19	2.7	19	93	0	84	33	11	15	39	1.84
618832--618856	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
618845--618993	52	2.9	51	84	7	194	34	18	17	28	1.94
622096--622259	20	7.8	20	76	14	125	40	13	18	28	1.88
624292--624999	166	4.3	166	85	3	905	27	11	8	51	1.68
624292--625358	166	6.5	164	77	10	890	27	11	8	52	1.67
624840--625122	146	1.9	146	85	7	396	24	11	9	54	1.67
624302--625349	478	2.1	485	81	7	1209	27	11	9	52	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
625049--625403	167	2.1	167	80	4	376	29	12	8	49	1.70
625465--625524	26	2.3	27	77	11	63	23	3	6	66	1.30
625603--625663	12	5.3	11	80	18	70	85	1	11	1	0.75
625592--625663	24	3.0	24	84	6	76	81	4	11	2	0.92
625604--625663	24	2.6	23	87	10	86	85	1	11	1	0.76
626490--626522	13	2.6	13	90	4	50	81	0	0	18	0.68
629587--629771	37	5.0	37	76	10	146	36	17	17	28	1.93
629587--629748	38	4.4	37	80	6	150	37	18	17	26	1.93
634816--634845	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
636220--636277	25	2.3	25	100	0	116	37	15	12	34	1.85
636958--636987	13	2.3	13	94	0	51	23	26	33	16	1.96
638599--638679	18	4.8	18	72	18	75	35	1	0	62	1.03
638569--638650	32	2.5	32	80	7	85	41	1	2	54	1.21
638605--638687	25	3.3	26	73	23	86	36	2	0	61	1.09
638627--638679	17	2.8	19	83	16	67	33	1	0	64	1.05
642157--642195	20	1.9	21	89	5	62	51	7	2	38	1.44
642498--642530	17	1.9	17	88	11	50	30	3	0	66	1.06
643097--643233	38	3.6	38	80	2	114	27	9	18	43	1.81
643404--643610	106	1.9	107	91	0	335	31	12	13	43	1.80
644755--644831	20	3.8	20	86	3	93	27	18	16	37	1.92
647129--647243	51	2.3	51	81	6	126	28	23	13	33	1.93
647319--647387	28	2.5	28	85	4	95	24	31	14	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
647374--647484	51	2.2	51	88	0	159	30	27	9	32	1.89
647420--647641	79	2.8	76	79	8	246	26	23	14	34	1.94
651089--651131	21	2.0	21	82	8	52	25	30	4	39	1.76
652938--652976	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
656331--656375	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
658594--658619	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
660875--660931	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
660888--660950	19	3.7	18	74	24	64	33	11	17	38	1.85
660874--660958	32	2.7	32	96	0	152	32	11	17	37	1.86
661003--661030	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
660982--661049	34	2.0	33	88	8	102	29	16	13	41	1.86
663279--663350	28	2.6	27	84	8	83	22	18	36	23	1.95
663341--663461	51	2.3	50	82	10	136	33	11	23	31	1.90
665832--665857	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
665908--665972	19	3.7	19	69	23	61	38	13	13	33	1.85
665900--665970	32	2.2	32	92	0	115	36	15	14	33	1.87
666008--666084	21	3.7	21	89	3	111	35	16	11	36	1.86
672176--672209	14	2.4	14	95	0	59	85	14	0	0	0.60
673495--673632	31	4.5	29	78	11	141	26	28	13	31	1.94
673495--673632	62	2.2	62	87	5	190	26	28	13	31	1.94
673579--673750	35	5.1	35	80	8	160	20	30	11	37	1.88
673619--673750	69	1.9	67	84	9	176	21	31	11	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
673906--674056	39	3.6	39	73	14	149	24	26	21	27	1.99
674071--674148	39	2.0	39	89	0	120	29	25	20	24	1.99
673845--674492	87	7.0	90	85	7	679	24	25	18	31	1.98
673845--674492	178	3.5	177	82	9	710	24	25	18	31	1.98
674110--674487	49	7.7	49	77	7	340	24	24	17	32	1.97
674110--674483	101	3.8	99	86	5	480	24	25	18	32	1.97
674199--674541	49	6.7	51	79	5	329	24	24	16	33	1.96
684289--684356	33	2.1	32	86	8	93	35	14	14	35	1.87
684436--684460	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
684419--684481	33	1.9	32	87	3	90	30	15	20	33	1.94
685188--685234	23	2.0	23	88	8	69	72	4	0	23	1.02
685193--685242	22	2.2	23	82	10	59	66	6	2	26	1.26
686150--686195	22	2.1	22	88	8	67	19	10	19	50	1.77
686656--686717	21	2.9	23	84	11	80	79	0	20	0	0.74
686666--686726	13	4.8	14	75	17	62	80	0	19	0	0.72
686656--686717	11	5.8	10	83	11	61	79	0	20	0	0.74
689015--689085	20	3.5	20	80	0	88	33	12	12	40	1.81
693738--693795	19	3.0	19	87	2	80	31	17	13	37	1.89
693845--693869	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
693826--693893	33	2.1	33	86	5	93	36	14	17	30	1.90
695485--695519	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
707205--707279	23	3.1	25	77	11	75	6	14	33	45	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
707549--707663	44	2.7	43	74	18	105	4	20	8	66	1.37
708091--708155	9	7.3	9	73	16	64	40	10	23	26	1.87
708366--708426	19	3.2	20	75	9	56	27	3	0	68	1.05
708960--710772	42	43.0	42	72	10	930	34	18	28	18	1.94
709069--709313	127	1.9	126	81	5	298	34	18	28	17	1.95
708958--710750	211	8.5	211	73	8	627	34	18	28	18	1.94
709129--710248	338	3.3	335	80	5	1109	35	19	27	18	1.95
708960--710750	422	4.2	420	76	7	1301	34	18	28	18	1.95
710184--710664	170	2.8	170	81	5	562	34	18	29	18	1.94
710962--711172	44	4.8	44	72	13	130	42	15	20	20	1.89
711354--711551	89	2.2	88	79	6	220	30	17	24	28	1.97
711412--711586	89	2.0	90	82	3	219	29	17	26	27	1.97
718791--718891	43	2.3	43	74	15	102	7	19	8	63	1.48
719620--719673	19	2.8	19	78	13	58	27	3	0	68	1.06
724136--724259	63	2.0	64	88	1	187	5	27	9	57	1.53
724499--724575	33	2.4	33	86	6	104	16	20	16	45	1.85
724968--725157	14	13.9	14	67	20	98	44	10	21	23	1.83
724927--725060	69	1.9	69	100	0	268	47	11	20	20	1.81
725042--725157	29	4.2	28	72	19	84	43	9	21	25	1.83
725036--725157	52	2.6	43	77	20	145	42	10	21	25	1.85
725050--725164	52	2.2	52	95	0	203	44	10	20	24	1.83
725080--725180	23	4.1	23	70	16	69	44	8	21	24	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
726384--726440	16	3.6	16	80	4	62	22	8	21	47	1.78
726891--726935	23	2.0	24	91	8	76	53	4	0	42	1.21
726990--727045	17	3.2	17	76	21	53	66	3	30	0	1.09
735615--735734	35	3.4	35	80	2	132	42	13	23	20	1.87
736135--736340	88	2.3	92	83	6	262	33	16	24	25	1.96
736137--736340	92	2.3	93	83	6	260	33	17	24	25	1.96
736896--736925	16	1.9	15	93	6	51	40	20	16	23	1.91
743166--743268	44	2.3	46	81	6	122	46	11	8	33	1.71
743887--743924	13	2.9	13	88	0	58	36	10	15	36	1.82
745116--745173	21	2.8	21	77	15	66	20	24	1	53	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12