genome.fa.s475.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold475
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1773841

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  1  of  12  ( 1353 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4402--4529	51	2.5	52	97	1	240	28	18	18	33	1.95
4517--4542	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
4580--4648	32	2.1	33	94	2	122	36	17	11	34	1.86
4604--4628	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
5555--5805	58	4.3	58	86	3	312	19	15	31	32	1.94
5555--5799	27	8.5	27	76	13	213	19	16	31	33	1.94
7233--7339	13	8.6	12	77	16	94	1	1	14	81	0.87
7239--7339	6	15.7	6	77	13	62	1	1	14	81	0.88
7233--7337	47	2.3	46	83	8	124	1	1	14	81	0.85
7234--7337	40	2.6	41	82	10	110	1	1	14	81	0.86
7235--7332	33	2.9	34	84	11	107	2	2	15	80	0.89
12249--12274	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
12229--12292	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
22425--26630	476	8.9	474	85	3	5233	30	18	14	36	1.90
24848--26402	158	9.9	156	66	14	449	31	18	13	36	1.90
23910--26488	159	16.3	156	67	12	918	30	18	14	36	1.90
27064--27089	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
29583--29608	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
32102--32127	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
33504--36749	476	6.9	474	84	3	3771	30	19	13	36	1.91
34741--35962	159	7.7	154	67	14	438	30	19	13	37	1.90
33504--36749	951	3.4	946	83	4	3911	30	19	13	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36755--39527	476	5.9	475	84	3	3314	30	19	13	36	1.91
37084--38741	159	10.5	157	66	13	455	30	20	13	36	1.91
39533--45605	476	12.9	475	83	3	7121	30	19	14	35	1.91
47378--47409	11	2.9	11	95	0	55	68	9	12	9	1.39
46727--48053	692	1.9	692	86	2	1894	31	18	14	35	1.91
47399--49339	476	4.1	475	83	2	2347	30	19	13	36	1.90
47439--49339	952	2.0	952	86	1	2617	30	19	13	37	1.90
55117--55196	30	2.7	30	90	3	117	12	43	0	43	1.42
55142--55190	9	5.1	9	76	13	53	12	40	0	46	1.41
55147--55209	12	5.8	12	75	22	59	12	44	0	42	1.42
57370--58495	159	7.1	156	65	14	394	31	17	14	36	1.90
56836--61241	476	9.3	476	84	3	5326	30	18	15	36	1.91
56831--61241	951	4.7	947	84	4	5324	30	18	15	36	1.91
61505--63547	159	12.9	159	68	11	791	31	18	14	35	1.91
61350--137521	476	160.7	476	76	9	40797	30	18	14	36	1.91
65706--66954	159	7.9	159	68	11	475	31	18	14	36	1.90
77463--78559	159	6.9	158	68	10	439	31	18	14	36	1.90
81030--82280	159	7.9	158	69	9	490	31	18	14	35	1.91
84751--86001	159	7.9	158	69	9	490	31	18	14	35	1.91
88472--89722	159	7.9	158	69	9	490	31	18	14	35	1.91
93999--97111	159	19.7	158	67	11	898	30	18	14	35	1.91
100610--101435	159	5.2	156	71	10	487	31	19	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102582--102990	207	2.0	207	86	1	570	28	17	17	35	1.93
102106--103471	680	2.0	681	87	2	1940	29	18	16	35	1.93
102789--105856	475	6.4	476	82	6	3660	30	18	15	36	1.91
105674--106044	190	2.0	190	86	3	532	29	16	16	36	1.92
106079--107667	158	10.0	157	66	14	499	29	18	14	36	1.91
105864--107718	475	3.9	474	84	3	2268	29	18	15	36	1.91
109402--110029	317	2.0	317	84	2	814	31	19	14	34	1.93
108929--110505	793	2.0	793	86	1	2187	29	19	14	35	1.92
111253--113241	159	12.5	158	66	13	480	30	19	14	35	1.92
113224--113633	208	2.0	207	86	1	570	29	17	16	37	1.92
113431--116934	158	22.1	161	66	12	642	30	18	15	36	1.91
113705--137511	159	151.4	158	65	12	4954	29	18	15	36	1.91
120203--120264	30	2.1	30	100	0	124	43	24	9	22	1.83
137728--141897	475	8.8	475	83	3	4743	37	13	18	31	1.89
142203--142229	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
142214--142265	19	2.7	19	81	3	59	32	15	11	40	1.83
151237--151266	13	2.3	13	94	0	51	36	16	10	36	1.82
152020--157050	474	10.6	475	76	9	4427	36	13	18	31	1.89
152307--153025	159	4.5	156	69	13	427	36	13	18	31	1.90
152128--157073	930	5.2	926	78	9	4008	37	13	18	31	1.89
155480--157072	475	3.4	469	83	5	1891	37	13	18	31	1.89
159062--159091	13	2.3	13	94	0	51	36	10	20	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159136--159187	19	2.7	20	84	3	70	36	13	17	32	1.89
164397--164709	165	1.9	163	90	1	500	41	11	12	33	1.79
165466--165491	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
166072--166138	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
166092--166116	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
171543--171567	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
175458--175502	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
181053--182194	43	26.6	43	80	1	984	36	17	28	17	1.93
193676--194719	43	24.3	43	80	1	953	17	28	17	36	1.93
194598--194738	43	3.3	43	83	2	131	19	31	17	32	1.94
200287--200336	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
204222--204246	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
209557--209581	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
209622--209688	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
209644--209668	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
210269--210294	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
217940--218373	28	15.2	28	73	10	283	24	17	28	29	1.97
219668--219696	14	2.0	15	93	6	51	13	3	0	82	0.79
221792--221817	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
222632--224381	475	3.7	474	84	3	2229	36	13	18	32	1.90
225860--225903	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
227512--227558	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229771--229801	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
231600--231644	22	2.1	21	84	8	56	22	17	4	55	1.60
233862--233886	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
234315--236866	159	16.0	156	66	12	420	36	13	18	31	1.89
234270--246697	474	25.7	473	75	9	8511	36	13	18	31	1.90
234270--246697	475	25.7	475	75	9	8094	36	13	18	31	1.90
237703--238170	236	2.0	236	83	4	586	39	14	14	31	1.87
238604--238712	54	2.0	54	90	0	173	32	11	22	33	1.91
239477--246370	159	43.6	157	66	12	1835	36	13	18	31	1.90
239117--246697	949	8.0	948	85	2	9580	36	13	18	31	1.90
252953--253151	79	2.5	79	80	3	204	29	16	28	25	1.96
253109--253176	28	2.4	28	85	0	82	25	16	33	25	1.95
253166--253502	52	6.4	51	71	14	220	32	11	26	29	1.92
253322--253390	27	2.5	27	88	6	95	23	21	30	24	1.99
253052--253444	107	3.7	105	72	10	321	30	13	27	27	1.94
253099--253504	212	1.9	212	88	3	611	31	12	27	28	1.93
253381--253499	51	2.3	53	84	7	145	33	10	22	32	1.89
255873--255898	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
255852--255918	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
255938--256001	19	3.7	18	76	23	75	35	14	12	37	1.83
255960--255984	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
255941--256001	32	1.9	32	96	0	113	36	14	13	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
256061--256117	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
256125--256158	14	2.3	15	90	5	52	17	0	0	82	0.67
256891--257841	55	17.0	54	85	7	1045	23	20	29	27	1.98
256996--257078	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
263987--264169	79	2.3	79	81	1	197	32	15	27	24	1.96
264124--264195	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
264184--264353	52	3.3	52	77	9	177	32	12	25	29	1.93
264340--264410	27	2.6	27	88	2	97	22	21	32	23	1.98
264070--264460	107	3.7	105	71	13	321	30	14	27	27	1.95
266842--266867	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12