genome.fa.s48.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold48
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4619657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2360069--2360097	6	4.8	6	100	0	58	51	0	13	34	1.42
2362933--2362957	9	2.8	9	100	0	50	40	0	0	60	0.97
2363166--2363211	17	2.7	17	86	0	56	50	4	0	45	1.21
2365094--2365124	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
2365417--2365464	22	2.3	21	82	7	53	60	4	0	35	1.16
2366888--2366934	21	2.2	20	78	14	51	53	4	0	42	1.20
2367721--2367841	54	2.2	53	94	2	206	35	3	8	52	1.48
2368468--2368528	6	10.7	6	79	13	67	63	0	1	34	1.04
2368461--2368530	21	3.2	22	76	15	74	64	0	1	34	1.03
2368468--2368530	11	5.5	11	77	7	56	65	0	1	33	1.03
2369418--2369467	9	5.6	9	77	15	50	44	0	0	56	0.99
2369424--2369465	22	2.0	20	86	9	57	42	0	0	57	0.99
2370260--2370286	14	1.9	14	100	0	54	66	0	0	33	0.92
2370354--2370416	29	2.2	29	78	13	69	58	1	1	38	1.17
2371254--2371326	34	2.1	34	84	0	92	45	0	0	54	0.99
2371270--2371336	15	3.6	19	70	25	54	43	0	0	56	0.99
2371281--2371343	25	2.8	23	78	19	62	42	0	0	57	0.99
2371615--2371659	18	2.5	17	79	13	54	48	0	2	48	1.13
2371808--2371881	28	2.6	28	86	4	94	43	1	0	55	1.08
2371964--2372043	29	2.7	28	83	14	99	60	2	1	36	1.18
2373774--2373813	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2376752--2376818	26	2.8	23	72	20	57	38	0	2	58	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2378355--2378392	4	9.2	4	97	2	67	50	0	0	50	1.00
2380605--2380638	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
2387726--2387778	23	2.4	22	81	9	54	49	5	0	45	1.26
2388113--2388148	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2394106--2394198	32	2.8	33	88	8	136	44	1	0	54	1.07
2394107--2394206	33	2.9	34	82	11	125	43	1	0	56	1.06
2396276--2396346	13	5.2	14	75	16	60	56	0	0	43	0.99
2396302--2396371	13	5.1	13	72	16	52	58	1	0	40	1.07
2396364--2396410	24	2.0	24	83	8	60	61	2	4	31	1.27
2396422--2396463	20	2.0	21	86	13	61	61	2	7	28	1.35
2396435--2396477	19	2.2	20	84	8	54	65	0	6	27	1.18
2396808--2396877	32	2.1	32	81	10	77	55	4	4	35	1.39
2397410--2397454	4	12.0	4	77	13	51	2	20	0	77	0.87
2397412--2397461	15	3.4	14	83	8	64	2	18	0	80	0.82
2397404--2397461	22	2.6	22	81	15	66	1	18	0	79	0.82
2397402--2397458	8	6.9	8	76	11	53	1	17	0	80	0.79
2397413--2397462	19	2.6	19	81	12	59	4	18	0	78	0.91
2397402--2397460	25	2.4	23	83	13	73	1	16	0	81	0.78
2397809--2397888	29	2.8	28	77	19	83	70	1	0	28	0.96
2397902--2397939	16	2.4	16	90	0	58	7	10	0	81	0.87
2399529--2399563	17	2.1	17	94	5	63	37	2	0	60	1.12
2399526--2399587	27	2.3	27	82	2	70	45	1	0	53	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2400707--2400757	2	25.5	2	95	0	93	0	47	0	52	1.00
2403223--2403290	34	2.0	34	100	0	136	20	0	38	41	1.53
2403264--2403312	22	2.2	22	100	0	98	22	0	42	34	1.54
2403216--2403341	56	2.2	56	95	0	225	21	0	37	41	1.53
2408021--2408215	34	5.7	34	98	0	381	18	0	40	41	1.51
2416272--2416314	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2417738--2417769	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2418567--2418701	16	8.8	16	67	18	81	45	1	1	51	1.19
2418572--2418629	13	4.4	13	76	18	57	44	0	0	55	0.99
2418561--2418684	29	4.3	29	87	4	187	45	0	0	53	1.11
2418561--2418684	59	2.1	57	91	2	194	45	0	0	53	1.11
2419418--2419464	2	23.5	2	95	0	85	51	2	0	46	1.13
2420085--2420137	16	3.3	16	77	15	56	50	0	1	47	1.12
2420050--2420221	14	12.6	14	66	24	68	44	3	1	50	1.26
2423290--2423912	156	4.0	154	78	10	562	55	9	7	27	1.58
2423292--2423911	157	4.0	154	83	6	731	55	9	7	27	1.58
2424368--2424450	32	2.8	27	72	19	76	46	0	2	50	1.14
2434637--2434669	16	2.1	16	94	0	57	54	3	0	42	1.15
2435095--2435132	10	3.8	10	82	10	51	34	0	0	65	0.93
2435530--2435566	2	18.5	2	100	0	74	0	0	48	51	1.00
2435774--2435820	15	3.2	15	77	17	53	44	0	2	53	1.12
2436348--2436383	19	1.9	19	94	5	65	63	0	0	36	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2436341--2436398	21	2.8	21	71	15	57	55	0	0	44	0.99
2436866--2436972	21	5.2	21	71	7	76	50	0	0	49	1.00
2437327--2437402	24	3.3	24	77	15	63	60	3	1	34	1.23
2437747--2437798	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
2437866--2437914	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
2437712--2437939	116	1.9	118	94	2	406	31	7	9	51	1.62
2439243--2439299	30	1.9	30	89	7	89	49	3	1	45	1.29
2440951--2440992	2	21.0	2	95	0	75	50	2	0	47	1.14
2441021--2441054	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
2441084--2441125	16	2.6	16	80	0	57	47	0	2	50	1.14
2444463--2444517	19	2.8	20	76	18	60	49	0	0	50	1.00
2444746--2444790	19	2.3	21	74	14	51	62	2	0	35	1.08
2444781--2444827	17	2.8	17	78	18	53	70	2	0	27	0.99
2450463--2450498	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
2451729--2451767	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2452482--2452514	3	11.3	3	93	6	59	69	0	0	30	0.88
2452737--2452782	18	2.6	18	85	0	56	54	0	0	45	0.99
2453030--2453062	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2453730--2453758	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
2456862--2456916	19	2.9	19	79	15	60	47	0	0	52	1.00
2456865--2456973	47	2.3	46	76	9	112	46	0	0	53	1.00
2459104--2459131	6	4.7	6	100	0	56	0	14	0	85	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2461541--2461566	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
2463343--2463384	20	2.2	19	87	8	59	61	0	2	35	1.09
2467057--2467106	2	25.5	2	85	4	66	44	2	4	50	1.32
2471020--2471103	9	8.8	9	71	21	55	36	0	5	57	1.23
2471020--2471094	20	3.8	20	79	11	84	37	0	5	57	1.22
2471076--2471140	21	3.1	21	79	16	64	44	3	3	49	1.33
2473801--2473830	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
2474061--2474103	15	2.9	15	86	6	52	27	11	13	46	1.78
2474524--2474668	15	9.1	15	67	21	73	48	3	1	46	1.27
2474545--2474622	32	2.4	31	81	12	84	51	2	0	46	1.14
2474536--2474668	52	2.5	51	80	12	130	48	3	1	45	1.29
2474791--2474849	20	2.8	20	80	14	66	54	1	0	44	1.10
2477448--2477498	19	2.7	19	76	8	52	45	1	0	52	1.12
2477727--2477770	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
2478249--2478312	31	2.0	30	82	8	74	54	0	1	43	1.09
2478987--2479020	17	2.0	17	94	0	59	55	0	2	41	1.15
2479376--2479456	30	2.7	30	80	1	81	60	0	2	37	1.10
2479411--2479458	15	3.2	15	77	11	53	52	0	2	45	1.12
2480036--2480115	21	3.8	21	77	11	74	48	3	1	46	1.28
2481411--2481468	19	3.1	18	80	11	64	41	1	0	56	1.09
2481409--2481477	20	3.6	19	79	13	79	42	1	0	56	1.08
2481768--2481804	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2483108--2483146	16	2.4	16	82	0	51	30	0	0	69	0.89
2483122--2483190	12	5.4	14	70	19	51	43	0	0	56	0.99
2483128--2483193	25	2.7	24	83	4	78	45	0	0	54	0.99
2483144--2483192	12	4.0	12	80	19	57	48	0	0	51	1.00
2484303--2484340	16	2.4	16	82	8	51	63	0	2	34	1.09
2485316--2485363	20	2.4	20	82	0	60	56	0	0	43	0.99
2485387--2485434	20	2.5	20	76	10	55	47	0	0	52	1.00
2485847--2485891	17	2.6	16	83	13	54	57	0	0	42	0.98
2488692--2488732	15	2.6	16	84	7	57	53	0	0	46	1.00
2489652--2489781	14	9.9	14	69	15	73	41	2	2	53	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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