genome.fa.s48.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold48
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4619657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

This is table  19  of  27  ( 3212 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2797433--2797470	15	2.6	15	91	4	60	60	0	2	36	1.11
2797428--2797476	14	3.6	14	81	13	50	57	0	2	40	1.10
2797435--2797510	37	2.0	37	85	10	100	55	0	2	42	1.14
2797988--2798035	14	3.2	14	80	13	51	66	2	0	31	1.03
2803489--2803547	29	2.0	31	86	6	86	42	0	0	57	0.98
2803781--2803825	21	2.1	21	87	0	63	66	0	0	33	0.92
2806732--2806773	2	21.0	2	100	0	84	50	0	50	0	1.00
2808522--2808560	13	3.2	12	82	10	53	64	0	2	33	1.08
2816125--2816151	14	1.9	14	100	0	54	40	7	0	51	1.30
2816117--2816203	15	5.5	16	70	12	54	44	3	0	51	1.18
2816858--2817215	178	2.0	179	96	1	655	29	20	17	32	1.95
2817954--2817992	18	2.2	19	86	9	55	51	0	0	48	1.00
2817970--2818016	23	2.0	23	83	8	58	46	0	0	53	1.00
2820580--2820664	36	2.6	30	82	14	82	45	0	3	50	1.18
2820609--2820694	30	2.7	32	78	14	88	50	1	2	46	1.21
2821578--2821639	17	3.7	16	77	16	54	38	0	0	61	0.96
2821632--2821680	22	2.2	23	78	10	57	55	6	0	38	1.25
2821820--2821854	2	18.0	2	88	5	54	54	0	0	45	0.99
2822129--2822167	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2823186--2823216	4	7.8	4	92	0	53	48	3	0	48	1.17
2826067--2826115	21	2.3	20	82	10	53	71	0	6	22	1.08
2826679--2826713	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2828650--2828696	20	2.3	20	81	0	58	48	4	0	46	1.21
2834339--2834418	38	2.1	39	92	2	135	51	7	5	36	1.52
2835149--2835176	1	28.0	1	100	0	56	0	100	0	0	0.00
2840048--2840099	18	2.9	19	83	16	67	65	0	0	34	0.93
2840075--2840141	18	4.0	17	70	21	52	55	0	0	44	0.99
2840078--2840164	31	3.0	31	82	11	87	55	0	0	44	0.99
2840125--2840163	19	2.1	19	85	9	53	56	0	0	43	0.99
2842296--2842323	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2847556--2847613	15	3.9	15	77	6	64	67	3	0	29	1.07
2847556--2847612	14	3.9	14	79	9	60	66	3	0	29	1.08
2847943--2847994	2	27.0	2	84	7	72	48	1	1	48	1.24
2848553--2848589	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2849486--2849516	4	7.8	4	92	0	53	48	3	0	48	1.17
2853247--2853334	38	2.4	36	79	14	90	43	0	0	56	0.99
2855935--2855959	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2855887--2855999	48	2.4	48	93	0	190	39	15	2	42	1.60
2855943--2856026	41	2.1	41	97	2	161	40	19	0	40	1.51
2856804--2856841	20	1.9	20	94	0	67	47	0	0	52	1.00
2857236--2857262	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
2857988--2858033	9	5.4	9	80	15	53	8	34	0	56	1.30
2857998--2858026	15	1.9	15	100	0	58	6	37	0	55	1.27
2857988--2858040	24	2.2	25	83	10	74	7	35	0	56	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2865822--2865883	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
2868937--2868979	8	5.2	8	80	5	50	16	4	0	79	0.90
2870834--2870877	17	2.6	17	82	13	63	75	0	0	25	0.81
2870906--2870984	9	8.3	10	72	19	62	63	0	0	36	0.95
2870888--2870981	29	3.2	29	71	23	81	60	0	0	39	0.97
2878350--2878496	6	24.8	6	67	21	71	59	0	0	40	1.03
2878342--2878496	24	6.2	24	68	14	82	58	0	0	40	1.03
2878379--2878500	35	3.4	35	72	22	94	57	0	0	41	1.04
2878407--2878499	20	5.0	19	72	23	74	58	1	0	40	1.05
2878402--2878505	46	2.2	50	83	11	137	57	0	0	41	1.05
2879277--2879309	16	2.1	16	88	5	50	60	3	0	36	1.12
2879343--2879398	28	2.0	28	96	0	103	46	1	0	51	1.11
2879532--2879573	21	2.0	22	90	4	68	40	0	0	59	0.97
2879531--2879573	22	2.0	22	90	9	70	39	0	0	60	0.97
2880836--2880891	28	2.0	29	86	10	80	46	0	1	51	1.11
2881597--2881645	18	2.7	18	84	6	64	42	0	0	57	0.99
2887509--2887546	7	5.7	7	84	12	53	86	10	2	0	0.66
2887509--2887546	19	2.0	20	94	5	69	86	10	2	0	0.66
2887509--2887558	26	1.9	26	87	0	73	86	8	6	0	0.72
2888738--2888767	14	2.1	15	93	6	53	33	0	0	66	0.92
2888802--2888842	22	1.9	21	85	14	57	41	0	0	58	0.98
2889884--2889927	18	2.3	19	84	11	63	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2889893--2889930	18	2.1	18	95	0	67	52	0	0	47	1.00
2892987--2893023	2	18.5	2	94	0	65	51	0	2	45	1.15
2895038--2895070	17	1.9	17	100	0	66	30	0	3	66	1.06
2895040--2895078	17	2.3	17	86	0	51	30	2	5	61	1.31
2895442--2895466	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2895644--2895670	7	3.9	7	100	0	54	14	0	11	74	1.08
2897852--2897897	11	4.1	12	78	13	53	54	0	0	45	0.99
2898297--2898337	20	2.0	20	85	0	55	41	7	4	46	1.53
2900420--2900450	16	1.9	16	100	0	62	16	32	12	38	1.86
2902777--2902833	26	2.2	26	90	0	87	45	0	0	54	0.99
2903667--2903706	18	2.2	18	86	0	53	52	12	7	27	1.66
2915897--2915955	30	2.0	30	83	6	75	33	1	8	55	1.40
2918747--2918815	12	5.8	12	71	19	56	44	1	0	53	1.09
2918781--2918843	22	3.0	21	75	22	69	47	3	0	49	1.17
2919256--2919315	20	3.0	21	74	16	63	55	0	0	45	0.99
2919248--2919328	21	3.9	21	78	12	78	56	0	0	43	0.99
2919762--2919786	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2920803--2920873	21	3.2	21	81	14	90	64	0	0	35	0.94
2920803--2920873	11	6.5	11	73	10	65	64	0	0	35	0.94
2920803--2920873	24	3.2	23	78	18	80	64	0	0	35	0.94
2921387--2921450	20	3.0	20	72	19	51	60	1	0	37	1.06
2921368--2921537	36	4.6	38	71	15	101	59	1	0	39	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2921374--2921540	38	4.2	37	71	21	110	59	1	0	38	1.05
2921374--2921540	12	13.7	13	64	25	73	59	1	0	38	1.05
2922667--2922707	12	3.6	11	87	12	57	41	2	0	56	1.13
2922666--2922714	22	2.3	21	79	10	55	44	2	0	53	1.12
2923350--2923378	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
2924117--2924147	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
2927485--2927510	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2928905--2928930	13	2.0	13	100	0	52	46	0	38	15	1.46
2929693--2929720	14	2.0	14	100	0	56	42	14	14	28	1.84
2930913--2930947	18	2.0	18	94	5	63	42	11	28	17	1.83
2933886--2933937	27	2.0	26	88	3	77	44	0	0	55	0.99
2934709--2934747	16	2.2	19	86	13	57	30	5	0	64	1.15
2934954--2934983	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2935716--2935757	21	2.0	21	86	9	59	52	0	0	47	1.00
2936363--2936388	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2936341--2936430	31	2.9	31	77	19	82	57	1	0	41	1.06
2936578--2936611	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
2936775--2936831	15	3.7	16	79	13	66	35	0	1	63	1.05
2936778--2936828	14	3.4	15	81	13	61	33	0	1	64	1.05
2936977--2937031	13	3.9	14	73	17	51	49	0	3	47	1.19
2937003--2937055	17	3.2	17	76	23	60	56	0	0	43	0.99
2936974--2937058	32	2.7	32	83	8	104	51	0	2	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2937203--2937262	2	30.0	2	94	0	102	51	0	1	46	1.10
2937385--2937465	23	3.4	23	71	18	58	46	1	0	51	1.08
2939557--2939612	6	9.0	6	75	13	51	48	0	1	50	1.11
2939557--2939621	31	2.1	31	82	5	78	50	0	1	47	1.10
2941081--2941106	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2941617--2941657	12	3.6	12	83	6	50	70	0	0	29	0.87
2941692--2941758	15	4.5	15	70	18	50	52	1	1	44	1.19
2941958--2942007	20	2.5	21	78	12	61	52	0	0	48	1.00
2942011--2942044	13	2.7	13	86	4	52	61	0	0	38	0.96
2942033--2942075	21	2.0	21	81	4	50	58	2	0	39	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27