genome.fa.s48.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold48
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4619657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
726605--726668	33	1.9	33	87	0	92	39	1	7	51	1.40
726685--726726	16	2.6	17	81	11	52	42	0	4	52	1.22
726871--726905	16	2.2	17	85	15	56	20	0	0	80	0.72
726871--726902	10	3.1	11	91	8	50	18	0	0	81	0.70
731324--731367	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
732915--732980	18	3.7	17	74	13	62	42	1	1	54	1.18
733372--733409	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
733883--733916	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
734994--735033	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
737118--737189	37	1.9	37	88	0	108	47	0	2	50	1.15
737154--737187	14	2.3	15	85	5	52	47	0	2	50	1.16
740459--740501	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
741545--741582	16	2.3	17	86	9	60	47	0	2	50	1.15
741603--741629	11	2.5	11	100	0	54	37	0	0	62	0.95
743013--743053	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
753083--753137	20	2.7	20	83	11	58	52	1	0	45	1.11
756817--756867	21	2.5	20	78	15	59	58	1	0	39	1.09
756829--756867	21	2.0	21	90	10	64	61	2	0	35	1.10
757054--757100	20	2.3	20	86	13	69	44	0	0	55	0.99
757114--757171	26	2.3	26	87	3	82	56	0	1	41	1.09
757577--757654	10	8.0	10	67	16	56	37	0	0	62	0.95
757583--757659	18	4.2	17	77	11	64	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
757588--757655	20	3.4	20	83	15	79	36	0	0	63	0.95
758977--759021	20	2.1	22	88	8	67	60	0	0	40	0.97
759842--759881	21	1.9	21	94	0	71	42	15	22	20	1.88
762930--762984	25	2.2	24	81	9	67	49	0	3	47	1.19
764264--764317	24	2.2	25	84	12	76	35	0	1	62	1.06
764398--764423	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
764650--764708	29	2.0	29	87	6	84	44	6	0	49	1.29
767828--767885	18	3.2	18	76	9	64	27	17	17	37	1.92
768016--768052	18	2.1	18	89	0	56	10	10	27	51	1.70
768060--769463	99	14.5	99	73	12	359	22	23	18	36	1.95
768445--769392	186	5.0	188	80	9	942	22	22	18	37	1.95
768445--769653	285	4.2	286	76	10	1059	22	22	18	36	1.95
768840--768879	18	2.2	18	86	0	53	22	20	17	40	1.92
768462--769467	384	2.6	385	81	7	1167	22	22	18	36	1.95
769234--769506	99	2.8	98	78	5	289	21	21	18	38	1.94
771981--772097	57	2.0	58	95	1	209	41	17	19	21	1.91
774634--774674	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
776171--776207	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
777085--777135	22	2.4	21	81	15	61	54	0	0	45	0.99
777870--777909	19	2.0	20	95	4	73	62	0	0	37	0.95
777869--777913	16	2.5	17	83	16	56	62	0	0	37	0.96
777878--777923	19	2.5	19	85	3	58	63	2	0	34	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
779785--779841	26	2.2	26	81	9	73	42	12	12	33	1.80
782381--782423	17	2.5	17	80	0	50	37	0	2	60	1.10
782343--782416	15	5.2	15	70	16	50	36	1	2	59	1.20
782834--782867	18	1.9	17	94	5	59	58	2	0	38	1.13
782985--783021	13	2.9	12	85	14	56	56	0	2	40	1.13
783009--783048	20	2.0	21	95	5	73	40	0	2	57	1.12
783011--783068	18	3.0	19	85	7	64	37	0	1	60	1.07
783088--783143	23	2.5	24	77	16	57	60	5	1	32	1.29
783115--783224	8	12.1	9	64	22	52	59	1	0	39	1.08
783135--783187	14	3.9	14	75	9	56	54	0	0	45	0.99
783134--783220	16	5.6	16	70	20	69	58	0	0	41	0.98
783168--783230	19	3.3	18	77	16	65	63	0	0	36	0.95
783171--783240	19	3.8	18	70	22	56	60	1	0	38	1.06
783986--784025	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
784324--784387	25	2.5	27	78	19	75	32	0	0	67	0.91
785345--785384	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
791888--791922	18	1.9	18	88	0	52	54	0	0	45	0.99
792853--792909	30	1.9	30	92	0	96	66	5	5	22	1.32
794593--794660	29	2.3	28	82	9	82	44	1	8	45	1.44
794922--794947	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
794938--794970	15	2.1	16	88	5	50	72	0	3	24	0.98
795667--795709	17	2.5	16	82	14	50	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795682--795717	17	2.1	17	89	0	54	27	0	0	72	0.85
795734--795786	21	2.5	22	76	14	58	45	0	0	54	0.99
795990--796028	13	2.9	14	85	11	55	56	0	0	43	0.99
795989--796031	15	2.9	16	80	19	58	55	0	0	44	0.99
800102--800148	24	2.0	24	100	0	94	42	19	17	21	1.89
800166--800390	115	2.0	114	94	0	396	39	13	12	35	1.82
801743--801804	20	2.9	21	76	13	63	69	1	0	29	0.98
801769--801864	27	3.2	31	74	19	103	58	1	0	40	1.05
801769--801879	58	1.9	57	82	10	136	59	0	0	39	1.04
803033--803086	19	2.6	21	80	8	58	57	0	0	42	0.98
808790--808872	10	8.0	10	70	12	60	62	0	0	37	0.95
808790--808862	18	4.3	18	78	11	75	63	0	0	36	0.95
808805--808875	19	3.9	18	80	16	69	59	0	0	40	0.98
808805--808903	20	5.1	19	70	22	73	57	0	3	39	1.14
808789--808873	44	2.0	43	88	6	127	61	0	0	38	0.96
809047--809099	3	17.7	3	84	7	72	28	3	1	66	1.20
809727--809761	18	2.0	17	94	5	61	68	2	0	28	1.04
809980--810028	13	3.7	13	81	5	53	69	2	0	28	1.00
809978--810028	6	8.0	6	77	18	50	66	1	0	31	1.03
810121--810164	6	7.0	6	80	10	52	77	2	0	20	0.88
810107--810168	26	2.4	26	76	10	72	70	1	0	27	0.96
810105--810166	20	3.1	19	81	13	63	70	1	0	27	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810105--810167	14	4.8	13	76	9	56	71	1	0	26	0.95
810122--810167	12	3.5	13	82	8	58	78	2	0	19	0.86
810300--810359	26	2.3	27	80	11	72	48	3	1	46	1.28
811271--811329	23	2.5	23	81	8	66	69	5	0	25	1.09
811325--811364	19	2.1	19	85	0	53	62	0	0	37	0.95
811370--811414	23	2.0	23	90	0	72	68	0	2	28	1.01
812475--812552	40	2.0	40	89	0	120	62	1	8	26	1.32
812872--812946	3	24.7	3	77	17	59	66	2	2	28	1.18
813082--813121	15	2.5	16	88	8	55	57	0	0	42	0.98
813082--813124	16	2.6	17	85	10	63	55	0	0	44	0.99
813157--813192	18	2.1	17	89	5	54	55	2	0	41	1.14
813638--813675	15	2.5	15	86	0	58	0	15	0	84	0.63
814050--814099	10	4.5	11	75	20	50	68	2	2	28	1.12
814081--814119	21	1.9	20	89	5	60	64	0	5	30	1.15
814080--814130	26	2.0	26	88	7	77	64	0	3	31	1.11
814055--814127	37	2.0	37	83	5	94	67	1	4	27	1.17
814211--814246	18	1.9	19	88	5	56	5	22	0	72	1.05
814431--814467	18	2.1	17	90	5	56	56	2	8	32	1.43
814582--814644	4	15.8	4	80	9	58	0	25	0	74	0.82
814571--814617	8	5.8	8	85	5	58	0	17	0	82	0.66
814924--815022	40	2.5	41	74	12	100	61	2	0	36	1.07
814924--814995	8	8.8	8	71	17	58	59	1	0	38	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814924--814995	15	4.9	15	73	19	62	59	1	0	38	1.06
814965--815007	21	2.0	22	86	4	61	60	0	0	39	0.97
824513--824551	2	19.5	2	89	0	60	46	0	5	48	1.24
826429--826454	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
830146--830192	21	2.3	21	85	10	62	57	0	0	42	0.98
831044--831083	19	2.1	19	86	9	55	30	2	7	60	1.38
831671--831757	44	2.0	44	93	0	147	42	8	6	42	1.61
833137--833169	3	11.0	3	93	0	57	30	0	0	69	0.88
834413--834463	22	2.3	22	93	0	84	35	33	9	21	1.86
840908--840938	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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