genome.fa.s48.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold48
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4619657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151842--152425	55	10.6	55	87	2	737	29	15	30	24	1.96
153468--153511	1	44.0	1	86	0	52	0	0	9	90	0.44
153466--153507	10	4.0	11	87	9	61	0	0	14	85	0.59
153469--153509	21	2.0	21	95	0	73	0	0	9	90	0.46
153470--153508	20	2.0	20	94	0	69	0	0	10	89	0.48
153467--153510	11	4.0	11	88	8	63	0	0	11	88	0.51
153793--153838	23	2.0	23	86	4	65	4	13	15	67	1.38
156783--156808	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
157515--157558	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
163289--163333	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
165551--165576	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
165636--165690	20	2.8	20	88	5	76	29	12	16	41	1.85
170720--170794	20	3.8	20	76	0	87	42	10	12	34	1.77
172911--172949	15	2.5	16	87	4	53	43	23	28	5	1.75
173293--173653	88	4.1	86	76	10	302	40	12	14	32	1.83
173287--173653	175	2.1	175	81	6	422	40	12	13	32	1.83
177039--177083	15	3.1	14	87	9	56	84	6	4	4	0.87
177541--177577	18	2.0	19	89	5	58	62	0	0	37	0.96
177588--177631	20	2.5	17	85	14	54	61	2	0	36	1.09
180050--180079	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
181814--181861	25	1.9	25	82	0	60	64	8	6	20	1.43
182691--182721	15	2.1	15	93	0	53	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
183171--183221	24	2.1	24	82	7	59	45	1	3	49	1.32
183990--184016	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
184074--184152	20	4.2	18	72	24	65	40	0	2	56	1.12
187420--187445	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
190582--190617	17	2.1	17	89	0	54	63	0	0	36	0.94
193519--193774	100	2.6	100	86	1	334	35	18	16	30	1.93
193519--193774	50	5.1	50	87	1	298	35	18	16	30	1.93
198134--198332	50	4.1	49	80	7	194	34	19	18	28	1.95
199382--199437	24	2.3	24	78	9	60	46	1	0	51	1.11
199478--199511	17	1.9	18	88	5	52	44	5	2	47	1.42
200255--200284	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
202037--202069	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
203474--203514	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
205518--205551	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
205925--205954	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
205967--206019	26	2.1	26	82	10	65	43	0	0	56	0.99
206848--206896	19	2.4	21	80	10	57	44	0	0	55	0.99
207183--207270	23	3.7	23	75	12	79	29	3	3	63	1.27
207230--207266	12	3.2	12	84	7	58	29	0	0	70	0.88
207561--207609	22	2.2	22	88	0	71	24	4	0	71	1.03
208035--208139	20	5.7	19	65	27	57	37	0	1	60	1.15
208097--208187	17	5.5	17	69	11	64	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208100--208184	28	2.5	36	71	26	87	41	0	0	58	0.98
208427--208531	32	3.3	30	79	11	95	49	1	1	46	1.23
208584--208625	14	2.9	15	79	10	52	40	0	0	59	0.97
208584--208637	28	2.0	28	85	10	76	40	1	0	57	1.09
208769--208812	24	1.9	22	90	9	70	43	2	0	54	1.12
208825--208880	27	2.1	26	90	3	85	35	3	0	60	1.14
210504--210568	27	2.4	26	80	12	69	53	0	0	46	1.00
210690--210761	24	3.0	24	84	11	87	54	5	0	40	1.24
210690--210757	23	2.9	23	85	10	84	55	5	0	38	1.24
210697--210761	25	2.7	23	77	13	69	56	4	0	38	1.20
212249--212306	19	3.0	18	80	14	55	51	3	3	41	1.35
213646--213678	16	2.0	17	88	5	50	39	6	3	51	1.42
215026--215057	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
215897--215953	26	2.3	23	77	16	62	57	1	0	40	1.09
217316--217352	7	5.3	7	100	0	74	29	13	27	29	1.94
217792--217916	59	2.1	58	83	5	162	43	0	4	52	1.26
217902--217959	29	2.1	28	84	12	75	41	0	0	58	0.98
219085--219173	36	2.3	39	76	21	98	44	0	0	55	0.99
219144--219193	18	2.6	19	75	6	57	54	0	2	44	1.11
219114--219193	36	2.2	36	82	13	92	51	0	1	47	1.08
221451--221502	19	2.7	19	77	8	61	44	3	0	51	1.19
221576--221649	24	3.0	24	70	20	64	18	2	0	78	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221597--221626	8	3.8	8	100	0	60	20	0	0	80	0.72
221588--221651	16	4.1	15	73	16	58	20	3	0	76	0.92
223211--223235	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
224066--224118	19	2.8	20	77	5	56	56	0	3	39	1.17
224245--224286	14	3.0	14	79	6	50	59	4	0	35	1.19
224808--224859	14	3.6	14	75	12	52	63	0	1	34	1.06
225765--225791	6	4.5	6	100	0	54	33	29	0	37	1.58
225928--225967	7	6.1	7	80	16	50	12	2	0	85	0.71
226590--226628	20	1.9	21	85	15	55	64	0	0	35	0.94
226621--226657	13	2.9	13	80	19	51	54	0	0	45	1.00
226677--226702	6	4.3	6	100	0	52	38	0	0	61	0.96
229001--229039	20	1.9	21	84	5	53	35	7	2	53	1.43
229336--229376	20	2.2	19	91	8	66	56	0	2	41	1.13
230268--230350	24	3.5	23	73	14	71	45	1	3	49	1.27
230273--230355	22	3.6	24	74	17	79	44	1	3	50	1.27
232702--232798	32	2.9	31	73	18	88	36	17	10	36	1.84
233232--233291	14	4.0	14	71	23	50	38	8	23	30	1.84
233205--233355	46	3.0	52	74	14	181	36	13	19	30	1.90
233382--233406	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
233907--233961	19	2.8	19	81	8	58	38	0	1	60	1.08
235322--235361	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00
240674--240831	31	5.0	30	70	20	99	39	0	1	59	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240674--240738	20	3.1	22	69	22	59	41	0	0	58	0.98
240726--240756	16	1.9	16	93	0	53	29	0	3	67	1.06
240729--240782	12	4.7	12	78	15	60	29	0	1	68	1.00
240708--240780	23	3.2	23	76	16	71	30	0	1	68	0.98
240752--240809	16	3.6	16	73	19	57	34	0	0	65	0.93
240728--240805	20	4.4	18	75	15	65	34	0	1	64	1.02
240899--241008	54	2.0	54	100	0	220	30	22	21	25	1.99
244170--244208	6	6.5	6	82	11	53	35	0	0	64	0.94
246275--246325	23	2.2	23	82	10	59	41	1	13	43	1.55
255623--255678	14	4.1	14	75	15	64	57	3	0	39	1.16
255608--255648	20	2.0	20	100	0	82	60	0	0	39	0.96
255601--255680	25	3.4	25	83	13	107	57	2	0	40	1.12
258646--258697	25	2.1	24	82	10	61	57	0	0	42	0.98
259157--259198	12	3.2	13	86	10	59	69	2	0	28	1.01
259772--259805	15	2.3	15	89	0	50	58	2	5	32	1.37
260195--260252	10	6.4	10	72	22	56	39	0	0	60	0.97
260204--260237	14	2.4	14	90	0	50	41	0	0	58	0.98
261346--261399	17	3.1	16	84	10	54	27	7	0	64	1.20
263452--263618	86	2.0	85	91	4	277	49	5	14	31	1.66
264564--264592	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
280162--280214	16	3.2	16	81	10	54	33	1	7	56	1.38
280229--280283	16	3.5	15	80	7	65	43	5	7	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284125--284162	18	2.1	18	100	0	76	15	10	23	50	1.75
285904--285956	20	2.6	21	76	5	56	49	0	0	50	1.00
286479--286552	27	2.8	27	75	18	75	44	0	0	55	0.99
286483--286522	20	2.0	20	85	0	53	52	0	0	47	1.00
286831--286861	11	2.8	11	90	0	53	9	6	0	83	0.79
289857--289897	20	2.0	22	90	9	68	46	0	0	53	1.00
289858--289904	19	2.3	21	85	10	62	51	0	0	48	1.00
289857--289907	21	2.4	22	81	15	63	49	0	0	50	1.00
290178--290202	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
292246--292294	16	2.9	18	70	14	50	36	0	0	63	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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