genome.fa.s48.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold48
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4619657

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2489712--2489781	26	2.7	26	80	8	88	38	2	2	55	1.29
2489712--2489812	52	1.9	53	86	6	143	40	2	2	53	1.31
2489654--2489853	92	2.2	91	94	1	348	40	2	3	54	1.29
2489751--2489860	39	2.9	37	78	15	109	39	2	3	54	1.32
2489987--2490031	21	2.0	22	83	8	56	53	0	0	46	1.00
2497738--2497766	15	2.0	15	93	6	51	0	34	0	65	0.93
2498306--2498374	28	2.7	26	75	16	72	46	0	0	53	1.00
2498312--2498377	33	2.2	28	79	15	71	46	0	0	53	1.00
2498353--2498399	15	3.2	15	72	6	51	53	0	0	46	1.00
2504324--2504391	34	2.0	34	83	11	86	45	1	2	50	1.26
2504601--2504660	24	2.5	24	77	0	66	50	0	0	50	1.00
2509153--2509188	4	9.0	4	87	0	54	0	30	0	69	0.89
2512685--2512740	2	30.5	2	75	22	52	51	0	1	46	1.11
2518643--2518689	22	2.1	22	100	0	94	19	17	8	55	1.67
2518957--2519016	29	2.1	30	84	12	81	41	0	1	56	1.09
2520046--2520100	19	3.1	17	82	10	58	45	0	1	52	1.11
2520879--2520911	2	17.0	2	90	6	50	54	0	0	45	0.99
2525805--2525842	15	2.5	15	91	0	58	47	0	2	50	1.15
2525824--2525893	23	3.0	24	79	4	65	62	0	0	37	0.95
2525832--2525897	29	2.3	27	78	17	71	63	0	0	36	0.95
2525833--2525918	38	2.3	36	75	18	86	60	1	0	38	1.04
2525938--2525966	14	2.1	14	93	6	51	68	0	0	31	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2532035--2532098	24	2.7	24	81	16	71	35	0	1	62	1.05
2533170--2533209	21	1.9	21	90	10	64	42	2	2	52	1.28
2533195--2533234	17	2.5	17	84	15	50	42	0	0	57	0.98
2533204--2533305	39	2.7	38	78	3	98	54	0	0	45	0.99
2533192--2533281	45	2.0	44	81	10	103	53	0	0	46	1.00
2533881--2533941	27	2.3	26	81	13	63	54	1	0	44	1.10
2535260--2535305	21	2.2	20	85	14	58	54	0	0	45	0.99
2536179--2536219	20	2.0	20	86	9	57	36	0	0	63	0.95
2536676--2536723	17	2.7	19	78	15	57	62	0	0	37	0.95
2537806--2537936	44	3.1	41	73	18	117	57	0	1	40	1.13
2537829--2537911	23	3.7	24	70	20	54	57	1	1	39	1.14
2537893--2537974	27	3.4	26	73	26	90	52	0	0	47	1.00
2537905--2537975	22	3.3	20	72	27	65	53	0	0	46	1.00
2537860--2537962	33	3.1	33	77	15	88	54	0	0	44	1.06
2537882--2537976	23	4.1	23	74	22	67	54	0	0	45	0.99
2539589--2539644	29	2.1	25	87	12	76	57	0	0	42	0.99
2543546--2543584	20	2.0	19	85	5	51	30	0	0	69	0.89
2544172--2544210	19	2.0	19	85	5	51	66	0	0	33	0.92
2544154--2544204	24	2.0	24	85	7	66	62	0	0	37	0.95
2544495--2544532	19	2.0	19	89	0	58	36	0	0	63	0.95
2545234--2545326	27	3.4	29	78	14	99	61	3	0	35	1.12
2545297--2545333	17	2.1	19	90	10	60	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2545396--2545433	16	2.4	16	91	4	60	57	0	0	42	0.98
2545365--2545420	23	2.3	24	81	9	69	55	0	1	42	1.10
2546216--2546252	13	2.9	14	84	15	53	45	0	0	54	1.00
2546216--2546261	13	3.8	12	81	16	51	45	0	2	52	1.13
2546225--2546300	30	2.5	31	77	12	77	44	0	1	53	1.08
2551090--2551157	30	2.4	29	85	7	86	45	1	0	52	1.09
2552475--2552528	28	2.0	26	82	10	63	59	1	0	38	1.08
2552490--2552595	33	3.2	34	71	15	96	62	0	0	37	0.96
2552556--2552634	8	8.8	9	74	20	60	63	0	0	36	0.95
2552490--2552633	11	13.0	11	66	22	70	61	0	0	38	0.96
2552484--2552622	8	18.1	8	70	18	66	60	0	0	39	0.97
2552952--2553055	12	8.3	13	66	25	55	52	0	0	47	1.00
2552996--2553040	13	3.4	14	78	9	58	57	0	0	42	0.98
2552998--2553055	27	2.1	27	87	12	84	55	0	0	44	0.99
2552995--2553049	14	3.9	14	72	27	53	56	0	0	43	0.99
2554845--2554906	29	2.1	29	82	11	74	37	0	3	59	1.13
2555594--2555638	12	3.5	13	79	14	58	46	0	0	53	1.00
2563966--2563990	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2564086--2564124	19	2.0	20	90	5	62	53	2	0	43	1.14
2569539--2569602	7	9.6	7	83	8	62	43	0	0	56	0.99
2569909--2569964	25	2.2	25	81	6	60	48	3	3	44	1.37
2572262--2572310	10	4.6	10	76	14	53	63	4	0	32	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2572489--2572527	20	2.0	20	84	0	51	56	0	0	43	0.99
2573275--2573314	19	2.2	18	90	4	62	50	0	5	45	1.23
2574054--2574083	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2574183--2574211	13	2.1	14	93	6	51	55	0	0	44	0.99
2576833--2576867	2	17.5	2	93	0	61	51	2	0	45	1.16
2576833--2576875	18	2.4	18	96	0	77	51	6	0	41	1.29
2576833--2576875	10	4.3	10	87	0	59	51	6	0	41	1.29
2577226--2577269	24	1.9	24	86	9	65	40	0	0	59	0.98
2577305--2577395	16	5.6	18	68	26	60	41	0	0	58	0.98
2577337--2577370	17	2.1	16	88	5	50	44	0	0	55	0.99
2577363--2577443	32	2.5	33	80	4	94	41	0	0	58	0.98
2577370--2577455	28	3.1	28	71	18	72	37	0	0	62	0.95
2578003--2578058	23	2.4	23	81	3	58	48	1	0	50	1.11
2577993--2578055	14	4.8	13	73	15	58	44	1	1	52	1.20
2578176--2578245	32	2.1	33	82	15	81	52	1	0	45	1.09
2582379--2582411	12	2.7	12	95	4	57	63	0	3	33	1.10
2582567--2582623	21	2.6	21	77	5	60	40	0	12	47	1.41
2584046--2584091	24	1.9	24	95	0	83	28	4	17	50	1.65
2584082--2584263	34	5.4	33	73	10	161	30	4	21	43	1.72
2584076--2584273	68	2.9	68	84	5	249	28	4	22	44	1.72
2584071--2584263	102	1.9	102	86	2	280	29	4	21	44	1.72
2586386--2586460	31	2.3	33	84	6	91	49	1	1	48	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2586979--2587044	22	3.1	20	77	14	69	46	0	0	53	1.00
2587008--2587056	19	2.4	21	86	10	66	51	0	0	48	1.00
2590431--2590474	22	2.0	22	82	13	54	54	2	2	40	1.25
2590578--2590619	22	1.9	23	85	9	61	57	0	0	42	0.99
2590871--2590908	19	1.9	19	89	5	58	60	0	0	39	0.97
2591046--2591100	24	2.3	24	81	6	67	41	0	5	52	1.24
2591414--2591467	26	2.0	26	89	10	83	59	0	0	40	0.98
2591655--2591717	30	2.1	30	85	11	85	42	0	1	55	1.09
2591668--2591717	16	3.1	17	77	13	61	46	0	0	54	1.00
2591668--2591726	16	3.8	15	76	10	57	49	0	0	50	1.00
2592164--2592194	12	2.6	12	100	0	62	51	6	6	35	1.53
2592401--2592426	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
2592606--2592671	22	3.1	20	77	14	69	46	0	0	53	1.00
2592635--2592683	19	2.4	21	86	10	66	51	0	0	48	1.00
2592886--2592930	2	23.0	2	82	13	58	48	2	2	46	1.26
2592867--2592930	19	3.4	20	81	14	66	45	3	3	48	1.34
2593188--2593216	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2594770--2594802	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
2595850--2595942	23	4.2	21	75	14	73	46	0	0	53	1.00
2595840--2595931	43	2.1	46	82	13	115	43	0	0	56	0.99
2595908--2595974	30	2.2	29	82	12	82	55	0	0	44	0.99
2595904--2595953	23	2.2	23	82	7	57	54	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2596537--2596574	20	1.9	20	88	0	58	34	0	0	65	0.93
2596538--2596589	27	1.9	27	84	7	70	34	1	0	63	1.06
2605267--2605366	39	2.6	40	72	15	93	49	0	2	49	1.12
2606005--2606030	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2606622--2606656	2	17.0	2	88	5	52	48	5	0	45	1.26
2606622--2606660	8	4.8	9	82	17	50	46	7	0	46	1.31
2606709--2606770	34	1.9	31	84	12	81	33	3	8	54	1.46
2607125--2607168	21	2.0	22	82	4	54	43	2	0	54	1.12
2607535--2607586	26	2.0	27	85	11	72	63	1	0	34	1.06
2607583--2607682	26	3.6	27	79	14	107	55	1	0	44	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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