genome.fa.s498.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold498
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1804022

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1642650--1642683	11	3.2	11	87	4	52	26	0	2	70	1.01
1643209--1643302	37	2.4	39	81	13	113	48	10	1	39	1.45
1643651--1643695	21	2.3	19	88	7	63	46	0	2	51	1.13
1643872--1643936	22	2.9	21	75	18	60	63	0	0	36	0.95
1643874--1643940	25	2.7	26	79	4	75	62	0	0	37	0.95
1643882--1643939	24	2.5	24	77	11	66	67	0	0	32	0.91
1644771--1644813	20	2.1	21	83	12	54	60	0	4	34	1.17
1644783--1644934	66	2.3	64	78	13	175	55	1	1	40	1.19
1648467--1648543	20	3.8	20	86	6	111	40	11	15	32	1.84
1649677--1649760	32	2.6	32	88	0	114	35	13	13	38	1.83
1649710--1649734	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1649781--1649861	21	3.9	21	98	0	153	41	13	9	34	1.78
1649881--1650010	52	2.5	52	93	1	233	36	17	18	27	1.94
1653724--1653815	40	2.3	40	94	0	157	34	35	19	9	1.85
1657184--1657232	20	2.5	20	81	15	57	61	2	8	28	1.36
1657730--1657768	16	2.4	16	82	4	51	58	0	0	41	0.98
1658580--1658652	22	3.4	21	74	18	62	47	2	0	49	1.15
1659533--1659609	28	2.8	29	76	7	79	72	5	0	22	1.04
1660823--1660882	28	2.1	28	84	9	86	43	0	0	56	0.99
1660928--1661132	96	2.1	98	82	8	256	37	5	5	51	1.49
1662264--1662305	21	2.0	21	86	9	59	38	0	0	61	0.96
1662256--1662313	29	2.0	28	83	6	71	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1663464--1663516	21	2.6	20	75	21	56	49	0	1	49	1.12
1663803--1663847	14	3.2	14	77	0	54	46	0	6	46	1.29
1663829--1663869	20	2.2	20	86	8	59	63	0	2	34	1.08
1669121--1669179	25	2.3	25	77	11	66	35	1	0	62	1.05
1669180--1669237	25	2.4	25	86	11	77	62	1	0	36	1.06
1670333--1670371	18	2.2	19	86	9	55	48	0	0	51	1.00
1670336--1670390	22	2.5	23	80	8	62	52	0	0	47	1.00
1670770--1670811	21	2.0	21	86	4	59	16	2	0	80	0.81
1672124--1672161	13	2.9	13	84	11	51	42	0	5	52	1.24
1672139--1672178	19	2.1	19	90	0	62	35	0	0	65	0.93
1673738--1673768	15	2.1	14	94	5	53	48	3	0	48	1.17
1673893--1673935	22	2.0	22	95	4	79	60	0	0	39	0.97
1674294--1674349	14	4.0	14	78	0	58	62	1	0	35	1.06
1674286--1674336	19	2.6	19	87	3	66	62	0	1	35	1.06
1674278--1674352	23	3.4	23	82	10	77	58	1	1	38	1.15
1674347--1674431	18	3.9	21	76	19	68	41	0	1	57	1.06
1674343--1674400	23	2.4	25	78	18	70	41	0	1	56	1.09
1675922--1675981	27	2.1	27	84	9	75	55	0	0	45	0.99
1676019--1676066	23	2.1	24	84	7	64	50	2	0	47	1.12
1677530--1677557	4	7.0	4	100	0	56	25	50	25	0	1.50
1677623--1677698	18	4.0	18	70	16	64	51	1	0	47	1.09
1678107--1678195	14	6.5	13	71	21	58	61	0	1	37	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1678125--1678222	28	3.5	27	72	13	83	61	0	0	38	0.96
1678162--1678202	18	2.3	18	88	12	59	63	0	0	36	0.95
1678162--1678216	17	3.2	17	80	14	60	61	0	0	38	0.96
1678211--1678259	25	1.9	26	91	4	82	57	0	0	42	0.99
1678188--1678259	16	4.6	16	69	20	62	58	0	0	41	0.98
1678167--1678259	47	2.0	48	83	10	120	58	0	0	41	0.98
1680514--1680549	3	12.0	3	100	0	72	0	33	0	66	0.92
1684521--1684550	13	2.4	13	94	5	53	0	0	86	13	0.57
1687032--1687066	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
1687268--1687299	13	2.4	13	94	5	55	34	9	0	56	1.32
1687494--1687536	21	2.0	21	81	0	50	41	2	4	51	1.35
1689165--1689200	13	2.7	13	91	4	54	86	0	13	0	0.58
1691904--1691944	12	3.2	13	80	16	50	63	0	0	36	0.95
1701626--1701668	23	1.9	23	85	4	61	27	13	20	37	1.91
1701993--1702069	26	2.9	27	75	15	79	41	1	0	57	1.07
1702010--1702051	18	2.2	18	87	12	57	33	0	0	66	0.92
1702144--1702216	20	3.7	19	69	18	51	46	0	1	52	1.09
1703660--1703764	22	4.1	27	67	23	66	42	1	0	55	1.11
1707222--1707249	6	4.7	6	100	0	56	0	46	0	53	1.00
1710154--1710204	2	25.5	2	95	0	93	0	50	0	49	1.00
1710912--1710978	34	1.9	36	84	6	93	68	2	1	26	1.12
1711501--1711562	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1714736--1714810	21	3.5	21	80	10	80	49	0	12	38	1.40
1716054--1716104	17	2.9	17	85	5	57	47	0	0	52	1.00
1717933--1717984	20	2.4	21	78	18	54	57	1	0	40	1.10
1717929--1717970	20	2.2	20	87	12	61	52	0	0	47	1.00
1717939--1717979	20	2.0	20	86	9	57	56	2	0	41	1.13
1717954--1718024	21	3.4	22	78	17	64	56	2	0	40	1.14
1718594--1718753	80	2.0	80	95	0	284	41	8	3	46	1.53
1718914--1718971	26	2.1	28	81	15	68	46	6	0	46	1.29
1718974--1719058	31	2.7	30	75	21	77	43	3	0	52	1.18
1718976--1719058	32	2.6	30	75	20	80	43	3	0	53	1.18
1719341--1719434	5	19.0	5	71	22	56	65	0	1	32	0.99
1719341--1719449	35	3.2	34	78	13	109	64	0	0	34	1.00
1719349--1719410	18	3.4	18	78	14	74	67	0	0	32	0.91
1719345--1719483	25	5.3	27	72	16	91	63	0	0	35	1.05
1719807--1719834	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1721880--1721938	29	2.1	28	87	3	82	37	0	1	61	1.07
1721894--1721937	16	2.8	16	86	10	63	43	0	2	54	1.12
1721892--1721939	13	3.4	14	81	18	55	43	0	2	54	1.12
1724290--1724333	20	2.1	22	84	12	58	40	6	0	52	1.28
1726219--1726539	159	2.0	159	95	0	572	42	11	9	36	1.75
1726989--1727018	14	2.1	14	93	0	51	43	10	0	46	1.37
1727801--1727848	16	3.1	16	80	17	57	33	0	2	64	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1728702--1728744	17	2.6	17	82	7	54	51	4	0	44	1.22
1729517--1729569	17	2.8	20	76	23	62	66	0	0	33	0.92
1729919--1729954	14	2.4	15	90	9	56	47	2	0	50	1.15
1731155--1731183	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
1731235--1731265	12	2.6	12	94	0	53	0	38	0	61	0.96
1732687--1732737	24	2.2	23	82	3	57	25	9	11	52	1.68
1738727--1738760	18	1.9	18	88	5	52	17	8	0	73	1.08
1739638--1739738	48	2.1	48	80	10	109	11	16	26	44	1.83
1739700--1739736	16	2.3	16	90	0	56	18	21	24	35	1.96
1739707--1739763	16	3.6	16	88	4	71	15	22	21	40	1.91
1739724--1739784	32	1.9	32	83	12	81	13	19	22	44	1.85
1739954--1739992	20	2.0	20	85	10	53	41	2	2	53	1.28
1741121--1741163	22	2.0	22	90	9	70	6	9	30	53	1.59
1741778--1741818	13	3.2	13	89	0	55	51	0	4	43	1.23
1742149--1742225	18	4.4	17	78	18	86	49	0	0	50	1.00
1742191--1742242	16	2.9	18	81	16	56	53	0	0	46	1.00
1742325--1742371	17	2.8	17	78	18	53	55	0	0	44	0.99
1742338--1742371	17	2.0	18	88	11	54	55	0	0	44	0.99
1743062--1743111	18	2.8	18	82	14	59	52	2	0	46	1.12
1743052--1743111	19	3.2	19	81	11	61	48	1	0	50	1.11
1745395--1745426	4	8.0	4	92	0	55	21	0	0	78	0.76
1751128--1751169	22	2.0	22	85	4	59	52	4	0	42	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1754849--1754964	51	2.3	51	82	8	137	35	4	25	34	1.76
1754899--1755557	79	8.4	77	79	6	622	35	11	23	29	1.90
1754899--1755557	157	4.2	157	81	3	662	35	11	23	29	1.90
1754899--1755579	236	2.9	234	79	6	712	36	11	23	29	1.89
1757261--1757316	20	2.7	20	86	5	76	44	8	14	32	1.76
1757939--1758468	61	8.6	61	77	7	518	29	17	26	25	1.97
1758009--1758468	120	3.8	119	80	6	482	29	17	26	25	1.98
1759451--1759499	21	2.2	23	89	7	75	6	2	6	85	0.80
1759451--1759510	27	2.3	25	85	5	75	6	1	6	85	0.82
1759439--1759510	21	3.5	20	78	17	67	5	4	5	84	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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