genome.fa.s498.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold498
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1804022

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92585--92678	32	2.8	33	84	10	104	55	0	0	44	0.99
92621--92688	17	3.9	19	71	28	62	54	0	0	45	0.99
92586--92681	27	3.3	28	72	22	81	55	0	0	44	0.99
92634--92745	18	6.4	17	68	24	56	57	0	0	41	1.05
92597--92751	27	5.6	27	70	25	85	58	0	0	41	1.03
93686--93721	19	1.9	19	88	5	56	33	0	0	66	0.92
93693--93746	20	2.6	19	77	13	54	35	1	0	62	1.06
93696--93777	16	5.0	16	68	19	53	36	2	0	60	1.10
93848--93880	13	2.3	15	90	10	52	54	0	0	45	0.99
93984--94048	15	4.1	17	73	24	54	41	0	1	56	1.08
93993--94057	33	2.0	32	85	11	87	41	0	3	55	1.15
94079--94122	21	2.1	21	83	8	54	40	2	2	54	1.25
94099--94153	16	3.4	16	71	16	51	38	3	0	58	1.16
94713--94741	3	10.0	3	92	7	51	34	0	0	65	0.93
94797--94832	5	7.6	5	93	6	58	19	0	0	80	0.71
94796--94832	18	2.0	18	94	5	65	21	0	0	78	0.75
94796--94843	23	2.1	23	88	7	71	20	2	2	75	1.02
95005--95051	21	2.3	20	78	10	51	40	0	0	59	0.97
95012--95077	27	2.4	27	76	14	73	40	0	0	59	0.98
99423--99468	24	1.9	24	86	8	67	54	0	0	45	0.99
99419--99510	39	2.3	40	77	22	97	51	1	0	47	1.07
99422--99529	39	2.8	37	76	19	96	52	0	0	46	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99825--99854	6	5.0	6	91	0	51	46	16	33	3	1.64
100395--100439	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
100689--100742	27	2.0	27	85	7	74	42	1	0	55	1.10
103428--103452	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
104486--104552	33	2.0	33	85	5	91	43	5	8	41	1.60
104921--104965	23	2.0	23	82	8	56	68	4	4	22	1.25
108530--108598	24	2.9	24	75	12	63	37	2	0	59	1.12
109606--109656	26	1.9	27	88	4	77	50	0	1	47	1.12
109803--109837	7	4.9	7	93	6	61	57	2	0	40	1.14
109803--109837	15	2.4	15	95	4	63	57	2	0	40	1.14
112201--112250	22	2.3	22	82	6	66	48	0	0	52	1.00
112243--112290	18	2.7	17	81	12	53	56	0	2	41	1.11
112860--112886	14	1.9	14	100	0	54	81	7	3	7	0.97
118299--118412	30	3.7	30	70	15	72	45	0	1	52	1.11
118362--118426	34	1.9	34	87	9	98	47	0	0	52	1.00
122984--123032	2	24.5	2	95	0	89	51	2	0	46	1.12
128022--128068	24	1.9	25	83	12	62	42	0	2	55	1.12
128055--128092	17	2.2	18	85	4	51	31	0	0	68	0.90
128282--128325	23	1.9	23	81	9	54	52	0	2	45	1.13
128329--128371	21	2.0	21	81	0	50	55	0	0	44	0.99
128303--128365	15	3.9	15	75	20	56	53	0	3	42	1.16
128299--128381	17	4.9	16	72	18	53	53	0	2	44	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130160--130203	22	2.0	22	82	8	54	43	0	2	54	1.12
133471--133567	41	2.5	38	79	14	99	46	1	1	51	1.14
133470--133570	40	2.6	37	77	18	98	45	0	0	52	1.14
134606--134645	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
137956--138025	8	8.9	8	79	3	70	7	32	0	60	1.24
137951--138025	16	4.8	16	81	3	89	6	34	0	58	1.24
137951--138024	24	3.1	24	96	1	132	5	35	0	59	1.20
140119--140272	81	1.9	79	85	5	211	37	13	9	40	1.77
141871--141905	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
142616--142696	28	2.9	27	78	12	92	23	7	22	46	1.76
142616--142686	27	2.6	27	86	6	90	23	7	22	46	1.76
147188--147277	28	3.4	27	81	14	107	26	7	20	45	1.78
148680--148720	17	2.3	19	87	8	59	48	0	0	51	1.00
148717--148756	21	1.9	21	90	10	64	60	0	0	40	0.97
148898--148953	17	3.1	17	82	7	67	60	0	1	37	1.07
149330--149388	20	2.8	21	75	12	59	38	0	1	59	1.08
149390--149441	27	2.0	27	85	11	72	48	0	0	51	1.00
149743--149786	23	1.9	23	86	9	63	45	0	0	54	0.99
150457--150490	17	2.1	17	88	5	52	58	0	2	38	1.13
152257--152288	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
153263--153307	17	2.6	17	82	0	63	57	2	2	37	1.23
155099--155125	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156521--156569	2	24.5	2	95	0	89	48	0	2	48	1.12
156918--156959	20	2.0	21	86	4	59	47	0	7	45	1.30
159715--159752	19	2.0	20	94	5	69	23	0	0	76	0.79
161909--162041	19	7.2	17	67	27	60	41	1	0	57	1.08
161912--162025	19	6.2	19	73	19	82	38	1	0	59	1.08
162009--162046	20	1.9	20	84	10	51	47	2	0	50	1.15
164023--164083	25	2.4	27	84	13	85	49	0	0	50	1.00
165885--165952	27	2.4	29	80	11	88	54	0	0	45	0.99
165920--165956	13	3.1	13	81	18	53	54	0	0	45	1.00
165979--166004	12	2.2	12	100	0	52	69	0	0	30	0.89
166195--166234	16	2.6	16	88	4	55	75	7	15	2	1.14
168832--168888	14	3.7	15	77	13	62	36	1	0	61	1.07
168843--168936	31	3.1	32	71	17	83	46	0	0	53	1.00
171493--171521	15	1.9	15	100	0	58	44	0	0	55	0.99
177237--177277	16	2.6	16	92	0	64	43	2	2	51	1.28
182129--182184	19	2.9	19	77	12	53	37	0	1	60	1.07
182157--182192	18	1.9	19	88	5	56	44	2	0	52	1.15
182591--182633	22	2.0	22	86	9	61	62	0	4	32	1.15
184389--184446	30	1.9	31	82	10	75	60	6	0	32	1.23
184782--184838	21	2.7	21	76	10	53	38	1	1	57	1.19
184849--184905	26	2.2	26	84	6	80	49	0	1	49	1.11
185317--185738	172	2.4	172	81	8	450	40	6	5	46	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186135--186178	21	2.2	20	84	8	54	47	2	2	47	1.27
186778--186819	21	2.0	21	86	9	59	35	0	4	59	1.19
186742--186817	39	1.9	38	82	15	93	35	0	3	60	1.15
186779--186825	22	2.2	21	81	11	51	38	0	4	57	1.18
187963--187996	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
188190--188276	27	3.3	26	74	19	74	42	1	1	55	1.15
188499--188531	15	2.3	15	94	5	59	48	0	0	51	1.00
189141--189187	20	2.4	20	92	3	78	36	0	0	63	0.94
189142--189201	20	3.2	18	88	9	68	38	0	0	61	0.96
189350--189590	121	2.0	121	92	1	403	27	17	32	22	1.96
190334--190379	23	2.0	23	83	8	58	65	0	0	34	0.93
190903--190955	20	2.8	20	83	11	58	52	0	3	43	1.19
191704--191765	22	2.8	24	74	18	62	45	0	1	53	1.10
194995--195049	20	2.8	20	78	13	69	41	0	0	58	0.98
195321--195374	20	2.8	19	83	10	65	48	0	0	51	1.00
195879--195923	16	2.8	17	83	9	60	31	0	0	68	0.89
195973--196039	18	3.6	19	71	16	59	61	0	0	38	0.96
195964--196012	16	2.9	15	78	21	53	57	0	0	42	0.99
196055--196089	17	2.1	17	89	10	54	45	0	0	54	0.99
196056--196130	25	2.9	24	74	16	69	41	0	0	58	0.98
196103--196144	22	1.9	22	85	9	59	35	0	0	64	0.94
196070--196173	25	4.0	26	70	14	72	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196691--196788	31	3.1	32	73	16	98	41	0	1	57	1.05
196686--196828	60	2.3	60	75	12	148	40	0	1	58	1.07
197234--197305	27	2.6	29	81	16	82	55	1	2	40	1.23
197992--198052	26	2.4	25	81	8	61	34	0	3	62	1.12
198120--198153	11	3.1	11	91	0	50	29	0	0	70	0.87
198513--198575	2	31.5	2	80	0	54	38	0	12	49	1.41
198520--198575	24	2.3	24	100	0	112	35	0	14	50	1.43
198524--198562	20	2.0	20	94	0	69	33	0	15	51	1.44
198787--198844	24	2.4	25	85	8	84	41	0	1	56	1.09
198760--198889	31	4.3	31	73	23	91	43	0	0	56	1.04

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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