genome.fa.s498.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold498
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1804022

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
713133--713176	11	4.0	11	84	0	61	65	0	2	31	1.05
713126--713231	32	3.3	31	79	11	97	59	0	0	38	1.10
713179--713233	17	3.4	17	71	16	53	54	0	0	45	0.99
713454--713498	24	1.9	23	86	4	63	51	2	2	44	1.26
716541--716588	20	2.6	18	79	20	55	70	0	0	29	0.87
716546--716585	20	2.0	20	90	9	64	67	0	0	32	0.91
716734--716771	14	2.5	16	83	12	53	52	0	2	44	1.14
716988--717023	2	17.5	2	94	5	63	50	2	0	47	1.15
717177--717212	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
718263--718287	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
718278--718319	21	2.0	21	85	4	57	42	0	0	57	0.99
718318--718368	25	2.0	25	85	7	68	54	3	0	41	1.19
718309--718359	19	2.8	18	76	5	59	58	1	0	39	1.09
718525--718550	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
720515--720543	14	2.1	14	100	0	58	58	0	0	41	0.98
720861--720903	20	2.2	19	88	12	61	72	0	0	27	0.85
722830--722858	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
725713--725769	16	3.5	16	85	2	78	47	0	5	47	1.24
725797--725848	25	2.1	25	88	0	77	34	28	7	28	1.85
725884--725918	14	2.5	15	86	13	56	65	0	0	34	0.93
725893--725937	17	2.5	19	82	10	60	62	0	2	35	1.08
732370--732736	157	2.3	157	83	4	438	35	11	24	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
732370--732750	79	4.9	79	82	6	427	35	11	25	28	1.90
734115--734691	288	2.0	288	99	0	1145	37	16	21	24	1.93
736107--736172	34	1.9	34	87	0	96	42	16	16	24	1.88
736276--736448	44	4.0	43	79	5	179	44	10	24	20	1.83
736505--737139	62	10.4	61	82	4	658	34	19	20	25	1.96
736505--737139	185	3.5	184	81	4	714	34	19	20	25	1.96
737149--737217	30	2.2	32	84	5	97	33	17	26	23	1.96
737165--737238	32	2.4	31	82	10	89	39	13	22	24	1.90
743479--743678	79	2.5	80	82	8	232	38	12	22	27	1.90
743479--743693	80	2.7	79	77	13	219	37	11	23	27	1.90
748895--748922	14	2.0	14	100	0	56	28	14	14	42	1.84
758964--759030	30	2.2	30	79	10	75	35	0	1	62	1.04
759036--759068	11	2.9	12	86	13	52	24	0	0	75	0.80
759060--759154	45	2.1	45	92	0	154	48	3	1	47	1.24
759916--759961	24	2.0	23	88	12	69	50	2	4	43	1.34
760236--760276	16	2.6	16	88	3	57	51	4	4	39	1.45
760861--760896	19	1.9	19	88	5	56	30	0	0	69	0.89
762906--762938	14	2.3	15	89	5	50	51	3	0	45	1.16
762933--762968	19	2.0	19	89	10	58	47	0	0	52	1.00
769716--769752	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
771049--771082	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
774959--775068	37	2.9	38	78	11	104	56	0	0	42	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775008--775067	19	3.4	16	73	26	50	56	0	0	43	0.99
775159--775204	16	2.9	16	78	15	60	41	0	0	58	0.98
775145--775225	30	2.7	30	76	17	87	48	0	0	51	1.00
775666--775718	20	2.7	19	82	8	61	54	1	0	43	1.11
775890--775954	30	2.2	30	85	0	85	58	0	3	38	1.14
775907--775983	30	2.6	28	80	11	82	54	1	5	38	1.31
775986--776020	18	1.9	18	88	0	52	51	0	0	48	1.00
776032--776065	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
777453--777505	24	2.1	26	82	6	65	54	0	0	45	0.99
779154--779233	25	3.2	25	66	13	74	27	10	8	53	1.63
779151--779256	50	2.1	50	98	0	203	29	7	6	56	1.52
779236--779269	3	11.0	3	93	6	59	32	0	0	67	0.91
779171--779250	25	3.2	25	65	19	67	27	8	5	58	1.49
779915--780005	42	2.2	40	78	7	103	47	1	1	50	1.15
780655--780732	23	3.4	22	74	10	68	50	0	0	50	1.00
781684--781732	18	2.8	17	78	9	53	48	0	2	48	1.12
782017--782078	23	2.8	21	76	11	61	50	4	0	45	1.23
782733--782798	16	4.2	17	66	23	54	43	0	0	56	0.99
782733--782808	23	3.3	23	81	15	95	43	0	0	56	0.99
782781--782847	34	1.9	35	88	8	102	47	0	0	52	1.00
782991--783048	30	2.0	29	83	10	73	53	0	1	44	1.10
783140--783199	21	2.9	21	78	14	61	45	5	6	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
783396--783510	32	3.5	33	79	10	110	47	0	0	51	1.06
783413--783459	21	2.3	21	85	10	62	46	0	0	53	1.00
783402--783508	8	12.8	8	68	21	51	46	0	0	52	1.06
783489--783546	26	2.2	26	84	6	71	32	0	3	63	1.11
784687--784716	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
784877--784953	16	4.9	16	73	20	56	42	0	1	55	1.07
784938--784996	31	1.9	30	86	3	82	44	0	0	55	0.99
784954--785016	30	2.1	31	82	8	76	53	0	0	46	1.00
784940--785019	29	2.7	31	74	12	78	51	0	0	48	1.00
785353--785388	17	2.1	17	89	0	54	36	0	0	63	0.94
786739--786779	15	2.7	15	92	0	55	43	2	0	53	1.13
788477--788529	22	2.6	21	82	11	65	45	0	1	52	1.11
788468--788589	54	2.3	53	74	17	117	47	0	1	50	1.10
789944--789982	20	1.9	21	89	5	62	64	0	0	35	0.94
790893--790925	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
791869--791917	22	2.1	25	85	11	68	55	2	2	40	1.23
791933--791957	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
792338--792381	19	2.3	19	84	11	54	43	0	2	54	1.12
792572--792640	33	2.1	33	81	5	77	46	1	1	50	1.19
793991--794025	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
799701--799742	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
800352--800411	18	3.3	18	70	21	61	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800658--800710	18	3.0	17	83	8	61	45	1	3	49	1.31
801707--801769	32	2.0	32	81	12	76	47	3	3	46	1.34
801779--801830	19	2.7	19	87	3	77	42	1	3	51	1.31
802675--802708	17	2.0	17	88	0	50	35	0	0	64	0.94
804659--804701	21	2.0	23	86	9	63	55	4	4	34	1.41
810116--810140	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
817172--817205	15	2.3	15	90	10	52	82	5	2	8	0.93
817172--817206	16	2.3	15	90	5	52	82	5	2	8	0.91
818003--818036	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
818082--818110	5	6.0	5	96	4	51	20	0	0	79	0.74
818353--818413	12	5.0	12	79	16	63	45	0	0	54	1.00
818355--818413	13	4.8	13	78	15	63	45	0	0	54	0.99
818342--818453	37	3.1	37	70	10	104	43	0	0	56	0.99
818389--818434	17	2.5	19	75	17	51	45	0	0	54	0.99
818380--818479	49	2.0	50	81	14	118	46	0	0	54	1.00
818346--818467	24	4.8	27	72	20	79	46	0	0	53	1.00
818405--818463	15	4.1	15	72	18	54	47	0	0	52	1.00
818434--818472	15	2.7	15	81	18	55	51	0	0	48	1.00
818347--818490	73	2.0	73	84	10	192	45	0	0	54	1.05
818911--818944	18	1.9	17	88	5	50	5	14	0	79	0.91
819451--819527	32	2.6	28	78	20	77	51	0	0	48	1.00
819439--819530	33	2.7	33	83	10	105	51	0	2	46	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819457--819508	16	3.3	15	71	10	50	48	0	0	51	1.00
819472--819552	28	3.0	28	74	13	71	54	0	1	44	1.08
825280--825604	176	1.8	176	97	0	614	24	23	20	31	1.98
827353--827392	21	1.9	21	85	10	55	50	0	0	50	1.00
827396--827430	16	2.2	16	89	0	52	51	8	0	40	1.33
833442--833506	24	2.8	23	75	6	69	32	0	7	60	1.25
833583--833627	17	2.6	17	89	0	72	53	4	0	42	1.21
833637--833697	14	4.6	13	78	13	63	59	0	1	39	1.08
833640--833694	15	4.0	14	75	17	53	60	0	1	38	1.08
833637--833697	27	2.3	24	79	17	68	59	0	1	39	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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