genome.fa.s498.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold498
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1804022

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  9  of  17  ( 1953 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
833730--833783	28	2.0	27	96	3	99	53	0	0	46	1.00
834095--834140	15	3.2	14	84	12	58	41	0	0	58	0.98
834068--834136	13	5.0	13	77	21	61	40	0	0	59	0.97
834083--834140	28	2.1	27	84	9	73	39	0	0	60	0.97
834326--834374	23	2.1	23	85	7	64	53	4	0	42	1.20
835071--835095	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
835008--835090	31	2.7	33	74	12	95	45	1	1	51	1.16
836112--836179	14	4.2	16	72	18	52	44	1	2	51	1.25
836185--836239	11	4.7	11	78	12	56	34	0	0	65	0.93
836410--836434	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
837298--837402	17	5.9	18	71	19	62	44	0	0	54	1.06
837271--837401	18	7.1	20	69	23	65	41	0	0	58	1.04
837338--837403	2	36.0	2	72	17	54	46	1	0	51	1.10
837338--837403	26	2.6	25	79	13	73	46	1	0	51	1.10
837271--837404	8	16.4	8	73	20	84	41	0	0	58	1.03
838412--838443	4	7.8	4	93	6	55	25	0	0	75	0.81
839991--840132	73	2.0	72	91	1	230	38	5	2	54	1.36
840628--840666	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
840982--841017	15	2.2	17	90	9	58	33	0	0	66	0.92
841000--841104	19	5.7	19	70	21	73	44	0	0	54	1.06
841020--841100	32	2.5	34	88	11	125	45	0	1	53	1.08
844819--844955	5	26.8	5	66	25	56	57	2	1	38	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844811--844850	16	2.4	16	88	12	55	62	0	0	37	0.95
844805--844862	27	2.1	28	84	9	75	63	0	1	34	1.04
844819--844950	11	12.1	11	71	15	78	57	2	1	38	1.20
844893--844946	16	2.8	21	71	26	55	61	1	0	37	1.07
844897--844955	7	9.1	7	72	23	58	61	1	0	37	1.07
844881--844950	23	2.8	24	81	16	72	60	2	0	37	1.12
846053--846120	16	4.1	16	75	15	50	50	0	1	48	1.10
846097--846132	19	2.0	17	89	10	54	36	0	2	61	1.11
846768--846814	16	2.7	17	74	12	51	48	0	0	51	1.00
847969--848035	11	5.5	12	69	22	50	47	0	0	52	1.00
847954--848033	34	2.2	38	78	14	89	45	1	1	52	1.16
847984--848031	24	2.0	23	84	4	60	50	0	0	50	1.00
848131--848172	3	14.3	3	85	14	61	30	0	0	69	0.89
854814--854851	2	19.5	2	94	5	69	52	0	0	47	1.00
854933--854963	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
855150--855234	25	3.3	25	66	18	75	29	27	10	32	1.90
855134--855238	52	2.0	52	100	0	210	27	26	11	34	1.91
855770--855795	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
856933--856984	20	2.5	21	78	6	52	65	0	0	34	0.93
857003--857027	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
857465--857523	8	7.5	8	75	12	52	45	0	5	49	1.24
857465--857514	16	3.2	16	78	13	59	44	0	6	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
857491--857518	7	4.0	7	100	0	56	57	0	0	42	0.99
857466--857526	31	1.9	32	83	3	79	47	0	4	47	1.23
857491--857522	14	2.2	15	94	5	57	53	0	0	46	1.00
857580--857610	9	3.4	9	95	0	53	25	0	0	74	0.82
857679--857718	21	1.9	21	94	0	71	47	2	0	50	1.14
858458--858525	32	2.1	34	83	5	86	55	0	0	44	0.99
858464--858532	32	2.1	33	81	2	77	62	0	0	37	0.96
859045--859103	5	11.4	5	75	7	55	55	0	1	42	1.09
859231--859277	18	2.8	16	78	15	58	76	0	0	23	0.78
859229--859284	27	2.0	28	93	3	96	71	0	0	28	0.86
859231--859279	8	5.7	9	75	15	50	75	0	0	24	0.80
860350--860765	209	2.0	209	83	0	528	36	12	13	37	1.83
862003--862045	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
862785--862828	22	2.0	22	86	8	63	56	0	0	43	0.99
862958--862998	20	2.0	20	90	9	66	39	0	0	60	0.96
864457--864524	29	2.3	30	80	16	88	44	0	1	54	1.09
864457--864535	29	2.7	27	76	19	79	45	0	1	53	1.08
865183--865248	15	4.3	15	75	9	53	34	0	1	63	1.04
865305--865385	26	3.1	26	71	16	69	51	1	1	45	1.16
865715--865749	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
866973--867023	7	6.9	7	81	14	50	43	0	0	56	0.99
866983--867034	24	2.2	24	83	13	63	36	3	0	59	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866983--867027	25	1.9	24	86	13	67	42	0	0	57	0.98
868294--868565	89	3.0	89	92	1	454	37	0	10	51	1.40
868330--868600	90	3.1	87	84	8	238	40	1	8	50	1.39
868684--868723	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
869548--869588	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
871110--871143	15	2.3	15	89	0	50	52	0	0	47	1.00
872370--872395	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
872894--872991	27	3.5	28	75	19	89	56	1	2	40	1.18
873385--873427	22	2.0	22	90	9	70	37	0	0	62	0.95
873401--873469	28	2.4	29	76	4	79	36	2	0	60	1.11
874159--874204	21	2.1	23	88	8	69	45	0	0	54	0.99
874154--874224	26	2.8	25	77	10	72	50	0	0	49	1.00
874193--874270	15	4.9	16	75	17	65	55	0	0	44	0.99
874663--874697	15	2.4	15	90	4	54	42	0	0	57	0.99
875876--875940	29	2.2	29	82	12	80	55	0	6	38	1.25
876298--876328	14	2.3	13	94	5	53	67	0	0	32	0.91
877040--877084	20	2.1	22	88	8	67	57	0	0	42	0.98
877043--877097	26	2.1	26	86	6	76	58	0	0	41	0.98
877541--877583	17	2.5	17	84	0	59	37	2	2	58	1.24
877708--877732	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
877705--877756	15	3.1	17	72	13	54	76	0	0	23	0.78
877705--877759	11	5.2	11	77	14	53	78	0	0	21	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879761--879790	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
881651--881694	15	2.8	15	89	6	61	68	0	0	31	0.90
881633--881756	26	4.6	27	76	12	103	63	0	0	35	1.00
881643--881743	26	3.8	26	81	6	114	61	0	0	38	0.96
882238--882330	5	17.4	5	71	14	53	37	0	0	62	0.96
882263--882329	11	5.9	11	76	11	64	35	0	0	64	0.94
882196--882331	16	8.1	16	68	24	75	38	0	0	61	0.96
886403--886487	34	2.5	34	92	1	134	45	3	5	44	1.45
887407--887446	19	2.0	21	85	9	57	57	0	0	42	0.98
887436--887472	14	2.5	15	83	16	51	40	0	0	59	0.97
887687--887719	17	1.9	17	93	0	57	45	3	0	51	1.16
887839--887882	23	2.0	21	82	8	52	68	0	0	31	0.90
887813--887886	31	2.6	29	79	12	89	68	0	0	31	0.89
889167--889203	17	2.1	19	90	10	60	56	0	0	43	0.99
889672--889715	21	2.1	21	91	8	72	54	0	0	45	0.99
899330--899372	21	2.1	21	91	4	70	44	0	0	55	0.99
899764--899909	68	2.1	68	94	0	265	43	28	6	21	1.78
899764--899909	34	4.3	34	86	0	202	43	28	6	21	1.78
901516--901672	77	2.0	77	97	0	296	28	17	21	33	1.95
904524--904549	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
907621--907691	19	3.8	19	86	1	72	33	21	18	26	1.96
907630--907691	19	3.3	19	88	2	90	35	19	17	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
907994--908155	34	4.8	33	81	5	198	43	25	6	25	1.77
907995--908155	68	2.4	67	88	3	234	43	25	6	24	1.77
908153--908283	65	2.0	65	83	4	167	36	15	20	27	1.93
908557--908622	33	2.0	33	96	0	123	22	18	16	42	1.89
910030--910071	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
910322--910351	15	2.1	15	93	6	53	56	0	0	43	0.99
910964--911004	20	2.0	21	85	4	57	51	0	0	48	1.00
910983--911015	15	2.3	15	89	5	50	48	3	0	48	1.17
911769--911798	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
912074--912142	20	3.4	20	69	21	54	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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