genome.fa.s498.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold498
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1804022

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   

This is table  3  of  17  ( 1953 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198787--198856	24	2.9	24	79	10	79	41	0	1	57	1.08
200063--200104	17	2.4	18	76	11	52	66	0	0	33	0.92
200674--200699	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
200926--200970	23	2.0	22	82	4	54	57	2	2	37	1.23
203581--203623	19	2.3	19	84	4	52	27	2	2	67	1.15
203694--203734	17	2.3	18	83	8	57	56	12	0	31	1.36
203938--203984	15	3.1	15	87	6	69	65	0	0	34	0.93
204059--204099	2	20.5	2	94	0	73	0	48	2	48	1.14
204440--204506	31	2.1	31	81	8	73	44	1	5	47	1.36
204727--204786	16	3.8	16	75	14	61	16	13	26	43	1.85
204727--204805	16	4.9	16	77	9	56	17	13	26	41	1.87
204815--204918	53	1.9	54	86	1	147	29	14	18	37	1.90
205719--205762	19	2.4	18	88	3	61	54	4	0	40	1.21
205854--205895	16	2.6	16	78	14	50	23	11	16	47	1.80
205901--205954	16	3.4	16	78	0	54	29	12	12	44	1.80
205929--205980	16	3.2	16	83	0	68	38	9	9	42	1.70
210161--210217	14	3.7	14	76	19	60	45	0	0	54	0.99
210149--210247	32	3.4	28	80	15	103	44	0	0	55	0.99
210177--210247	8	9.2	8	71	20	53	43	0	0	56	0.99
210154--210237	32	2.6	33	88	7	127	46	0	0	53	1.00
210166--210247	21	4.0	21	73	20	77	43	0	0	56	0.99
211813--212378	280	2.0	280	99	0	1123	34	14	19	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213253--213283	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
213648--213688	19	2.0	21	86	9	59	58	2	0	39	1.11
216701--216725	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
218533--218557	7	3.6	7	100	0	50	40	0	0	60	0.97
218729--218769	21	1.9	22	85	5	57	46	7	0	46	1.30
218965--218989	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
218989--219016	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
220198--220227	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
220437--220481	16	2.8	16	86	0	63	37	0	4	57	1.19
220875--220935	22	3.0	21	83	11	65	40	0	0	59	0.98
220846--220961	6	18.8	6	65	21	53	45	0	0	53	1.06
222219--222248	9	3.2	9	95	4	51	23	0	0	76	0.78
222235--222281	20	2.2	22	85	7	62	34	0	0	65	0.93
223258--223305	15	3.0	15	80	20	53	35	0	2	62	1.07
223295--223336	19	2.2	19	95	0	75	47	0	0	52	1.00
228631--228675	22	2.0	23	82	4	56	68	13	6	11	1.37
229278--229306	7	4.1	7	100	0	58	44	0	0	55	0.99
229534--229574	14	3.2	13	83	13	57	58	0	0	41	0.98
231407--231437	4	7.5	4	96	3	53	0	25	0	74	0.82
242875--242902	8	3.5	8	100	0	56	60	0	0	39	0.97
242885--243001	32	4.0	31	66	26	67	50	1	2	45	1.25
242890--243022	52	2.6	52	94	3	227	50	2	2	45	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242932--243006	20	4.2	20	65	25	58	46	2	2	48	1.30
242931--242984	22	2.4	23	75	9	58	46	1	1	50	1.23
243987--244047	12	5.0	12	78	6	52	44	0	0	55	0.99
247696--247773	24	3.2	26	76	18	71	50	0	0	50	1.00
247699--247797	36	2.9	34	71	21	82	51	0	0	48	1.00
247738--247791	11	4.6	11	84	9	54	55	0	0	44	0.99
247724--247780	11	4.9	11	77	12	60	50	0	0	49	1.00
248962--248999	15	2.5	16	83	12	53	73	2	7	15	1.17
250413--250454	22	1.9	23	85	9	61	38	0	4	57	1.20
250504--250550	24	2.0	24	83	8	60	55	2	0	42	1.12
250962--251011	7	6.7	7	78	13	55	54	0	0	46	1.00
250970--251015	16	3.1	15	84	12	51	47	0	0	52	1.00
251321--251353	18	1.9	18	88	11	52	45	0	0	54	0.99
251704--251745	17	2.4	17	84	11	50	61	4	2	30	1.29
251886--251912	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
255379--255491	23	4.8	22	74	22	81	51	1	0	46	1.17
255408--255464	12	5.2	12	80	16	54	56	0	0	43	0.99
255705--255776	25	2.8	25	78	17	76	58	1	0	40	1.07
255739--255790	18	2.9	18	72	13	54	57	0	0	42	0.98
256018--256057	19	2.3	16	87	12	53	55	0	0	45	0.99
256530--256634	40	2.7	38	75	13	99	44	0	0	54	1.06
257452--257495	13	3.2	13	81	9	52	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257893--257932	17	2.2	17	86	8	53	57	0	0	42	0.98
258753--258822	33	2.0	35	81	13	83	54	0	1	44	1.09
259273--259313	3	13.7	3	100	0	82	0	34	0	65	0.93
262810--262873	11	5.9	11	71	23	55	42	0	1	56	1.09
262804--262878	21	3.7	21	81	16	79	41	0	1	57	1.07
263645--263676	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
264596--264651	20	2.9	20	75	21	57	48	0	0	51	1.00
264610--264668	27	2.2	27	87	6	84	44	0	0	55	0.99
264615--264669	26	2.1	26	90	6	85	43	0	0	56	0.99
265387--265492	33	3.1	32	70	16	79	41	1	0	56	1.10
265444--265491	23	2.1	23	88	0	69	35	4	0	60	1.16
265436--265492	10	5.3	10	76	14	51	35	3	0	61	1.13
265444--265499	23	2.4	23	84	0	67	37	3	0	58	1.15
265390--265521	69	1.9	70	85	11	184	44	1	0	53	1.09
265545--265586	21	2.0	22	85	4	59	38	2	0	59	1.10
265526--265597	22	3.2	23	76	9	67	33	4	0	62	1.14
268259--268340	41	2.0	41	100	0	164	53	2	21	21	1.57
272385--272422	19	2.0	19	94	0	67	44	0	0	55	0.99
272829--272867	6	6.5	6	100	0	78	33	0	0	66	0.92
273447--273486	20	2.0	20	95	0	71	52	0	0	47	1.00
273465--273502	14	2.7	14	84	12	51	52	0	0	47	1.00
275175--275205	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278016--278069	6	9.2	6	75	18	51	59	0	1	38	1.08
278016--278085	17	4.1	17	79	18	67	58	0	1	40	1.07
278015--278061	24	1.9	25	87	12	71	59	0	0	40	0.97
278015--278087	19	3.4	23	71	22	59	56	0	2	41	1.14
278016--278086	39	1.9	34	86	13	97	57	0	1	40	1.07
278057--278104	23	2.1	23	84	7	62	45	0	4	50	1.21
278066--278163	5	19.4	5	69	16	60	41	0	1	57	1.05
278083--278155	11	6.5	11	72	21	62	38	0	1	60	1.06
278095--278168	26	2.8	26	80	8	87	41	0	0	58	0.98
278946--278991	19	2.3	20	81	3	58	36	2	2	58	1.22
278946--279016	31	2.3	31	80	9	83	38	1	1	59	1.15
278976--279050	25	3.0	25	76	7	73	41	0	4	54	1.19
279430--279473	23	1.9	23	86	9	63	50	0	0	50	1.00
280114--280156	21	2.0	21	100	0	86	13	9	23	53	1.69
281093--281138	17	2.6	18	82	3	58	32	0	0	67	0.91
282703--282762	6	10.8	6	87	8	60	46	1	0	51	1.10
282711--282759	5	9.4	5	88	6	55	44	2	0	53	1.12
282758--282794	11	2.9	13	80	19	51	48	0	0	51	1.00
282741--282836	50	2.0	50	85	6	135	46	0	0	53	1.00
282796--282830	9	3.8	9	88	7	52	54	0	0	45	0.99
282797--282833	19	1.9	19	88	0	56	56	0	0	43	0.99
283067--283191	10	12.7	10	66	25	54	44	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283068--283217	18	8.5	18	67	19	68	47	0	0	52	1.00
283079--283167	26	3.3	27	75	13	76	47	0	0	52	1.00
283155--283191	5	7.0	5	90	9	56	37	0	0	62	0.96
283155--283191	16	2.3	16	90	9	58	37	0	0	62	0.96
283156--283201	21	2.2	21	88	7	67	43	0	0	56	0.99
283443--283502	30	2.0	31	87	9	88	51	0	0	48	1.00
283443--283521	30	2.8	30	80	14	87	51	0	0	48	1.00
283473--283517	14	3.2	15	81	15	60	55	0	0	44	0.99
283415--283519	30	3.9	27	74	18	85	52	0	0	46	1.07
283415--283601	86	2.2	88	80	13	200	50	0	1	48	1.10

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17